球孢白僵菌基因组密码子使用模式及其影响因素分析

球孢白僵菌Beauveria bassiana是一类成功用于全球生物防治的重要病原真菌,这是由于其宿主范围广及毒力多样化特性决定的.利用球孢白僵菌已公布全基因组数据,开展密码子使用偏好分析,以理解其基因组特征和宿主适应性.尽管通过密码子指数CAI,CBI,ENc的计算,认为球孢白僵菌密码子使用偏性较弱.但根据RSCU值鉴定最优密码子,发现球孢白僵菌基因组强烈偏好使用第三位碱基G/C的密码子,尤其是C结尾的密码子.对密码子第三位碱基进行PR2分析,发现球孢白僵菌密码子偏好性还表现在倾向于使用嘧啶结尾密码子,即U使用频率高于A,C使用频率高于G.该偏好模式通过相关性分析,认为核苷酸组成是影响球孢白僵菌密码子偏好性的一个重要因素.而ENc图和对应分析则表明除核苷酸组成外,球孢白僵菌密码子使用偏好还受到基因功能及其他多种因素的影响.中性绘图分析认为,球孢白僵菌密码子使用偏好受到外界选择下的定向突变压力作用,并推测该选择来自于其宿主.而该定向突变压力也是加快球孢白僵菌自身基因组进化和毒力多样化的一种动力,使其能适应在700多种昆虫宿主中寄生.     

基于生态学意义可视指标的乡村景观情景可视化评价

获得情景的关键就是辨识和归纳未来变化的方式、途径和关键要素,进而有的放矢地进行情景模拟。目前,一些研究开始通过增减某些关键景观要素来进行乡村景观情景可视化模拟,但还较少将基于生态学意义的可视景观指标运用到模拟的条件之中。本研究将基于生态学意义的可视景观指标应用到乡村景观情景可视化评价的情景设计之中。通过复杂性、自然性、开阔性、一致性和记忆表象5个可视景观指标的专家预期和基于GIS环境的客观分析,确定出不同情景的设计标准,并根据此标准生成原始现状景观、生态保护景观、集约生产景观和旅游休闲景观4个设计情景。通过当地居民、周边利益相关者以及在校学生对4个情景中的乡村景观进行评价,探讨了不同利益相关者对景观情景偏好的选择差异及影响因素。结果表明:参与者对集约生产景观情景普遍不感兴趣;越靠近当地的利益相关者对旅游休闲景观情景的偏好越强、对生态保护景观情景的偏好越弱;人们通过情景得到的感性认识和他们经过理性思考后的选择往往有差异,对景观主观判断上的差异很大程度来自于他们的个人生活背景。基于生态学意义的可视景观指标而构建的情景可视化对反映乡村景观变化、增强相关者决策与设计参与具有重要作用。     

上海和东京儿童户外活动偏好与需求调查

了解儿童的户外活动偏好与需求,对于儿童户外活动空间设计具有重要意义。选取上海和东京两个现代化都市的1 400名儿童进行问卷调查,运用定性与定量、对比与归纳相结合的方法,从户外活动态度、时间、场所、项目与内容、活动伙伴层面,分析两地儿童的户外活动偏好;从活动时间长度、场地空间规模、场地与设施质量、活动安全性,以及植物等环境层面,分析两地儿童户外活动的满意度与需求。研究发现,超过80%的儿童都喜欢户外活动,但上海儿童对户外活动时长、活动空间规模等的满意度远低于东京儿童,本文阐述两地的共性与差异化及其原因,对上海儿童户外活动空间的建设给出建议。     

不同收入农民公共基础设施需求比较研究——对安化县的调查

以湖南省安化县为例,采用实证研究的方法对不同收入农民公共基础设施需求进行了横向与纵向的比较,分析了不同收入农民对公共基础设施需求存在差别的原因,并提出了相应的对策,以便于政府结合财政能力与农民的实际需要确定公共基础设施的供给,使农村公共基础设施达到最优的供给。     

不同作物FAD2基因密码子偏好性分析

本研究运用多种软件对12种作物的FAD2基因进行密码子偏好性分析。结果表明:FAD2基因在12种作物中密码子使用偏好性差异很大,禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密码子数(Effec-tive Number of Codons,ENC)在30左右,为偏好性很强的基因;油料作物油菜和亚麻的FAD2基因的ENC值分别为45.49和48.58,为一般偏好性基因;另外6种油料作物和模式植物拟南芥的FAD2基因ENC值都大于50,偏好性较弱。玉米、水稻、高粱、油菜、亚麻、花生和拟南芥的FAD2基因偏好以G或C碱基结尾的密码子,其余5种油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T结尾的密码子。在12种作物中,密码子CTC的RSCU值都大于1,属于高频使用的密码子;而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC属于低频密码子。在聚类分析中,12种作物基于FAD2基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。     

猪黑皮质素受体1基因密码子偏好分析

遗传密码子是生命信息的基本遗传单位,每种氨基酸对应1⁶个同义密码子。特定物种在长期进化中形成了适应自身基因环境的密码子使用偏好。运用CHIPS、CUPS和CodonW程序分析猪黑皮质素受体1基因密码子偏好,并与牛、羊、小鼠、人等多种动物的黑皮质素受体1基因密码子偏好进行比较,以期为转基因动物育种提供依据。结果表明,猪偏好使用以C、G结尾的密码子(96.88%),且在整个编码区序列中G+C含量(67.81%)大于A+T(32.19%),该基因在猪体内表达水平很高(CAI=0.849),并且发现,猪的密码子偏好性与牛、犬等动物类似,明显不同于鲀、雀、獾、大猩猩等动物。要实现目的基因在猪MC1R基因中进行定点整合并成功表达和尽可能地提高其表达量,需对目的基因的部分密码子进行改造。     

总部基地景观视觉偏好初探

应用语义差别法,针对总部基地这一具有代表性办公空间的景观设计作为研究对象进行分析,在具有不同背景（性别、教育背景、年龄）人群中展开调查。通过搜集国内外相关办公空间的景观图片,以幻灯片播放的形式对受访人群进行调查,探究各类人群对景观的视觉偏好。通过分析发现,具有不同的人群对此类空间景观偏好基本一致,并无明显区别,而相对来说,专业人员对景观的敏感度更高一些。希望该研究能为今后此类景观空间的设计提供新的设计思路。     

柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

基因组中的基因和基因密码子组成不同使柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)与家蚕核型多角体病毒(BmNPV)间不能交叉感染。通过计算有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、GC含量、GC3s含量、密码子适应指数(CAI),比较分析ApNPV和BmNPV同义密码子使用模式差异。ApNPV和BmNPV的密码子偏好性均较弱,但二者的ENc值和GC含量差异显著;除碱基组成外,还存在其它因素影响密码子使用模式,但各影响因素的贡献率均较低,在基于密码子使用频率的对应分析中BmNPV的第1、第2向量轴贡献率均低于ApNPV;ApNPV的基因表达水平与GC含量、GC3s含量以及ENc值极显著相关(r分别为0.418、0.735、-0.628,P=0.000),而BmNPV的基因表达水平只与GC3s含量呈弱相关(r=0.214,P=0.010)。分析结果显示,ApNPV和BmNPV的密码子偏好性虽均较弱,但同义密码使用模式及其影响因素存在差异。     

再探偏好逆转现象

通过两个实验,探讨了不同性质问题下的偏好逆转现象.实验一结果发现,在两种不同的决策方式下,在两类性质的问题上都出现了偏好逆转现象;实验二在控制了决策方式的情况下发现,仅在个体问题上存在偏好逆转现象,而群体问题上并没有出现偏好逆转现象.研究结果说明,决策方式和问题性质可能都会影响人们的决策偏向.     

沈阳城市公园植物景观美学质量测定方法研究--美景度评估法、平均值法和成对比较法的比较

运用心理物理学派研究方法,对沈阳城市公园植物景观美学进行了公众审美偏好程度的研究,并系统地分析和比较了常用的心理物理学派美景度测定与统计方法———美景度评估法(scen ic beauty estim ation)、平均值法(average visual quality)和成对比较法(pairw ise comparison)。本研究选择了15张反映城市公园植物景观的彩色照片,向公众进行了当面问卷调查。调查数据分别利用美景度评估法、平均值法、层次分析法进行了美景度代表值的统计。结果表明:(1)城市公园植物景观的美学质量评价可以通过基于照片媒介的心理物理学研究方法而完成,公众对于不同评价样本的审美偏好是有差别的;(2)本研究中采用3种美景度代表值统计方法获得的最终结果显示,3种方法无显著性差异;(3)通过3种评价方法表现均为较好与较差的评判样本B13与B04来看,样本间存在明显的差异,比如植物本身的形态特征、遮荫效果和空间感等等。但这些特征是否是影响评判结果的关键因素,还有待进一步研究加以验证。