河南省部分地区猪流行性腹泻病毒ORF3和N基因的克隆及其遗传进化分析

为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。     

猪流行性腹泻病毒安徽分离株ORF3基因的克隆与序列分析

为了解猪流行腹泻病毒(PEDV)的遗传变异,试验对来自安徽省不同地区8个猪场病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDV ORF3基因,测序并进行序列分析。结果显示,8份样品均扩增出包含ORF3基因全长(675 bp)的目的片段,核苷酸序列同源性为98.5%~100%;它们与疫苗株(attenuated DR13、CH-BJ-2011 truncated)及CV777株和LZC株的同源性较低(95.1%~98.1%),与2011年后的中国及美国分离株存在较高同源性(98.2%~100%)。提示8个PEDV分离株均为强毒株。     

猪流行性腹泻病毒湖南分离株ORF3基因克隆与遗传进化分析

为了解湖南省猪流行性腹泻病毒基因变异情况,研究应用RT-PCR技术对湖南某猪场暴发疑似感染PEDV腹泻仔猪中提取肠道病料组织样品进行研究,同时对病原ORF3基因序列进行扩增与分析。结果显示,12份样品中有3份检测为PEDV阳性,其ORF3基因序列均为675bp,无碱基插入或缺失,仅出现个别碱基突变,其与我国流行的PEDV变异株核苷酸序列同源性分别为98.8%～99.9%,但与PEDV疫苗株(CV777)同源性相对较低,仅为95.4%～96.3%;系统进化树分析结果显示此次研究的PEDV分离株与我国流行的PEDV变异株聚为同一分支,与疫苗株所处分支相隔较远。研究结果表明该猪场发生了PEDV变异株的流行,相关防治措施需尽快实施。     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

北京市猪场猪圆环病毒3型感染状况调查及其ORF2基因遗传进化分析

为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测与ORF3基因分子流行病学调查

为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析.结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到55.32％,病料阳性率达到57.52％.ORF3基因测序分析显示:11个流行病毒株ORF3全基因序列大小均为675bp,编码224个氨基酸.11个流行株ORF3基因同源性为95.9％～99.9％,编码氨基酸同源性为96.4％～100％.与欧洲代表性强毒株CV777基因同源性为96.3％～97.0％,编码氨基酸同源性为95.1％～96.4％,与CV777弱毒疫苗株基因同源性为96.8％～97.6％,编码氨基酸同源性为92.3 ％～93.4％,并且无疫苗病毒株ORF3基因的49个碱基缺失.与韩国病毒株比较,其基因同源性为95.0 ％～98.5％,编码氨基酸同源性为95.5％～99.6％.基因遗传进化树分析表明,国内外PEDV株可分为4群.我国主要流行病毒株属于第1群,与韩国病毒袜亲缘关系较近,而与我国疫苗病毒株存在较大差异.该研究表明,PEDV可能是目前我国仔猪腹泻的主要病原之一,我国PEDV流行病毒株存在明显基因变异.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因原核表达载体的构建及序列分析

根据GenBank中美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因序列,设计合成一对引物,应用RT-PCR方法扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的ORF7基因(N基因)。将所扩增片段克隆入原核表达载体pET-32a(+),pET-ORF7重组质粒转化DH5a宿主菌后,经双酶切、PCR鉴定后挑选阳性克隆测序鉴定并对插入的ORF7基因序列进行分析。结果表明,ORF7基因的原核表达载体构建成功。ORF7基因序列与美洲型的ORF7基因核苷酸同源性为92.8%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为65.3%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为92.0%～99.2%,与LV株的同源性为65.3%,系统进化树表明该PRRSV属于美洲型。本研究为N蛋白的进一步研究和制备诊断性抗原奠定了基础。     

欧洲型PRRSV RT-PCR检测方法的建立及ORF7基因序列比较

根据PRRSV(LV株)ORF7基因设计一对引物,建立了欧洲型PRRSV的RT-PCR检测方法.通过对50份组织病料检测及其ORF7基因序列分析,结果表明,有4份组织病料扩增出欧洲型PRRSV 576bp特异性片段,阳性率为8%,其ORF7基因序列和氨基酸推导序列与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株(AMERVAC-PRRS)的同源性分别在99.0%～99.7%和98.5%～100%之间,而与标准毒株(LV)的同源性分别在95.9%～96.6%和96.9%～97.7%之间.表明该PT-PCR体系适合组织病料中欧洲型PRRSV的直接检测,同时也证实了欧洲型PRRSV在我国的存在,并且与疫苗株之间具有较高的同源性.     

2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD...     

7株猪2型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

为了研究分离的猪圆环病毒2型基因序列,根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计1对引物,通过PCR方法从采自不同地区的7份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PM-WS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV2的ORF2基因,并将获得的ORF2基因片段分别克隆入pMD18-T载体,通过筛选获得重组质粒,分别命名为pMD-PCV2-HN01、pMD-PCV2-DY01、pMD-PCV2-HM01、pMD-PCV2-SDqd01、pMD-PCV2-SDqd02、pMD-PCV2-SDqd03、pMD-PCV2-PD01,并进行测序及序列分析。结果表明:HN01株ORF2基因全长为705 bp,另外6株ORF2基因全长均为702 bp;7株分离株的ORF2基因核苷酸序列同源性较高,为94.0%～99.9%,氨基酸序列同源性达93.6%以上;7株分离株与GenBank中登录的德国株和台湾株的核苷酸序列同源性较低,分别为91.7%～93.2%和89.0%～90.5%,而与丹麦、法国、中国株的核苷酸序列同源性较高,达94.0%以上,氨基酸序列同源性均达89.3%以上。     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

广西地区猪圆环病毒2型和猪圆环病毒3型基因型监测及遗传进化分析

为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PCV-2和PCV-3的阳性样品进行ORF2基因的扩增和测序,同时利用生物信息学软件DNAStar和MEGA 6.06对PCV-2和PCV-3的ORF2基因进行同源性分析和构建遗传进化树。结果表明:2017年广西地区PCV-2和PCV-3的总感染率分别为43.8%(35/80)和33.8%(27/80),PCV-2和PCV-3的共感染率为16.3%(13/80)。试验获得的19个PCV-2 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为93.6%～99.9%,对应氨基酸同源性为93.1%～100%;19个PCV-2 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为82.8%～99.9%,对应氨基酸同源性为83.3%～99.6%。试验获得的2个PCV-3 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为99.8%,对应氨基酸同源性为100%;2个PCV-3 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为97.7%～99.8%,对应氨基酸同源性为96.2%～100%。获得的19个PCV-2 ORF-2基因序列中,12个为PCV-2b亚型,7个为PCV-2d亚型;获得的2个PCV-3 ORF2基因序列为PCV-3a亚型,与丹麦和中国湖南分离得到的PCV-3亲缘关系较近。说明PCV-2和PCV-3在广西地区猪群中感染率很高,PCV-2感染主要以PCV-2b亚型为主,PCV-3之间高度保守,分布无地域性规律。     

云南省部分猪场病料猪圆环病毒3型PCR检测及克隆测序

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在云南省的流行及遗传进化情况,2020年10—12月收集云南省部分猪场疑似病料共24份,采用PCR方法进行PCV3病原检测;选取PCV3阳性扩增产物进行克隆测序,并将测序结果与16株国内外参考毒株进行ORF2核苷酸序列同源性分析。结果显示:24份病料样品中检出阳性5份,阳性检出率为20.8%;克隆出的阳性扩增产物(YNJS-2020)ORF2核苷酸序列和国内外参考毒株的同源性较高,为97.4%～98.9%,其中与西班牙毒株MF80572000同源性最高,与安徽14-201611毒株同源性最低。结果表明,云南省存在PCV3流行,且流行毒株与国内外其他毒株遗传关系较近,但也有一定差异。结果提示,云南省应加强对PCV3的监测及其流行的控制,避免PCV3大面积流行。本研究为云南省PCV3基因型分析和疫苗研究提供了一定的数据基础。     

江苏地区猪流行性腹泻流行病学调查及病原S基因序列分析

为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示：259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%～100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%～97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。     

广东省猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析

为了研究广东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株ORF3和M基因的变异情况,试验于2012—2013年从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪的小肠,通过PCR扩增得到8株PEDV的ORF3和M基因,并进行序列比对及遗传分析。结果表明:8株PEDV的ORF3基因与参考毒株核苷酸的同源性为94.7%~99.9%,其中GD-DG毒株与LZC毒株比较核苷酸的同源性最低(94.7%),GD-HY毒株与中国TX2011毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%);8株PEDV的M基因与参考毒株核苷酸的同源性为95.7%~99.9%,其中GD-MM毒株与泰国M_NIAH380_98毒株比较核苷酸的同源性最低(95.7%),GD-HZ毒株与韩国CPF299、PFF188、PFF285毒株及泰国KU01CB08毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%)。说明近年来广东省流行的PEDV毒株以变异株为主,与经典株CV777的亲缘关系较远。     

四川部分地区猪流行性腹泻的分子流行病学调查

本研究对四川猪流行性腹泻病毒(PEDV)开展了分子流行病学调查。参照毒株CV777的M基因序列,设计1对特异性引物(预期扩增大小为392bp),建立了快速检测PEDV的RT-PCR技术,对四川9个地区规模化猪场的75份仔猪腹泻病料进行检测与分析。再根据S基因的变异区域设计1对引物(扩增大小为947bp),选择扩增了四川9个地区的代表样品的S基因序列,并进行了进化与变异分析。结果显示,建立了检测PEDV的M基因的RT-PCR技术,并确定了最佳反应条件和反应体系,用该方法检测了四川75份腹泻病料,检出64份PEDV阳性,PEDV阳性检出率为86.67%,结果显示PEDV在四川地区发病季节除冬春季外,近年夏季也呈高发趋势。四川9株PEDV的S基因的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为95.1%~100%,四川毒株与14个国内外参考毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为84.6%~99.5%和84.2%~99.5%;四川流行毒株的S基因(S蛋白)存在碱基(氨基酸)缺失和插入现象。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了四川部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导该地区PEDV科学防控提供了依据。     

2015-2016年北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传变异分析

为了解北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2015-2016年省内各地163家养殖场的874份PRRS疑似病料进行RT-PCR检测,并对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行测序及变异分析.结果显示,PRRSV阳性样品共209份,阳性率为23.9%.扩增阳性样品的ORF5基因序列,并选取44条有代表性的基因序列,遗传进化分析表明,北方某省PRRSV流行毒株为美洲型毒株,其ORF5基因核苷酸同源性为82.6%~99.5%,与VR-2332、CH-1a、HuN4和JXA1、CHsx1401和NADC30株的核苷酸同源性分别为83.5%~99.3%、85.1%~95.2%、83.5%~99.3%和82.4%~96.8%.基于ORF5基因核苷酸序列绘制的遗传进化树显示,目前北方某省流行的美洲型PRRSV可分为4个亚群,其中24株属于以CHsx1401和NADC30为代表的Ⅱ亚群,19株属于以HuN4和JXA1为代表的Ⅳ亚群,1株属于以VR2332为代表的Ⅰ亚群.各毒株ORF5基因序列之间存在一定差异,但无明显地域性.本研究结果可为北方某省PRRSV遗传进化研究和疫病防控提供参考.     

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。     

5株猪流行性腹泻病毒流行株的遗传变异分析

为了解当前猪流行性腹泻流行情况,对4个地区疑似PEDV S1、ORF3基因进行RT-PCR扩增,并对5株PEDV流行株进行核苷酸同源性及遗传进化分析。S1基因核苷酸同源性比较与进化分析显示,5株PEDV流行株与意大利Italy/69979-25株、美国OH851株、我国主要变异株W-pintung-52株、AH2012、JXGZ2013等位于同一进化分支,其核苷酸同源性达98%以上。ORF3基因核苷酸同源性比较与进化分析发现,5株PEDV流行株均属于野毒株,与Tottori/JPN/2014变异株亲缘关系较近,其核苷酸同源性高达98.8%～100%。提示当前猪流行性腹泻病毒仍以变异株为主。     

猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析

应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2%的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段.经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明,所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高,而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低,基因型差异比较明显,并不归属于同一个基因亚群.本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列和氨基酸序列分析,揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景.