The genetic characterization of Xanthomonas arboricola pv. juglandis,the causal agent of walnut blight in Poland

Leaves and fruits of walnut trees exhibiting symptoms of bacterial blight were collected from six locations in Poland. Isolations on agar media resulted in 18 bacterial isolates with colony morphology resembling that of the Xanthomonas genus. PCR using X1 and X2 primers specific for Xanthomonas confirmed that all isolates belonged to this genus. In pathogenicity tests on unripe walnut fruits, all isolates caused typical black necrotic lesions covering almost the entire pericarp. Results of selected phenotypic tests indicated that characteristics of all isolates were the same as described for the type strain of Xanthomonas arboricola pv. juglandis. Genetic analyses (PCR MP, ERIC‐, BOX‐PCR and MLSA) showed similarities between the studied isolates and the reference strain of X. arboricola pv. juglandis CFBP 7179 originating from France. However, reference strains I‐391 from Portugal and LMG 746 from the UK were different. MLSA analysis of partial sequences of the fyuA, gyrB and rpoD genes of studied isolates and respective sequences from GenBank of pathotype strains of other pathovars of X. arboricola showed that the X. arboricola pv. juglandis isolates consisted of different phylogenetic lineages. An incongruence among MLSA gene phylogenies and traces of intergenic recombination events were proved. These data suggest that the sequence analysis of several housekeeping genes is necessary for proper identification of X. arboricola pathovars.     

高寒区引水渠道抽水融冰水温变化过程模拟

抽水融冰技术能解决中国西北等高寒地区引水式水电站引水渠冰害。该文以新疆红山嘴电站引水渠道为研究对象,对引水渠道抽水融冰水温变化过程进行数值模拟。通过对模拟结果与原型观测结果对比研究,验证数值模型的可靠性。最后分别模拟分析井水流量、渠道流量、井水温度、渠道水温、流量和温度同时变化时,引水渠道水温沿程变化规律。结果表明:1)井水流量和井水温度变化与混合后水温成正比,井水流量越大,水温越高,渠道增温效果越明显;2)渠道流量变化与混合后水温成反比,渠道流量越大,井水的增温效果越不明显;3)渠道水温与混合后水温成正比,渠道水温越低,混合后水温也越低;4)渠道引水温度降低为原来0.25倍,同时井水流量增大至原来4倍,混合后水温比降低渠水温度时高0.14~1.43℃,在实际工程中,增加井水流量是抽水融冰最有效的方法。研究为寒区引水渠道冰害的防治提供科学依据。     

Molecular dynamics simulation of the melting points of Au Nana clusters

Melting processes are calculated using the molecular dynamics simulation method. Melting points are obtained using the radial distribution function, potential energy temperature, and bond pair analysis. The characteristics of these different methods are analyzed by comparing calculated and experimental results. Tracing clusters from order to disorder can be determined easily by the radial distribution function method, but the melting point can not be obtained accurately. The potential energy temperature method is based on the principle that the distance between atoms near the melting point will have a step change, which can determine the melting points accurately. When a cluster changes from a solid to a liquid state, the microscopic structure will change significantly, providing the basis for the bond pair analysis method of determining the melting point.     

高分辨率溶解曲线分析技术在大豆Ecotilling中的应用

将高分辨率溶解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术运用在大豆Ecotilling中,对256份栽培大豆的大豆异黄酮合酶基因(IFS1)的外显子区域进行SNP筛查,并采用直接测序的方法对HRM检测结果进行验证.结果表明:模板均一化后的检测效果较未均一化的检测效果差异显著,野生型样本与待测样本...     

红烧肉的冷冻干燥工艺研究

[目的]为红烧肉产品加工提供技术参考。[方法]采用电阻法测定红烧肉的共晶点和共熔点,在此基础上建立红烧肉的冷冻干燥工艺,并对冻干产品复水后的品质进行评价。[结果]红烧肉瘦肉部分的共晶点和共熔点分别为-12.0和-10.0℃,肥肉部分的共晶点和共熔点分别为-10.5和-8.0℃。所建立的红烧肉冷冻干燥工艺为：红烧肉分别经慢速冷冻和快速冷冻4h,升华干燥搁板温度维持在-20℃,进行13h,解析干燥搁板温度维持在20℃,进行7h,整个冻干过程的真空度维持在15Pa左右。在复水的最初10min内,慢速冷冻组冻干产品的复水率高于快速冷冻组;冻干红烧肉复水后,其硬度、粘着性、黏性、凝聚性均有不同程度的降低。[结论]该研究建立了红烧肉冻干产品的生产工艺。     

基于HRM获得与桃Tssd紧密连锁的SNP标记

【目的】植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记。桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点。利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研究的基础。文章拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同类型SNP的基因分型方法,以获得与桃温度敏感半矮生型基因紧密连锁的分子标记。【方法】以普通生长型(ST)单株97-32-46为母本,温度敏感半矮生型单株03-94-2(Tssd)为父本进行人工杂交,利用其分离群体96个后代单株为研究材料。在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型并获得与目标性状紧密连锁的SNP标记。【结果】明确了DNA模板和Mg~(2+)是影响基因分型的关键因子,并确立了反应体系最佳浓度区间。在15μL反应体系中模板DNA的量低于5.0 ng时或Mg~(2+)浓度低于1.6μmol·L~(-1)时则不能完成PCR扩增和基因分型;根据亲本基因型和表型一致的SNP位点设计引物,扩增片段长度在140 bp左右。高分辨率熔解曲线分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同类型的SNP(A/T、A/G、A/C和C/G)进行基因分型,并正确区分了温度敏感半矮生型和普通生长型,与进行Sanger测序鉴定的结果一致。采用96孔板对温度敏感半矮生型和普通生长型各48个分离后代单株进行了PCR扩增和基因分型,确定了遗传距离。分型结果表明高分辨率熔解曲线分析技术可以将96个样杂交后代单株分为温度敏感半矮生型和普通生长型2种,正确地区分了A/A基因型和A/T基因型。在96个样品中仅1个没有成功扩增,在温度敏感半矮生型和普通生长型中各存在1个重组单株。获得与温度敏感半矮生型基因紧密连锁的SNP标记,遗传距离为2.11 cM。【结论】建立了基于高分辨率熔解曲线分析的SNP基因分型。尽管高分辨率熔解曲线分析技术无法区分两种不同纯合类型的SNP变异,但仍不失为区分已知变异SNP的有效方法。在已经获得桃大量SNP的基础上,该体系可用于桃的基因定位、遗传多样性和品种鉴定等研究。     

基于DNA条形码ITS2的高分辨率熔解曲线鉴定市售核桃乳真伪

市场上核桃乳掺杂使假现象层出,急需建立一种快捷、准确、高效的真伪鉴定方法。本研究选取核桃基因组间隔区ITS2、叶绿体基因组编码区rbcL以及非编码区psbA-trnH作为候选DNA条形码基因。综合扩增、测序、比对成功率以及生物信息学结果,筛选得到ITS2是区分核桃、花生等不同坚果的最适DNA条形码。利用高分辨率熔解曲线(HRM)技术对市售核桃乳、山核桃乳进行目的种源(核桃、山核桃)及常见掺假物种(花生、大豆)成分鉴定。并通过构建核桃、花生不同比例混合标准品,检测核桃乳、山核桃乳掺假浓度。结果表明,通过测序比对和HRM分析,在9种不同品牌的核桃乳中,有1款核桃乳成分比对为花生,1款山核桃乳比对结果为核桃,这两款属于标签不符、以次充好的造假产品。研究表明基于ITS2序列的HRM技术,无需测序,一管式闭合分析,能实现对核桃乳、山核桃乳快速、准确的真伪鉴定,为植物蛋白饮料食品标签标识的符合性检验提供了一定的科学依据。     

三江平原粉质粘性土工程地质特性探讨

三江平原地形平坦,农田水利工程众多,构成各级排干的边坡主要由粉质粘性土组成。由于粉质粘性土粉粒含量高,具有膨胀性,孔、裂隙发育,凝聚力小,在干湿和强烈冻融作用下,易发生变形、破坏。为此,详细阐述了粉质粘性土的工程地质特性,为采取防治措施提供了可靠的依据。     

大蒜冷冻干燥工艺的试验研究

采用电阻法测量了大蒜的共晶温度、共熔温度，其值分别为－17．5℃、－16．4℃。大蒜内部含胶质较多，自由水分含量较少，预冻时降温比较慢，预冻时间比较长。恒速干燥时间短，降速干燥时间长，所用的总干燥时间长，宜采用切片干燥。试验结果显示，大蒜冷冻干燥时的适宜厚度为1-3mm，适宜加热温度为30－40℃。由于获得良好品质大蒜片的干燥参数调节范围较小，故干燥过程中应严格控制工作参数。     

HRM分析方法中不同扩增片段、染料和仪器的比较

高分辨率熔解曲线技术(High resolution melting,HRM)是近年发展起来的基于实时荧光定量技术分析核苷酸突变而进行基因分型的一种新型技术。比较了几种动物疫病病原(猪瘟病毒、禽白血病病毒、鸡艾美耳球虫株)的不同扩增片段(C202、ALV450、En573和C965)、不同荧光染料(LC Green、SYTO9和SYBR GreenⅠ)和不同仪器[Light Scanner96(Idaho),Light Cycler480(Roche)和Rotor-Gene Q(Qiagen)]在HRM基因分型上的异同,揭示了HRM技术对病原体进行分型时,不同扩增片段和不同性质荧光染料对其分型结果影响较大:拥有多个熔解区间的核酸序列比单独1个SNP位点特异性高,更适合于分型;核酸相邻熔解区间Tm差值影响实际HRM分型结果;饱和荧光染料(LC Green和SYTO9)比非饱和染料(SYBR GreenⅠ)分辨率更高,更适合用于HRM分析,并且不同浓度荧光染料对Tm值有一定的影响;不同HRM仪器之间HRM结果无明显差异。