牙鲆(Paralichthys olivaceus) Activin基因两种β亚基的启动子克隆及生物信息学分析

以牙鲆为研究对象,利用染色体步移(Genome walking)获得了Activin两个β亚基基因的上游部分启动子序列,并对其进行了转录调控元件的生物信息学预测分析。获得了Activin βA和βB两个亚基的启动子部分序列,长度分别约为2.7 kb和2.4 kb;在预测的Activin βB转录起始位点(+1位)的上游31 bp处有1个典型的TATA box,而在Activin βA中未发现TATA box的存在。两个基因的启动子上发现了多个转录因子Sp1、Oct-1、C/EBP、CREB、GATA-1、HNF-3、HNF-1、USF等结合位点,还发现了与内分泌相关的Pit-1、ER、PR、GR、RAR、RXR等结合位点,但肌性转录因子MyoD、myogenin和雄性的性别决定基因SRY结合位点仅在Activin βA启动子中发现。生物信息学分析显示,牙鲆Activin βA和βB表达受到多种潜在因子的调控,二者在调控上有所差异。     

半滑舌鳎微卫星标记的开发及其在F1家系中分离方式分析

利用富集文库-菌落原位杂交的方法筛选半滑舌鳎( Cynoglossus semilaevis)微卫星标记,构建富含(AC)和(AG)序列重复的半滑舌鳎微卫星富集文库,随机从文库中挑选1060个克隆,筛选得到883个(83.3％)阳性信号,菌落PCR检测742个阳性克隆片段的长度在500～1 200 bp范围内,随机挑选其中50个克隆进行测序,共设计引物33对,进行退火温度优化、多态性检测后,共得到20个多态的半滑舌鳎微卫星标记.对其进行分离方式分析,其中有17个位点符合孟德尔分离定律,共表现5种分离方式,可用于半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建；另外有3个位点偏离孟德尔分离定律(P＜0.05).结果同时证明富集文库-菌落原位杂交是半滑舌鳎微卫星标记大量筛选和高密度遗传连锁图谱构建的一种行之有效的方法.     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)丝氨酸蛋白酶Ⅰ-1基因多态性

采用重测序方法,利用牙鲆(Paralichthys olivaceus)野生个体,扩增了牙鲆丝氨酸蛋白酶(Serine protease) I-1基因的编码区(CDS)和2605 bp的启动子序列。在牙鲆丝氨酸蛋白酶I-1基因(PoSP I-1)编码区中筛选出9个单核苷酸多态性位点(SNPs),同时在其启动子区筛选出28个SNP位点。对感染鳗弧菌的抗病牙鲆和易感牙鲆进行了部分SNP位点的分型,通过分析CDS中SNP位点的分布情况,发现SNP365A/G位点在抗病个体中的AG基因型的基因频率是60%,高于易感个体的40% (P=0.01)。qRT-PCR结果显示,易感个体在细菌感染后,PoSP I-1相对表达量相比对照组呈下降趋势。在抗病个体中,PoSP I-1相对表达量相比对照组呈上升趋势,且高于易感个体。结果表明,丝氨酸蛋白酶基因在牙鲆抗鳗弧菌感染中发挥重要作用,该基因的SNP365A/G位点是与牙鲆鳗弧菌感染相关的候选位点,该位点可作为牙鲆抗鳗弧菌选择育种的潜在标记。     

半滑舌鳎生长因子midkine的定点改造及原核表达

为进一步研究半滑舌鳎midkine(MK)成熟肽活性与功能,对半滑舌鳎生长因子MK成熟肽进行定点改造及原核表达.根据大肠杆菌偏爱密码子的特点,实验利用SOEing PCR法对半滑舌鳎MK成熟肽进行定点突变.将改造后的半滑舌鳎成熟肽MK克隆到载体质粒pET32a(+),构建原核表达载体pET32a(+)-MK,并转化至大肠杆菌BL21(DE3) pLysS菌株中.SDS-PAGE结果显示,与对照组相比,经IPTG诱导表达后半滑舌鳎重组蛋白MK存在于大肠杆菌上清液中,产物相对分子质量约为33 ku.研究表明,本实验对半滑舌鳎生长因子midkine成功进行了定点改造,原核表达质粒成功构建并在大肠杆菌中高效表达,且主要以可溶形式存在.     

中华卤虫不同近交水平家系生长性能比较

本研究评估了近交对中华卤虫生长性状的影响。使用实验室养殖的4个世代的中华卤虫近交家系,统计其生长数据,利用一般线性模型计算获得体长最小二乘均值,其中Gz代3个近交群体（F=0．0625,F=0．125,F=0．25）的最小二乘均值分别为9749．24、9298．87、9259．42μm,相比对照家系10179．57um,分别降低了4．23％、8．65％、9．04％,3个群体体长性状均有不同程度的衰退,并且随着近交系数的增加,衰退呈现加重趋势。3个近交群体每10％近交系数导致的近交衰退分别为-6．77％、-6．92％和-3．62％,综合计算所得所有近交家系每10％近交系数导致的近交衰退为一5．77％。研究结果表明,中华卤虫近交家系的体长性状有明显的衰退。     

四引物扩增受阻突变体系PCR技术在中国明对虾SNP基因分型中的研究

采用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的80个单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)进行验证.结果表明,通过优化PCR反应条件、调整内外引物浓度和采取To...     

大菱鲆子二代家系白化与正常幼鱼生长及形态学差异

白化现象是大菱鲆(Scophthalmus maximus)生产中存在的主要问题之一.2009年,采用大菱鲆育种标准化苗种培育方案培育大菱鲆子二代全同胞家系32个,选取其中白化较为严重的16个全同胞家系(包括6对半同胞家系组合)作为样本家系,抽样测定统计各家系85日龄(dph)幼鱼的形态指标,比较了各全同胞家系白化和正常鱼的形态特征,以及全同胞家系间生长的差异.大菱鲆幼鱼体色分为完全正常、局部白化和完全白化3个类型,白化率统计时将部分白化幼鱼归于白化幼鱼一类.16个全同胞家系的白化率处于17.2％～86.7％范围内,6对半同胞家系组合的白化率差别较大,姊妹家系间白化率差值0 ～ 46％,因此认为白化可能受到母系遗传或卵子质量的影响.多数家系的白化与正常幼鱼的全长、体长、总高、体高、全重差异不显著(P＞0.05).16个全同胞家系样本中,除2个家系外,其余家系的白化与体色正常鱼的可比性状差异不显著(p＞0.05).将各全同胞家系抽样的全部90尾鱼的全重平均值作为指标进行比较,发现全重的生长差异在全同胞家系间表现较为明显.因此,白化鱼与原色鱼的生长和身体形态整体上不存在显著差异.本研究还获得速生候选家系1个,高体型候选家系3个.根据研究结果分析大菱鲆白化现象发生的原因,认为虽然遗传不是大菱鲆白化与否的决定因素,但却是一个重要因素.     

牙鲆NOD2基因的表达分析及在抗迟缓爱德华氏菌感染过程中的功能

本研究利用实验室已建牙鲆(Paralichthys olivaceus)转录组数据库预测得到牙鲆NOD2基因(PoNOD2),并利用PCR技术进行序列验证。同时,设计迟缓爱德华氏菌注射感染牙鲆成鱼和体外免疫刺激牙鲆鳃细胞系实验,探究PoNOD2基因在抗菌免疫反应中的作用。PoNOD2基因的开放阅读框长度为2964 bp,编码988个氨基酸。PoNOD2蛋白有3种保守结构域,包括C-末端LRR,中心NACHT和N-末端CARD结构域。实时荧光定量PCR结果显示,在所检测牙鲆组织中,迟缓爱德华氏菌的侵染能显著上调PoNOD2的表达。体外免疫刺激牙鲆鳃细胞系实验显示,在PGN、PolyⅠ:C和迟缓爱德华氏菌刺激下,PoNOD2表达上调。亚细胞定位显示,PoNOD2蛋白定位于牙鲆鳃细胞的细胞质中。在迟缓爱德华氏菌侵染牙鲆鳃细胞过程中,PoNOD2基因的过表达能够抑制细菌生长,并引起IL-1β、IL-6和IL-8等炎性细胞因子的表达上调。结果表明,PoNOD2在抑制迟缓爱德华氏菌生长以及调节牙鲆对病原菌的免疫应答中发挥重要作用。     

牙鲆脑垂体早期发育的组织学观察

垂体作为鱼类最重要的内分泌器官之一,在生长、发育、生殖以及其他一些内分泌相关生理活动中起重要作用。作者采用组织学方法观察了牙鲆的脑垂体发生,对不同发育时期的腺垂体细胞进行了初步鉴定。结果表明,孵化后1d仔鱼的间脑下方可见一实心细胞团,于孵化后3d迁移至间脑后方的漏斗体下,与来自漏斗体的神经内分泌细胞及其神经纤维结合共同形成脑垂体,前者形成腺垂体,后者则主要形成神经垂体。孵化后8d腺垂体分为中间部(Pars intermedia,PI)和外侧部(Pars distalis,PD)两部分。孵化后14d腺垂体分化为前外侧部(Rostral pars distalis,RPD)、中外侧部(Proximal pars distalis,PPD)和PI共3部分,为"前后型"脑垂体。稚鱼变态期间及变态完成后的幼鱼,各部分从"前后型"排列开始向"背腹型"排列转变。孵化后14d的牙鲆仔鱼中,PPD细胞多呈强嗜酸性,至变态完成后一直是PPD的主要细胞;PI靠近神经纤维的细胞呈强嗜碱性。孵化后42d的牙鲆幼鱼RPD中,与神经垂体相邻的少量细胞呈嗜碱性,而其下方细胞则呈嗜酸性。根据成体牙鲆激素分泌细胞的染色特征对上述各细胞类型进行了推测。     

3月龄牙鲆形态性状对体质量的通径分析

随机选取3月龄牙鲆Paralichthys olivaceus100尾,分别测量全长(X1)、体长(X2)、头长(X3)、体厚(X4)和体高(X5)共5个形态学指标和体质量(Y)。通过SAS软件进行相关性分析和回归分析,分别计算以形态性状为自变量对体质量的通径系数和决定系数,进而对各性状对体质量的影响进行剖分。明确影响3月龄牙鲆体质量的主要形态性状,为牙鲆选育提供数据支持和理想的测度指标。结果表明,各形态性状间及与体质量的相关系数均达到极显著(P0.01)。体长、体厚和体高对体质量的通径系数均达到极显著的水平(P0.01);所选形态性状对体质量的决定系数R2=0.945,表明所选形态性状是影响3月龄牙鲆体质量的主要性状。通过对各形态性状偏回归系数的显著性检验,剔除不显著的性状自变量后,建立最优的多元回归方程:Y=-4.988+0.763X2+2.997X+1.089X,各偏回归系数均达到极显著水平(P0.01)。