马鹿生长激素(GH)基因生物信息学预测及分析

为研究马鹿生长激素(GH)基因的结构和功能,从GenBank中下载马鹿、梅花鹿、鼷鹿、牛、山羊、绵羊、猪、人、黑猩猩、挪威大鼠、小家鼠、北极狐、狗、鸡和斑马鱼的GH基因完整编码区(CDS)及氨基酸序列,利用DNAStar 7.0、BioEdit 7.0生物软件与相关在线工具对马鹿GH基因核苷酸序列的基本信息及其编码蛋白的理化特性和结构特征进行了生物信息学预测及分析,对马鹿与其他14个物种GH基因的CDS序列及其编码氨基酸序列进行相似性分析,并基于氨基酸序列构建了15个物种的系统进化树。结果表明:马鹿GH基因DNA序列长度为2 100 bp,包括完整的5个外显子和4个内含子,部分5′UTR和3′UTR,CDS全长654 bp,编码217个氨基酸;其编码的蛋白是一种分子质量为24.588 4 ku,等电点为7.62的疏水性稳定碱性蛋白;存在2个强跨膜区、8个广泛磷酸化位点,二级结构元件以α-螺旋和无规则卷曲为主;该蛋白位于细胞外,含有1个信号肽,属一种分泌型蛋白;马鹿与梅花鹿、牛、绵羊、山羊和鼷鹿等动物的GH基因氨基酸序列相似性较高,亲缘关系最近。该研究结果可为马鹿GH基因的进一步分析提供详细的生物学基础信息。     

林蛙源嗜水气单胞菌β-溶血素基因序列分析

对林蛙源嗜水气单胞菌β-溶血素基因与AHL316HEM进行序列和结构分析表明,目的基因读码框架全长为1482bp,编码长度为493个氨基酸的蛋白,分子量为54.2kD,从起始位点至第23个氨基酸残基形成明显疏水区,可能构成信号肽。同源性分析表明,AHL316HEM基因编码的氨基酸序列与林蛙源嗜水气单胞菌溶血素基因的同源率为99.7%,表明俩者可能有共同的起源。     

猪完整的生长抑制素基因的特性及在不同猪种中的表达

生长抑制素(MSTN)是生长因子β超家族成员,是肌肉生长发育的重要影响因子,是肌肉生长的负调控因子,并与所谓的牛的双肌表型有关。比利时的皮特兰猪是双肌表型的代表猪种,与双肌牛有着共同的肌肉表型,表明生长抑制素基因可能是猪肌肉过度增长的候选基因。本研究对5个品种45头猪的生长抑制素基因的完整序列进行了测定和分析,包括具有特别发达肌肉的皮特兰猪和肌肉欠发达的梅山猪和野猪。经测序,得到了7626 bp的猪生长抑制素基因,包括5′和3′非翻译序列,并且发现了15个多态位点,其中3个位于启动子区,5个位于内含子1内,7个位于内含子2内。大部分的突变位点是在对本试验获得的MSTN基因序列和已发表的猪生长抑制素基因进行比对时发现的。然而,定位于猪生长抑制素基因启动子区447位点处的突变位点在皮特兰猪中有很高的等位基因频率,而不是公认的肌细胞增强因子3结合位点。Sybr Green实时定量PCR检测结果显示,这个突变位点在4周龄猪的背最长肌中表达。     

猪ERK6基因cDNA序列及功能分析

克隆猪ERK6基因cDNA序列,分析其生物学特性,为进一步研究该酶的功能提供信息资料。据已报道的人及小鼠ERK6基因cDNA序列设计引物,采用RT-PCR技术和3′RACE扩增猪ERK6基因序列,并进行序列测定。结果表明:分离cDNA共1 603 bp,其中包含ORF全长1 101 bp,编码367个氨基酸,与人、鼠氨基酸序列92%同源;利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其一级和二级结构。     

马鹿SCAI基因的克隆、生物信息学及组织表达分析

为探究细胞侵袭抑制因子(suppressor of cancer cell invasion, SCAI)基因编码蛋白的生物学特性及基因mRNA在马鹿(Cervus canadensis)鹿茸组织中的表达水平，试验采用PCR方法克隆马鹿SCAI基因编码序列区(CDS区)全长序列，测序后进行核苷酸序列同源性比对并构建系统进化树；通过生物信息学方法分析SCAI蛋白的组成、结构和理化性质等；利用实时荧光定量PCR方法检测SCAI基因mRNA在鹿茸组织中的表达水平。结果表明：马鹿SCAI基因CDS全长1 821 bp,与白尾鹿亲缘关系较近；与鸡亲缘关系较远。SCAI基因编码606个氨基酸，相对分子质量为70 337.48。理论等电点为8.85,平均亲水性为-0.433,为亲水性蛋白。SCAI蛋白中存在57个潜在磷酸化位点，不存在信号肽，亚细胞主要定位于细胞核中，不属于分泌蛋白。SCAI蛋白的二级结构中α-螺旋和无规则卷曲占比最大，为不稳定蛋白。马鹿SCAI基因在茸皮层中的相对表达量最高，其次为软骨层，在间充质和前软骨层中相对表达量最低。说明SCAI基因参与了马鹿鹿茸的生长发育。     

广西隆林山羊MyoG基因的序列分析与结构预测

为了丰富优良地方品种隆林山羊的MyoG基因遗传学基础信息,并探究其序列结构及其对山羊肌肉的发育分化调控机理,设计1对特异性引物,采用PCR和克隆技术成功获得隆林山羊MyoG基因2419bp长的DNA序列,其包括3个外显子,2个内含子和部分5'UTR和3'UTR区,编码区DNA序列长675bp,共编码224个氨基酸.结构预测分析表明,MyoG所编码的氨基酸序列无信号肽序列和不存在跨膜结构.隆林山羊MyoG编码区核苷酸序列及其编码的氨基酸序列与其他物种比对结果和氨基酸系统进化树的聚类结果相符,均证明隆林山羊与哺乳动物中的绵羊、牛和野猪的亲缘关系最近.隆林山羊MyoG基因的克隆、序列分析和结构预测为今后该基因的表达与调控、肉质改良、山羊开发利用等的研究提供了更充分的分子生物学基础信息和理论依据.     

三穗鸭肌肉生长抑制素基因的生物信息学分析

采用PCR产物直接测序的方法获得肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因的编码区序列,并运用生物信息学方法对该基因编码蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构和功能结构域进行分析。结果表明,三穗鸭MSTN蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,作为信号肽的可能性很大;含有22个α螺旋、26个β折叠、26个T转角、20个无规则卷曲,有1个跨膜结构,具有TGF-β的主要结构。研究结果为MSTN基因的进一步研究提供参考。     

马鹿β-防御素-1cDNA全长克隆、序列信息及表达分析

为了研究马鹿β-防御素-1(Red deerβ-defensin-1,redBD-1)基因的结构与功能,揭示该基因的组织表达规律。本研究利用PCR结合RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从马鹿舌黏膜中克隆redBD-1基因的cDNA全长序列并对其进行了生物信息学分析,同时采用Real-time quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测该基因在各组织的表达情况。结果表明,redBD-1基因的cDNA全长序列为455bp,开放阅读框(ORF)为192bp,编码64个氨基酸。生物信息学分析表明,redBD-1蛋白的理论分子量为6.94ku,有10个带正电荷的氨基酸残基,无带负电荷的氨基酸残基,理论等电点为10.85。预测redBD-1蛋白有一个分泌信号肽结构,无跨膜区,主要在细胞外发挥生理功能;6个保守的半胱氨酸残基分别以Cys1-Cys5、Cys2-Cys4和Cys3-Cys6连接形成3个分子内二硫键;成熟蛋白的三级结构是由β-折叠、延伸和无规则卷曲构成。redBD-1基因编码的氨基酸序列同源性最高的是梅花鹿β-防御素(siBD-1)为98.4%,其次是水牛肠β-防御素(BEBD)为92.2%,与人β-防御素-2(HBD-2)同源性最低仅为35.9%。RT-qPCR结果得出,redBD-1在被检器官中均有表达,在消化系统、呼吸系统以及生殖系统的大部分器官表达量较高,肝、肾和脾等实质性器官表达量相对较低。本试验为今后深入研究防御素基因功能以及马鹿黏膜免疫系统提供理论依据。     

亚洲1型口蹄疫病毒RS株非结构蛋白P3区基因特征分析

经RT-PCR扩增得到一株口蹄疫亚洲1型流行毒株的非结构蛋白P3基因核苷酸序列,与其他代表性参考毒株的P3基因进行比较,分析该毒株P3区基因特征.结果表明,该毒株P3基因含有2 721个核苷酸,编码907个氨基酸;其中非结构蛋白3A的基因长度为459 bp,编码153个氨基酸;3个3B(VPg)基因长度分别是69、72、72 bp,分别编码23、24、24个氨基酸;3C基因长度为639 bp,编码213个氨基酸;3D基因长度为1 410 bp,编码470个氨基酸.氨基酸序列比较分析显示,3A基因C末端比其他基因更容易变异,根据3A基因构建的系统进化分析提示该流行毒株与YNBS/58和IND 321/01亲缘关系较近,属同一亚系谱.     

辽育白牛MSTN基因分子克隆及序列分析

肌肉生长抑制素(简称MSTN)是肌肉发育负调控因子,为了实现将来对辽育白牛的分子育种,本试验对MSTN分子特征及其靶MicroRNA进行了分析。以辽育白牛为研究对象,利用分子生物学技术,设计特定引物对辽育白牛MSTN基因的编码区和调控区分段PCR扩增,并进行克隆和测序。借助生物信息学分析软件,寻找各个区域的单核苷酸多态性(SNP)并分析了MSTN基因分子特征、组织表达谱以及3'非翻译区靶标rniRNA。试验表明,MSTN基因5'调控区SNPs使启动子位置和转录因子结合情况发生变化,但编码区的突变未造成氨基酸改变。辽育白牛MSTN编码区序列全长为1 128 bp,编码375个氨基酸,该蛋白存在信号肽序列,为分泌性蛋白,疏水性较弱且不稳定。辽育白牛MSTN基因在不同组织中具有表达差异性,且肌肉中表达量最高。3'UTR存在肌肉生长发育功能miRNA,且比较保守。为开展辽育白牛分子育种研究奠定理论基础。     

昆虫抗真菌肽Thanatin-CAD双价基因的合成、克隆及其表达

为促进昆虫抗菌肽基因在转基因抗病育种和生物工程制药的应用,通过设计嵌合引物结合分段PCR的方法将抗真菌肽Thanatin基因与Cecropin AD基因(CAD基因)融合拼接为Thanatin-CAD双价基因,采用T-A克隆法将其克隆至pGEM-T Easy载体,进行测序,结果证实与预期设计的完全一致;然后再将其亚克隆至表达载体pET-21d中,用IPTG诱导含重组表达质粒的菌株,对表达产物进行生物活性测定,初步结果显示Thanatin-CAD双价基因的融合表达产物对受试细菌无抑菌活性,但对部分病原真菌有较强的抑菌作用。     

基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉风味相关候选基因多态性

旨在建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应(LDR)的基因多态性并行检测系统,检测鸡肉风味相关候选基因脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因、细胞外脂肪酸结合蛋白(Ex-FABP)基因和腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种——清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。采集165只隐性白羽鸡和185只清远麻鸡母鸡的血液并提取DNA,应用PCR-LDR方法检测A-FABP51C/T、Ex-FABP1011T/C和ADSL3484C/T的基因型。结果,所得分型结果同直接测序分型结果一致。3个多态位点在2个品种鸡中均表现为中度多态,并且在不同品种中的分布均存在差异,在A-FABP51C/T位点上达到显著水平。结果表明,建立的基于连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统是一种准确、灵敏的SNP检测方案,为鸡肉风味性状相关基因的多态性研究提供了基础。     

鸡传染性支气管炎X毒株S1基因的克隆与真核表达

根据GenBank中报道的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）S1基因序列，设计了1对引物，克隆了IBV强毒株X的S1基因，基因大小为1．62kb。将其导入真核表达载体系统pIRES1neo中，表达蛋白为61000。     

禽类干扰素及其基因工程研究进展

干扰素是由干扰素诱生剂诱导生物细胞所产生的一类高活性多功能的糖蛋白。干扰素自被发现以来,由于其广谱抗病毒、抗肿瘤活性及其强大的免疫调节作用而受到研究者们的重视,在其基因结构、作用机理以及体外重组表达等方面都取得了巨大突破。作者综述了干扰素的基因结构、基因工程及重组干扰素的应用研究进展。     

鸡传染性支气管炎M41毒株S1基因的克隆与真核表达研究

根据Genbank中公布的IBVS1基因序列 ,设计了一对引物 ,克隆出IBV强毒株M41的S1基因 ,基因大小为 1 .62kb ,导入真核表达载体系统pIRS1neo中 ,表达蛋白分子量为 61ku ,并具有中和活性。为今后开发鸡传染性支气管炎基因工程疫苗奠定了基础。     

军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪ESR、FSHβ、EGF基因的多态性分布

摘要：ESR、FSHβ和EGF基因与猪繁殖性状密切相关。为检测军牧1号白猪、西藏小型猪、杜洛克猪和失白猪ESR、FSHβ和EGF基因的多态性分布情况,采用PCR和PCRRFLP的方法对61头军牧1号白猪,51头杜洛克猪,51头西藏小型猪和69头大白猪的ESR、FSHβ和EGF基因多态性进行了检测。结果显示,对于各个基因的优势等位基因,在军牧1号白猪群体中,ESR基因位点A等位基因频率为0．6393,FsHp基因的13等位基因频率高达0．9098,EGF基因的A等位基因频率仅有0．0164杜洛克猪群体中,ESR基因A等位基因频率为0．6078,FSHβ基因的B等位基因频率为0．8235,而EGF基因的八等位基因频率仅为0．0297;西藏小型猪群体中,ESR基因A等位基因频率是0．4608,FSHβ基因B等位基因频率仅为0．0687,H;F基因A等位基因频率为o．1961;大白猪群体中。ESR基因位点有频率为0．5000的有害A等位基因,而FSHβ基因和EGF基因的13等位基因频率则分别为0．8013和0．7391。所有基因型分布均符合哈代温伯格平衡（P〉0．05）。     

鹤源大肠杆菌ESBLs基因型检测及其耐药性分析

采用K-B法检测40株鹤源大肠杆菌对17种抗菌药物的耐药性。根据耐药表型和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型流行情况,指导临床合理用药。结果表明:15株大肠杆菌为产ESBLs株。扩增出了与预期片段大小相符的TEM型、SHV型、CTX-M型、OXA型基因。产酶大肠杆菌耐药性明显比非产酶大肠杆菌严重。     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

基因转染技术及其在肿瘤研究中应用的研究进展

基因转染技术应用于肿瘤基因治疗和基因功能的研究已受到广泛的关注。基因转染的方法包括物理法、化学法和生物法,它们各有优缺点。文章主要概述基因转染的基本方法及其在肿瘤基因功能研究及基因治疗中的应用。     

犬瘟热病毒小熊猫株H、F和N基因的克隆及表达

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒（CDV）的核苷酸序列，设计并合成了扩增CDVH、F和N基因的3对引物，经RT—PCR分别扩增获得了CDV小熊猫株（LP株）H、F和N基因，并对H、F及N基因进行了克隆和序列测定。序列分析表明，CDV LP株属于强毒谱系，与CDV流行株的亲缘关系近．H基因含有较多潜在的糖基化位点．F和N基因相对比较保守。将CDV LP株H、F和N基因克隆入真核表达栽体pVAX1的CMV启动子下游，构建了CDV基因疫苗表达载体pVAXLPH、pVAXLPF、pVAXLPN，体外转染BHK-21细胞．用间接ELISA方法检测到目的蛋白的表达。用构建的3个表达质粒免疫小鼠，从小鼠血清中检测到了抗CDV抗体．初步证实用CDVH、F和N基因作为核酸疫苗免疫动物，可以激活机体的免疫应答。