斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用，深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征，并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示，斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化，冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria），与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示，冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富，冬季和春季分布较为集中，分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门，秋季特异性优势菌群分布特别分散，而夏季优势细菌类群最少，只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中，透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05），对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

土壤系统恢复力研究获新进展

"土壤免疫力"是近几年发展起来的概念,用以描述土壤通过调节功能微生物的活动抵抗病原物侵染保持内部稳定性的能力。近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心博士王丽琨与研究员李小方在《Critical Reviews in Microbiology》发表概念论文.     

微生物菌群培养组学在动物医学中的应用

实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%，这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用，而研究表明，那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的，未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多种培养条件和长时间的培养，结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI-TOF-MS）和16S核糖体RNA（rRNA）测序可以大规模鉴定各种微生物，同时利用全基因组测序和宏基因组测序手段对未知微生物进行深入分析。本文综述了国内外近年来微生物菌群培养组学在反刍动物胃肠道、禽类盲肠及家畜鼻腔微生物菌群研究中的最新进展，探讨将动物体内菌群培养组学方法应用于动物疾病防治领域的可行性。作为一个新兴的研究方法，尽管该培养组学还存在一些不够成熟的方面，但它的发展前景十分广阔，微生物菌群培养组学方法和其他研究方法的互补已经逐渐成为发展兽医微生物学新的突破口。     

16种微生物蛋白酶的生物信息学分析

蛋白酶(protease)是以降解蛋白质为主的糖苷酶,具有丰富的多样性,在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用,具有广泛的研究和应用价值。本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件,对天蓝色链霉菌、普通拟杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌等16种微生物蛋白酶的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明:通过分析16种微生物蛋白酶的稳定性发现,金黄色葡萄球菌、唾液链球菌、短小芽孢杆菌、绿脓杆菌为不稳定蛋白;二级结构由α螺旋、β转角、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成;除了节杆菌属、无乳链霉菌、普通拟杆菌、肠杆菌属具有信号肽,其余蛋白酶氨基酸序列不具有信号肽的特点。可以推测出蛋白酶为非分泌性蛋白;只有绿脓杆菌和猪链球菌有跨膜结构,剩下其余几种微生物均没有跨膜结构。具有2个蛋白功能域,分别为Peptidase S8 familyi、Fn3_5like domain。     

短链脂肪酸的生理作用及其在母猪生产中的应用

动物的消化道中栖息着数量巨大、种类繁多的微生物。这些微生物能利用肠道中的营养物质进行代谢,满足自身生长的需要,同时产生短链脂肪酸(SCFA)、生物胺等代谢产物。这些代谢产物影响宿主自身的营养物质代谢、免疫活性和一些生理功能等。其中,SCFA是最常见的微生物发酵产物,可从多个方面影响动物的机体健康。因此,本文综述了SCFA的代谢过程与生理功能及其在母猪生产中的应用进展,为其在母猪生产中的应用提供依据。     

海南橡胶林与热带雨林土壤微生物区系分析

[目的]研究热带橡胶林与热带雨林土壤微生物区系组成及其生物量,为海南地区橡胶林的生产提供理论参考.[方法]在海南地区分别选取5个橡胶林(儋州、琼中、乐东、万宁和海口)和5个热带雨林(五指山、霸王岭、尖峰岭、吊罗山和鹦哥岭)的样地,每个样地选择13个取样点,旱季和雨季总计260个样本,测定土壤的理化性质(pH、有机质、全氮、全磷和全钾);采用稀释平板分析法测定土壤中微生物数量(细菌、放线菌和真菌);采用线性回归分析方法分析土壤微生物区系、数量特征及其随季节的变化规律.[结果]比较橡胶林与热带雨林土壤的理化性质,二者仅pH差异不显著(P>0.05,下同),其他理化性质的差异均达显著水平(P<0.05,下同).各样地间土壤有机质含量呈显著差异,鹦哥岭与其他样地pH差异显著;儋州与琼中、海口与吊罗山的土壤全氮含量无显著差异;儋州与五指山,琼中与乐东,吊罗山与鹦哥岭的土壤全磷含量无显著差异;乐东与霸王岭、琼中与尖峰岭的土壤全钾含量无显著差异;其他各样地的土壤全磷、全钾和全氮含量差异显著.样地土壤中不同微生物类群数量的排序为细菌>放线菌>真菌,细菌占微生物总量为95.46%~97.60%;在细菌和真菌数量上为热带雨林>橡胶林;放线菌数量上橡胶林>热带雨林.可见,橡胶林与热带雨林三大微生物类群差异均显著.土壤微生物总量上热带雨林>橡胶林;橡胶林各样地中微生物总量排序为乐东>琼中>儋州>万宁>海口,热带雨林各样地中微生物总量排序为鹦哥岭>霸王岭>吊罗山>尖峰岭>五指山.橡胶林和热带雨林中土壤微生物数量随季节变化差异明显,旱季到雨季细菌和真菌数量增大.回归分析结果表明,细菌、放线菌和真菌数量与土壤含水量呈极显著负相关(P<0.01,下同);细菌和真菌与pH无显著相关性,放线菌与pH呈极显著正相关;细菌和真菌数量与有机质呈极显著负相关,仅放线菌数量与有机质无显著相关性.[结论]季节变化对微生物数量造成显著影响.土壤理化性质、地上植被的不同均会对微生物数量产生影响,热带雨林能为细菌和真菌提供更有利的生长条件,橡胶林环境则有利于放线菌生长.要有足够的肥料施入及科学的田间管理相辅,以促进微生物活动将养分转化后供橡胶树生长发育.     

添加芽孢杆菌对草鱼池塘中真核微生物的影响

为了研究添加芽孢杆菌对池塘中真核微生物群落结构和理化因子的影响,采用高通量测序技术分析了实验组(添加芽孢杆菌池塘)与对照组(普通池塘)水体真核微生物群落结构,同时分析了两组池塘的水体理化指标。结果表明:8、9月实验组池塘水体中TN、NH_4~+-N、NO_3~--N含量显著低于对照组(P0.05)。水体中梅尼小环藻(Cyclotella meneghiniana)、红囊藻(Hedriocystis)、蓝隐藻(Chroomonas)、丝孢酵母属(Trichosporon)和小环藻属(Cyclotella)真核微生物丰度显著高于对照组(P0.05)。实验组池塘水体真核微生物Chao1指数和Shannon指数显著高于对照组(P0.05)。实验结果证实:通过向池塘添加芽孢杆菌,可以改变水体中真核微生物群落的结构,从而实现对池塘理化因子的调节。研究结果对于降低水产养殖尾水对水域环境的污染具有一定的意义。