基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物—靶点网络、蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点—通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物—靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、CREB结合蛋白(CREB binding protein,CREBBP)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ(DNA topoisomeraseⅡ,TOP2B)、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,NR3C1)、AR和细胞核受体共激活剂2(nuclear receptor coactivator 2,NCOA2);白头翁汤—猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体—受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。     

基于网络药理学探讨白龙散治疗鸡腹泻的作用机制

【目的】 采用网络药理学技术与方法预测白龙散治疗鸡腹泻的物质基础、作用靶点和通路。【方法】 通过中药系统药理学分析数据库TCMSP筛选中药复方白龙散中的白头翁、黄连、龙胆的有效活性成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库检索鸡腹泻的相关疾病靶点。利用Venny平台获得药物和疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库进行分析,构建蛋白互作（PPI）网络图并获得关键靶点,并进一步对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 共筛选得到活性成分27个,药物靶点57个,疾病靶点4 207个;药物与疾病交集靶点45个。PPI网络发现原癌基因蛋白质C （MYC）、雌激素受体1（ESR1）、白细胞介素-6（IL-6）、G1/S-specific周期蛋白D1（CCND1）等45个蛋白可能是白龙散治疗鸡腹泻的关键靶点。GO功能富集分析确定了112个条目,KEGG通路富集分析确定了22条通路。【结论】 中药复方白龙散主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等多个化学成分调控转录因子AP-1（JUN）、MYC、ESR1、IL-6等靶点,作用于细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤抑制蛋白（p53）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路来治疗鸡腹泻。     

基于网络药理学分析消黄散治疗马火热壅盛证作用机制的研究

为揭示消黄散作用于马火热壅盛证活性成分、作用靶点及其基因功能以及信号通路的机制,本研究采用网络药理学方法,利用中药系统药理学分析平台检索了消黄散11味中药的化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点-通路网络,研究消黄散的作用机制。结果筛选出78个化合物,相应作用靶点151个; PPI网络包含60个靶点,关键靶点主要涉及TP53、 NCOA2、 TNF、MAPK14、HSP90AB1、ESR1及VEGFA等;GO富集条目1个,分子功能1个;KEGG信号通路2条,涉及肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)通路和NOD样受体信号通路。通过对上述结果的分析,初步表明消黄散可能通过调控抑癌基因TP53、核受体共激活因子-2、肿瘤坏死因子、MAPK14蛋白等靶点,基因功能富集于类固醇绑定,ALS通路和NOD样受体信号通路以达到治疗马火热壅盛证的效果。本研究初步揭示了消黄散治疗马火热壅盛证的可能作用靶点和其作用机制,并为下一步深入探究、验证其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路

本研究旨在探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路。利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检测葛根芩连汤的化学成分和靶点,运用cytoscape 3.7.1软件构建并分析化合物-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络和核心靶点通路网络。结果显示,经筛选后,共获得大豆苷元（daidzein）、葛根素（puerarin）、汉黄芩苷（oroxindin）、芒柄花素（formononetin）等60个活性成分,这些成分作用206个靶点,其中,TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等为核心靶点,这些核心靶点涉及磷脂酰肌醇3-激酶／蛋白激酶B信号通路、病毒致癌机制等。基于网络药理学分析结果,葛根芩连汤可能是通过TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等靶点调控腹泻与发热,本文为葛根芩连汤在猪腹泻治疗中的深入研究提供理论依据与线索。     

基于网络药理学和分子对接探究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制

【目的】利用网络药理学和分子对接方法研究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制。【方法】运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）平台搜索连参止痢颗粒中黄连、白头翁、苦参、诃子、甘草的有效活性成分和作用靶点，利用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物有效成分-靶点网络图；从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取猪腹泻靶点，将疾病和药物交集蛋白靶点上传至STRING 11.5数据库，利用Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络图，并利用微生信平台对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过分子对接技术对关键有效活性成分和核心靶点进行对接验证。【结果】经筛选获得连参止痢颗粒药物的有效活性成分96个，药物作用靶点208个，疾病靶点1 785个。PPI结果显示，连参止痢颗粒作用于猪腹泻的关键靶点为Jun原癌基因（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）、MYC原癌基因（MYC）、NFKB抑制剂α（NFKBIA）、原癌基因RELA（RELA）、胱天蛋白酶3（CASP3）、肿瘤坏死因子（TNF）、MAPK1、白细胞介素6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）等。GO功能筛选得到生物过程6个条目，细胞组分和分子功能各2个条目。生物过程主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、正调控IL8的产生、正调控序列特异性DNA结合转录因子活性、细胞对脂多糖的反应、凋亡过程的负调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控；细胞组分主要富集在细胞核和细胞质；分子功能主要富集在RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性DNA结合和DNA结合。KEGG通路富集分析获得53条通路，其中2条信号通路与猪腹泻密切相关。分子对接结果显示，连参止痢颗粒的关键有效活性成分与猪腹泻靶点具有良好的结合活性。【结论】连参止痢颗粒可能主要通过芒柄花黄素、芳香膜菊素、3，3'-二甲基槲皮素、松香素、硫酸奎尼丁、高丽槐素、1-甲氧基菜豆素、异甘草素等有效成分靶向JUN、RELA、MYC、NFKBIA、MAPK14、CASP3、TNF、MAPK1、IL6等靶点分子，调控沙门氏菌感染和IL17等信号通路，从而达到治疗猪腹泻的目的。     

基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

基于网络药理学和分子对接探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制

试验旨在探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集该复方中黄芪和灵芝2味药材的活性成分及其作用靶点,并与OMIM、TTD和GeneCards数据库收集免疫的靶点进行交集,获得芪芝口服液作用于家禽免疫的潜在靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图和蛋白质相互作用（PPI）网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路分析。使用分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果显示,芪芝口服液30个成分对应66个靶点,家禽免疫329个靶点,其中交集靶点17个,PPI核心靶点包括核因子κB抑制因子α (NFKBIA)、白细胞介素-6 (IL-6)和干扰素-γ(IFNG)等。GO功能富集共有38条结果,包括33个生物过程条目、4个分子功能条目和1个细胞成分条目;KEGG通路分析显示交集基因主要富集于C型凝集素受体信号通路、FoxO信号通路和Toll样受体等信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心蛋白靶点有较好的结合活性,证明了网络药理学预测结果的可靠性。研究表明,芪芝口服液可通过多成分、多靶点、多通路...     

基于网络药理学探讨五参顺脉汤对动脉粥样硬化AopE-/-小鼠的作用机制

【目的】预测五参顺脉汤治疗动脉粥样硬化的潜在靶点及作用机制，为五参顺脉汤临床应用提供参考依据。【方法】通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选五参顺脉汤抗动脉粥样硬化活性成分及作用靶点，通过GeneCards、OMIM数据库获取动脉粥样硬化靶点并统一使用UniProt数据库进行标准化，使用R语言脚本获取两者交集靶点；采用Cytoscape 3.9.1软件建立药物-成分-靶点网络图并进行拓扑学属性分析；将交集靶点上传至STRING数据库获得蛋白-蛋白互作（PPI）关系网络，并在DAVID平台中进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用AopE^-/-雄鼠进行试验验证，HE染色观察主动脉病变情况，ELISA检测单核细胞趋化因子-1（MCP-1）、白细胞介素-6（IL6）、IL1B、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平。【结果】五参顺脉汤中共有活性成分124个，获得靶点122个，动脉粥样硬化靶点4 711个，两者交集靶点98个。拓扑学分析显示，五参顺脉汤治疗动脉粥样硬化的核心成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素，核心靶点为环氧合酶-1（PTGS1）、类固醇受体激活蛋白2抗体（NOCA2）、猴丝氨酸蛋白酶1（PRSS1）等。GO功能富集分析中生物过程得到321个条目（P<0.01），主要涉及对脂多糖的反应、对肿瘤坏死因子的反应、脂肪酸代谢过程等；分子功能得到93个条目（P<0.01），主要涉及膜筏、膜微域、突触膜等；细胞组分得到45个条目（P<0.01），主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体的活动等。KEGG通路富集分析中共得到129条信号通路（P<0.01），如癌症通路、脂质和动脉粥样硬化通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路等，大多与调节免疫性炎症和动脉粥样硬化有关。血脂四项检测结果显示，与模型组相比，药物组小鼠血清中胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）水平显著下降（P<0.05），HDL-C升高（P>0.05）；HE染色结果显示，给药组主动脉斑块明显减少，脂质侵润减轻，泡沫细胞数量减少；ELISA检测结果显示，在药物作用下主动脉组织匀浆中炎症因子MCP-1、IL6、IL1B、TNF-α含量均显著降低（P<0.05）。【结论】五参顺脉汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗动脉粥样硬化的作用，其活性成分槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素可能通过作用于PTGS1、乙酰胆碱酯酶（ACHE）、腺苷（AR）等靶点产生炎性控制及免疫调节作用。     

基于网络药理学和分子对接探究归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接技术探讨归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的有效活性成分及其作用机理。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取归芪益母口服液主要活性成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得母猪气虚血瘀证的作用靶点。使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络图,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用DAVID数据库对共同作用靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.7软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】归芪益母口服液筛选得到主要的有效活性成分为槲皮素、山奈酚和异鼠李素,其对应76个关键作用靶点,6 335个疾病靶点,41个交集靶点;PPI网络显示肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL6)和IL10为关键靶点。GO功能富集分析共筛选出12条目,其中生物过程7条目,包括免疫应答、STAT蛋白酪氨酸磷酸化的正向调节、对糖皮质激素的反应等;细胞组分2条目,包括细胞外组分和细胞外空隙;分子功能3条目,包括细胞因子、生长因子活性和IL2受体结合。KEGG信号通路富集分析显示,归芪益母口服液主要通过细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路发挥作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心成分与母猪气虚血瘀证关键靶点的结合能均＜0 kJ/mol。【结论】归芪益母口服液可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要活性成分作用于核糖体结合蛋白(RPN1)、胰核糖核酸酶(RNASE1)、血管生成蛋白抑制因子1(RNH1)等靶点,通过参与细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路等治疗猪气虚血瘀证。     

The Target and Pathway of Gegen Qinlian Decoction in Treating Swine Diarrhea Based on Network Pharmacology

This experiment was conducted to explore the mechanism of Gegen Qinlian decoction in treating swine diarrhea. The chemical composition and targets of Gegen Qinlian decoction were searched by the analysis of the traditional Chinese medicine system pharmacology platform (TCMSP). The software of Cytoscape 3.7.1 was used to construct and analyze compound-targets networks, protein-protein interaction (PPI) network and key targets-signaling pathway network. The results showed that 60 active compounds including daidzein, puerarin, oroxindin and formononetin were obtained after screening. The compounds acted on 206 targets, among which TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun and STAT3 were the key targets. These key targets involve in PI3K-Akt signaling pathway, Viral carcinogenesis, and so on. Based on the results of network pharmacological analysis, Gegen Qinlian decoction may regulate diarrhea and fever through TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun, STAT3 and other targets. The paper provides theoretical basis and clues for the further study of Gegen Qinlian decoction in the treatment of swine diarrhea.     

基于网络药理学分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机制

利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和herb数据库检索收集桑叶的化学成分和靶点,运用Cytoscape3.7.2软件、NCBI数据库、STRING数据库构建并分析桑叶化合物-靶点网络和蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,藉以分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机理。结果表明,共筛选到槲皮素、芦丁、山柰酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素和花生四烯酸等30个有效活性成分,这些成分作用于221个靶点。其中IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等为核心靶点。GO功能富集和KEGG通路分析显示靶点的作用涉及分子功能、生物过程和细胞组成3个方面,并参与到NOD样受体信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡等多条代谢通路。本研究表明,理论上桑叶基于IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等靶点可以调控鸡的抗氧化作用,为进一步的试验验证及桑叶作为抗氧化功能饲料添加剂的开发提供了启示。     

基于网络药理学方法研究阿司匹林丁香酚酯防治犬心血管疾病的作用机制

试验旨在采用网络药理学方法探讨阿司匹林和丁香酚的靶点、基因富集和通路来推测阿司匹林丁香酚酯(AEE)防治犬心血管疾病的作用机制。首先从DrugBank数据库检索阿司匹林、丁香酚获得其作用靶点,进而构建化合物-靶点网络,再将其靶点上传至STRING数据库,物种选择犬,得到作用于犬蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,最后将作用于犬的靶点上传至DAVID数据库,物种选择犬,筛选出错误率<0.01的基因富集和KEGG通路,从而构建靶点-通路网络图,用以推测AEE防治犬心血管疾病的作用机制。通过检索分析可知,阿司匹林和丁香酚已知的相应靶点有15个,其中8个靶点可作用于犬,关键靶点涉及TP53基因、NF-κB、雄激素受体、前列腺素G/H合成酶1;基因功能富集(GO)条目4个,其中分子功能2个,涉及甾体结合和转录因子活性、序列特异性DNA结合,生物过程2个,涉及到DNA转录模板和DNA模板转录的正向调节;KEGG通路2条,涉及前列腺癌和癌症信号通路。综上所述,推测AEE可能通过调控TP53基因、NF-κB、雄激素受体、前列腺素G/H合成酶1等靶点,基因功能富集于DNA转录模板、甾体结合、转录因子活性、序列特异性DNA结合、DNA模板转录的正向调控,通过前列腺癌及其他癌症信号通路来治疗犬心血管疾病。     

基于网络药理学和分子对接分析苦参碱抗PRRSV的作用机制

本研究旨在利用网络药理学及分子对接技术从抗炎角度探讨苦参碱抗猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的作用机制。利用PharmMapper服务器和Genecards疾病数据库获得苦参碱发挥抗炎作用的潜在靶点;使用STRING在线分析平台结合Cytoscape软件构建靶蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络并进行拓扑学分析筛选关键靶点;利用DAVID数据库对靶点进行基因本体论GO富集分析以及KEGG通路富集分析,并使用Cytoscape软件进行“药物-靶点-通路”网络图的构建;使用Autodock Vina软件进行分子对接,选择最佳的结合靶点。网络分析结果表明,苦参碱抗炎的潜在靶点有23个;蛋白互作网络提示,IGFⅠ、MAPK8、CASP3、NR3C1可能是苦参碱抗炎的核心靶点;GO富集分析得到116个细胞生物学过程,KEGG通路富集分析得到47条相关信号通路;分子对接显示,MAPK8与苦参碱有较好亲和力,可能是苦参碱发挥抗炎作用的主要靶点。苦参碱可能通过作用于MAPK8这一关键蛋白发挥抗炎作用,进而达到抗PRRSV的作用。     

灭菌散对仔猪腹泻的防治研究

仔猪腹泻是一种主要由大肠杆菌引起的危害严重的疾病,在养猪生产中,特别是采用仔猪早期断奶技术后普遍存在.本试验根据中兽医学的基础理论和仔猪腹泻的临床表现,研制了一种中药制剂-灭菌散.选择以黄连、黄柏、黄芪、甘草、白头翁、干姜和大蒜等20多种中草药为主组成的灭菌散制剂,煎成1g/mL的中药汤剂,以0.2%的比例添加到日粮中.选择(28±1)日龄杜长大断奶仔猪60头,随机分成2组,每组30头.2组均饲喂基础日粮,试验组另添加0.2%的中药汤剂.给药后8 d,每组选择5头,前腔静脉采血做血液学和免疫学指标检测.试验结果表明,0.2%中药汤剂能有效预防仔猪腹泻,并能提高RBC、TP、IgG的数量和水平,腹泻率较对照组下降33.7%(P＜0.01).灭菌散是一种能有效防治仔猪腹泻的候选制剂.