基于4300 DNA分析系统的茶树SSR发掘方法优化与建立

简单序列重复（Simple sequence repeats, SSR）在茶树遗传与育种研究中具有重要的作用,基于4300 DNA分析系统的SSR发掘具有通量高、准确和灵敏等特点,已被用于许多物种的分子标记研究,但在茶树的相关研究中尚未见报道。本研究应用单因素试验和L₉(3⁴)正交设计试验对影响茶树SSR-PCR的主要参数进行优化,建立了适合于4300 DNA分析系统的茶树SSR-PCR反应体系：1.0 μL DNA（25 ng·μL^-1）,0.2 μL M13F-F、0.2 μL R和0.4 μL IR-M13F,0.8 μL dNTPs（25 mmol·L^-1）,1.0 μL 10×Buffer（含Mg²⁺）,0.1 μL Ex-Taq聚合酶（5 U·μL^-1）,无菌水定容至10 μL。所有引物浓度均为1 μmol·L^-1。同时,本研究还证明,可以以自行配制的6.5%聚丙烯酰胺凝胶溶液（acry:bis=29:1）替代4300 DNA分析系统指定凝胶溶液,检测SSR位点。     

香菇SSR—PCR技术体系的优化及其在遗传多样性分析中的初步应用

为建立稳定的香菇SSR技术体系,采用L16(45)正交试验设计,对影响香菇SSR-PCR的主要因素进行了优化筛选,建立了最佳的反应体系.在20μl反应体系中,包含1.5 mmol/L Mg2+,75 ng模板DNA,0.25 mmol/L dNTPs.0.50 μmoI/L引物及1.5U Taq酶.梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为62℃.以该体系为基础,应用5对引物扩增8个香菇菌株的基因组DNA,扩增条带清晰稳定,聚类分析结果能较好地反映供试菌株的地理来源关系.以0.5的相似性为分割点,8个菌株可分成2大类群.类群Ⅰ主要由北方菌株组成,类群Ⅱ由南方菌株组成.该研究为SSR标记技术在香菇分子生物学研究方面的应用奠定了基础.     

二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg~(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。     

广西莪术SSR-PCR反应体系优化和引物筛选研究

以广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)嫩叶为材料,采用单因素和正交试验设计建立和优化SSR-PCR反应体系和反应程序,对最适宜退火温度(Tm)进行筛选优化,对17对已公布的姜黄属通用性引物进行扩增试验,筛选出多态性好、条带清晰的引物。结果表明,建立了适合广西莪术SSR分析的反应体系和扩增程序,即在15μL体系中,DNA模板为30 ng/μL,3μL,Mix(包含DNTP、Mg2+、1×buffer、Taq酶)为5μL,dd H2O为6μL,引物为各0.5μL时,分析效果较好,扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性30 s,根据不同引物的退火温度复性30 s,72℃延伸1.5 min,共35个循环;最后72℃延伸5 min;反应结束后,4℃保存。同时筛选出在试验材料中能产生较清晰主带的引物共12对,初步验证了应用SSR分子标记分析在广西莪术遗传多样性的可行性。     

杉木SSR-PCR体系优化

SSR-PCR反应体系优化是杉木SSR标记研究的基础.利用正交L16 (45)设计实验对杉木SSR-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5个因素的4个水平进行优化试验.并在正交直观分析和方差分析的基础上,分别对Mg2+、dNTPs进行单因素确定.获得的最佳反应体系为:在20 μL反应体系中,Mg2浓度为1.0mmol/L,引物浓度为0.25 μμmol/L,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,Taq酶为0.05 U/μL,DNA为30 ng,10×PCR Buffer 2μL,不足部分用双蒸水补齐至20μL.在最佳反应体系的基础上,采用单因素实验确定了引物的最佳退火范围为63～53℃.利用此反应体系对10个F1代杉木材料及其亲本,进行4对SSR标记进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定.说明此体系适合进一步的杉木SSR研究工作.     

Optimizing SSR-PCR system of Panax ginseng by orthogonal design

An orthogonal design was used to optimize SSR-PCR amplification system using Panax ginseng genomic DNA as template. Four levels of five factors （DNA template, Taq DNA polymerase, Mg^2＋, primer, and dNTP） and annealing temperature have been tested separately in this system. The results demonstrated the reaction efficiency was affected by these factors. Based on the results, a stable, productive and reproducible PCR system and cycling program for amplifying a ginseng SSR locus were obtained： 20 μL system containing 1.0 U Taq DNA polymerase, 2.0 mmol·L^-1 Mg^2＋, 0.2 mmol·L^-1 dNTPs, 0.3 μmol·L^-1 SSR primer, 60 ng· μla^-1 DNA template, performed with a program of 94℃ for 5 min, 94℃ for 30 s, annealing at 56.3℃ for 30 s, 72℃ for 1 min, 37 cycles, finishing at 72℃ for 7 min, and storing at 4℃.     

割手密(S.spontanuem L.)SSR-PCR反应体系的优化

以广西割手密(S.spontanuem L.)79-9为材料,利用SDS法提取基因组DNA,采用正交试验设计优化建立了一套适用于割手密的SSR-PCR反应体系,即在25μL反应体系中包含10×PCR Buffer(Mg2+free)、模板DNA30 ng、Mg2+2.5 mmol/L、dNTP 0.24 μmol/L、引物0.6μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对其它4份割手密进行了检验,扩增带型清晰,证明该体系稳定可靠.     

烟蚜两种微卫星标记银染方法的比较

实验比较了烟蚜SSR-PCR产物聚丙烯酰胺凝胶电泳两种改良银染方法,目的是为初用者在选择银染方法时提供参考。用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测烟蚜SSR-PCR的产物,结果表明银染方法二灵敏度高、简便省时,更适于对烟蚜遗传多样性的研究。     

苦楝SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

[目的]借鉴以往楝属文献报道的SSR引物,筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝SSR引物,为苦楝遗传图谱构建、QTL定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础.[方法]本研究采用单因素法和正交试验设计进行SSR-PCR反应体系优化,并利用该体系以8个不同种源的苦楝基因组DNA为模板,从135对候选SSR引物中进行引物筛选.[结果]苦楝SSR-PCR最优反应体系为:1.0 μL 50 ng·μL^-1模板DNA,1.2 μL 100 μmol·L^-1引物,1.0 μL 10 mmol·L^-1 dNTPs,0.8 μL 25 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.15 μL 5 U·μL^-1 Taq酶,1.5 μL 10×Buffer,补ddH₂O至15 μL;最终筛选出15对具有高度多态性、稳定性高、重复性好的SSR引物.[结论]本研究成功优化了苦楝SSR-PCR反应体系,并成功筛选出15对适用于苦楝的SSR引物.     

正交设计优化稻瘟病菌SSR-PCR反应体系

[目的]筛选最佳的稻瘟菌SSR—PCR反应体系。[方法]利用正交设计对稻瘟菌SSR—PCR反应体系中的5个因素（TaqDNA聚合酶、Mg2＋、模板DNA、dNTP、引物）在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平并进行退火温度梯度试验筛选最佳的退火温度。[结果]稻瘟菌SSR-PCR反应的最佳体系为：反应总体积为20μl,raqDNA聚合酶1．0U,Mg^2＋ 2．0mmol／L,DNA100ng,dNTP50la,mol／L,引物（ms355～356）0．4μmol/L,最佳退火温度为58．5℃。在此体系下可从稻瘟菌材料基因组DNA中扩增出300bp左右清晰的目的条带,说明该体系稳定,适用于稻瘟菌基因组DNA的SSR标记。[结论]该研究为稻瘟菌的分子标记、遗传多样性研究和分子育种奠定了基础。