基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异1）

通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1556684条序列,平均读长446 bp,共计695．34 Mb数据,其中1492289条高质量序列经拼接后得到22762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP／InDel分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9836个SNP和1550个InDel位点。在SNP位点中,转换占62．55％、颠换占37．45％,A／G的变异最为丰富,C／G的变异最少。在InDel位点中,有34．71％的位点为单核苷酸插入、缺失突变。     

Development of New InDel Marker to Detect Genotypes of Rf-la Conferring Fertility Restoration of BT-Type Cytoplasmic Male Sterility in Rice

Restorer line breeding is an important approach to enhance the heterosis and improve the yields of japonica hybrid rice. To improve the selection efficiency of restorer lines for BT-type cytoplasmic male sterility （CMS） in japonica rice, a functional marker InDeI-Rf-la based on the difference of nucleotide sequence in Rf-la locus between BT-type CMS lines and restorer lines was developed to detect the genotypes of different rice materials. Conventional indica rice varieties, restorer and maintainer lines without 574 bp deletion could restore the fertility for BT-type CMS in japonica rice. By contrast, most conventional japonica rice varieties except Aichi 106 and Yijing 12, with genotype of rf-larf-la showed the 574 bp deletion maintained sterility for BT-type CMS lines. To further verify the effect of genotyping detection in Rf-la locus, this marker was also used to amplify the genomic DNA in different japonica rice restorer lines, CMS lines, hybrids and F2 segregation population, and three genotypes in Rf-la locus could be distinguished distinctly. Therefore, the marker InDeI-Rf-la could be widely used for genetic id~ntifio.~tinn ~nd m~rkp.r-~.~.~i~fp.d .~.tAr.tinn （MA.~ in hr~=dinn i~nnnir~ r~fnr~=r lin==~     

基于双平台的InDel标记玉米杂交种纯度鉴定方法

种子纯度是种子质量检测重要指标,也是玉米生产中利用玉米杂种优势,获得高产稳产的重要保证。开发建立一套高效、高通量和低成本的玉米杂交种纯度鉴定方法,是我国玉米生产应用中迫切需要解决的问题。选用郑单958、京科968、农大108等10个玉米杂交品种为材料,利用20个InDel分子标记,建立了一套玉米杂交种纯度筛检分离的鉴定方法。该方法利用荧光毛细管电泳平台组建的多重PCR及多重电泳,结合KASP平台鉴定玉米杂交种纯度,实现高效、高通量和低成本的目标,经验证KASP平台纯度鉴定结果与预期结果一致。     

内蒙古绒山羊KAP9.2基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】 探究内蒙古绒山羊KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2（KAP9.2）基因插入/缺失（insertion/deletion,InDel）突变及其与生长性状的关系,以期为内蒙古绒山羊分子育种提供理论基础。【方法】 选取606只雌性阿拉善型内蒙古绒山羊为研究对象,采集耳组织提取DNA并测定其体重及体高、体长和胸围等体尺数据,利用琼脂糖凝胶电泳方法与直接测序技术检测KAP9.2基因的InDel突变,检测遗传多样性指标,利用SPSS 23.0软件分析突变位点与生长性状的关联性。【结果】 在内蒙古绒山羊KAP9.2基因外显子区存在30 bp的InDel突变,产生II、ID和DD 3种基因型。多态信息含量（PIC）显示,该位点在育成羊群体中属于中度多态（0.25<PIC<0.50）,在成年羊群体中属于低度多态（PIC<0.25）,且均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）;在整个群体中,属于低度多态（PIC<0.25）,但偏离哈代-温伯格平衡状态（P<0.05）。关联分析结果表明,在育成羊群体中,此30 bp的InDel突变对体长和十字部高有显著影响（P<0.05）,对体高、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）;在成年羊群体中,此突变对管围、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）。进一步的分析发现,在育成羊和成年羊全部群体中,此突变对体长和十字部高有显著影响（P<0.05）,对体高、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）。【结论】 KAP9.2基因InDel突变对阿拉善型内蒙古绒山羊多个生长性状有显著或极显著影响,可作为内蒙古绒山羊优良性状选育的分子标记。     

DHPLC技术鉴定玉米杂交种真实性及纯度

变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography, DHPLC)技术可用于检测玉米(Zea mays)品种的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)的多态性遗传标记.为验证DHPLC技术在玉米分子标记分析中应用的可行性和可靠性,本研究基于公共数据库中的玉米基因信息,筛选2条DNA序列作为目标分析片段,利用DHPLC技术平台对10份玉米杂交种及其亲本进行检测.2条目标分析片段的DHPLC分析结果显示,玉米杂交种产生的DHPLC谱图具有多态性,基于Amp Ⅰ片段,10份玉米杂交种产生3类DHPLC图谱,基于AmpⅡ片段,可产生7种图谱类型,不同类型的DHPLC图谱在峰的数量和峰的保留时间上存在明显差异.测序结果显示DHPLC谱型与基因型一一对应,即使只有一个碱基差异的两种基因型样本,也将产生不同峰型特征的DHPLC图谱.10份玉米杂交种中,除3份杂交种的两条目标片段的DHPLC峰型均一致以外,其余7份杂交种相互之间至少存在一个DHPLC谱型的差异从而可以获得有效区分.实验结果也显示所有杂交种均与其亲本混合样本的DHPLC图谱一致.利用该特征,可以认为通过比对玉米杂交种子和育种亲本混合样本的DHPLC图谱峰型,实现对杂交种子真实性和纯度的鉴定.DHPLC分辨率高、快速、操作简单、安全等优点,将是杂交玉米种子真伪和纯度快速鉴定的有效手段.     

水稻InDel和SSR标记多态性的比较分析

为评价插入缺失（InDel）标记在水稻分子育种中的应用价值,本研究用日本晴和9311序列筛选得到遍布每条染色体的20对InDel标记和53对SSR标记,分析46份粳稻和47份籼稻的遗传多样性。研究表明这些InDel标记在籼粳亚种间具有很高的多态性,亚种内多态性较低,平均多态性水平显著小于SSR标记,InDel标记具有数量多,扩增产物稳定和易于检测等优点,将InDel标记应用到遗传图谱构建、基因定位分析和标记辅助选择中可以加速研究进程。     

添加甘蓝2号染色体片段的大白菜易位系的获得及其遗传稳定性分析

为创建大白菜—结球甘蓝易位系,以大白菜—结球甘蓝2号单体异附加系(AC_2)为试材,对其花蕾辐射后获得的M_2植株进行游离小孢子培养。利用与结球甘蓝2号染色体对应的26个InDel标记对小孢子植株进行鉴定,结合细胞学观察,确认获得了6株添加甘蓝2号染色体片段的大白菜易位系植株。通过对InDel标记的加密设计,明确了6个大白菜易位系植株中均含有甘蓝特异标记C09-4和C09-4-52,片段大小为788.3 kb。选择两个来自不同M2单株的大白菜易位系‘AT2-1’和‘AT2-2’进行自交、回交及与大白菜高代自交系杂交,利用结球甘蓝特异的InDel标记对其后代进行鉴定。结果表明,两个大白菜易位系的85份自交后代、82份回交后代及188份杂交后代中均含有甘蓝特异标记C09-4和C09-4-52,说明这些易位系中的甘蓝染色体片段能够稳定遗传。     

水稻不育系的广亲和基因检测及籼粳型分析

为鉴定部分水稻不育系的广亲和性和籼粳型,根据籼粳亚种间广亲和基因S5-n在第6染色体存在136 bp片段缺失的特征,设计InDel标记S5136,对培矮64S、广占63S等不育系进行广亲和基因鉴定。利用与栽培稻籼、粳遗传分化密切相关的34个InDel标记,对这些不育系PCR产物的电泳结果进行判读和分析,计算其籼型或粳型基因频率(InDel分子指数法)。结果表明:①三系不育系粤泰A具有广亲和基因S5-n。②两系不育系培矮64S、N111S、C815S等11个不育系具有广亲和基因S5-n。③目前广泛应用于生产的不育系培矮64S、广占63S、Y58S等的籼型基因频率均为0.76～0.91,据此认为具有10%～25%左右粳稻血缘的籼型不育系可能更有利于亚种间杂种优势利用。     

利用InDel标记构建番茄新品种指纹图谱

利用优化的InDel技术体系对19份上海地区主栽番茄新品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果表明,19份番茄品种在遗传相似性系数为0.38时被分为2个主簇,供试品种遗传相似性系数在0.38到0.86之间,说明这些品种具有丰富的遗传多样性,聚类分析结果为番茄亲本选择选配提供了理论依据。利用5对InDel引物组合构建的指纹图谱将19份供试品种区分开,其中引物sli555可直接鉴定出品种‘浦珍’,引物sli608可直接鉴定出品种‘宇宙3号’和‘浦粉1号’,引物Indel F331可直接鉴定出品种‘凯旋’和‘改良粉妃’,表明InDel标记是一种构建番茄品种指纹图谱的理想标记,研究结果为番茄新品种的审认定、新品种保护权申请等工作提供了参考。     

玉米耐盐基因ZmHKT1的序列变异分析

HKT(High-affinity potassium transporter,高亲和性钾转运蛋白)基因所编码的蛋白能起到维持植物体内的Na+/K+平衡的作用。在作物中HKT蛋白主要通过排出叶片中的Na+,从而提高植物耐盐性。对54份玉米自交系材料的Zm HKT1基因及上游序列进行多态性分析。结果表明,在3 784 bp的序列中,共有194个SNP和32个In Del。大部分变异集中在基因上游序列和内含子区,编码区的变异相对较少,说明编码区在进化和人工选择中承受了更大的选择压力。根据序列变异情况可将54份玉米自交系材料划分为15个单倍型,上游序列主要存在3种单倍型,而基因序列存在9种单倍型。遗传重组和连锁不平衡分析发现,全长序列只有3次重组事件发生,上游序列存在着非常强的连锁不平衡。