绵羊双肌臀(Callipyge)基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8kb处存在一个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNPCLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了2对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分别以引进的纯种澳洲陶塞特羊、德国美利奴羊以及陶塞特羊×新疆细毛羊杂交一、二代作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测。虽然获得了预期的两个497bp和165bp扩增片断,但未检测到CLPG基因型特征性的SNPCLPG突变(A→G)。     

4个绵羊品种双肌臀基因基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge, CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处存在1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNP CLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNP CLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,分别以引进的纯种陶塞特羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊和美利奴羊作为研究样本,进行了SNP CLPG位点的PCR检测。获得了预期的493 bp扩增片段,并检测到CLPG基因型特征性的SNP CLPG突变(A→G)。     

4个绵羊品种Callipyge基因和Meg3.1、DLK1-INTR1.1位点的SNPs分析

对宁夏滩羊(TAN,n=87),特克塞尔(TX,n=73),萨福克(SF,n=70)和无角道塞特(PD,n=112)4个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的Callipyge、Meg3.1和DLK1-INTR1.1基因座位进行SNP检测,并对Callipyge基因进行PCR-RFLP分析。结果表明:Callipyge基因没有发现A→G的突变,但在该位点其上游35bp处检测到1个C→T的突变。在Meg3.1位点附近发现了2个呈紧密连锁的突变,在DLK1-INTR1.1座位附近发现了5个SNP位点。提示,上述绵羊群体在DLK1-GTL2印记化结构域表现丰富的SNP多态,基因及基因型频率群体间差异显著。     

鸭脂蛋白脂酶基因的SNP与肥肝性状的相关研究

为了研究鸭脂蛋白脂酶(LPL)基因与肥肝性状的关系,试验采用PCR-SSCP技术与测序相结合的方法,根据鸡LPL基因序列设计引物,对鸭基因组进行PCR扩增,并在其产物序列的基础上设计5对引物检测单核苷酸多态性(SNP)。结果表明:鸭LPL基因扩增的片段长度为922 bp,在骡鸭和樱桃谷鸭中共检测出3个SNP;第530位碱基处A突变为G,第895位碱基处有碱基G的插入,第919位碱基处C突变为T;而且SNP与肝重和腹脂率等肥肝性状的关联分析显示,在肥肝性能优良的骡鸭中A4A4基因型对产肝性能是增效,A6A6基因型对产肝性能是减效。     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

山羊Callipyge基因型的检测

本试验扩增了波尔山羊、南江黄羊和承德无角山羊3个品种113个个体的Callipyge基因长度为493 bp的片段。 经测序，发现一个SNP位点，第184 bp处C→T。对Callipyge限制性酶切位点（Fok I）的PCR-RFLP的多态性进行分析，在波尔山羊和南江黄羊两个品种中表现多态性，得到CC、CT和TT 3种基因型，波尔山羊群体中基因型频率分别为0.6571、0.3143、0.0286，南江黄羊群体中基因型频率分别为0.8947、0.1053、0.0000，而承德无角山羊全部为CC基因型。研究结果提示184C→T可能与山羊双肌性状有关。     

神经肽Y基因多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系

本研究旨在阐明神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因的多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系,为绵羊多羔性的标记辅助选择提供科学依据.采用PCR-SSCP技术检测NPY基因全部3个外显子在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔和多赛特羊中的单核苷酸多态性,分析该基因对小尾寒羊多羔性的影响.仅引物P1扩增片段存在多态性,在小尾寒羊中检测到5种基因型,在湖羊和多赛特羊中检测到3种基因型,而在特克塞尔羊中仅枪测到1种基因型;测序分析显示,在小尾寒羊中存在CR、TR和TW3种等位基因,在湖羊和多赛特羊中存在CR和TR 2种等位基因,而在特克塞尔中仅存在CR 1种等位基因.TR与CR相比在绵羊NPY基因编码区第93 bp处发生了1个C→T的单碱基突变;TW与CR相比除发生C93T的单碱基突变外,还在130和131 bp发生了GA塞AT的双碱基突变,该突变引起绵羊NPY成熟肽第16位氨基酸由天冬氨酸变为异亮氨酸.对于多态位点C/T,小尾寒羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P＞0.05).对于多态位点GA/AT,RW型小尾寒羊产羔数平均比RR型的多0.56只(P＜0.05).在小尾寒羊5种复合基因型中,TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数差异不显著(P＞0.05);TTRR、CTRR和CCRR型小尾寒羊产羔数差异也不显著(P＞0.05);TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数均显著高于其余3种基因型(P＜0.05).本研究结果初步表明NPY基因GA/AT突变位点的W等位基因是提高绵羊产羔数的1个潜在有效的DNA标记.     

松辽黑猪与北京黑猪杂交后代MyoD1基因的SNP位点分析

为探究松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因的单核苷酸多态性(SNP)位点与肉质性状的关系,试验提取松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪的背最长肌基因组DNA,应用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)方法分析MyoD1基因的SNP位点,并对产生SNP位点的不同基因型进行了序列分析和系统进化树比较。结果表明:PCR扩增获得了大小为631 bp的MyoD1基因片段,经DdeⅠ酶酶切,产生631 bp、256 bp+375 bp、631 bp+256 bp+375 bp 3种带型;对MyoD1基因的重组质粒PCR产物进行DdeⅠ酶酶切,产生631 bp、256 bp+375 bp 2种带型;松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因存在3个SNP位点,分别是217 bp处存在CT突变位点,375 bp处存在GT突变位点,413 bp处存在TC突变位点,且位于375 bp处的GT SNP位点导致DdeⅠ酶酶切位点丢失;松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因与GenBank中野猪(登录号为U12574.1)基因序列处于同一分支,而与其他物种的同源性较低,具有独特的物种特异性。     

新吉细毛羊KAP24.1基因多态性及羊毛性状的相关性分析

为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。     

贵州白香猪BF基因多态性研究

贵州白香猪为贵州特有的地方品种猪,本研究采用直接测序法对贵州白香猪BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析。结果显示,在第16外显子41 bp处存在A→C的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp)。在贵州白香猪群体内检测到AA、AC和CC 3种基因型,等位基因A和C 频率分别为0.88和0.12。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记，研究以草原红牛为试验群体，采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性，并对GH基因多态片段进行了克隆、测序，确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点，其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变，在1435处发生了T→C的突变，第4内含子1918处发生了C→A的突变；外显子5的2291处发生了碱基A→C突变；3’末端2639处发生了碱基C→G突变，并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加；同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较，草原红牛在1692处有C→T的突变，在2735处有碱基T→C突变，这些突变位点为草原红牛所特有。     

山羊抑制素-α第1外显子的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术检测了抑制素α(inhibin-α,INHA)基因第1外显子在高繁殖力山羊品种(黄淮山羊和长江三角洲白山羊)以及低繁殖力品种(波尔山羊)中的单核苷酸多态性,并研究了该基因对黄淮山羊产羔数的影响.设计4对引物扩增山羊INHA基因外显子1序列,只有引物1在3个山羊品种中检测到多态性,出现了3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明,BB型和AA型相比在INHA基因第1外显子1 006 bp处都发生了碱基突变(C→A),导致脯氨酸改变为苏氨酸.黄淮山羊突变纯合型(BB)平均产羔数比野生型(AA)少0.65只(P＜0.05).研究结果初步表明:INHA基因可能是影响黄淮山羊繁殖力的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个分子标记.     

新疆地区绵羊品种TMEM154基因第2外显子G103A位点的多态性分析

绵羊跨膜蛋白154基因(Transmembrane protein 154,TMEM154)多态性与进行性肺炎的易感或抗性有关。本研究以绵羊TEME154基因第2外显子G103A(E35/K35)位点SNP为候选分子标记,利用PCR直接测序法检测TEME154基因型,对该基因在新疆地区8个绵羊品种(阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊、巴什拜羊、德国美利奴羊和中国美利奴羊)的遗传多态性进行分析。结果表明:绵羊TMEM154基因在第2外显子103bp处发生了G-A突变,PCR测序共检测到3种基因型;即AA、AG和GG,G103A位点的GG(E35)基因型与绵羊进行性肺炎的高敏感性相关,在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊群体中属于优势基因型,而在中国美利奴羊和德国美利奴羊群体中比例较低。方差分析表明,该位点的基因型频率在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊等进行性肺炎高敏感群体和中国美利奴羊和德国美利奴羊等低敏感群体间存在显著差异(P0.05)。本研究结果提示,绵羊TMEM154基因第2外显子G103A位点多态性在进行性肺炎高敏感与低敏感的绵羊群体中分布存在较大差异,该SNP可作为一个理想的分子标记应用于绵羊的抗病育种。     

罗威纳杂交犬MC4R基因多态性与体重体尺的相关性研究

为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因多态性对罗威纳杂交犬生长性状的影响,以罗威纳杂交犬混合DNA为模板,对MC4R基因进行PCR扩增,扩增产物直接测序筛选多态性位点。结果发现3个碱基颠换,分别是154 bp处T/C、755 bp处G/T及895 bp处T/C颠换,其中895 bp处T/C颠换存在于ApaⅠ酶切位点内,以此建立了基于ApaⅠ的PCR-RFLP检测方法,并对67只罗威纳杂交犬进行检测分析。结果表明,在受检罗威纳杂交犬中检测到AA(0.104)、AB(0.493)和BB(0.403)3种基因型,AB基因型体重显著高于BB基因型,AA、AB基因型胸围极显著高于BB基因型。可以考虑将MC4R基因作为犬体重、体尺性状选择的候选基因。     

海南黑山羊GDF9和BMP15基因多态性与初胎产羔数间的关系

为了探究海南黑山羊生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因多态性与初胎产羔数间的关系,采用PCR扩增海南黑山羊GDF9和BMP15基因序列,通过基因测序检测2个基因中SNP位点的多态性分布情况,并与初胎产羔数进行关联分析。结果:在海南黑山羊GDF9基因中共发现3处碱基突变,分别位于GDF9基因的第1外显子、第2外显子和3′端,在BMP15基因中共发现2处碱基突变,分别位于BMP15基因的5′端和第2外显子;在GDF9基因+183处的A/C突变位点、+2 082处的A/C突变位点、+2 541处的C/T突变位点上,海南黑山羊的优势基因型分别是CC、AA和CT,在BMP15基因-519处的A/G突变位点、+6 124处的C/G突变上,海南黑山羊的优势基因型分别是AG和CC;GDF9基因+2 541处的C/T突变与初胎产羔数呈显著相关,TT基因型个体的产羔数显著高于CC基因型个体(P0.05)。本试验为通过基因标记辅助选择提高海南黑山羊的产羔数奠定基础。     

双羔型辽宁绒山羊FSHR基因SNP分析的研究

分别选择遗传性能稳定的同一年龄的产双羔、单羔辽宁绒山羊母羊,对FSHR基因第10个外显子的1 487 bp至1 717 bp共230个碱基区段进行SNP分析,并以相同年龄的产双羔和单羔的萨能奶山羊为对照.从试验羊血液中提取基因组DNA,利用PCR法扩增FSHR第10个外显子的目的片段,利用PCR-SSCP法对PCR扩增的目的片段进行单核苷酸多态性分析.结果表明辽宁绒山羊FSHR基因第10个外显子突变率较大,并且其突变发生在第1 506个碱基,由C→T.说明FSHR基因的第10个外显子可以作为双羔性状的标记基因.     

采用单碱基延伸法检测家蚕单核苷酸多态性位点

单核苷酸多态性(SNP)分型可以作为丰富的分子标记用于家蚕群体遗传学、基因组注释以及功能基因研究。利用SNaPshot试剂盒的SNP分型方法,对以单碱基延伸法检测家蚕SNP位点进行了探索。首先对SNP位点进行PCR扩增,然后以PCR产物为模板,以4种荧光标记ddNTPs为底物,采用延伸引物扩增SNP位点处的一个碱基,最后用377测序仪进行基因分型。通过对家蚕2个SNP位点的分析结果表明,利用单碱基延伸法可以准确地检测SNP位点,并且可以知道该位点的碱基。由于单碱基延伸法可以通过多重PCR在1个反应体系检测多至10个位点,因此该方法不仅方便快捷,并且可以实现高通量检测SNP位点。     

文昌鸡促卵泡素受体(FSHR)基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.本研究以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析.结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点.exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5'端-49 bp处的C→T突变;exon6编码区3'端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3'端+38 bp处的G→T突变.促卵泡素受体(FSHR)是促卵泡素(FSH)的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础.