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991.
3株牛布鲁氏菌19疫苗株赤藓醇代谢基因的克隆与序列分析 总被引:2,自引:0,他引:2
对3株(国际标准参考株S19,中国天康疫苗株A19-1,中国中监所标准株A19-2)不同来源布鲁氏菌19疫苗株的赤藓醇代谢基因(Erythritol catabolic gene,简写Ery)进行克隆与序列分析.参照GenBank中布鲁氏菌牛种2308的赤藓醇代谢基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法扩增3株19疫苗株Ery基因,对PCR产物进行克隆、测序分析.与2308比较,S19的Ery基因缺失702碱基,两株中国来源的A19不缺失,但阅读框的51,52位CG变为GC,521,522,523缺失AGG,547位T变为C.引起的氨基酸变化有,13位R变为A,170位T变为A,178位V变为A.赤藓醇代谢基因的克隆测序结果表明,我国的两株A19均不缺失702个碱基,但有3处发生点突变,引起3个氨基酸发生变化. 相似文献
992.
[目的]探究不同品种桑树根际土壤细菌群落结构及其分布规律,为促进桑树的生长发育、提高其经济利用价值和培育更高品质的桑树品种提供参考.[方法]对3个品种桑树(粤椹大10、嘉陵30号和红果1号)根际土壤细菌的16S rDNA序列V3~V5高变区进行PCR扩增,并对PCR扩增产物进行高通量测序,分析土壤中细菌群落多样性及分布规律.[结果]3个土壤样品中共检测出细菌26门76纲88目149科370属.不同品种桑树根际土壤样品中的细菌群落组成和结构存在一定差异,丰富度方面表现为嘉陵30号>粤椹大10>红果1号;多样性方面表现为红果1号>嘉陵30号>粤椹大10.3个品种桑树的根际土壤细菌在门纲目科属水平上的优势菌群及所占比例分别为变形菌门(Proteobacteria,37.2%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,24.3%)、拟杆菌目(Bacteroidales,24.3%)、拟杆菌科(Bacteroidaceae,14.2%)、拟杆菌属(Bacteroides,14.2%);随着分类的细化,不同桑树品种对土壤细菌群落组成和分布的影响越大.[结论]变形菌门在3种桑树根际土壤中均是最优势细菌类群,嘉陵30号桑树品种根际土壤细菌种类最多,红果1号桑树品种土壤细菌分布最均匀.根际土壤细菌群落种类和均匀度可作为桑树差异规模化种植的指标. 相似文献
993.
[目的]筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础.[方法]利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等.[结果]黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes.采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%).通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中.SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少.二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条).从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多.[结论]通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续研究提供基础资料. 相似文献
994.
桑褐斑病是一种发生较为普遍的真菌性病害。从陕西安康蚕桑主产区收集桑褐斑病病样,结合科赫氏法则,采用形态学及分子生物学的方法对桑褐斑病病原菌进行分离鉴定;使用高通量测序技术,确定桑褐斑病病原菌的主要类群;通过水合氯醛透明反应观察桑褐斑病病原菌在宿主桑树叶片中的定植状态。结果表明,侵染陕西安康桑树的桑褐斑病病原菌为桑新褐斑壳丰孢Neophloeospora maculans;病原菌在PDA培养基上呈白色,生长速度缓慢,分生孢子为透明圆柱形,两端逐渐变细,有隔膜;菌丝主要寄生在桑叶的气孔与叶脉周边;病原菌rDNA序列全长5 512 bp, GC含量51.16%。上述结果确定了侵染陕西安康蚕桑主产区桑褐斑病病原菌的种类,为桑褐斑病的防治提供了理论依据。 相似文献
995.
996.
为更好地了解奶山羊在世代更替中的遗传谱系,避免因错误谱系记录造成群体近交程度过高,本研究利用液相SNP芯片标记技术确立羊群遗传谱系及其亲缘关系。通过简化基因组测序,对25个不同种群的崂山奶山羊基因组DNA样本进行分析,挑选出1 792个SNP多态性位点,再通过靶向测序基因型分型,合成低通量的探针,最后对探针进行相应的捕获测试,开发出检测崂山奶山羊遗传基因的低密度液相SNP芯片。将该液相芯片应用于300只崂山奶山羊群体的血缘关系鉴定,与已知300只奶山羊系谱记录的亲缘关系进行对比,发现结果高度吻合,证明此芯片具有很高的准确性。本实验开发出均一性高、位点多态性好的低密度液相芯片技术,可专门用于崂山奶山羊亲缘关系鉴定,从而更好地指导奶山羊的选种选配。 相似文献
997.
采集海南岛尖峰岭地区低地雨林次生林、山地雨林次生林和山地雨林原始林土壤,基于绝对定量PCR和高通量测序技术,探讨了热带雨林土壤中固碳微生物群落结构的多样性与组成及其影响因素。结果表明:固碳微生物的Alpha多样性与基因丰度均表现为低地雨林次生林高于山地雨林原始林;尖峰岭热带雨林土壤固碳微生物优势菌门为假单胞菌门(Pseudomonadota,44.28%~70.60%)和放线菌门(Actinomycetota,11.95%~33.73%),优势菌属为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium,11.53%~31.06%)、诺卡氏菌属(Nocardia,4.97%~17.07%)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium, 4.44%~12.97%)、分枝杆菌属(Mycobacterium, 2.62%~9.20%)、芽绿菌属(Blastochloris,4.34%~10.12%)、固氮弧菌属(Aromatoleum,1.97%~5.39%)、分枝菌酸杆形菌属(Mycolicibacterium,1.71%~3.78%)、固氮螺菌属(Azospirillum,1.97%~2.65%)、... 相似文献
998.
【目的】利用‘鲁丽’ב红1#’亲本及杂交后代,开发苹果叶片性状竞争性等位基因特异PCR(kompetitive allele-specific PCR,KASP)标记,为苹果光能高效利用育种提供参考。【方法】以‘鲁丽’和I型红肉苹果‘红1#’及其134个杂交后代的幼嫩叶片为材料,调查叶片性状表型(包括叶片长度、宽度、叶绿素含量、花青苷含量、光合参数和叶绿素荧光参数等)数据。采用Illumina HiSeq 2500测序平台进行全基因组重测序,通过短序列比对软件将测序序列(reads)回贴到苹果参考基因组,利用GATK软件工具包检测单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)标记。【结果】‘鲁丽’和‘红1#’及其134个杂交后代重测序得到有效reads数分别为164 776 660、149 482 876和3 927 370 200。与苹果参考基因组比对率分别为98.77%、98.89%和97.79%。共检测到6 445 766个SNP。经过滤后获得94 208个特异性强,准确性高的SNP位点。对每个SNP进行KASP引物设计,最终开发了5... 相似文献
999.
【目的】探究不同储藏温度下猪皮表面细菌多样性,为猪皮品质控制提供依据。【方法】将猪皮分别在4、25、37℃储藏温度下放置7 d,提取猪皮表面细菌DNA并进行高通量测序,通过多样性指数、韦恩(Venn)图、主坐标分析法(principal coordinate analysis, PCoA)、菌落组成以及热图等分析不同储藏温度下猪皮表面细菌的差异性。【结果】相同储藏时间内,不同储藏温度下猪皮表面细菌物种既有重叠也有特异性;37℃猪皮表面细菌多样性指数与4、25℃均存在显著性差异,而4、25℃之间仅丰富度估计量(Chao)指数和丰富度观测量(Sobs)指数存在显著性差异;37℃猪皮表面细菌物种数及特有物种数大于4、25℃;4、25和37℃猪皮表面细菌样本距离较远;不同储藏温度下猪皮表面细菌中嗜冷杆菌属相对丰度均较高;4℃优势菌为嗜冷杆菌属(73.2%),25℃优势菌为嗜冷杆菌属(39.5%),37℃优势菌为假单胞菌属(23.8%)和漫游球菌属(23.7%)。【结论】不同储藏温度对猪皮表面细菌群落结构和多样性影响较大,37℃猪皮表面细菌物种多样性最高。不同储藏温度下猪皮表面优势菌不同,需要采... 相似文献
1000.
2019年6月江苏省盐城市发生了较为严重的辣椒病毒病,危害症状表现为植株重度矮化、叶片黄化、蕨叶甚至畸形。将采集的11株疑似感染病毒的辣椒植株叶片研磨成浆液,再用其摩擦接种本氏烟植株,发现用其中3株辣椒的叶片浆液摩擦接种本氏烟植株后,本氏烟植株出现病毒侵染的典型症状,初步判断这些辣椒被病毒感染,但不能确定其种类和归属。为了进一步明确辣椒感染的病毒类型,将3株辣椒样品混成2份样品利用小RNA深度测序技术和生物信息学分析法进行检测,结果发现样品1被蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)、苜蓿花叶病毒(Alfalfa mosaic virus, AMV)和辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus, ChiVMV)3种病毒复合侵染,从样品2中检测到BBWV2 1种病毒,通过RT-PCR检测验证了这一结果的可靠性。最后利用RT-PCR方法对田间采集的11份辣椒样品和接种的本氏烟植株进行毒源鉴定,其中2株辣椒样品及其接种的本氏烟叶片上鉴定出了BBWV2、ChiVMV和AMV,这3种病毒侵染辣椒在江苏省均为首次发现。研究结果为对江苏... 相似文献