长蒴母草黄脉病毒——一个双生病毒的新种

 从采集于海南儋州地区表现黄脉症状的长蒴母草(Lindernia anagallis)上分离到病毒分离物L2, DNA-A全序列分析结果表明, 全长2739个核苷酸(nt)(GenBank登录号:AY795900), 共编码6个ORF, 其中病毒链编码AV1(CP)、AV2, 互补链编码AC1、AC2、AC3、AC4。利用BLAST程序对DNA-A进行分析表明, 与L2 DNA-A有同源关系的病毒均为双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)成员。进一步比较发现, L2 DNA-A与我国广东报道的广东番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Guangdong virus, ToLCGuV)(AY602165)全基因组核苷酸序列的同源性最近, 仅为77.0%, 说明L2为Begomovirus中的一个新种, 命名为长蒴母草黄脉病毒(Lindernia anagallis yellow vein virus, LAYVV)。与L2的IR区及各基因编码的氨基酸序列有最高同源性的病毒均来源于亚洲。利用DNA-B特异引物和DNA-β的特异引物, 均未检测到DNA-B和卫星DNA-β的存在。     

Development of a spot plow providing complete inversion for effective weed control

Tillage for the "complete inversion" of soil, that is, overturning soil slices 180° was proposed, a "spot plow" was developed and tested to accomplish the task, and a simulation model was evaluated to demonstrate the efficacy of the plow on weed control. A 360 mm wide spot plow was designed to operate at a speed of 1.9 m s⁻¹ for the spot plowing with the least possible lateral displacement of the soil slice by utilizing the inertia of the soil slice and securely rotating it. In field experiments, complete spot inversion required an operating speed of at least 1.6 m s⁻¹; at lower speeds, a portion of the soil block was left half-inverted and further lowering led to considerable lateral displacement. The displacement in the forward and lateral directions was minimal, implying that spot plowing is suitable for potential application to and verification of the weed population dynamics model in the field. A simple linear matrix model of the population dynamics of annual weeds was proposed, whereby four layers of soil were set to describe tillage and other ecological events. The effect of tillage on weed control was evaluated by the equilibrium reproduction rate allowed to sustain a stable population of weeds. The simulation model showed that alternately changing the depth of spot plowing had a significant effect on controlling weeds of low-survival-rate seeds, even when some incomplete inversion of the soil slice was taken into account.     

成套小样园作为典型众数抽样调查单元的方法

本文介绍了用成套小样园作为典型众数抽样调查单元的方法测定两个不同林分小班的蓄积，并与用点抽样和不同形状样地的系统抽样结果相比较，表明用成套小样园作为典型众数抽样调查单元的方法能满足９０％以上的精度，而且工效很高；作者也探讨了使用此法的条件．     

内蒙古平原灌区优质高产春玉米综合配套技术浅析

本文从品种选择、宽行密株合理密植,科学灌水,平衡施肥,地膜覆盖,土壤条件及培肥,病虫草害防治,精耕细作与机械配套相结合等8个方面,简要分析了公顷产量12.75t～16.50t优质春玉米的综合配套技术.     

Ecology,physiology and genetics of a phycodnavirus infecting the noxious bloom-forming raphidophyte <Emphasis Type="Italic">Heterosigma akashiwo</Emphasis>

Abstract:   Heterosigma akashiwo virus (HaV) is a large icosahedral virus (∼0.2 μm) harboring a double-stranded DNA (dsDNA) genome (∼294 kbp). The virus is the only member of the genus Raphidovirus in the family Phycodnaviridae. Since its first discovery, a number of ecologic, physiologic and genetic studies about HaV have been conducted; especially, the relationship between H. akashiwo and HaV in nature was studied and viral infection is now regarded as a significant factor influencing the dynamics and termination of H. akashiwo blooms. HaV infection has considerable impacts on H. akashiwo populations in both aspects of fluctuation in biomass (quantity) and changes in clonal composition (quality). Partial sequencing of the HaV genome revealed that a number of genes showed considerable similarity to those of other protist-infecting viruses; still, the phylogenetic position of HaV suggested a number of enigmas in host–virus coevolution. Here are summarized the ecology, physiology and genetics of HaV especially from the viewpoint of the host–virus relationship.     

圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化

利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。     

全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。     

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。     

猪基因组结构变异研究进展

结构变异（structural variation,SV）广泛分布在基因组中,并主要以缺失、插入、重复、倒位和易位的形式出现。SV可以通过不同的机制直接或间接影响基因剂量,从而导致畜禽的表型变异,甚至引起疾病。随着分子生物学的发展和新基因组技术的进步,SV在猪基因组的研究越来越多,主要包括繁殖性状、肉质性状、生长性状、毛色、疾病等。本文参考了国内外相关报道,对SV的定义、分类、形成机制、检测方法以及在猪基因组的研究进展进行综述,并对目前SV研究存在的问题提出了建议以及未来的研究趋势进行了展望。