巴西橡胶树TCTP基因结构分析及分子标记开发

翻译控制肿瘤蛋白(translationally controlled tumour protein,TCTP)是生物体中一种普遍存在且高度保守的蛋白.作为一种多功能蛋白,TCTP在各种复杂的生命活动中发挥重要作用.本研究根据已知的HbTCTP cDNA序列设计引物,对PCR扩增产物测序获得HbTCTP基因组序列.比对HbTCTP基因组和cDNA序列发现HbTCTP由4个内含子和5个外显子组成,内含子与外显子剪接处符合GT/AG法则.根据HbTCTP序列及基因结构信息开发简单重复序列(SSR)和内含子长度多态性(ILP)标记,并在10个橡胶树品系中分析SSR和ILP标记多态性.结果表明,SSR和ILP标记在10个橡胶树品系中均出现多态性,多态性分别由SSR重复次数多少和内含子长短引起.     

用牛血清白蛋白改善荸荠基因组DNA的RAPD扩增

在荸荠基因组ＤＮＡ的ＲＡＰＤ（随机扩增多态性ＤＮＡ）扩增中,具合适浓度和片段长度的ＤＮＡ常常在适宜条件下无法扩增。这种现象常在干燥叶状茎ＤＮＡ的扩增中发生。提取的ＤＮＡ中存在一些ＲＡＰＤ（或ＰＣＲ）抑制剂可能是ＲＡＰＤ扩增失败的原因。多糖、多酚和其他...     

AFLP技术的发展及其应用

扩增片段长度多态性（ＡＦＬＰ）被称为“下一代分子标记”,是检测ＤＮＡ多态性的一种新技术。该技术在农作物、蔬菜、林木、果树等植物的种质鉴定、遗传多样性分析、构建遗传图谱、基因定位和标记辅助育种等方面得到应用。     

中国肉牛单核苷酸多态性个体识别体系构建

[目的]筛选一套能用于我国肉牛进行大规模亲子鉴定的SNP体系。[方法]运用HAPMAP数据结合文献寻找可用于我国肉牛亲子鉴定的SNP位点,筛选SNP位点及确定数目,运用相关公式计算其个体识别力和筛选结果的可信度。[结果]依据筛选标准共选择出38个符合标准的SNP位点,平均多态信息含量为0.364 5,平均观察杂合度为0.478 0。[结论]经分析38个SNP位点多态信息含量、个体识别力及累计个体识别力均符合等位基因数、杂合度、个体识别力等方面的要求,可用于我国大规模肉牛厂进行SNP个体识别鉴定需求。     

栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的MSAP分析

运用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术对栉孔扇贝(♀)、虾夷扇贝(♂)及其杂交子一代、子二代基因组DNA胞嘧啶甲基化水平进行了研究,并分析了DNA甲基化与各性状的相关性及其与杂种优势的关系。结果表明,(1)DNA甲基化率与壳宽、总重等表型值呈正相关的关系,而与壳长、壳高、软体重和闭壳肌重4个性状表型值呈负相关的关系,其中闭壳肌重与甲基化率的相关性达到极显著水平(P<0.01);(2)虾夷扇贝、栉孔扇贝、F1代、F2代的总甲基化率分别为32.79%、24.13%、19.98%、20.18%,杂交种F1代的甲基化水平低于双亲,是两种扇贝杂交的结果;F1代的甲基化模式经过了重新调整,其变化相对其亲本主要有4种类型:甲基化水平相同、去甲基化、超甲基化、次甲基化,且去甲基化位点多于超甲基化位点。结果证实杂种优势的产生与杂交种F1代基因组DNA甲基化模式的改变和重新调整有关,丰富了杂种优势机理研究内容。     

多子领春木RAPD反应体系的研究

利用RAPD(随机扩增多态性DNA)技术对濒危植物多子领春木进行了RAPD反应体系的研究.以多子领春木叶片为材料,采用改良的CTAB法提取其基因组DNA,进行RAPD反应条件的优化.通过单因子试验,分别研究了模板DNA用量、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq酶的用量和引物浓度对RAPD反应的影响,建立了适于多子领春木RAPD分析的有效稳定的反应体系,即在25μL总反应体系中,模板DNA的最适用量为10 ng、Mg2 的适宜浓度为2.0 mmol·L-1、dNTPs的适宜浓度2.2 mmol·L-1、Taq酶的用量为1U、随机引物的浓度以2.5 μmol·L-1为佳.     

酉州乌羊MC1R基因的克隆鉴定、生物信息学及多态性分析

MC1R是影响皮肤色素沉着中黑皮素系统的重要基因,通过信号分子的相互作用影响黑色素的生成。为探究酉州乌羊 MC1R的生物学特性,本研究对酉州乌羊MC1R进行了分离鉴定、生物信息学分析。结果表明,酉州乌羊皮肤组织MC1R基因的CDS序列为954 bp,共编码317个氨基酸,酉州乌羊与各物种MC1R具有较高同源性。酉州乌羊MC1R编码蛋白的分子式是C₁₆₀₃H₂₅₆₅N₄₁₁O₄₁₀S₂₂,其为疏水蛋白,有7个α-螺旋组成的跨膜结构域和3个保守功能结构域,MC1R氨基酸序列大部分都用于构成α-螺旋。此外,酉州乌羊MC1R基因c.676A>G突变,其编码的氨基酸由赖氨酸转变为谷氨酸,位于受光刺激和G蛋白配体结合的保守结构域上,氨基酸的异义替换还造成了酉州乌羊MC1R空间构象的差异。而对重庆市山羊群体多态性检测发现,山羊MC1R基因c.676A>G变异位点在重庆合川白山羊、巫溪白山羊、本地白山羊、酉州乌羊中共享,且c.676A>G位点的各基因型在皮肤白色和乌色山羊群体中的分布差异不显著(P>0.05)。本研究初步揭示酉州乌羊MC1R的序列特征和蛋白结构,为酉州乌羊MC1R影响皮肤色素沉积的分子机制研究提供了理论数据。     

黄土高原地区生长季参考作物蒸散量对主要气象要素的敏感性分析

为预测气候因子变化引起的区域参考作物蒸散量(ETo)的变化,以黄土高原地区为研究区,运用FAOPenman-Montieth方程计算了68个站点1961-2010年生长季参考作物蒸散量,并计算其对平均气温、太阳辐射、风速和实际水汽压的敏感系数,最后分析了敏感系数的时空变化特征.结果表明,黄土高原地区生长季ETo对实际水汽压最敏感,其次是太阳辐射和平均气温,对风速的敏感性最低;平均气温的敏感系数和实际水汽压敏感系数绝对值呈单峰型分布,二者分别在7月、9月达到最大值,太阳辐射敏感系数表现为持续上升趋势,风速敏感系数波动幅度最小,其值在4月最大;生长季气候因子敏感系数的空间差异性显著,平均气温敏感系数西部明显大于东部,太阳辐射敏感系数在高海拔地区形成高值区,风速敏感系数在西风带Ⅳ区形成高值区,实际水汽压敏感系数在黄土高原湿润地带最大.     

黄河流域干旱时空变化特征及其气候要素敏感性分析

利用黄河流域102个气象站点1961-2013年气象数据,选用相对湿润度指数作为干旱指标,探讨年尺度和季节尺度干旱的时空分布特征,并尝试利用偏导数方法计算分析相对湿润度指数的气候要素敏感性及其与气候要素间的相关关系。结果表明：黄河流域上游旱情比中游和下游地区偏重,春夏秋冬各季分别处于中旱、轻旱、中旱和特旱状态,全年尺度处于特旱程度,季节和全年尺度的相对湿润度指数均呈现从西北到东南递增的变化趋势,春季、秋季和全年尺度特旱区域主要分布在陕西、山西、宁夏北部以及内蒙古地区,而气象干旱减缓的站点主要分布在黄河流域上游地区,干旱增强的站点主要分布在黄河流域东南部。相对湿润度指数对太阳辐射和相对湿度呈正向敏感,对温度和风速呈负向敏感。上游和中游地区夏季相对湿润度指数最敏感要素分别为太阳辐射和平均温度,全流域春季、秋季、冬季和全年尺度对相对湿度最敏感。全流域春季和夏季与相对湿润度指数相关性最强的要素均为相对湿度,上游和下游地区秋季的主控要素为太阳辐射,上游、中游和下游地区冬季则分别与温度、风速和风速相关性最强。全年尺度上,上游、中游和下游地区相对湿润度指数变化的主控要素则为太阳辐射、相对湿度和相对湿度。     

耐药基因blaTEM-1、blaIMP-3、fosA3多重重组聚合酶扩增(RPA)快速检测方法的建立和应用

为了建立同时检测多种耐药基因的快速检测方法,本研究以bla_TEM-1、bla_IMP-3、fosA3基因保守序列设计特异性引物,经优化反应条件,建立恒温检测上述3种耐药基因的多重重组聚合酶扩增(RPA)方法。条件优化结果显示,所建立的RPA方法在引物浓度为480 mmol/L,37℃恒温反应20 min时检测效果最佳。该方法对携带bla_TEM-1、bla_IMP-3、fosA3基因的菌株能扩增出条带,阴性菌株无条带,特异性高;对bla_TEM-1、bla_IMP-3基因的最低检出限为1.8×10¹拷贝/μL,对fosA3基因的最低检出限为1.8×10²拷贝/μL,敏感性较强。用多重RPA方法对浙江省内水产养殖环境及生物体中分离到的400株菌株进行检测,养殖用水分离菌株的bla_TEM-1、bla_IMP-3和fosA3检出率分别为81.00%(81/100),11.00%(11/1...