普通羊肚菌密码子偏好性分析

采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的 GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明：普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的 GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU 值大于等于1的密码子总共35个,其中以 G 或 C 结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。     

Sequence Analysis and Prokaryotic Expression of NSP1 Gene of Bovine Rotavirus UK Strain

Rotavirus is a major cause of acute diarrhea in both many kinds of young animals and children under 5 years old.Rotavirus NSP1, a 55 ku RNA binding protein, is the product of gene 5, which can subvert innate immune responses and be one of virulent determinant factors.According to the sequence in GenBank, specific primers targeting to NSP1 gene were designed and the gene was amplified by RT-PCR, following by being cloned into the pET-28a(+) vector.It showed that the full length of NSP1 gene was 1 473 bp, encoding 491 amino acids.The NSP1 shared the highest identity with WC3 strain.The recombinant protein was induced in E.coli Rosetta(DE3) by IPTG and was analyzed by SDS-PAGE and Western blotting.The results revealed that NSP1 recombinant protein existed in the form of inclusion body with the molecular weight of 55 ku.The purified recombinant protein could be recognized by His-tag antibody.This study laid the foundation for further research on the relationship between the intracytoplasmic location of NSP1 protein and its activity.     

插条粗度和萌芽度对降香黄檀扦插成活率的影响

在江门市林科所苗圃选择不同粗细度、不同萌芽度的降香黄檀插条进行扦插繁殖试验,每10 d进行1次成活率调查。结果表明:插条的萌芽度和粗细度均极显著影响扦插的成活率,萌芽度和粗细度的交互作用对扦插的成活率也有极显著影响;未萌芽插条扦插成活率明极显高于已萌芽插条的扦插成活率;3种粗细度的枝条中以粗细度为0.7~1.2 cm的插条扦插成活率最高;在枝条萌芽度及粗细度交互作用下,粗细度为0.7~1.2 cm的未萌芽插条扦插成活率最高,粗细度小于0.7 cm的已萌芽插条扦插成活率最低。     

沈阳铁西区装备制造产业聚集实证分析

铁西区通过打造装备制造业产业聚集区。形成了高档数控机床、通用石化装备等六大主导产业以及电气及新能源等五大千亿产业集群，成为我国老工业基地振兴的区域典范。介绍铁西装备制造业聚集区发展现状，采用区位熵法测算沈阳装备制造业的产业集中度，对全市装备制造业的现状及问题进行分析，得出相应结论。     

常州市城镇化对工业废水排放量的影响——以江苏省常州市为例

基于熵值法对常州市城市化水平进行评估,以2005~2014年数据为基础观察当地工业废水排放量变化趋势,运用灰色关联分析法研究城镇化对常州工业废水排放量的具体影响。结果表明:经济、人口和社会城镇化是影响工业废水排放量的主要因素;第二产业在工业中占据的比例是影响工业废水排放量的最主要的指标;城镇化的发展对工业废水排放量的影响处于减小趋势。     

基于有效积温的中国水稻生长模型的构建

有效积温是指作物生长至某一生育阶段所需要积累的有效温度,是反映气象条件对作物生长影响的主要指标,研究有效积温对作物生长过程的影响对提高农业生产效率具有重要意义。该文以有效积温作为气象因子,收集中国气象数据网中的气象数据和已发表的学术论文中的水稻生长数据,建立了描述水稻生长过程的叶面积指数和干物质积累量的普适Logistic模型,并研究了水稻最大叶面积指数与最大干物质积累量、收获指数(作物经济产量与生物产量的比值)及降水量之间的关系。结果表明:有效积温为1000℃左右时,水稻叶面积指数最大,且此时干物质增长速率最大;水稻最大叶面积指数与最大干物质积累量之间表现为线性关系;最大叶面积指数和收获指数、降水量之间为二次抛物线关系,当降水量为670.5 mm时,最大叶面积指数为7.93,对应的水稻收获指数达到最大值0.50。该研究对于构建其他作物的生长模型具有一定的参考意义。     

国家中心城市基础设施承载力评价及障碍因素诊断

[目的]定量分析国家中心城市2006—2017年基础设施承载力的具体情况,为促进国家中心城市建设良性健康发展提供科学依据。[方法]选取2006—2017年国家中心城市基础设施承载力面板数据,从压力和状态两个层面构建城市基础设施承载力评价指标体系。运用熵权TOPSIS方法和障碍度模型对2006—2017年国家中心城市基础设施承载力和障碍因素进行评价和诊断,并基于基础设施承载力评价结果,定量测度基础设施承载力状况并诊断其障碍因子。[结果] 2006—2010年国家中心城市的基础设施承载力水平总体上大幅度提升,2011—2017年基础设施承载力的增长速度有所减缓,北京、上海、成都、郑州、西安的基础设施承载力大幅度提高,广州市的基础设施承载力改善幅度最小;随着国家中心城市的人口持续增加,基础设施的承载压力也持续增加,通过障碍度模型分析发现制约国家中心城市基础设施承载力的主要因素为人均绿地面积、人均家庭年生活用水量和城市移动电话普及率。[结论]随着中国经济的发展,中心城市对人口的虹吸作用越加强烈,人均绿地面积、城市移动电话普及率以及人均家庭年生活用水量可能与城市的经济与人口规模产生脱钩现象,无法满足人们日常的基础设施需求。     

Inhibition study of red rice polyphenols on pancreatic α-amylase activity by kinetic analysis and molecular docking

This study sought to investigate the possible inhibition mechanism of red rice polyphenols (RRP) on pancreatic α-amylase (PA) activity. RRP showed strong inhibition against PA activity and the half-inhibitory concentration (IC₅₀) value was 3.61 μg/mL. The fluorescence quenching of PA by RRP was a combination of static quenching and dynamic quenching. RRP could aggregate with PA and the physiochemical properties of the aggregates were closely related to the concentration of RRP. Kinetic analysis suggested that the inhibition mode of RRP on PA was reversible inhibition, which was a mixing of competitive inhibition and noncompetitive inhibition. Molecular docking speculated that RRP could form hydrogen bonds with PA by binding to the catalytic active sites (ASP197, GLU233 and ASP300) and the microenvironments of TRP58 and TRP59 were altered, thus inhibiting PA activity.     

不同年代大丽轮枝菌菌株的生物学特性和ISSR分析

 为了探究不同年代的大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb.)菌株生物学特性和遗传多样性方面的差异,本文以我国黄河流域和长江流域主产棉区6个省的不同年代大丽轮枝菌菌株为研究对象,观察培养性状,测定致病类型(致病力、落叶型),同时采用ISSR指纹图谱分析其遗传多样性。结果显示,不同年代大丽轮枝菌之间菌丝生长速率无显著差异,但菌核型菌株所占比例有减少趋势;2007~2009年和2017年的菌株全部为落叶型菌株,而1983~2000年的菌株中落叶型菌株仅占28.6%,表明随着年代的推移,黄河流域和长江流域的落叶型菌株所占比例呈上升趋势;不同年代菌株之间致病力存在显著差异,1983~2000年、2007~2009年和2017年的菌株中强致病力类型菌株分别占21.4%、25.0%和38.9%,仅有的5株弱致病力类型菌株均为1983~2000年的菌株;与2000年后的菌株相比,1983~2000年的菌株,Nei′s基因多样性指数为0.205 1,Shannon信息指数为0.299 0,表现出更丰富的多样性,利用NTSYS软件和Structure软件对ISSR指纹图谱进行聚类分析,两种方法均将所有供试菌株分为4个类群,且聚类结果与致病力和不同年代之间均具有一定的相关性,与地理来源无明显相关性。本研究结果表明,过去30年间我国黄河流域和长江流域棉田黄萎病菌落叶型和强致病力类型菌株所占比例逐渐升高,且不同年代和不同致病力的菌株在遗传上有差异,为进一步探究大丽轮枝菌的遗传与进化奠定了基础。     

亚洲棉EST-SNP的挖掘及其在陆地棉中的验证

【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。