新发林麝环状类病毒的鉴定和分析

利用病毒宏基因组学(viral metagenomics)方法,本研究从95份林麝粪便样品中检测到1株新型圆环病毒样(Circovirus-like)病毒,经过拼接获得其全基因组序列,该毒株命名为ls-cyc.其基因组全长约3552 nt,GC含量39.00％,含有2个开放阅读框(ORF),即ORF1和ORF2.其中O...     

燕麦C基因组反转录转座子分离与特异性标记的建立

燕麦属是禾本科中重要的属,其中,栽培燕麦是一种营养价值很高的粮、经、饲、药多用途作物,而野生物种中则含有多种优良农艺性状基因,是遗传改良的重要资源。基因组和染色体特异性的分子标记是分子育种工作的重要工具,以燕麦属不同倍性和基因组物种为材料,利用300条随机引物(random amplified polymorphic DNA,RAPD),从燕麦C基因组中筛选到一条基因组特异性序列OPR51655;比对和原位杂交发现,OPR51655为一Ty1-copia型反转录转座子重复序列,其同源序列分布于除端部和着丝粒外的整个染色体臂上;根据OPR51655建立了燕麦C基因组特异性(sequence-characterized amplified region,SCAR)标记,利用该标记能有效地检测燕麦栽培种和野生种中的C基因组染色质。     

牛乳头瘤病毒基因2型流行株全基因组的克隆及序列分析

为了解牛乳头瘤病毒（Bovine Papillomavirus,BPV）新疆流行株基因型及其基因组遗传变异情况,用乳头瘤病毒L1基因简并引物 FAP59/FAP64对新疆沙湾县奶牛皮肤肿瘤组织样品进行PCR扩增,测序后确定,BPV基因型;设计6对BPV基因型特异性引物,经扩增、测序、拼接后获得BPV流行株全长基因组序列。 L1基因序列分析表明,BPV2 SW01流行株为BPV 2基因型;该毒株基因组全长7 944 bp,包括 E6、E7、E1、E8、E2、E4、E3、E5、L2和 L1 10个开放阅读框（ORF）。遗传进化树分析显示,BPV2 SW01归于Delta乳头瘤病毒属,与BPV 1和BPV 13进化关系最近。     

川农教授揭开水稻“纹枯病”之谜

<正>每年夏季,成都平原上的水稻总会遭到"纹枯病"的侵袭,发作时能让亩产减少一半,但人们对它束手无策。近日,一篇名为《水稻纹枯病菌的进化和病原机制》的论文在《自然通讯》上发表,揭开了"纹枯病"的致病之谜。论文的第一作者为四川农业大学水稻研究所研究员郑爱萍。从2008年起,郑爱萍就与同校的李平教授一     

芸薹属作物异附加系的研究进展

 综述了芸薹属作物异附加系的培育概况、鉴定方法及应用前景,分析讨论了存在的问题及今后的发展方向。     

基因枪介导红叶石楠遗传转化因素分析

 以红叶石楠（Photinia fraseri）的胚性愈伤组织为受体材料,利用基因枪法导入外源抗寒基 因rd29A,以期建立基因枪转化红叶石楠的技术体系。结果表明,基因枪转化红叶石楠的最佳组合条件为： 胚性愈伤组织在诱导培养基MS + 6-BA 2.0 mg · L-1 + NAA 5.0 mg · L-1 + 2,4-D 0.5 mg · L-1 + 琼脂5.0 g · L-1 + 蔗糖20 g · L-1 里,用0.3 mol · L-1 甘露醇处理15 ~ 16 h;基因枪轰击时添加12.5 mol · L-1 氯化钙 50 μL + 0.1 mol · L-1 亚精胺50 μL,每枪含金粉300 μg + 质粒DNA 3.0 μg,轰击距离9 cm,轰击压力1 100 psi, 轰击次数1 次。经多次筛选获得了6 株转基因植株,转化植株经PCR 检测和Southern 分析,证实了rd29A 已经整合到红叶石楠基因组中。     

美国：完成几种蔷薇科植物的基因组测序

美国华盛顿州立大学的研究人员新近完成了4个蔷薇科植物的基因组测序,包括金冠苹果、Comice梨、扁桃和Stella甜樱桃,至此,梨成熟期的不可预测已成为过去式。这一研究成果有助于研究人员更好地了解蔷薇科植物,包括果实成熟进程以及病虫害防御机制等,帮助果农和生产商家解决生产中所面临的害虫和旱涝等自然灾害问题,保障这些作物在不良的外部条件下依然有好的收成。     

多酚氧化酶基因NtPPOE差异表达的效应分析

为研究烟草中多酚氧化酶基因的功能,本研究从GenBank中挑选一个烟草多酚氧化酶基因Polyphenol oxidase E(基因登录号:NW_015916967.1),命名为NtPPOE。构建NtPPOE基因的CRISPR载体和超表达载体,分别得到NtPPOE基因抑制/过量表达的转化植株。研究表明,基因敲除植株NtPPOE基因相对表达量降低,PPO活性降低,多酚类物质含量升高;超表达植株NtPPOE基因相对表达量升高,PPO活性升高,多酚类物质含量降低。NtPPOE基因表达量与PPO酶活性呈正相关,与多酚类物质含量呈极显著性负相关,NtPPOE基因的表达影响了烟草多酚代谢。本研究通过分析NtPPOE基因差异表达产生的效应,初步验证了NtPPOE基因的功能,并得到了NtPPOE基因抑制/过量表达的突变植株,为PPO基因功能研究和不同PPO活性品种的育种提供材料基础。     

流式细胞术测定5种苔藓植物的基因组大小

作为藻类和维管植物之间的过渡类群,苔藓植物不仅占有重要的进化地位,它同时可作为园艺上的观赏植物。目前对很多苔藓植物的培养条件、基因组大小等信息非常缺乏,且已进行基因组测序的苔藓物种较少,这些都严重制约了苔藓植物系统学的研究和资源利用。本研究以基因组大小为942 Mb的野生番茄(Solanum pennellii)为内标,采用流式细胞术对5种苔藓植物的基因组大小进行测定,结果表明,拟短月藓(Brachymeniopsis gymnostoma)的基因组大小约为391.40 Mb,绒叶青藓(Brachythecium velutinum)的基因组大小约为386.96 Mb,尖叶梨蒴藓(Entosthodon wichurae)的基因组大小约为441.01 Mb,桧叶白发藓(Leucobryum juniperoideum)的基因组大小约为493.21Mb,明叶藓(Vesicularia montagnei)的基因组大小约为337.94Mb。本研究为苔藓植物的全基因组测序、分子生物学研究、亲缘进化研究以及园艺苔藓品种开发和育种等方面提供重要信息。     

化香属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

为探究化香属植物叶绿体基因组密码子使用特征,本研究利用CodonW、CUSP和SPSSAU软件分别对圆果化香和化香两种化香属植物的叶绿体基因组密码子使用模式进行分析。结果表明:圆果化香和化香叶绿体基因组蛋白编码序列的GC含量分别37.75%和37.80%,密码子第3位碱基GC含量分别为27.16%和27.25%。有效密码子数在35.19～56.98之间,超过2/3的基因ENC值大于45,表明密码子偏好性较弱。中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。结果表明:化香属叶绿体大部分基因的密码子偏好性受到自然选择的影响,同时也有部分基因受到突变压力的影响;以ENC值为标准,确定了5组高表达基因和5组低表达基因,共筛选出18个最优密码子,其中16个以A/U结尾。本研究能够为叶绿体基因组密码子优化、提高外源基因表达效率以及系统进化的相关研究提供依据。