4种常见淡水鱼肠道菌群的分析

为了解山东省东平湖库区常见淡水鱼肠道菌群的组成, 作者对该库区内的草鱼、鲢鱼、鲫鱼和鲤鱼4 种鲤科鱼肠道菌群中的需氧菌或兼性厌氧菌进行分离鉴定,并对每种鱼肠道中的菌群数量和种类组成进行分析。结果表明,在上述鱼肠道中均存在哈夫尼亚菌属、致病杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸菌属、芽孢杆菌属和链球菌属,其中鲤鱼和鲫鱼肠道菌群的总量比较接近,两者共同含有菌属的数量差别不大。     

工厂化和网箱养殖大黄鱼幼鱼消化道微生物群结构与功能分析

运用高通量测序方式,对两种模式养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼消化道菌群的结构与功能特征及其与环境菌群的相关性进行分析,结果发现:大黄鱼幼鱼消化道主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。工厂化养殖大黄鱼消化道优势菌属组成比较稳定,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等。优势菌属中,发光杆菌属(Photobacterium)、乳杆菌属、弧菌属(Vibrio)等18个物种为两种模式养殖大黄鱼消化道的共有优势菌属;而假单胞菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和Escherich-ia_Shigella为主要差异菌属(P0.05)。通过相关性分析得出,饵料中菌群对消化道菌群影响较大。并且,在菌群基因参与功能方面,两种模式下幼鱼消化道菌群基因参与的主要功能相似,但工厂化养殖幼鱼消化道菌群基因参与这些功能的基因丰度高于网箱养殖的,这可能是对幼鱼的生长代谢在环境胁迫中的一种补偿作用。研究结果将为大黄鱼幼鱼消化道功能菌群的筛选与菌群调控提供理论参考。     

SPF鸡和商品蛋鸡粪便菌群及大肠杆菌抗药性的比较分析

通过粪菌移植可以调节肠道菌群的组成,已成为降低肠道菌群抗药性的方法之一,而筛选合适的粪菌移植供体尤为重要。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术分析了两种候选供体SPF鸡和商品蛋鸡在不同养殖模式下5个不同日龄粪便菌群的组成,并利用药物敏感性试验比较了粪便中大肠杆菌的抗药性水平。结果表明,两种蛋鸡粪便菌群的丰富度都表现出随日龄增加而增加的趋势,其中商品蛋鸡粪便菌群的种类更加丰富,而SPF鸡粪便菌群的组成更加均一。在门水平上,SPF鸡拥有更多的厚壁菌门细菌,而商品蛋鸡含有更多的变形菌门、拟杆菌门和放线菌门细菌。在属水平上,两种蛋鸡粪便中的优势菌均为乳酸杆菌属和埃希氏-志贺氏菌属,其中SPF鸡存在更多的乳酸菌属和隐秘杆菌属,而商品蛋鸡含有更多的拟杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、梭菌属、链球菌属和克雷伯菌属。药敏试验结果表明,SPF鸡粪便中大肠杆菌对抗生素的抗药率、多重抗药性比例和最低抑菌浓度(MIC)的频率分布均显著低于商品蛋鸡。该结果深入分析了两种养殖模式下不同日龄蛋鸡的粪便菌群,结合粪便中大肠杆菌抗药性水平的比较分析,进一步表明SPF鸡粪便菌群更加安全、敏感,可以作为粪菌移植的供体用于降低肠道菌群的抗药性。     

高通量测序研究甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群的影响

为了探讨甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群结构与多样性的影响,试验收集5只健康成年黑猩猩用药前及用药1 d、3 d、7 d 4组的新鲜粪样,采用高通量测序技术对用药前后肠道菌群结构组成和多样性进行生物信息学分析。结果表明:1)服用甲苯咪唑前后的4个时间点之间,肠道菌群Alpha多样性未发生显著差异(P0.05)。2)在门水平,用药7 d组螺旋体门(Spirochaetes)显著低于用药前组(P0.05),WPS-2门(Wittenberg polluted soil 2)显著低于用药1 d组(P0.05),放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)显著低于用药3 d组(P0.05)。3)在属水平,假单胞菌属(Pseudomonas)、RFN20属、YRC22属、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗斯氏菌属(Roseburia)、普式粪杆菌属(Faecalibacterium)、氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)、密螺旋体属(Treponema)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)之间差异显著(P0.05)。说明甲苯咪唑驱虫用药不会引起黑猩猩肠道菌群多样性的改变,但对门和属水平上一些菌群的丰度均存在显著影响。     

利用16SrDNA扩增子测序技术分析不同品种猪盲肠微生物菌落多样性

为了研究中国特有地方猪种丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌落的组成,揭示地方猪种耐粗饲特性的机理,本试验采用16SrDNA扩增子测序技术比较分析了体重90kg左右的丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌群的多样性。结果显示,在门水平上3个品种猪的核心菌群均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),在属的水平上均为普雷沃菌属(Prevotella)和拟杆菌属(Bacteroides);在3个猪种的盲肠中均发现了与降解纤维素相关的细菌,其中纤维杆菌属(Fibrobacter)和梭菌属(Clostridium)在丫杈猪盲肠中的数量显著高于青裕猪和乌金猪(P0.05),普雷沃氏菌属(Prevotella)在丫杈猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P0.05),拟杆菌属(Bacteroides)在青裕猪盲肠内的数量显著高于丫杈猪(P0.05),螺旋体门(Spirochaetes)在青裕猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P0.05)。结果表明,3个品种猪盲肠内微生物菌群分布的种类相似度高,但分布规律和数量存在显著差异;对与纤维素消化相关菌群的分析表明,丫杈猪对纤维消化的能力是3个品种中最强的,其次是青裕猪,乌金猪最弱。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

洪湖鱼类物种组成及影响因素评价

通过2004年3个时间段对洪湖5个取样点鱼类资源的调查分析，结合历史资料，结果有：共记录到鱼类42种，隶属6目11科；以鲫、黄颡鱼、餐条和红鲌为优势种，草鱼、鲶、鳜、乌鳢等较大型鱼类在数量上呈下降趋势；对鲤、鲫的年龄组成分析表明种群呈低龄化趋势。针对鱼类资源的现状，对影响因素进行了初步评价，并提出保护建议。     

不同脂肪源饲料对养成期彭泽鲫生长、体组成和血清生化指标的影响

为研究不同脂肪源对养成期彭泽鲫生长、体组成、抗氧化和血清生化指标的影响,试验配制4种含有鱼油(FO)、大豆油(SO)、菜籽油(CO)和大豆磷脂(SL)的饲料,投喂初始体重为(53.63±0.10)g的养成期彭泽鲫(Carassius auratus var.Pengze)56 d。结果显示:大豆磷脂组增重率显著高于菜籽油组(P<0.05),较菜籽油组提高了5.91%,与鱼油、豆油组无显著性差异(P>0.05)。不同脂肪源对彭泽鲫全鱼粗灰分均无显著影响。鱼油组肌肉粗蛋白质含量较大豆磷脂组提高了6.24%(P<0.05),与豆油组及菜籽油组无显著差异(P>0.05)。不同脂肪源对彭泽鲫肌肉水分和粗脂肪含量无显著影响(P>0.05)。豆油组的血清溶菌酶活性显著高于其余各组(P<0.05);大豆磷脂组的血清超氧化物歧化酶活性较菜籽油组提高了19.89%(P<0.05),但与鱼油和豆油组无显著差异(P>0.05);鱼油组和大豆磷脂组的肝脏超氧化物歧化酶活性显著高于菜籽油组,分别较菜籽油组提高了11.04%和10.48%(P<0.05),但与豆油组无显著性差异(P>0.05)。综合以上4种饲料脂肪源对鱼体生长性能、体组成、血清生化指标及肝脏抗氧化指标的影响,鱼油、豆油和大豆磷脂可作为养成期彭泽鲫饲料合适的脂肪源,而菜籽油不适宜作为彭泽鲫饲料的单一脂肪源。     

体外培养猪小肠上皮细胞大豆凝集素结合位点的标记

本研究旨在获得体外培养状态下的猪小肠上皮细胞,研究猪小肠上皮细胞与大豆凝集素的结合情况.选取新生未哺乳健康仔猪,取小肠组织对小肠上皮细胞进行分离培养,并进行纯化.纯化后的细胞以角蛋白抗体-8为—抗进行细胞免疫化学试验鉴定,鉴定后的猪小肠上皮细胞以FITC-SBA为探针进行细胞凝集素荧光标记化学试验,对猪小肠上皮细胞大豆凝集素结合位点进行标记.结果表明:试验分离纯化的细胞经角蛋白抗体-8鉴定为阳性,所分离纯化的细胞为猪小肠上皮细胞,经检测其纯度达90％以上,猪小肠上皮细胞FITC-SBA标记结果为阳性.体外培养的猪小肠上皮细胞表面存在大量的大豆凝集素结合位点,进一步明确了猪小肠上皮细胞是大豆凝集素结合的主要细胞类型之一,为单胃动物大豆凝集索抗营养机制研究提供理论依据.     

醋酸棉酚对异育银鲫生长性能、血清生化指标和棉酚残留的影响

本试验旨在研究醋酸棉酚对异育银鲫生长性能、血清生化指标和棉酚残留的影响.选取平均体重为(31.68±0.01)g的异育银鲫270尾,随机分为3组(每组3个重复,每个重复30尾),分别饲喂在基础饲料中添加0(对照组)、300和900mg/kg醋酸棉酚的试验饲料.试验期为8周.结果表明:随着醋酸棉酚添加量的增加,畀育银鲫的...     

Molecular phylogeny of the kidney-parasitic Sphaerospora renicola from common carp (Cyprinus carpio) and Sphaerospora sp. from goldfish (Carassius auratus auratus)

The genetic relatedness of two kidney-parasitic Sphaerospora species was studied. Although S. renicola, the causative agent of swimbladder inflammation of common carp fingerlings (Cyprinus carpio), and Sphaerospora sp. originating from goldfish (Carassius auratus auratus) were indistinguishable on the basis of spore morphology, they were found to be genetically different as their 18S rDNA sequences shared only 71.9% identical nucleotides. In the phylogenetic trees, Sphaerospora sp. from goldfish grouped with Myxidium truttae (AJ582061) within the clade of the coelozoic freshwater species. Sphaerospora renicola clustered with S. molnari (AF378345) within the group of myxosporeans histozoic in gills. The topology of the six Sphaerospora species on the phylogenetic trees implied that myxospore morphology does not correlate with the genetic relationships, and the genus seems to be polyphyletic.     

Haematopoietic necrosis in a goldfish (Carassius auratus) associated with an agent morphologically similar to herpesvirus

One of 14 goldfish (Carassius auratus) died 4 weeks after purchase and was investigated by necropsy and histological examination. Routine formalin fixation of the goldfish was followed by histopathology. Formalin fixed spleen and kidney from the fish was further processed by embedding in epoxy resin and examined by transmission electron microscopy (EM). Severe, diffuse necrosis of haematopoietic tissue in the spleen, thymus and kidney and severe, diffuse hyperplasia in the gill epithelial cells were seen. In the spleen there was severe, diffuse necrosis of lymphocytes and many nuclei with marginated chromatin and intranuclear inclusions were scattered throughout the necrotic tissue. EM of affected tissues demonstrated intranuclear particles morphologically similar to herpesvirus. The presence of an agent similar to a herpesvirus in a goldfish with severe haematopoietic necrosis suggests that the herpesvirus responsible for haematopoietic necrosis in cyprinid species throughout the world has entered the goldfish population in Australia.     

饲料中Fe、Cu、Mn、Zn对异育银鲫器官、组织相应元素的影响及其相关性研究

以异育银鲫为试验对象,在实用饲料中按照L9(34)正交设计方案补充Fe、Cu、Mn、Zn,经过60 d养殖后,分析鱼体器官、组织与饲料中Fe、Cu、Mn、Zn 4种微量元素的含量、相互比例的相关性。试验结果表明,Fe、Cu、Mn、Zn在鱼体各器官、组织中具有明显的分布特征:鳍中的Fe、Mn、Zn,头骨中的Cu、Mn、Zn,心脏、肝胰脏、脊椎骨中的Fe、Cu,全鱼Cu、Zn,脾中Cu、Mn,肾脏中Mn、Zn,肌肉、卵、肠中Cu,鳃骨中的Zn,鳞中的Mn受饲料中相应元素供给量的影响很大;鱼体器官、组织中Fe、Cu、Mn、Zn比例模式有3种基本类型,脾、肌肉、脑、心脏、肾脏和全鱼属于Fe比例高的类型(称为高Fe型),与饲料中的Fe、Cu、Mn、Zn比例模式非常相近,具有显著的相关性;脊椎骨、鳃骨、肠、头骨和鳍中Fe、Zn两者比例比较接近,属于Fe、Zn比较高的类型(称为高Fe、高Zn型),而鳞和卵属于Zn比例高的类型(高Zn型),这两类类型的Fe、Cu、Mn、Zn比例与饲料中比例模式相关性差。     

龙须菜对异育银鲫消化吸收、免疫及抗氧化性能的影响

本试验旨在评估龙须菜替代饲料中的菜粕对异育银鲫幼鱼消化吸收、免疫及抗氧化性能的影响,确定龙须菜的适宜替代范围。选取健康且规格一致的异育银鲫幼鱼450尾,随机分为6组,每组3个重复,每个重复25尾,以不含龙须菜的基础饲料为对照组饲料,以3%（D1）、6%（D2）、9%（D3）、12%（D4）、15%（D5）龙须菜替代菜粕配制成的饲料为试验饲料饲喂试验鱼8周,所有饲料等蛋等脂,试验结束时测定各组异育银鲫消化吸收、免疫及抗氧化相关酶活性。结果显示,与对照组相比,投喂龙须菜饲料各组异育银鲫肝脏消化酶活性无显著差异（P<0.05）;D1组异育银鲫前肠碱性磷酸酶、肝脏超氧化物歧化酶活性,D1和D2组异育银鲫前肠γ-谷氨酰转肽酶活性显著升高（P<0.05）,D5组异育银鲫前肠脂肪酶、碱性磷酸酶活性和肝脏超氧化物歧化酶活性显著下降（P<0.05）;D1~D3组异育银鲫肾脏酸性磷酸酶活性、D2~D5组异育银鲫血清溶菌酶活性及D2、D3组异育银鲫血清总胆固醇含量和前肠总抗氧化能力显著升高（P<0.05）,而D5组异育银鲫血清总蛋白含量显著下降（P<0.05）。综上所述,饲料中添加3%~6%的龙须菜可在一定程度上提高异育银鲫消化吸收与免疫性能,当龙须菜替代水平达15%时,会对鱼体消化吸收和健康产生负面影响。     

Pregnancy toxemia (eclampsia) in Syrian golden hamsters

Late-term pregnant Syrian golden hamsters (Mesocricetus auratus) died within 24 hours of arrival in our facility. Disseminated thrombi were found in many organs, particularly in the kidneys, liver, intestines, and placenta. Pathogenic bacteria were not identified in bacterial cultures of the liver.