金叶女贞棒孢叶斑病菌的生物学特性、致病性及系统发育

对新见的金叶女贞Ligustrum×vicaryi棒孢叶斑病病原多主棒孢Corynespora cassiicola进行形态学、生物学特性、致病性及分子系统发育研究,为该病的诊断和防控提供理论基础。对病叶进行保湿培养,观察病原菌孢子形态和大小;采用菌丝生长速率法测定不同温度、pH值、光照及碳氮源对病原菌菌丝生长的影响;采用离体叶片接种方法测定其对不同寄主致病性;将病原菌的rDNA-ITS,β-tubulin基因和ef-1α基因扩增测序后,在GenBank进行序列比对,用MEGA软件进行系统发育进化分析,采用邻接法构建系统发育进化树。结果表明:多主棒孢在自然发病叶片上形成的分生孢子比马铃薯葡萄糖琼脂培养基上形成的分生孢子具有更多的隔膜且更长。多主棒孢生长的最适温度为25℃,5℃不能生长;多主棒孢在pH值为4~11时都能生长,适宜生长的pH值为6~8;光暗交替（12 h光照/12 h黑暗）有利于菌丝生长。多主棒孢能够利用多种碳氮源,对麦芽糖利用率最高,蛋白胨和酵母膏是最适合的氮源。致病性测定表明:金叶女贞上分离C.cassiicola除了侵染金叶女贞外,还可侵染黄瓜Cucumis sativus,番茄Solanum lycopersicum,辣椒Capsicum annuum和茄S.melongena,不同植物叶片上的显症时间及病斑大小存在差异,金叶女贞表现最感病。基于rDNA-ITS序列、β-tubulin基因序列和ef-1α基因序列构建的系统发育树显示金叶女贞上分离菌株与黄瓜上分离的菌株归在一个分支,自展支持率为100%。     

猪流行性腹泻病毒HB201602株的分离鉴定及S1基因序列分析

从湖北地区规模化养殖场疑似腹泻病料中成功检测并分离获得了一株猪流行性腹泻病毒,分离毒株感染Vero细胞可引起明显的细胞病变,病毒效价达1.0×105.6TCID50/0.1 mL。间接免疫荧光结果显示HB201602感染细胞后,能被抗PEDV S蛋白的特异性单克隆抗体所识别,进一步证实所分离毒株为PEDV病毒。基于S1基因构建了系统发育树,表明2011年后分离的毒株大多以G2型变异毒株为主,HB201602属于G2-a亚型(变异毒株)簇。S1基因遗传变异分析发现G1-b亚型毒株与其他簇毒株相比存在9个特异的氨基酸突变,G1-a亚型经典毒株存在4个特异的氨基酸突变,S1基因的变异分析将有助于了解PEDV的遗传变异趋势,为新型疫苗的研发提供依据。     

基于matK序列的婆婆纳属部分植物亲缘关系分析

本研究利用叶绿体基因matK分析了婆婆纳属16种植物的系统发育关系。直接测序或下载共获得16个种的共36条序列,通过BioEdit和Mega6. 0等软件分析后共获得长度为733bp的序列矩阵,种间距离的范围为0. 002-0. 101之间,系统发育树聚类结果表明睫毛婆婆纳为在这16个物种中最原始,其余物种形成两个独立的并系。本研究表明matK序列可用于分析婆婆纳属植物的系统发育关系。     

基于叶绿体基因的猕猴桃属植物系统发育分析

以7份猕猴桃资源为试材,结合GenBank数据库中已有的猕猴桃属植物相关序列,采用叶绿体基因标记matK和rbcL构建K2P遗传距离矩阵及NJ系统发育树,研究了猕猴桃属植物种间亲缘关系,以期为猕猴桃属植物属下分类研究提供参考。结果表明:叶绿体序列系统发育分析结果与现行的"四组四系"分类系统不符,净果组与其余3组K2P遗传距离较远,组内实髓系与片髓系之间遗传差距较大,支持净果组分为实髓系与片髓系两系的分类方法;星毛组、糙毛组及斑果组物种相互混杂,难以划分,建议3组合并为"非净果组",原有三组分别降级为"星毛系、糙毛系和斑果系",建立"二组五系"的猕猴桃属植物属下分类系统。     

豆科全基因组DGAT 基因家族的鉴定与进化分析

本文运用生物信息学方法在12个豆科植物基因组中对DGAT（甘油二酯酰基转移酶）基因进行了全基因组鉴定，发现在四倍体花生和大豆基因组中含有的基因拷贝数相对较多，分别为17、10，这可能是导致其油脂合成能力高于其他作物的重要因素。通过对家族基因进行系统发育分析，发现DGAT 基因在真双子叶植物分化之前已存在，在豆科植物中经历反复的全基因组加倍，使得家族得到扩张；并且串联重复对于家族扩增起到了不可忽视的作用，如葡萄中的两个旁系同源基因，由于串联重复使得基因拷贝数量提高了150%。大豆中DGAT 基因在不同的组织中表达模式与其系统发育关系也表现出了关联性。该基因家族相对保守，与豆科基因组进化基本保持了一致的进化速率。本研究对于认识豆科植物DGAT 基因进化过程具有重要的理论意义，同时在基因组学水平为大豆、花生等油脂合成品质改良提供了理论支撑。     

禽源大肠埃希菌Biolog鉴定和系统发育分析

采用Biolog和16S rRNA基因序列分析法对中国兽医药品监察所菌种室收集保藏的18株大肠埃希菌(Escherichia coli)进行了鉴定.菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明18株菌株为大肠埃希菌.提取基因组DNA,采用16S rRNA通用引物,用PCR进行16S rRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后进行测序.序列经人工校对后用Clustal X 1.83软件进行比对分析,采用Mega 3.1软件构建系统发育树,结果表明18株菌株为大肠埃希菌.     

仔猪常见12种致病菌的23S rRNA基因序列分析

以107条从NCBI下载和测序的12种仔猪常见致病菌的23S rRNA基因序列为研究对象,运用DNASTAR软件进行系统发育分析.结果显示:以各种细菌的23S rRNA基因代表序列所进行的种间序列分析结果与伯杰氏细菌分类手册和http://www.wiki.cn/wiki/细菌分类表的分类结果一致,也与这12种菌的16S rRNA基因序列分类结果一致. 因此,在23S rRNA基因序列保守区设计通用引物,在其变异区设计各种细菌特异性探针,用PCR捕捉被检样品中未知细菌的23S rDNA片段并与种特异性23S rRNA基因探针进行杂交,有可能将未知细菌鉴定到种.     

蒙古马马鼻狂蝇三龄幼虫的形态学和分子生物学研究

为了研究蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫的形态学和分子生物学特性,利用扫描电镜对马鼻狂蝇三龄幼虫的头部、尾部和第三体节棘刺进行形态观察;并选取蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫,提取其线粒体CoxI基因和16S rRNA基因,进行碱基组成分析和系统发育树构建。结果发现:(1)马鼻狂蝇气门板上的结构不同于其它狂蝇,其气门板上由硬化的骨质形成期的孔缘围绕,气门肌肉使得气门板上的开口呈垂直形态,在后气门板上有几排小刺;头部有1对乳突状感受器,其上分布着1对疣状乳突;(2)蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫的CoxI、16S rRNA基因均与GenBank数据库中提交的马胃蝇、纹皮蝇、鹿狂蝇、羊狂蝇等在系统发育树中分开。虽然蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫形态上跟紫鼻狂蝇很像,但是其分子生物学特点说明它可能是一个新变种。