口蹄疫病毒强毒株China/99 P2区核苷酸序列测定及比较分析

以口蹄疫病毒强毒株China/99PNA为反转录模板，用一对特异性引物扩增目的cDNA，然后与pGEM-T Easy载体连接并转化J109菌株，再经重组质粒电泳、PCR和EcoR1酶切鉴定，序列测定和分析结果表明，该强毒株与A12、O1K和TW45毒株的核苷酸差异率分别为7．78％、6．62％ 13．19％，推导的氨基酸序列差异率分别为1．23％、1．84％和5．73％，4个毒株序列比较发现，China/99、O1K和TW45三毒株的2A／2B连接处为甘氨酸／脯氨酸，A12为精氨酸／脯氨酸，而且T－C转换率和A－G转换率较高，是点突变的热点核苷酸，氨基酸差异主要存在于2B和2C蛋白中，2A基因较为保守，2B蛋白和第1－4，63－67，73－78，83－91，116－121和126－131区域，2A蛋白的第4－9区域和2C蛋白的第9－13，22－25，91－96，150－159，179－188，201－207和258－262区域可能是重要的活性中心。     

口蹄疫病毒基因组IRES和Poly（C）之间功能未知区一级和二级结构分析

用RT－PCR法，以口蹄疫病毒（FMDV）WH／99株牛舌水泡皮为材料，提取RNA及扩增目的cDNA，然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株，再经重组质粒电泳、PCR和EcoR Ⅰ酶切鉴定；用DNAstar软件比较功能未知区的序列差异，以RNAdraw软件分析它们的二级结构。结果表明，7株FMDV的功能未知区序列长度介于207－256个核苷酸；序列分析表明，WH／99与Asia Ⅰ63／72、A24／Cruzeiro、TWTY／97和TWCP／97的序列差异最大，预示此区段可能与病毒感染嗜性有关；二级结构分析表明，A24／Cruzeiro、Asia Ⅰ63／72和TWCP／97均有5个结构域，WH／99和TWTY／97具有6个结构域。TWTY／97和TWCP／97二级结构的差异可能是TWTY／97功能未知区第20位插入的“C”所致，而O1K／66和O1Campos仅有3个结构域。2株猪O型FMDV功能未知区5'端存在着连续的核苷酸缺失现象，最多达52个，唯有3株牛O型FMDV（O1K／66、O1Campos和WH／99）在上述位置无任何缺失。     

口蹄疫病毒株China/99 P3区一级结构及与参考毒株的比较分析

用RT－PCR法，以口蹄疫病毒China/99感染的牛舌水泡皮为材料，扩增目的cDNA，与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株，再经重组质粒电泳、PCR和EcoR1酶切鉴定。序列测定和分析结果表明，猪源毒在3A基因内缺失10个密码子，与牛源毒的核苷酸和氨基酸序列差异较大。A－G和T－C的转换率较高，而且A－G转换导致氨基酸变异的几率大于T－C转换，它们是影响氨基酸稳定的因素之一。China/99P3区编码产物在第8、120、121、127、132、193、493、501和538位具有特征性氨基酸，可能与该毒株的表型如毒力等有关。3A基因突变率较高，3B、3C和3D较低，3D最为保守，这对维持3C和3D蛋白酶和3B的引物功能至关重要。