植物病原丝状真菌RGS的研究进展

G蛋白信号调控因子（RGS）作为G蛋白信号途径中发挥重要的负调控作用的蛋白，其功能主要表现影响真菌菌丝生长、产孢等发育阶段，以及次生代谢产物、色素合成等致病性方面。近些年，随着学术界对于植物病原丝状真菌RGS蛋白研究的不断深入，产生了大量的学术报道，然而，尚缺乏对模式真菌与植物病原丝状真菌中RGS蛋白系统性对比分析的研究报道。该文对模式真菌与植物病原丝状真菌RGS蛋白的结构、分类进行综述，并通过SMART保守结构域、二级结构组成情况以及遗传关系分析，明确了植物病原丝状真菌与模式真菌中的RGS蛋白均具有保守的RGS结构域以及相似的二级结构组成情况，以及根据RGS蛋白的序列同源性，明确真菌中RGS蛋白可分为6大类，具有不同结构域的RGS蛋白分别聚类。同时，对不同真菌中RGS蛋白功能进行综述，明确植物病原丝状真菌中RGS的数量和类型均多于模式真菌，RGS蛋白功能具有保守性和独特性特征。为今后学术界进一步开展植物病原丝状真菌中RGS蛋白的作用机制解析，以及植物病原丝状真菌与其他模式真菌中RGS蛋白之间的关系解析提供理论基础。      

希金斯炭疽菌14-3-3蛋白质生物信息学分析

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等十字花科蔬菜引起炭疽病,不仅降低蔬菜的产量,还影响蔬菜的品质。基于酿酒酵母中2个典型14-3-3蛋白质序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌属蛋白质数据库进行搜索,明确该菌存在2个典型的14-3-3蛋白质,分别命名为ChFTT1、ChFTT2;对这两个蛋白质进行理化性质、二级结构、疏水性、信号肽、跨膜结构域以及亚细胞定位等生物信息学分析,可为深入研究希金斯炭疽菌14-3-3蛋白质功能提供参考。     

核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白预测及其特性研究

[目的]脂蛋白几乎存在于所有细菌中,其通过N端脂质结构锚定在膜中,并参与细胞膜结构构建、维护细胞膜的稳定性、信号转导和转运等过程,同时在维持其生理功能、致病性和耐药性等方面发挥着重要作用.核桃细菌性黑斑病严重危害着我国核桃产业的健康发展,然而,尚未见其脂蛋白信号肽相关研究报道.[方法]本研究基于11个核桃细菌性黑斑病菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线分析程序预测,从而实现对上述细菌中脂蛋白的预测.[结果]上述细菌中总共有1718个脂蛋白,所含脂蛋白范围为148～164个,所占比例为3.62％～4.02％,脂蛋白长度集中在150～450 aa,其中长度在100～200 aa的脂蛋白数量最多,氨基酸组成以丙氨酸所占比例最高,平均为14.4％～14.8％,而天冬氨酸、组氨酸、甲硫氨酸、色氨酸的含量最低.上述菌株所含脂蛋白氨基酸长度较小,推测与脂蛋白较为灵活地实现其行使功能有关;同时,对上述蛋白特性进一步开展了研究,明确脂蛋白具有1次以上跨膜结构域不多,多数脂蛋白定位在线粒体核胞外,并且在理论等电点、不稳定系数以及总平均亲水性等方面存在着一定的差异,但是总体而言上述菌株中的脂蛋白在理化性质方面具有趋同的特性,此外,少数蛋白不具有信号肽序列,不属于典型分泌蛋白,具有转运肽的脂蛋白数量较少,且预测可靠性不高.进一步对信号肽切割位点特征进行分析,发现在上述1718个脂蛋白中,A(丙氨酸)所占比例最高,在信号肽切割位点-3、-2、-1、1、2处,A(丙氨酸)、A(丙氨酸)、C(天冬氨酸)、A(丙氨酸)、P(脯氨酸)的含量最高,且氨基酸的组成在-3和-1割位点上相对比较保守,属于A-X-C类型,即丙氨酸-任意氨基酸-天冬氨酸.最后,通过遗传关系分析发现细菌性黑斑病菌中脂蛋白序列之间在具有较高同源性以及较近亲缘关系.[结论]核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白在理化性质、亚细胞定位以及转运肽等方面具有趋同性特征,为进一步深入开展核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白的研究提供了重要的理论指导,此外,通过遗传关系分析进一步明确了与细菌性黑斑病菌中脂蛋白之间的关系,为深入探索脂蛋白在细菌性黑斑病菌中的作用奠定了坚实的理论基础.同时,核桃细菌性黑斑病菌分泌系统中SPaseI和SPaseII等不同信号肽类型的外泌蛋白在同源关系上、功能类别上是否保守,是否都具有上述研究结果的(种内、种间的)独特生物学功能还有待进一步深入研究.     

胶孢炭疽菌侵染过程相关基因研究进展

胶孢炭疽菌可以侵染核桃、板栗等众多重要的经济林树种,引起炭疽病,在生产上造成较大的经济损 失,其侵染过程主要包括前期活体营养阶段、中期兼性营养阶段以及后期死体营养阶段。对该菌侵染过程相关基因 研究成果进行汇总,同时,基于ITS 数据对炭疽菌属病菌进行遗传关系分析,以期为进一步深入开展该病原菌的研 究以及制定合理有效的防治措施打下坚实基础。     

希金斯炭疽菌腺苷酸环化酶生物信息学分析

希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsanum Sacc.)可以侵染菜心、萝卜等众多十字花科蔬菜引起炭疽病,给生产造成巨大的经济损失.通过对该菌中可能的腺苷酸环化酶(AC)氨基酸序列进行理化性质、细胞信号肽、跨膜区结构以及二级结构等生物信息学分析.结果表明,该菌种ChCap1,ChCap2与Srv2在理化性质、二级结构、亚细胞定位方面差异较大,以期为深入开展AC基因的定位、表达以及功能域等方面研究及为进一步实现以控制病原菌G蛋白信号途径功能新药物靶标的开发提供有力的理论支撑.     

黄单胞菌分泌蛋白的理化性质及特征分析

基于全基因组序列已经公布的黄单胞菌Xanthomonas campestris B100、Xanthomonas campestris pv. campestris 8004、Xanthomonas campestris CN14中分泌蛋白序列为基础数据，采用Protscale、SMART、TargetP 2.0 Server等生物信息学分析软件对上述分泌蛋白展开理化性质、保守结构域以及转运肽等分析，结果显示：黄单胞菌中分泌蛋白理论等电点与氨基酸长度之间无相关关系， 44.73%的蛋白为不稳定蛋白， 83.21%的蛋白亲水性小于0，属于亲水性蛋白。同时，在每种黄单胞菌的分泌蛋白中，具有明显保守结构域的蛋白数量平均为12个，并且所有分泌蛋白均具有信号肽，转运肽预测可能性分布也较为平均。     

不同营养类型植物病原真菌次生代谢产物合成基因簇的差异性研究

选择全基因组序列已经公布的22种真菌为研究对象，利用antiSMASH数据库对不同营养类型真菌的次生代谢产物合成基因簇进行注释，以期发现不同营养类型植物病原真菌在侵染植物过程中次生代谢产物所发挥的作用及合成基因簇的差异性。结果表明：半活体营养型真菌和死体营养型真菌中次生代谢产物合成基因簇的种类和数量都高于活体营养型真菌；进一步对非核糖体肽合成酶（NRPS）、聚酮合酶（PKS）、萜烯（terpene）三大类次生代谢产物合成基因簇进行分析，发现半活体营养型和死体营养型病原菌中NRPS基因簇、PKS基因簇和萜烯基因簇的数量也都高于活体营养型病原菌。     

全基因组预测枯草芽孢杆菌XF-1的分泌蛋白

枯草芽孢杆菌XF-1对诸多植物病原菌具有抑制作用,是农业生产上重要的生防菌之一。利用SignalP、ProtComp、TMHMM、Phobius、LipoP、TatP等预测程序对枯草芽孢杆菌中3 853条蛋白质序列进行分泌蛋白的预测研究,并对所获得的分泌蛋白开展氨基酸分布、信号肽长度、切割位点等性质进行分析。结果表明,该菌含有分泌蛋白为104个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了枯草芽孢杆菌分泌蛋白的预测,分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守型特点。     

林业院校信息素养教育现状研究——以西南林业大学林学院为例

信息素养主要包括信息意识、信息知识、信息技能、信息安全、信息道德等,信息素养教育已经在欧美一些国家深入人心,而在中国针对高校大学生的信息素养教育则相对薄弱。研究通过对西南林业大学林学院120名大学生进行信息素养教育问卷调查,发现林业院校对大学生的信息素养教育普遍缺乏,高校亟待制定出有关加强信息素养教育的实施细则、评价标准,以期为提高林业院校大学生信息素养打下坚实的基础。