正交优化芒果SRAP扩增体系及引物筛选

利用正交实验设计,对芒果SRAP-PCR反应的5因素(Mg2+、dNTPs、模板DNA、引物和Taq DNA聚合酶)4水平的扩增效果进行研究,确立适合芒果SRAP-PCR反应的最佳体系。总体积25μL的SRAP-PCR优化的最佳反应体系中含有:2.5μL 10×buffer、20 ng模板DNA、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、0.4μmo1/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U。并运用该体系从153对引物组合中初步筛选出50对SRAP引物组合。建立的SRAP标记可为芒果遗传多样性、分子标记及辅助育种等提供研究基础。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

花生种子中芪化物的合成与抗黄曲霉菌产毒的相关性研究

以花生种子为试材,采用孢子浓度为1×106(个/m L)的黄曲霉菌接种花生种子,对抗产毒和易产毒品种间4种主要芪化物(resveratrol,ε-viniferin,δ-viniferin,pterostilbene)合成变化,相关抗性酶活性(PAL、POD、PPO)进行了比较,探讨了不同品种间芪化物的合成与抗黄曲霉菌产毒之间的相关性。结果表明:花生种子芪化物的合成速度与抗产毒有关。在接种黄曲霉菌第3天时,抗产毒品种黔花生3号4种芪化物含量达到峰值,含量为47.37μg/g,为对照的54倍;易产毒品种花育22号芪化物含量仅5.5μg/g;抗产毒品种芪化物含量和相关抗性酶(PAL、POD、PPO)活性都高于易产毒品种;在16个考察的花生品种中,发现了4个芪化物含量较高,病情指数和黄曲霉毒素含量相对较低的花生品种;相关分析发现,不同花生品种芪化物含量与病情指数、黄曲霉毒素B1和黄曲霉毒素总量呈极显著负相关,相关系数(r)分别为-0.789、-0.851、-0.850。因此,花生接种第3天时的芪化物含量可作为筛选和培育花生抗产毒品种的重要化学指标。     

反相高效液相色谱法测定西番莲中的有机酸

采用Waters Atlantis C18色谱柱（150 mm×4.6 mm,5 μm）,以2％甲醇-98％ 0.01 mol/L K2HPO4溶液（用H3PO4调节pH2.8）作为流动相,流速为0.6 mL/min,柱温为30 ℃,进样量为10 μL,检测波长为210 nm,建立高效液相色谱同时分析西番莲中10种有机酸的方法。结果表明：该方法相对标准偏差为0.22％~4.00％,平均回收率在88.0％~109.6％,各种酸的线性相关系数r＞0.999 2,检测限为0.001~0.22 μg/mL;采用外标法定量。在紫果和黄果西番莲中检测到7种有机酸,其含量趋势呈现为柠檬酸＞L-苹果酸＞L-乳酸＞琥珀酸＞L-抗坏血酸＞酒石酸＞富马酸。该方法具有灵敏度高、测试组分多、速度快等优点,适用于西番莲中多种有机酸的测定。     

24份西番莲种质SSR分子标记分析

采用SSR标记对24份西番莲材料的遗传多样性进行研究,从45对引物组合中筛选出16对扩增带清晰、重复性好的引物组合。结果表明：16对SSR引物共产生68条扩增带,其中58条为多态性条带,多态性条带比率平均为85.3 %,24份材料的遗传相似系数(GS)的范围为0.09-1.0;UPGMA法聚类分析结果表明,24份西番莲种质以0.45为阈值可分为7大类,SSR标记丰富的多态性可在西番莲分子生物学领域中广泛应用。     

热带花卉种质资源图文数据库系统的设计与实现

【目的】构建一个界面友好、操作方便、通用性强的热带花卉种质资源图文数据库系统,为实现热带花卉种质资源的数字化管理提供技术支撑。【方法】采用C/S架构,以SQL Server 2005为后台数据库,在集成QT的Visual C++可视化开发平台上设计并实现热带花卉种质资源图文数据库系统。【结果】构建了热带花卉种质资源图文数据库系统,实现了热带花卉种质资源数据管理、数据查询、元数据配置、用户管理及数据库维护等功能。【结论】该系统具有兼容性强、可扩展性好、智能化、安全系数高、界面友好、操作方便等优点,为热带花卉数据建立了统一的服务平台,并为规范花卉信息提供了强有力的技术支撑。     

木薯AGPase基因家族的生物信息学及其表达分析

[目的]搜索鉴定木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)的基因家族成员,并分析其生物学信息及不同组织和非生物胁迫下的表达情况,为木薯AGPase基因的功能挖掘及淀粉性状遗传改良提供理论依据.[方法]从木薯基因组数据库(Phytozome)下载木薯全基因组序列,从中筛选含NTP_transferase(Pfam编号PF00483)保守结构域序列的AGPase基因家族成员,利用生物信息学方法对其结构特征及编码蛋白序列进行分析.基于NCBI转录组测序(RNA-seq)数据,对木薯AGPase基因家族成员在不同组织及冷害和干旱胁迫下的表达模式进行分析.[结果]从木薯全基因组序列中共鉴定出9个AGPase基因家族成员,包含6个AGPase大亚基(LS)基因和3个小亚基(SS)基因.6个LS基因在长度和编码氨基酸数目上差异明显,但3个SS基因间的差异不明显.LS基因外显子数目为8~15个,SS基因外显子数目均为9个.9个木薯AGPase基因家族成员分布于8条染色体和1个scalefold中,未在染色体上发现串联成簇分布现象.木薯AGPase基因家族启动子区域含有多个干旱响应元件、光响应元件、激素响应元件及多种除干旱外的其他非生物胁迫响应元件.9个AGPase基因家族成员在不同木薯组织间的表达模式具有组织特异性.经冷害胁迫后,除MeAGL1.3基因外,其余8个基因表达量均极显著(P<0.01,下同)或显著(P<0.05,下同)下调;经干旱胁迫后,MeAGL1.4、MeAGS1.1、MeAGS1.2和MeAGS2基因表达量极显著或显著下调,MeAGL1.3基因的表达量显著上调,其余基因与对照无显著差异(P>0.05).[结论]木薯AGPase基因家族成员具有保守的基因结构和功能结构域,其表达具有组织特异性,大多数成员表达水平受冷害和干旱胁迫调控.     

巴西橡胶树主栽品种指纹图谱构建

以24个橡胶树主栽品种为试材,从75对SSR引物中筛选到14对多态性引物,构建了24个品种的指纹图谱。结果每对引物可以检测到2～5个数目不等多态性等位基因,平均为4.00个等位基因,PIC 平均值为0.48。聚类分析可将24份主栽品种分为三大类,具有相同来源的多数品种聚为一类。24个橡胶品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱。     

我国芒果主栽品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]研究芒果主栽品种遗传多样性,构建指纹图谱,为芒果品种创新及选育提供理论依据.[方法]利用115对SSR引物对30个芒果品种进行遗传多样性分析和聚类分析,分析其亲缘关系.[结果]从115对SSR引物中筛选出64对多态性引物,扩增条带总数为343条,多态性比例为73.2％.每对引物可检测到等位位点3.9个,基因多样性为0.54,Shannon's信息指数为1.00,多样性信息平均指数为0.49,具有较高的遗传多样性.聚类分析结果表明,可将30份主栽品种分为四大类,第Ⅰ类包括14份材料;第Ⅱ类包括11份材料,主要为国外引种而获得的品种;第Ⅲ类包括4份材料,为缅三、帕拉英达、白玉和红象牙;第Ⅳ类仅有一份材料,为马切苏.选用7对SSR标记M42、M49、M54、M55、M96、M99和M103构建了30份芒果种质的数字化指纹图谱,可完全区分30份芒果主栽品种.[结论]30份芒果材料的基因组遗传较复杂,遗传信息较丰富,具有较高的遗传多样性.     

2种栽培模式对辣椒DUS测试性状表达的影响

对比大棚设施栽培和露地栽培4个辣椒测试品种,分别调查分析其33个质量性状及假质量性状和11个数量性状的表达.结果表明:质量性状和假质量性状的表达无显著差异,不同类型辣椒品种在数量性状上存在不同程度的差异,其中叶片长和叶片宽的表达差异达到极显著水平,说明冬春季在海南开展测试工作时,设施栽培与露地栽培对不同类型辣椒的测试性...