Observations of variable inter-observer agreement for clinical evaluation of faecal consistency in grow-finishing pigs

Inter-observer agreement for assessment of faecal consistency in pigs was evaluated using a scoring system with 3 categories. In a pilot study, 3 observers performed an examination of faecal samples post-collection. The samples were obtained from pigs (12-13 weeks old) in 4 herds with a history of diarrhoea associated with Lawsonia intracellularis, Brachyspira spp. and/or Porcine Circovirus Type 2. Observer 1 examined all the faecal samples from the 4 herds. Observer 2 only examined the faecal samples from herds 1 and 2. Observer 3 only examined the faecal samples from herds 3 and 4. We observed a substantial agreement in faecal consistency scores between Observers 1 and 3 (kappa=0.64, 95% CI: 0.51-0.78). In contrast, only a fair agreement was observed between Observers 1 and 2 (kappa=0.24, 95% CI: 0.14-0.34). The variations in inter-observer agreement detected in the current study suggest that misclassification error can be a problem in studies assessing faecal consistency. Solutions may include developing a standardized system for scoring the consistency of pig faeces, calibration when more than one observer is involved in clinical studies and using a more objective measure of faecal consistency.     

一种改进的方法提取白头鹤粪便DNA

现有的粪便DNA提取方法通用性不好,DNA纯度不高不适用于白头鹤等水鸟,本研究探索一种改进的硫氰酸胍裂解法。通过线粒体DNA细胞色素b、控制区基因和微卫星DNA的PCR扩增及线粒体DNA控制区序列的测定,经琼脂糖凝胶电泳检测以及测定序列显示,提取的DNA模板纯度高,效果很好,证实改进方法的可靠性、有效性。为其他濒危水鸟的非损伤取样提供了新的材料和方法,为其保护遗传学的研究提供一定的新技术。     

应用茜素-β-D-半乳糖苷快速检验食品中的大肠菌群

用茜素 β D 半乳糖苷琼脂和行标SNO16 9- 1992指定的结晶紫中性红胆盐琼脂 (VRBA)对比检测 13种相关标准菌株和 70份食物样品。二者对标准菌株的检测结果完全一致 ,对食物样品检测结果的符合率也较接近。大肠菌群在茜素 β D 半乳糖苷琼脂中 2 4h内可长成较大的鲜明红色 ,轮廓清晰 ,易于辨认 ,可作为计数食品中大肠菌群的任选方法加以应用     

The repeatability of faecal egg counts in Polish Wrzosówka sheep

The number of nematode eggs in the faeces was estimated in Polish Wrzosówka sheep, in the spring and autumn of 1993 and again in 1994. The sheep had been naturally infected. The dominant species were Haemonchus contortus and Teladorsagia circumcincta, but Trichostrongylus spp., Cooperia curticei, Nematodirus spp. and Chabertia ovina were also present. Anthelmintics were not used. Egg counts were skewed, with a range of 0–4100 eggs g⁻¹ (EPG); most sheep had egg counts below 100 EPG. Egg counts were approximately four times higher in spring than in autumn. Repeatability values within a season were all significant and positive. The repeatability of egg counts between seasons was estimated from the correlation between the mean transformed value in spring and in autumn, and was 0.52 in 1993 (P < 0.001) and 0.41 in 1994 (P < 0.05). The results show that animals with higher than average values in spring are likely to have higher than average values in autumn, and suggest that similar mechanisms regulated egg counts in both seasons even though egg counts were much lower in autumn.     

Novel insights into the pathogenic importance,diagnosis and treatment of the rumen fluke (Calicophoron daubneyi) in cattle

Recently, sharp increases in the prevalence of rumen fluke infections have been recorded throughout Western Europe. However, scarce information is available on the diagnosis, pathogenic importance and control of this parasite. We undertook 3 pilot studies to gain more insights into these aspects of rumen fluke biology in cattle. First, we evaluated the diagnostic performance of mini-FLOTAC to detect adult rumen fluke infections based on faecal egg count in an abattoir survey and found high sensitivity (0.94) and specificity (0.98). Moreover, there was an association between ruminal fluke burden (assessed by visual scoring) and faecal egg count and a cut-off of 200 eggs per gram is proposed to detect highly infected animals (>200 flukes present in the rumen and/or reticulum). There was also a significant association between ruminal fluke burden and faecal consistency. However, in a second study, we performed a case-control field survey to investigate the association between rumen fluke infection and herd-level problems with diarrhoea and no association was found. Finally, we evaluated the use of closantel (Flukiver^®, Elanco Animal Health, subcutaneous administration at 10 mg/kg) to treat rumen fluke infection on 3 herds, but no significant reduction in egg output post-treatment was found. Because this result is in contrast with a previous study using an oral dose of closantel, more research is required into the effect of administration route on the efficacy of closantel on rumen fluke.     

Waste potato dumps as sources of insects contaminated with soft rot coliform bacteria in relation to re-contamination of pathogen-free potato stocks

Summary Insects belonging to 12 genera in the Order Diptera, found at two large waste potato dumps in Scotland. were contaminated with soft rot coliform bacteria. In 1973, 5.7% and 3.2% and in 1974, 4.8% and 4.1% of the insects caught at each site yielded these organisms. The bacteria were identified mainly asErwinia carotovora var.carotovora, though some isolates wereErwinia carotovora var.atroseptica. Isolations from potato dump waste showed that at the time when fly activity was greatest the majority of soft rot coliforms in the waste wereE. carotovora var.carotovora, despite the fact that tubers originally forming the dumps were almost certainly infected mostly withE. carotovora var.atroseptica. Contaminated insects could readily transmit soft rot coliforms to damaged areas on the aerial parts of potato plants. It is suggested that potato stocks freed from these organisms by the stem cutting procedure could become re-contaminated by insects that disperse from potato dumps.

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Zusammenfassung Zw?lf Arten von Insekten der Gattung Diptera, periodisch gesammelt auf zwei grossen Kartoffelabfallhaufen in Schottland, waren mit koliformen Nassf?ulebakterien kontaminiert (Tab. 2, 3, 5 und 6). Nur zwei der Arten galten vorher als m?gliche Ubertr?ger dieser Organismen. 1973 waren 4,6% der an den beiden Orten w?hrend der Saison gesammelten Insekten mit diesen Organismen behaftet, 1974 waren es 4,5%. Nicht weniger als 9,6% der Insekten waren bei einigen F?ngen im Jahre 1973 und 14,7% im Jahre 1974 Tr?ger von Nassf?uleErwinia sp. Die Fruchtfliegen (Parascaptomyza sp. undDrosophila spp.) waren 1973 die am h?ufigsten kontaminierten Insekten (Tab. 2 und 3). Diese Gruppe von Insekten war auch 1974 meistens kontaminiert, aber am h?ufigsten wurden die Bakterien vonScatophaga spp. undDelia spp. (Tab. 5 und 6) isoliert. Sowohl 1973 als auch 1974 wurdeErwinia carotovora var.carotovora (in der FolgeE. carotovora genannt) h?ufiger von den Insekten isoliert alsErwinia carotovora var.atroseptica (in der FolgeE. atroseptica genannt) (Tab. 1 und 4), obwohl die Knollen. die ursprünglich den Abfallhaufen ausmachten, fast sicher meistens mitE. atroseptica infiziert waren. Das Verh?ltnis vonE. carotovora zuE. atroseptica, isoliert von Insekten beider Haufen, war 1973 9,5∶1 (13,5∶1 und 5,5∶1 je Abfallhaufen) und 1974 3,8∶1 (2,7∶1 und 6,8∶1 für die beiden Orte).E. atroseptica wurde 1973 nur früh in der Vegetationszeit (vor dem 30. Juli) von den Insekten isoliert (Tab. 1), 1974 nur früh (vor dem 30. Juli) oder sp?t in der Vegetationszeit (nach dem 10. Oktober) (Tab. 4).E. carotovora dagegen konnte in beiden Jahren über die ganze Vegatationszeit isoliert werden (Tab. 1 und 4). Die Wiedergewinnung vonE. atroseptica von Insekten war mit dem Vorhandensein von frisch abgelagerten faulen Knollen zur Zeit. wenn die Insekten gesammelt werden. verbunden. EinzigE. carotovora wurde von Insekten isoliert. die zu einer Zeit gesammelt wurden, wenn auf den Abfallhaufen nur?lteres verfaulendes Material vorhanden war. Isolationen von faulenden Ueberresten, die 1975 dem Abfallhaufen entnommen wurden (Tab. 7), zeigten, dass sowohlE. carotovora als auchE. atroseptica in der Regel das ganze Jahr vorhanden waren.E. atroseptica herrschte früh im Jahr (Januar bis Juni) vor und an einem Ort auch sp?t in der Zeit der Musterentnahme (Oktober bis Dezember).E. carotovora war von Juni bis Oktober der am meisten isolierte Organismus. Das Vorherrschen vonErwinia carotovora var.atroseptica war mit dem Vorhandensein von frisch weggeworfenen Kartoffelknollen früh und sp?t in der Zeit der Musterentnahme verbunden.E. carotovora schien in den faulenden Knollen l?nger zu überleben und war der am meisten isolierte Organismus aus ?lterem verwesendem Material. Die Verh?ltniswerte vonE. carotovora zuE. atroseptica. isoliert von Insekten. waren h?her alsjene, die für das verfaulende Material aus den Abfallhaufen gefunden wurden. Es ist anzunehmen, dass die Insekten selbst einen selektiven Einfluss zu Gunsten vonE. carotovora ausüben. Von einem der Abfallhaufen gesammelten Insekten übertrugen im GlashausE. carotovora sogleich auf verletzte Kartoffelstengel. Man nimmt an, dass Kartoffelbest?nde. die mit Hilfe des Stengelschnittes von koliformen Nassf?uleerregern befreit wurden, durch Insekten, die von Kartoffelabfallhaufen kommen, wieder verseucht werden k?nnen.

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Résumé 12 genres d'insectes appartenant à l'ordre des Diptères, capturés périodiquement en Ecosse. sur deux grands tas de déchets de pommes de terre se sont révélés être contaminés par des bactéries coliformes. agents de la pourriture molle (tableaux 2, 3, 5 et 6). Auparavant, seuls 2 genres avaient été cités comme vecteurs possibles de ces microorganismes. En 1973, 4.6% des insectes capturés aux 2 endroits, et en cours de saison. portaient ces parasites de la pomme de terre. En 1974. 4,5% étaient également contaminés. Pour l'ensemble de ces captures. il y a eu 9.6% des insectes en 1973. et 14.7% en 1974 qui portaientErwinia sp. Les mouches des fruits (Parascaptomyza etDrosophila spp.) ont été le plus fréquemment contaminés en 1973 (tableaux 2 et 3). Ce groupe d'insectes était également atteint en 1974. mais les bactéries on été plus fréquemment isolées à partir deScatophaga spp. etDélia spp. (tableaux 5 et 6). En 1973 et 1974.Erwinia carotovora var.carotovora (dans la suiteE. carotovora) a été plus fréquemment isolé de ces insectes qu'Erwinia carotovora var.atroseptica (dans la suiteE. atroseptica) (tableaux 1 et 4) bien que les tubercules constituant à l'origine les tas de déchets étaient certainement plus infestés parE. atroseptica. Le rapport entreE. carotovora etE. atroseptica pour les isolements sur insectes provenant des deux endroits a été 9,5/1 (respectivement 13.5/1 et 5.5/1 pour chacun des tas de déchets) en 1973 et 3,8/1 (2,7/1 et 6,8/1) en 1974.E. atroseptica n'a été isolé que t?t dans l'année (avant le 30 juillet) en 1973 (tableau 1) et 1974 (tableau 4) elle l'a été précocement (avant le 30 juillet) ou tardivement (après le 10 octobre).E. carotovora, par contre, l'a été durant toute la saison pendant les deux années (tableuaux 1 et 4) l'isolement d'E. atroseptica est lié au moment de la capture des insectes, à la présence de tubercules nouvellement pourris lors de la mise en tas. Par contreE. carotovora a été isolé à partir des insectes capturés sur les tas où il n'y avait que du matériel présentant des pourritures plus agées. En 1975, des isolements effectués sur les tas de déchets ont montré qu'E. carotovora etE. atroseptica étaient habituellement présents toute l'année (tableau 7).E. atroseptica était prédominante en début de saison (de janvier à juin). II n'y a eu qu'un seul cas où on l'a observé plus tardivement durant la période d'échantillonage (octobre à décembre).E. carotovora a été le principal organisme isolé de juin à octobre. La prédominance d'E. atroseptica était associée à la présence de tubercules nouvellement entreposés précocement et tardivement durant la période d'échantillonage.E. carotovora semblait subsister plus longuement dans les tubercules pourris et était le principal organisme isolé à partir de matériel altéré le plus agé. Les rapportsE. carotovora surE. atroseptica obtenus à partir des isolements effectués sur insectes ont été plus élévés que ceux trouvés à partir du matériel pourri en provenance des tas. Les auteurs suggèrent que les insectes euxmêmes peuvent exercer une action sélective en faveur d'E. carotovora. Les insectes collectés à partir d'un des tas peuvent transmettre facilementE. carotovora aux pommes de terre se trouvant en serre et dont les tiges sont endommagées. Les auteurs suggèrent que les lots de pommes de terre indemnes de bactéries coliformes grace au procédé de bouturage peuvent être à nouveau recontaminé à partir des tas de déchets de pommes de terre et par l'intermédiaire des insectes.

     

Occurrence and survival of coliform bacteria, Escherichia coli and Salmonella in various manure and compost

pp. 865–874
Occurrence and survival of fecal-contamination indicator bacteria (coliform bacteria, Escherichia coli and Salmonella ) in various manure and compost samples collected from 23 composting facilities mostly in Kyushu were investigated by using selective media. Coliform bacteria were detected on desoxycholate agar from 11 (38%) of 29 product samples (15 cow dung manure, 4 poultry manure, 2 biosolid compost and 8 food waste compost) at a range of 10² to 10⁶ cfu g¹ dry matter. From positive samples, 21 isolates of possible coliform bacteria were purified. Among them, species of coliform bacteria ( E. coli , E. vulneria , Pantoea sp. and Buttiauxella agrestis ) were identified whereas isolates of Serratia marcescens , not coliform bacteria, were also obtained, suggesting that careful observation was necessary to avoid false positive counting due to the presence of a red colony of S. marcescens that resembled coliform bacteria. Isolates of E. coli were tested for slide aggregation with a set of antiserum against pathogenic E. coli serotypes and negative reaction was obtained for all the isolates tested. Direct detection of E. coli on Chromocult coliform agar and Salmonella on MLCB agar resulted in none and 2 (17%) of 12 samples tested, respectively. The fate of fecal-contamination indicator bacteria as above was followed during compost production on 7 cases at 6 compost facilities and 4 patterns were observed: fecal-contamination indicator bacteria 1) decreased and finally disappeared, 2) decreased once but re-growth was occurred on products, 3) decreased to some extent but remained in products, 4) was not detected throughout production. These results suggest that some fecal-contamination indicator bacteria may survive compost production and appropriate temperature control would be significant for hygiene control of manure and compost.     

伊河河水中细菌总数和大肠菌群数的检测研究

[目的]该试验通过检测伊河河水中细菌总数和大肠菌群数,了解伊河河水的水质,为伊河周边景观生态用水卫生状况的进一步改善提供依据。[方法]从伊河河水的3段区域采样,分别采用平板菌落计数和多管发酵法测定河水中细菌总数和大肠菌群数？[结果]第一部分检测伊河河水中的细菌总数,测得采样点b点细菌总数最多;第二部分检测伊河河水中大肠菌群数为107MPN／mL：[结论]伊河河水作为景观生态用水,符合国家《景观娱乐用水水质》中景观生态用水B类水质标准的规定。     

景观河道病原微生物分布特征及其与环境因子的关系

鉴于当前城市人口密集、公众与景观水体接触日益增多、水体整体环境较差的现状,为正确评价景观河道环境现状,以上海市中心城区3条不同营养状态及功能河道为例,选取2017年汛期5场连续降雨,分析了河道病原微生物的分布特征及其与环境因子的相关关系。结果表明,劣Ⅴ类水质的河道a晴天粪大肠菌群平均浓度为1.72×10~3MPN/mL,雨天为3.34×10~3MPN/mL,水质较好的河道b和河道c晴天与雨天粪大肠菌群平均浓度保持10~2MPN/mL。晴天3条河道大肠菌群平均浓度相差2个数量级,河道a为5.15×10~3CFU/mL,河道b和河道c分别为30 CFU/mL和99 CFU/mL;雨天大肠菌群平均浓度河道a为1.04×10~5CFU/mL,河道b和河道c分别为289 CFU/mL和147 CFU/mL。在变化趋势上,降雨导致粪大肠菌群和大肠菌群浓度增加,但大肠菌群浓度增加的程度明显高于粪大肠菌群。相关分析显示,3条河道内粪大肠菌群和大肠菌群与环境因子相关性存在一定差异,但基本都表现为与TN、TP和NH_3-N显著正相关,控制河道氮磷营养水平能显著抑制病原微生物增殖。     

漳州破灶屿海区海水及贝类体中的粪大肠菌群

2007年9月－2008年9月期间对漳州破灶屿海区海水及养殖贝类体中的粪大肠菌群（FCB）进行了采样调查,同时采集海门岛附近海域养殖贝类进行对比分析。结果表明,破灶屿周边海域海水中FCB均未超GB 3097-1997《海水水质标准》第二类标准（≤2000个/L）,受到FCB的污染相对较小;养殖的牡蛎粪大肠菌群均符合GB 18421-2001《海洋生物质量》第一类标准（≤3000个/kg）;而海门岛附近海域养殖的缢蛏粪大肠菌群超标率为80%,贝类已受到粪大肠菌群的污染。