中国首次批准基因测序用于新生儿出生缺陷筛查

<正>中国首次批准第二代基因测序诊断产品用于为孕产妇检测唐氏综合征等染色体疾病风险,以避免新生儿出生缺陷。新京报讯(记者魏铭言)中国首次批准第二代基因测序诊断产品作为医疗器械注册,用于为孕产妇检测唐氏综合征等染色体疾病风险,以避免新生儿出生缺陷。     

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘

深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。     

SYNGR2影响猪圆环病毒2型体外增殖的研究

宿主的Synaptogyrin-2(SYNGR2)蛋白影响猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的感染能力。本研究旨在研究宿主因子SYNGR2对PCV2在细胞水平增殖的影响，并进一步对SYNGR2影响PCV2体外增殖的机制进行探究。本研究利用基因敲除、过表达、定点突变等手段，在PK15细胞上研究SYNGR2基因敲除及其p.Arg63Cys点突变对PCV2增殖的影响。为探究SYNGR2参与PCV2感染的具体机制，作者对SYNGR2基因敲除的细胞及野生型对照细胞进行转录组测序，筛选SYNGR2功能相关的基因及通路，根据差异表达基因进行表达模式聚类分析，并通过实时荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)验证差异表达基因的表达情况。结果显示，SYNGR2基因敲除或p.Arg63Cys点突变显著降低PCV2对PK15细胞的感染能力，对敲除细胞过表达不同基因型的SYNGR2,PCV2的增殖能力均恢复。转录组差异表达基因分析结果显示，SYNGR2的功能主要是参与膜成分及囊泡等被膜细胞器的组成。对差异表达基因肌球蛋白VIIA与Rab互作蛋白(...     

半番鸭及番鸭性腺微生物区系差异分析

本研究旨在揭示属间杂交品种半番鸭及父本番鸭性腺样本中微生物物种构成和群落结构的差异。分别采集200日龄雄性番鸭和半番鸭3个性腺组织进行16S rRNA扩增子测序、物种注释以及丰度分析，并进行菌群代谢功能预测。结果表明：变形菌门（Proteobacteria）为鸭性腺中优势菌群，假单胞菌属（Pseudomonas）为优势菌属，假单胞菌科均为优势菌科，双歧杆菌（Bifidobacterium）和小杆菌属（Dialister）分布存在差异，主要差异为双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae）和韦荣菌科（Veillonellaceae）。假杆菌（Pseudarthrobacter）、芽生球菌属（Blastococcus）、粘球菌科（Myxococcaceae）、白头翁科（Trueperaceae）、地嗜皮菌科（Geoderm atophilaceae）等下调（P<0.05），即在半番鸭中低表达，毛螺菌属（Lachnospira）、假心菌科（Pseudonocardiaceae）上调（P<0.05），即在半番鸭中高表达，推测乳酸杆菌科（Lactobacillaceae）和奈瑟...     

马铃薯基因组研究获重大成果

由中国农业科学院科学家带领14个国家的97名研究人员组成的“马铃薯基因组测序国际协作组”经过6年的研究共同完成了马铃薯全基因测序和生物学分析，7月14日，国际权威学术期刊《自然》（Nature）发表了马铃薯全基因组序列图和生物学分析的封面论文。     

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。     

橡胶树产胶生物学研究进展

天然橡胶（顺式-1,4-聚异戊二烯）是一种重要的工业原料,主要来自橡胶树。以天然橡胶的生物合成与产量形成为主要内容的产胶生物学研究为橡胶树高产遗传改良提供理论指导,近10年取得了重要进展。本文从橡胶树基因组测序、橡胶转移酶、转基因、以及转录组和蛋白质组等4个方面介绍产胶生物学研究主要进展,并讨论了相关领域研究存在的问题,对未来5~10年需重点关注的研究内容提出了建议。在介绍橡胶转移酶时,同时概述其他几种产胶植物的相关研究进展。     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本，采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较，各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻，从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌，且分离率差异不大；2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组；3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

爱荷华州立大学研究人员对镰刀菌基因组序列测序

<正>据天津市农业科学院信息研究所消息,日前,爱荷华州立大学的科学家开展了镰刀菌基因组测序工作,研究表明,这种真菌是大豆猝死综合症(SDS)的罪魁祸首。利用草图基因组序列,科学家们已经确定导致大豆SDS的基因。     

纳米孔生物技术的新进展

纳米孔技术通过绝缘膜上的纳米级微孔随机地高通量识别溶液中的生物大分子。纳米孔检测原理的普遍性以及单分子检测的易用性,使得纳米孔在生物技术方面具有较大的应用潜力。最近关于纳米孔的结构和精密度研究取得了一定的进展,其在DNA/蛋白质绘图、生物大分子结构分析、蛋白质检测以及DNA测序方面也得到了广泛应用。