家兔ATG16L1基因多态性与非特异性消化道紊乱易感性的研究

为了研究家兔ATG16 L1基因对非特异性消化道紊乱的易感性,试验采用PCR-HRM 技术,首次对家兔ATG16L1基因进行单核苷酸多态性（ SNP）检测,同时结合低纤维群体结肠ATG16L1基因 mRNA表达量进行关联分析。结果表明：ATG16L1基因存在1个SNP位点（ c．1482 G＞A）与NSDD的易感性相关联;c．1482 G＞A位点A等位基因能增加NSDD的易感性（OR ＝1．43,95％置信区间：1．08～1．91,P ＜0．05）;在隐性遗传模型中,AA基因型能增加NSDD的易感性（OR ＝1．69,95％置信区间：1．05～2．78,P ＜0．05）;ATG16L1基因在结肠中的mRNA表达量随着炎症的加剧显著升高（P ＜0．05）;AA基因型在整个低纤维诱导NSDD组中的表达水平最低（P ＜0．05）。这些结果均表明,ATG16L1基因与家兔NSDD的遗传易感性相关。     

利用16S rDNA基因序列进行害竹飞虱(半翅目:飞虱科)的分子鉴定

采用DNA测序技术测定了中国飞虱科5属10种15个地理种群的线粒体16S rDNA基因长约480 bp片段的序列,分析了其序列组成及变异特征.所获序列中,A+T约占77.5％,其中,190个核苷酸位点发生了变异(约占39.6％).利用MEGA 4.0软件计算遗传距离,外群与内群的遗传距离平均值(0.317)最高,内群各属间和各属内遗传距离平均值(分别为0.209和0.132)次之,而种内不同地理种群间的遗传距离平均值(0.013)最低.构建了10种飞虱科昆虫的MP和NJ分子系统树,结果显示:各属飞虱基本上形成单系群;各种飞虱各自不同地理种群均聚为一支,构成一单系群,可以很好的区分不同种类的飞虱.上述结果与形态学研究结果非常吻合.     

罗非鱼无乳链球菌鉴定及基于cfb和16S rRNA基因同源性分析

为进一步阐明不同宿主不同地区无乳链球菌之间的关系,本研究从细菌形态学、生理生化、16S rRNA和cfb基因等方面,鉴定了2009—2011年广东、海南等地区的25株罗非鱼链球菌病原。同时结合全球不同宿主来源的84株链球菌16S rRNA 基因序列,利用 Modeltest 3.7、MEGA 3.0、MrBayes 3.0 b4进行综合系统发育分析。结果表明：2009—2011年罗非鱼链球菌病原均为无乳链球菌且它们在进化上聚为一个支系,说明2009—2011年广东、海南等地区罗非鱼无乳链球菌病原具有相同的起源。此外,罗非鱼无乳链球菌与法国人源、美国人源、牛源以及日本猪源等无乳链球菌均以高支持率(100)聚在一个支系,说明全球不同宿主来源的无乳链球菌亦具有相同的进化起源,同时也证明了中国罗非鱼无乳链球菌的潜在人畜共患性,这是国内首次对不同宿主无乳链球菌进行系统发育研究。     

A study on bacteria associated with the intestinal tract of farmed yellow seahorse,Hippocampus kuda (Bleeker, 1852): characterization and extracellular enzymes

The microenvironment of bacteria associated with the gastrointestinal tract of an animal influences the host in many ways, including the metabolism of several nutrients. Isolation, molecular characterization and enzymatic activities of culturable bacteria associated with the gastrointestinal tract of hatchery‐reared oceanic yellow seahorse, Hippocampus kuda, were investigated in the present study. 16S rRNA sequencing of bacterial isolates yielded 10 different bacterial genera belonging to two major groups: proteobacteria (62.9%) and firmicutes (37.03%). The predominant microbial flora belonged to the genera Vibrio spp., Enterovibrio sp. and Bacillus spp. Burkholderia cenocepacia, hitherto unreported from the gastrointestinal tract of marine fish, was retrieved from the seahorse gut, albeit in small numbers. Enzymatic studies indicated that the bacterial isolates possess the ability to degrade lipids, cellulose, xylan, starch and proteins. Lipase activity was exhibited by a majority of the isolates (70.4%), indicating that the bacterial flora associated with the intestinal tract of seahorses is capable of digesting foods rich in lipids. The possible implications for the role of these bacteria in the digestion and physiological processes are discussed. To our knowledge, this is the first time that the characterization and enzymatic activities of bacteria associated with the intestinal tract of farmed seahorses have been reported.     

毛竹(Phyllostachys edulis)PheGT8和PheGT16基因的克隆与表达分析

三螺旋转录因子在植物响应非生物胁迫过程中具有潜在的作用。本研究通过对毛竹(Phyllostachys edulis)中2个三螺旋转录因子基因进行生物信息学分析,并对其在不同胁迫条件下的表达水平进行研究,初步解析毛竹三螺旋转录因子基因的功能。本研究克隆得到2个毛竹三螺旋转录因子基因PheGT8和PheGT16,发现这两个基因在低温、干旱、盐胁迫以及脱落酸(abscisic acid,ABA)、吲哚-3-乙酸(indole-3-acetic acid,IAA)、水杨酸(salicylic acid,SA)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理时,表达均呈现了不同程度的上调或下调,表明这两个基因参与了毛竹应对非生物胁迫的应答过程,具有潜在的调控作用。     

不同来源可溶性有机质对稻田土壤中砷甲基化的影响

以湖南省石门县雄黄矿区砷污染水稻土为试验用土,采用离心管培养试验探究了由猪粪、牛粪、鸡粪和水稻秸秆制备的4种可溶性有机质(DOM)对土壤中砷甲基化的影响。结果表明:添加不同有机碳(TOC)浓度的DOM可显著改变水稻土壤中砷的形态,且不同处理中各形态砷含量均随TOC浓度增加呈现不同程度的增加。当土壤溶液TOC浓度为320 mg·L~(-1)时,4种DOM处理的土壤溶液中甲基态砷含量分别占总砷的75.8%(猪粪DOM)、75.7%(牛粪DOM)、68.3%(鸡粪DOM)和61.8%(水稻秸秆DOM);土壤溶液中甲基态砷含量与TOC浓度呈现显著正相关关系(P0.01),表明TOC浓度增加可显著促进土壤中砷的甲基化。各处理对土壤砷甲基化的激发作用大小排序为猪粪DOM(0.016 1μg·L~(-1))鸡粪DOM(0.014 7μg·L~(-1))牛粪DOM(0.009 9μg·L~(-1))水稻秸秆DOM(0.008 2μg·L~(-1));添加320 mg·L~(-1)TOC浓度的DOM处理中土壤砷甲基化功能基因arsM拷贝数均高于对照(添加等体积超纯水),其中猪粪处理最高,为3.36×10~9copies·g~(-1),约是对照的2倍;不同DOM作用下土壤pH变化规律为水稻秸秆牛粪鸡粪猪粪,土壤EC值变化规律为水稻秸秆鸡粪牛粪猪粪。综上,不同来源的DOM可差异性地影响水稻土壤中砷甲基化效率,通过合理施用有机肥有望减少土壤中砷的甲基化,从而在一定程度上减轻水稻直穗病发生。     

花生根际土壤细菌群落对干旱和盐胁迫的响应

为明确旱、盐及旱盐双重胁迫对花生根际土壤细菌群落的影响，本研究采用盆栽试验，通过16S rRNA基 因测序技术，研究了花生开花期干旱、盐胁迫及旱盐双重胁迫下花生根际土壤细菌群落结构的变化。结果表明，花 生根际土壤细菌群落均以放线菌纲（Actinobacteria）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、未分类菌目（norank_p__Sac⁃ charibacteria）、蓝藻纲（Cyanobacteria）、酸杆菌纲（Acidobacteria）、芽单胞菌纲（Gemmatimonadetes）和β-变形菌纲 （Betaproteobacteria）7个优势菌纲为主。干旱和盐胁迫处理均不同程度提高了α-变形菌纲和蓝藻纲的含量，且对蓝 藻纲的诱导效果较显著，推测蓝藻纲在提高花生胁迫耐受性方面具有重要功能。非生物胁迫影响根际土壤微域环 境，对花生根际土壤细菌群落结构具有调控作用。调节微生物群落结构，改良土壤微域环境，是提高植物胁迫耐受 性的有效途径。     

金莲花绿变植原体的分子鉴定

本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)片段和rp基因(1 240 bp)片段。序列分析发现,获得的16S rDNA和rp基因片段与洋葱黄化植原体Onion yellows phytoplasma(GenBank登录号:AP006628)的相似度最高,分别为99.9%和99.3%,确定金莲花绿变病的病原为植原体,暂命名为金莲花绿变植原体Trollius chinensis virescence phytoplasma。对金莲花绿变植原体的16S rDNA进行虚拟RFLP分析,发现其酶切图谱与16SrⅠ-B亚组的洋葱黄化植原体的参照图谱完全一致,相似系数1.00。16S rDNA和rp基因的系统发育进化树显示,金莲花绿变植原体与16SrⅠ-B亚组的植原体聚为一支,属于植原体16S rⅠ-B亚组。