云南醉鱼草属(Buddleja L.) 观赏植物资源的调查研究

 在对云南分布的醉鱼草属观赏资源系统调查和资料整理的基础上, 研究了该属植物在云南的地理分布规律及25 种(包括变种) 醉鱼草的观赏性状, 包括花、叶、香气等观赏特征及其开花期, 指出开发利用面对的问题和应采取的措施。     

云南金丝桃属植物资源的调查研究

 通过对云南分布的金丝桃属植物资源系统调查和资料整理，研究了该属植物在云南的地理分布及24种金丝桃的观赏性状及其资源状况，提出其持续合理开发利用的建议及措施。     

高通量测序解析冰鲜刀鲚细菌群落变化特征

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间（0、3、6、9、12、15、18 d）刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区（V3—V4）进行测序,比较其细菌多样性及门、属水平的细菌相对丰度,并进行主成分分析、Heatmap分析以及特定腐败菌分析。结果显示,7组样品细菌分布于40门787属,冰鲜条件下刀鲚肌肉的优势致腐败菌属为假单胞菌、微杆菌属和气单胞菌属。主成分分析显示,刀鲚腐败前后的微生物结构存在差异。Heatmap图分析显示新鲜样本的细菌丰度最大。3组冰鲜贮藏6 d前的样品群落结构较相似。贮藏12 d时常见致腐菌（微杆菌属、假单胞菌属、气单胞菌属）占比显著提高,其细菌的多样性及丰富度最低。随着冰鲜保存时间的延长,刀鲚肌肉的细菌菌落结构产生了动态变化。冰鲜保存6～9 d后刀鲚肌肉的细菌菌落结构变化较大,研究结果可以为预测冰鲜刀鲚货架期提供参考。     

Identification of Rosellinia species as producers of cyclodepsipeptide PF1022 A and resurrection of the genus Dematophora as inferred from polythetic taxonomy

Rosellinia (Xylariaceae) is a large, cosmopolitan genus comprising over 130 species that have been defined based mainly on the morphology of their sexual morphs. The genus comprises both lignicolous and saprotrophic species that are frequently isolated as endophytes from healthy host plants, and important plant pathogens. In order to evaluate the utility of molecular phylogeny and secondary metabolite profiling to achieve a better basis for their classification, a set of strains was selected for a multi-locus phylogeny inferred from a combination of the sequences of the internal transcribed spacer region (ITS), the large subunit (LSU) of the nuclear rDNA, beta-tubulin (TUB2) and the second largest subunit of the RNA polymerase II (RPB2). Concurrently, various strains were surveyed for production of secondary metabolites. Metabolite profiling relied on methods with high performance liquid chromatography with diode array and mass spectrometric detection (HPLC-DAD/MS) as well as preparative isolation of the major components after re-fermentation followed by structure elucidation using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy and high resolution mass spectrometry (HR-MS). Two new and nine known isopimarane diterpenoids were identified during our mycochemical studies of two selected Dematophora strains and the metabolites were tested for biological activity. In addition, the nematicidal cyclodepsipeptide PF1022 A was purified and identified from a culture of Rosellinia corticium, which is the first time that this endophyte-derived drug precursor has been identified unambiguously from an ascospore-derived isolate of a Rosellinia species. While the results of this first HPLC profiling were largely inconclusive regarding the utility of secondary metabolites as genus-specific chemotaxonomic markers, the phylogeny clearly showed that species featuring a dematophora-like asexual morph were included in a well-defined clade, for which the genus Dematophora is resurrected. Dematophora now comprises all previously known important plant pathogens in the genus such as D. arcuata, D. bunodes, D. necatrix and D. pepo, while Rosellinia s. str. comprises those species that are known to have a geniculosporium-like or nodulisporium-like asexual morph, or where the asexual morph remains unknown. The extensive morphological studies of L.E. Petrini served as a basis to transfer several further species from Rosellinia to Dematophora, based on the morphology of their asexual morphs. However, most species of Rosellinia and allies still need to be recollected in fresh state, cultured, and studied for their morphology and their phylogenetic affinities before the infrageneric relationships can be clarified.     

养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38%。回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种。研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考。     

中华鳖群体间编码MHCⅠ类分子α2结构域基因的克隆及序列分析

2004年1月至2005年4月在江苏靖江市的长江沿岸用定置张网采集刀鲚261尾。清洗后的矢耳石在60℃烤箱中烘烤24h，干燥冷却后用电子天平称重，精确到0．01mg。成对t检验显示，左右矢耳石间的重量无显著差异（P〉0．05），选用左矢耳石为研究对象。用直线、幂函数和多项式等确定各类参数间的最佳拟合公式。结果表明，长江口刀鲚的耳石重量在不同年龄组间的重叠相对较少，大小相近的个体，年龄大即生长慢的比年龄小即生长快的耳石重量大，不同龄组间耳石重量有显著的差异（P〈0．05）。按年龄组以耳石重量与相应的体长作图，可初步判断所观测年龄的可靠性。分析耳石重量的频率分布，能分离出体长相近但年龄不同的个体，其结果与依据耳石年轮观测的基本一致，耳石重量与年龄呈显著的线性相关性（P〈0．05）。用该相关性估算年龄，与从耳石上直接读取的年龄并无显著差异（P〉0．05）。因此，矢耳石重量可以作为直接确定长江口刀鲚年龄或作为验证依据钙化组织判断年龄准确性的有效手段。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。     

长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

长江口凤鲚幼鱼的耳石微结构、日龄与生长

2007年7月、8月和9月在长江口区域从小型拖网和张网渔获物中获取凤鲚幼鱼,摘取矢耳石进行耳石微结构分析,确定凤鲚幼鱼的日龄和孵化日期,分析个体早期生长过程.凤鲚幼鱼的体长范围为25.6～63.2 mm,矢耳石形状与成鱼耳石相似,为不规则扁椭球形,只有—个翼状突起.耳石横截面磨片上具有一个核和一个原基.耳石原基的直径为12.5 ～ 22.8μm,平均为(14.3±4.8) μm(n =111).耳石核中心到第一个生长轮的距离为(24.9±6.4)μm(n=44).生长轮在耳石长轴上排列较疏且不清晰,短轴上较密但清晰.凤鲚幼鱼的日龄为54～128 d,对应的孵化日期为2007年4月10日至7月23日,高峰期为2007年5月1 1日至6月26日.耳石半径(R)与标准体长(LS)间呈显著的线性相关关系,回归方程为LS=6.68 +0.065R.凤鲚幼鱼前20个生长轮宽度较窄,并有逐渐变窄的趋势,第20日轮之后,生长轮宽度逐渐变宽,至第50日轮后生长轮宽度趋于稳定.