上海市农业生物基因资源数据库的构建及其应用

基因资源的数据化——基因资源数据库的建立对于实现基因资源的全社会共享、促进基因资源的有效利用具有重要意义。本文简要介绍了上海市农业生物基因资源数据库的组成、特点及应用实例。以利于更好地利用这些宝贵的基因资源。     

干旱驯化后节水抗旱稻苗期不同发育时间DNA甲基化模式变化分析

以一个节水抗旱稻沪旱3号为研究材料,经过连续6代干旱胁迫驯化后,采用甲基化敏感扩增多态性方法在苗期不同发育时间对原始代(G0)和第6代(G6)DNA甲基化变化情况进行分析。结果表明,沪旱3号甲基化位点比例约为34%,其中,全甲基化位点约占84%,半甲基化位点约占16%。在苗期,随着沪旱3号生长发育,甲基化水平下降。不同世代或/和不同发育时间差异甲基化位点占总检测位点的4.0%,其中,大部分仅与发育相关(57.9%),而世代之间无差异。干旱驯化后,G6的DNA甲基化模式发生了改变。G6与G0相比,在3叶期,去甲基化事件占主要部分(59.1%);在4叶期,甲基化事件占主要部分(47.9%)。生长发育涉及全基因组DNA甲基化变化,变化位点主要分布在启动子区域和外显子区域。功能聚类分析表明差异甲基化位点相关基因涉及广泛的功能。     

太空诱变节水抗旱稻的AFLP分析

【目的】将节水抗旱稻沪旱3号进行太空诱变后,对其繁殖的稳定后代材料进行AFLP分析,为获得与表型相关的、有价值的水稻突变基因奠定基础。【方法】从经太空诱变的沪旱3号（Hh3）种子在地面繁殖7代后得到表型趋于稳定的101份材料中选取7份材料,对其基因组进行AFLP分子标记分析,并在田间进行抗旱性鉴定。【结果】沪旱3号诱变株系的基因组平均突变率为10．5％。利用AFLP引物组合中的3对引物E-AAT／M-CCA、E-AAT／M-CCC和E-ATC／M—CGT进行选择性扩增,可获得3个特异的多态性条带,其大小分别为710、185、190bp,对应的突变株系分别为M371、M374和M340。在干旱胁迫条件下,诱变株系的抗旱性未降低,而产量相关性状明显发生改变;其中,5个变异株系的株高、7个变异株系的有效穗数、4个变异株系的千粒重、4个变异株系的理论产量和3个变异株系的实际产量均明显高于对照,而所有7个变异株系的结实率均低于对照。【结论】AFLP标记技术能够有效检测水稻变异材料基因组中的突变位点,是从分子水平研究植物空间诱变及其突变后代遗传变异的有效手段。     

浙南地区小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确浙南地区小麦育种亲本资源的遗传多样性,利用分布于小麦21条染色体上的88对SSR引物对48份小麦品种资源基因组DNA进行扩增,结果显示:其中有27对引物在48份材料之间具有稳定的多态性,共检测出159个等位位点,每对引物等位位点数为2～9个,平均为5.89个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.117 ～0.850,平均为0.652.48份小麦品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.68～1.00,品种资源间的遗传多样性较低.采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.75处,可将48份小麦品种(系)分为6大类群,在一定程度上反映了品种资源之间的亲缘关系.     

利用服务器虚拟化技术构建基因资源数据整合分析发布平台

介绍了服务器虚拟化技术以及服务器虚拟化带来的低成本高效率等诸多优点,利用VMware服务器虚拟化技术搭建了基因资源数据分析发布平台。     

叶用莴苣NAC基因家族的鉴定与热胁迫表达分析

NAC基因家族是植物特有的一类转录因子家族,在植物响应高温等非生物逆境胁迫中发挥重要作用。本研究通过对叶用莴苣基因组数据库进行查询鉴定,共有99个LsNAC基因,编码NAC蛋白161个。LsNAC基因在1号到9号染色体上均有分布,2个LsNAC基因未能定位在染色体上,其中6号染色体上编码的基因最多,8号染色体上编码的基因最少。叶用莴苣NAC蛋白有着相似的motif组成,分析表明,NAC总共有9个保守的motif,前8个motif分布在保守的N端,只有第9个motif位于序列不保守的C端,而且第9个motif仅存在于9个Ls NAC蛋白中。LsNAC基因的重复性鉴定分析表明,7对为片段重复基因,6对为串联重复基因。系统进化分析表明Ls NACs可以分为6个亚家族,通过对叶用莴苣热胁迫下的转录组数据进行分析,鉴定出13个对热胁迫响应的LsNAC基因,这些LsNAC基因在除第六亚家族之外,在其他五个家族中均有分布,其中第三个亚家族含有的热响应基因最多(4个LsNAC基因),RT-qPCR实时荧光定量分析进一步验证表明10个NAC基因在耐热材料中上调表达,3个下调表达。本研究为今后LsNAC基因在叶用莴苣中的耐热机理研究和相关抗逆育种提供了重要的理论基础。     

水分胁迫对节水抗旱稻产量形成和根系形态生理特性的影响

目的 探究节水抗旱稻组合旱优73在不同灌溉条件下产量形成特点及其根系形态生理的变化情况。方法 以节水抗旱稻旱优73和高产水稻H优518为材料,通过根管试验设置三种水分处理(常规灌溉、轻度水分胁迫、重度水分胁迫),调查株高、分蘖、根系形态特征和生理特性以及产量构成因素,分析性状之间的关系,探究不同程度水分胁迫对旱优73和H优518产量形成和根系形态生理的影响及其差异。结果 两年的重复试验结果表明,与常规灌溉相比,在轻度水分胁迫下,旱优73的产量及其构成因素无显著变化,H优518的产量在两年内平均减少了25.6%,每穗粒数、结实率、千粒重也显著降低;在重度水分胁迫下,两品种产量及其构成因素均显著降低,其中,旱优73的产量两年内平均减少了28.8%,H优518产量减少了46.1%。与常     

由两例种业开发的风险案例引发的思考

从法律上看．种业开发实际上是一种知识产权的开发。随着我国种业开发越来越走向市场化．种业界种子开发的风险防范意识也越来越强．但依据本人所接触的案件实例看．有两类风险未引起种业界重视．或未找到良好的防范方法．即合作开发中的约定不明风险与育种工作人员的忠诚风险。本人也曾为防范该两类风险困惑过,试图在现行法律许可的范围内．寻找到一条可行并简单经济的方法．     

SRAP标记技术及其在蔬菜作物遗传多样性分析中的应用

SRAP标记技术是基于内含子、启动子3’端含AATT核心和开放阅读框的编码区富含GC的序列规律进行随机扩增而获得DNA多态性的。由于不同的生物个体其基因组的内含子、启动子与外显子的间隔长度不同,因而扩增出的DNA指纹图谱也就产生了多态性。SRAP标记是近年来发展起来的一种DNA多态性分子标记, 以其操作简便快速、成本低、可信度高、易于测序等特点倍受关注。在短短的几年时间内,此标记已在马铃薯、水稻、苹果、柑橘类果树、樱桃、梅子、油菜、大蒜、芹菜和棉花等植物中实验应用,显示出良好的应用效果。本文综述了SRAP标记技术原理特点和在蔬菜遗传多样性研究领域初步应用情况。     

水稻苗期模拟干旱胁迫条件下表型性状QTL定位

以耐旱性差异较大的两个亲本珍汕97B（ZS97B）和IRAT109构建的重组自交系（RIL）为试验材料,在正常水分条件和干旱胁迫[浓度为18%的聚乙二醇-6000（PEG-6000）模拟干旱]条件对水稻苗期苗高、根长、苗高生长速率、根长苗高比、叶卷曲进行QTL定位分析,共检测到24个相关的QTL,贡献率变幅在7.35%~39.30%。其中正常条件下检测到13个相关的QTL位点,分布在第1、2、3、5、6、10、12染色体上;干旱胁迫条件下检测到11个相关的QTL位点,分布在第1、3、5、7、10、12染色体上。2种条件下检测到的QTL位点差异很大,表明不同处理条件下相关性状的遗传机制不同。此外,在第1染色体上的RM472~RM104存在控制苗高、苗高生长速率、根长、根长苗高比多个性状的QTL,并且此区间在2种处理条件下能重复检测到控制苗高位点。