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121.
日本落叶松EST-SSR标记开发及二代优树遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用SSR标记研究选自第1代育种试验林、拟纳入二代育种群体的264株日本落叶松二代优树的遗传变异情况。利用1620条落叶松EST序列进行EST-SSR标记的开发,共发现58条序列中含有67个SSR位点,占全部EST序列的3.58%。获得7个多态性EST-SSR标记,其中5个在朝鲜落叶松、长白落叶松、兴安落叶松和华北落叶松中均可扩增出预期目标片段,且具有多态性,表明这些标记在落叶松属内的通用性良好。利用6个EST-SSR标记和4个gSSR标记对日本落叶松二代优树群体开展遗传多样性分析,每个位点的平均等位基因数为4.6个,有效等位基因平均数为3.1个。群体观察和期望杂合度均值分别为0.5902和0.5702;Nei's基因多样度和Shannon多样性指数分别为0.5691和1.0966;全部单株间遗传相似系数0.1725~0.9667。说明该二代优树群体的遗传多样性较高,具有构建二代育种群体的潜力。 相似文献
122.
利用直接测序法开发小叶杨抗逆转录因子基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对3个抗逆转录因子共21个成员在36个小叶杨基因型个体中的序列比较分析后共检测到31个SSR多态性位点,SSR出现的频率为1/1916bp。在小叶杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出2~5碱基形式,基元重复次数变异范围为3~20次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的51.6%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计31对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测所开发的SSR位点在杨属内22个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,93.5%的SSR位点能够在杨属内至少4个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3~12个,平均6个。基于抗逆转录因子基因内开发的SSR标记位点为分子标记辅助小叶杨抗逆性状育种提供工具。 相似文献
123.
Mohammad Reza Naghavi Mohsen Mardi Seyed Mostafa Pirseyedi Mehrbanu Kazemi Payam Potki Mohammad Reza Ghaffari 《Genetic Resources and Crop Evolution》2007,54(2):237-240
Genetic diversity of 54 accessions of Aegilops tauschii from five countries was assessed using sequence-tagged microsatellites (or simple sequence repeats, SSRs) and amplified fragment
length polymorphisms (AFLPs). In the case of AFLP analysis, a total of 256 amplification products obtained, 234 of them were
polymorphic across all the 54 accessions. A total of 224 fragments were obtained from the 24 SSR primers and 219 of fragments
were polymorphic across all the genotypes screened. Based on both AFLP and SSR markers, the highest percentage of polymorphisms
were obtained in Iranian and accessions of unknown origin. The highest polymorphic information content (PIC) value was observed
for SSRs (0.82) while the highest marker index (MI) value was for AFLPs (8.5) reflecting the hyper-variability of the first
and the distinctive nature of the second system. Principal co-ordinate analysis (PCO) revealed congruent patterns of genetic
relationships for both data sets, but did not group accessions strictly according to their geographical origins. Poor correlation
was found between AFLP and SSR marker loci. This low association may be due to low number of AFLP and SSR markers. These results
show that molecular markers can help to organize the genetic variability and expose useful diversity for breeding purposes. 相似文献
124.
Yvonne Lokko Alfred Dixon Sam Offei Eric Danquah Martin Fregene 《Genetic Resources and Crop Evolution》2006,53(7):1441-1453
A study was conducted to determine the extent of genetic diversity among African cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions resistant to the cassava mosaic virus disease (CMD), using simple sequence repeat (SSR) markers. The accessions
included a breeding stock (clone 58308), five improved lines, 62 CMD resistant and 10 CMD susceptible landraces. Genetic diversity
was assessed among accessions in five cluster groups derived from UPGMA analysis on data from 18 SSR primer pairs. Average
gene diversity, He, was high in all cluster groups, with an average heterozygosity of 0.591 ± 0.061. The estimator of inbreeding
Fis revealed a low level of inbreeding within groups and averaged −0.262 ± 0.142. Gene diversity among all accessions was
51.4% and gene diversity within cluster groups was 46.6%, while 4.8% was due to diversity between the different cluster groups.
The amount of genetic differentiation measured by Gst and Fst were 9.6% and 12.1% respectively, indicating a weak genetic
structure. 相似文献
125.
四种细胞质来源的烟草不育系线粒体SSR位点差异 总被引:3,自引:0,他引:3
采用线粒体SSR(mtSSR)方法对普通烟草4种不育类型的不育系、不育胞质来源的烟草野生种和保持系进行线粒体位点差异分析,探讨mtSSR位点差异与胞质不育的关系。在烟草线粒体基因组上检索到24个能重复稳定扩增出片段的mtSSR,对烟草属植物的这些mtSSR分析结果显示,普通烟草种内mtSSR较为保守,多态性比率仅10.5%;4种不育类型的各自不育系与保持系、不育胞质上存在多个差异位点,在Nta(sua.)S类型中差异位点在线粒体编码基因orf138a、orf138c以及orf102~orf210的基因间区;在Nat(gla.)S类型中,差异位点在线粒体orf138a、orf138c两个编码基因以及nad2~sdh3、rps12~orf125b、orf116~orf101b、orf102~orf210的4个基因间区;在Nta(rep.)S类型中,差异位点在线粒体编码基因orf190以及orf104c~orf202的基因间区;在Nta(rus.)S类型中,差异位点在线粒体编码基因orf137以及rps12~orf125b的基因间区。这些位点差异可能与各自的雄性不育有关。另外,mtSSR引物TMS20在Nat(sua.)S、Nat(gla.)S、Nat(rep.)S和Nat(rus.)S类型的雄性不育系中分别扩增出了184、172、212和225 bp的片段,表明可用该引物区分4种烟草CMS类型。 相似文献
126.
前期调查研究表明江苏是中国杂草稻危害最严重的省份之一,尤其以苏中地区最甚。因此,本文利用具有多态性的33个共显性SSR标记,分析苏中地区的11个杂草稻种群以及苏南苏北部分杂草稻样品,以揭示江苏省主要杂草稻的遗传多样性及其来源。结果表明苏中地区11个杂草稻群体总的遗传多样性(He)为0.1661,Shannon指数(I)为0.2872;多态位点百分率达到87.88%,等位基因数(Na)为2.1515,有效等位基因数(Ne)为1.2887。其中,泰州的遗传多样性最高而南通地区的最低。杂草稻在地区之间的遗传分化(1%)显著小于杂草稻种群之间的遗传分化(39%),更小于种群内的遗传分化(60%)。聚类分析和主成分分析结果表明苏中和苏南地区杂草稻以籼型为主,苏北地区存在少量粳型杂草稻;苏中地区的杂草稻与现有栽培稻品种和普通野生稻没有明显的亲缘关系,但与曾经栽培过的杂交水稻品种有关。因此,本研究相对支持江苏省杂草稻可能主要来自栽培稻的基因重组或回复突变等产生野生性状即返祖遗传的假说。苏北地区的杂草稻可能来源于穞稻与现今栽培稻杂交的后代。 相似文献
127.
128.
129.
130.
两种聚丙烯酰胺凝胶银染方法的比较 总被引:20,自引:0,他引:20
比较了两种聚丙烯酰胺凝胶的DNA染色方法。对小麦SSR扩增产物的染色结果显示,改进的Bassam银染法颜色背景浅,灵敏度较高,能够看到副带染色。改进的Sanguinetti方法对条带的鉴别力稍差,但因省时省力,成本较低可用于大规模引物筛选时的染色。 相似文献