林麝肺源ST1249型铜绿假单胞菌的分离鉴定及其全基因组序列分析

【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。【结果】分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。【结论】从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。     

日照地区养殖凡纳滨对虾肝肠胞虫病的检测及分析

为进一步掌握虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)病的暴发流行情况,对日照地区养殖的凡纳滨对虾开展了检测及调查工作。EHP孢壁蛋白基因PCR(SWP-PCR)检测结果显示,阳性产物的序列与NCBI数据库中EHP的孢壁蛋白基因序列有高度的相似性,EHP的阳性检出率在10%左右。对虾养殖池水样检测结果显示,发病池与未发病池中各水质参数变化趋势基本一致。     

蜗壳式离心泵外特性仿真与实验研究

为探索不同仿真方法的适用性,对ns=157的单级蜗壳离心泵不同工况的扬程和效率进行定常和非定常计算,并分别分析了定常计算时不同叶片夹角及非定常计算时不同时间步长的影响,通过与实验对比,得到的主要结论有:定常计算仅适用于额定工况外特性仿真,其扬程和效率计算误差分别为4.9%和2.9%,而定常多相位的计算误差分别为7.1%和3.2%;非定常仿真计算时,以4°为时间步长,并间隔20°保存一次计算数据,较好地预测出扬程曲线走势,额定工况扬程和效率计算误差约1.1%和1.8%,但小流量和大流量区间扬程计算误差达到10%左右。因此在水力优化设计时,若只关注高效点位置及其扬程和效率,可采用定常计算,若还关注扬程曲线走势,则应采用非定常计算。     

棉花根系和叶片质外体汁液分离方法的改进

质外体汁液(apoplastic washing fluid, AWF)在植物生长发育和抵抗生物及非生物逆境方面发挥着重要作用。目前普遍采用真空渗透离心法提取质外体汁液,但具体提取流程和条件却因植物培养条件、种类和器官等不同而不同。本试验以营养液培养的棉花幼苗为材料,改进了棉花根系和叶片AWF分离的取样方法、渗透条件和离心参数等。结果表明,相对于通常的非整体取样,改良后整体取样简单易操作且显著降低了质外体与共质体的苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenase, MDH)活性比值,更适宜开展质外体汁液组分研究。根据真空渗透鲜重增加和AWF稀释因子,进一步证明根系不用真空渗透;而叶片需真空渗透,适宜真空强度/时间为-60 kPa/1min,真空后恢复到正常压强约110s。证明叶片颜色变深面积可作为判定真空渗透强度或时间是否适宜的一种简易可行方法。最后,AWF体积、质外体与共质体的可溶性蛋白含量比值和MDH活性比值综合分析表明,棉花根系适宜离心力大小/时间长度为800×g/10～20 min,叶片为400×g/5 min。本改进方法为棉花AWF组分,如蛋白质组学和代谢组学等研究结果的准确性和可靠性奠定了基础,为其他作物AWF分离方法的优化提供了参考。     

外源营养袋重量变化对羊肚菌产量影响试验初报

【目的】通过外源营养袋重量变化对羊肚菌产量影响试验，探究营养物质不同利用率对出菇产量的影响。【方法】在相同栽培环境下比较外源营养袋在栽培初期及出菇期重量变化，分析其重量变化与出菇产量间的关系。【结果】通过对比试验表明，外源营养袋重量减轻越大（大于50﹪以上），羊肚菌产量才可以达到正常产量（2250 Kg/hm2）以上。减轻比例越大（大于50﹪以上），说明外源营养袋营养成分消耗越充分，相应的羊肚菌产量亦越大，反之，外源营养袋重量变化减轻越小，说明外源营养袋营养成分消耗越少，羊肚菌产量亦越小。【结论】表明外源营养袋重量变化量和出菇产量呈正相关，对羊肚菌实际生产具有一定的参考价值。     

酵母双杂交筛选与胞内劳森菌LI0902互作宿主蛋白

为了鉴定胞内劳森菌(Lawsonia intercellularis,LI)外膜蛋白LI0902在细菌感染中的作用,本试验以胞内劳森菌疫苗DNA为模板,设计特异性引物进行PCR扩增,并成功构建诱饵表达载体pGBKT7-LI0902。将通过菌落PCR和测序验证的质粒转化酵母菌株Y2H Gold后,发现LI0902能在酵母细胞中正确表达,对酵母细胞无毒性,且无自激活活性。将含有pGBKT7-LI0902的酵母菌株Y2H Gold与猪肠上皮细胞系IPEC-1 cDNA文库菌株Y187进行杂交,筛选、验证、测序后得到3个与LI0902相互作用的宿主蛋白。本试验研究了胞内劳森菌与猪肠上皮细胞相互作用,为揭示增生性肠炎的致病机理提供了线索。     

奶牛乳汁外泌体中乳房炎抗性相关microRNA的筛选与功能分析

奶牛乳汁外泌体中的microRNA(miRNA)在乳腺癌、炎症和其他乳腺疾病发生时起着关键的调控作用,为了解及分析乳汁外泌体中可能存在的参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,以健康牛及乳房炎奶牛乳腺组织差异表达miRNA为背景,结合目前已知的奶牛乳汁外泌体miRNA,利用Targetscan、miRDB、miRanda、Vesiclepedia、DAVID等生物信息学分析系统及数据库系统,筛选奶牛乳汁外泌体中可能参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,并对其序列保守性、候选靶基因及靶基因参与的调控功能通路等进行预测与分析。结果表明,健康奶牛与乳房炎奶牛乳腺组织中存在显著表达差异的miRNA 29个;Vesiclepedia数据库和NCBI检索文献共获得奶牛乳汁外泌体中的miRNA 66个,其中miR-223、miR-125b、miR-378b在两数据中共存,并在人与奶牛及其他哺乳动物之间高度保守。候选靶基因的KEGG功能通路分析显示,MAPK,p53、PI3K-Akt及miRNA的癌症作用、内质网蛋白加工、溶酶体和细胞凋亡等通路均被显著富集。表明外泌体中存在的3个miRNA对奶牛乳房炎发生时的炎症反应及免疫应答均可起重要调控作用,但其具体分子机制仍有待进一步验证。研究结果可为奶牛乳房炎分子辅助选择标记的筛选以及跨物种机体免疫调控的影响因素及作用机制研究提供参考。     

具有III型分泌系统的Pseudomonas moraviensis FP1761植物益生功能及其全基因组分析

 本研究从节瓜根际分离到一株具有防病促生功能的荧光类假单胞菌FP1761。该菌株对部分植物病原真菌和细菌具有拮抗能力,能够解钾、解有机磷和无机磷,可产生氨、蛋白酶、嗜铁素、吲哚乙酸。生物测定表明菌株FP1761可显著促进小麦生长。生理生化、平均核苷酸相似度、16S rDNA和多基因分析将FP1761鉴定为摩拉维亚假单胞菌(Pseudomonas moraviensis)。菌株FP1761基因组草图全长6.12 Mb,(G+C)含量为59.9%,共编码5467个基因序列。将该菌株与种内3个代表性菌株进行泛基因组和核心基因组分析,共产生 4 357个共有基因,菌株FP1761特有基因327个。利用antiSMASH对菌株次生代谢基因簇进行预测,发现其含有8个潜在的次生代谢产物基因簇。其中两个基因簇与嗜铁素pyoverdine合成相关,未见聚酮类合成基因。基因组分析发现,该菌株具有与病原性假单胞菌相似的III型分泌系统,但丢失了效应蛋白调控因子hrpS和转运相关的hrpH和hrpK1基因。对全基因组扫描,菌株FP1761仅保留了病原性假单胞菌的保守效应蛋白AvrE和HopAA1-1。FP1761是目前已发现的唯一具有III型分泌系统的摩拉维亚假单胞菌。本研究表明摩拉维亚假单胞菌FP1761具有潜在的植物防病促生功能,但其III型分泌系统与植物益生互作机制有待进一步解析。