凡纳滨对虾易位子相关蛋白α亚基(TRAPα)基因解析及其与WSSV抗性的关联

本研究旨在探讨凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)易位子相关蛋白 α 亚基(translocon-associated protein alpha, TRAPα)基因特征及其在抗白斑综合征病毒(white spot syndrome, WSSV)中的作用。通过 PCR 和 Sanger 测序技术, 获得凡纳滨对虾 TRAPα 的开放阅读框(open reading frame, ORF)序列, 将该基因命名为 Lv-trapα, 并进行生物信息学分析。采用 real-time PCR 分析 Lv-trapα 基因在健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 不同时间点的凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、 肌肉、眼柄中的 Lv-trapα 表达水平。同时, 利用重亚硫酸氢盐测序技术(bisulfite sequencing PCR, BSP)检测健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 后 96 h 的凡纳滨对虾肝胰腺组织中 Lv-trapα 基因上游 DNA 序列的甲基化水平。结果显示, Lv-trapα 的 ORF 全长 873 bp, 共编码 290 个氨基酸, 预测相对分子质量为 32466.4, 理论等电点为 4.45。多序列比对发现 TRAPα 蛋白的保守性较高。Lv-trapα DNA 序列中有 8 个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism, SNP), 其中 1 个 SNP 位点处于外显子区域且属于错义突变, 其余 7 个 SNP 位点处于内含子区域。real-time PCR 结果显示, Lv-trapα 基因在凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、肌肉、眼柄中均有表达, 且在感染 WSSV 后显著上调表达(P＜0.05)。 值得注意的是, 在感染 WSSV 后 96 h, 体内病毒含量不同的凡纳滨对虾肝胰腺中 Lv-trapα 的表达水平差异显著, 高病毒含量组中 Lv-trapα 的表达水平显著高于低病毒含量组(P＜0.05), 提示 Lv-trapα 表达水平和 WSSV 复制水平存在正相关性。BSP 结果显示, Lv-trapα 基因上游 1 个 CpG 位点(存在于 NCBI 数据库 NW_020872863.1 第 360336-360337 nt 位置)的甲基化水平和 Lv-trapα 表达水平呈负相关, 该 CpG 位点的甲基化水平和凡纳滨对虾体内 WSSV 病毒含量也呈负相关。本研究可为深入研究凡纳滨对虾抗 WSSV 的分子机制和抗病分子育种提供理论参考。     

氨氮质量浓度及附着基筛选对硝化细菌氨氮净化影响

将带有试验硝化细菌——食油假单胞菌X14-1-1的等面积陶粒、聚氯乙烯、纤维、火山岩、无纺布和流化床6种材料的附着基分别放入1 L的充气瓶内,在36℃、130 r/m in的摇床上混合培养48 h后,洗脱计数测定菌种附着数量.模拟氨氮去除率试验中氨氮初始质量浓度为0(不加硫酸铵)、10、20、30、40、50、60 m...     

不同生物量浒苔去除虾蟹共培养系统中氨氮的效果

传统海水虾蟹类养殖模式中,虾蟹生长过程中所释放的氨氮会严重影响水体环境.藻类具有吸收氨氮、净化水质的作用.通过建立藻、虾/蟹共养系统,以不同生物量的浒苔(Ulva prolifera)分别与几种虾蟹共培养,在其他条件相同情况下进行试验.结果表明,浒苔与日本(Charybdis japonica)生物量比为0.07,与脊尾白虾(Exopalamon carincauda)、口虾蛄(Squilla orarotia)和凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)生物量比均为0.06时达到氨氮释放率和吸收率的平衡.且在4 d时氨氮浓度均小于0.2 mg/L,达到养殖用水标准.研究结果可为虾蟹类工厂化养殖及虾蟹类长途保活运输提供理论依据.     

液相芯片“黄海芯1号”在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用

为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值,实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(Vp_AHPND)侵染实验,利用自主研发的40K SNP液相芯片“黄海芯1号”获得146尾个体的基因型信息,对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力。Vp_AHPND浸染实验结果显示,不同群体间存在抗病差异,PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%。利用质控后的38 148个SNP信息构建系统进化树,结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起,进而同属一个群体的多个家系聚在一起。主成分和遗传结构分析显示,可以准确地将146尾个体划分为3个组,与系统进化树聚类结果一致。遗传多样性分析显示,3个群体的观测杂合度(H_o)平均值为0.25～0.29,多态信息含量(PIC)平均值为0.20～0.23,上述遗传参数达到极显著水平。3个群体间的遗传分化系数(F_ST)为0.11～0.21,存在中高度遗传分化。基因组近交分析表明,EE、PP和SS...     

凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25相似文献   

不同光照周期对脊尾白虾生长、性腺发育以及血淋巴生化成分的影响

为探讨不同光照周期对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)生长、性腺发育以及血淋巴生化成分的影响,本研究挑选体质量为(0.71±0.05) g、体长为(3.62±0.28) cm的脊尾白虾,在水温23~25℃、盐度22~24、pH 7.8~8.1、光照强度为1000 lx的养殖条件下,测定其在5种光照周期(全光照L、16L︰8D、12L︰12D、8L︰16D、全黑暗D,L表示光照时长,D表示黑暗时长)下的生长、性腺发育以及血淋巴生化成分等相关指标。结果显示,在存活率方面,全黑暗组最高[(86.67±5.77)%],其次为12L︰12D组[(83.33±8.82)%],再次为8L︰16D组[(80.00±3.33)%],3组之间无显著差异(P>0.05);在特定生长率方面,8L︰16D组的特定生长率为(2.49±0.20)%/d,显著高于全黑暗组(P<0.05);在蜕壳率方面,8L︰16D组蜕壳率最高,为(6.96±0.50)次/(尾·d)。性腺指数随光照时间的缩短逐渐增大,在光照时间为8L时达到最高值[(2.37±0.04)%],显著高于其他组(P<0.05);8L︰16D组卵巢成熟率为(42.93±4.57)%,显著高于全黑暗组(P<0.05);8L︰16D组卵巢相对长度在实验第30天时显著高于其他组(P<0.05)。8L︰16D组血淋巴蛋白质和胆固醇浓度显著高于全光照组、16L︰8D组和全黑暗组(P<0.05),与12L︰12D组无显著差异(P>0.05);8L︰16D组葡萄糖浓度显著高于全光照组和全黑暗组(P<0.05),与16L︰8D组和12L︰12D组差异不显著(P>0.05);8L︰16D组甘油三酯浓度显著高于其他组(P<0.05)。研究表明,不同光照周期对脊尾白虾生长、性腺发育以及血淋巴生化成分均产生不同程度的影响,8L︰16D是脊尾白虾亲虾促熟和工厂化养殖较为适宜的光照周期。     

鱼类趋化因子家族的研究进展

趋化因子(chemokines)是一类分子量仅 8~10 kD 的小分子细胞因子,由巨噬细胞、成纤维细胞、T 细胞和 B 细胞等表达分泌。按生理功能的差异可将趋化因子分为组成型和诱导型,前者通常参与淋巴细胞的迁移、定位以及免疫监视, 而后者仅在感染或炎性刺激时分泌并诱导白细胞迁移至炎症部位。根据氨基酸序列中前两个半胱氨酸(Cys)的排列方式, 可以将趋化因子分为 4 类: CXC 亚族、CC 亚族、C 亚族和 CX3C 亚族。鱼类至今尚未发现有关 CX3C 亚族趋化因子的研究报道, 但拥有一类特有的 CX 亚族。除了基本的募集和激活白细胞功能外, 鱼类趋化因子在免疫应答、应激反应、胚胎发育及血管生成等方面也发挥着重要作用。本文从鱼类趋化因子及其受体的分类、鉴定、结构、表达以及功能等方面进行了综述。     

斑马鱼Tph1a蛋白表达、纯化及对脂代谢基因的影响

对斑马鱼色氨酸羟化酶1a(Tph1a)进行原核表达、纯化,探究其在斑马鱼脂代谢中的作用.根据大肠埃希菌的偏爱密码序列,优化斑马鱼tph1a编码区,插入原核表达载体pET-28a,构建融合蛋白表达质粒,并诱导表达、纯化和复性后,腹腔注射斑马鱼,检测其对脂代谢基因表达的影响.结果表明:重组蛋白Tph1a表达形式为包涵体;纯化和复性后的蛋白质具有57 ku的特异性条带;腹腔注射复性蛋白后,高脂组斑马鱼acc、pgc1a基因等表达上调,lpl基因表达下调,且pgc1a基因的表达丰度远高于其他脂代谢基因.这一研究成功构建了原核表达载体pET-28a-tph1a,获得体外高效表达;该蛋白质不仅诱导肥胖斑马鱼的长链脂肪酸合成阻滞,更促进脂肪酸氧化与分解,为探究Tph1a在鱼类脂代谢调控中的功能奠定了基础.