苏淮猪肌内脂肪表型测定及其与IGF2和SCD基因的多态性关联性分析

为了对苏淮猪肌内脂肪含量特征进行评估以及筛选适宜提高苏淮猪肌内脂肪含量的分子标记,屠宰测定体重在(87.61±0.54)kg共314头苏淮猪的肌内脂肪含量,并分析肌内脂肪候选基因标记IGF2基因第3内含子3072AG位点和SCD基因g.2228TC位点在苏淮猪群体的多态性及其与苏淮猪肌内脂肪性状的关联性。结果显示:苏淮猪群体肌内脂肪含量为(1.99±0.04)%,变异系数为37.13%。其中,阉公猪肌内脂肪含量高于母猪肌内脂肪含量,但公母间差异不显著。在IGF2基因中,A等位基因和G等位基因的基因频率分别为0.403和0.597;AA型基因型频率为0.175,AG型为0.455,GG型为0.370;不同基因型之间苏淮猪肌内脂肪含量无显著差异。在SCD基因中,C等位基因与T等位基因的基因频率分别为0.417和0.583;CC型基因型频率为0.169,CT型为0.497,TT型为0.334,不同基因型之间苏淮猪肌内脂肪含量无显著差异。IGF2和SCD基因合并基因型与苏淮猪肌内脂肪含量无显著相关。IGF2和SCD基因的多态位点与苏淮猪的肌内脂肪性状不相关,因此不能作为提高苏淮猪肌内脂肪含量的分子标记。     

苏淮猪IFNGR1基因多态性及其与猪气喘病抗性的相关分析

猪气喘病是由猪肺炎支原体引起的一种慢性、接触性呼吸道传染病,其流行范围广、难治愈,给养猪业造成了巨大的经济损失。本试验在前期RNA测序结果的基础上,首先选出了差异表达基因干扰素γ受体1(INFGR1),利用PCR扩增和PCR产物直接测序筛查了INFGR1基因外显子区域的SNP位点,进一步在苏淮猪群体开展了基因型分型检测,同时利用实时荧光定量PCR技术检测了苏淮猪群体的猪肺炎支原体感染水平,最后统计分析了INFGR1基因SNP位点不同基因型与苏淮猪群体猪肺炎支原体感染水平的相关。结果发现在苏淮猪IFNGR1基因外显子5上检测到一个SNP(A12557G),苏淮猪群体A等位基因频率为0.555,G等位基因频率为0.445;不同基因型猪肺炎支原体感染量差异极显著(P0.01),GG基因型感染水平显著高于AA基因型,初步推测IFNGR1基因SNP(A12557G)可作为影响苏淮猪气喘病抗性选育潜在的分子遗传标记。     

基于全基因组Fst和nSL分析鉴别苏淮猪中性洗涤纤维表观消化率相关候选基因位点

旨在鉴定苏淮猪（含25%淮猪和75%大白猪血统的国家级新品种）在培育过程中受选择的与纤维表观消化率性状相关的基因片段，为解析苏淮猪耐粗饲遗传机制奠定基础。本研究首先检测分析了331头160日龄苏淮猪个体的中性洗涤纤维（neutral detergent fiber，NDF）表观消化率，计算群体NDF表观消化率估计育种值（estimated breeding value，EBV），选择其中EBV极高和极低各10%的个体（N=66）进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数（fixation index，Fst）和按长度划分隔离点数（number of segregating sites by length，nSL）法分析苏淮猪群体内的选择信号分布情况，寻找选择信号区域内与纤维消化相关的重要基因。最后，选择两种分析中受选择的共有SNPs位点在苏淮猪全群分型，开展与NDF表观消化率的关联性分析，进一步确定影响苏淮猪NDF表观消化率的SNPs位点。结果显示，通过对高、低NDF表观消化率苏淮猪群体芯片分型数据质控，共有51 367个有效SNPs位点用于后续分析。通过Fst和nSL选择信号分析，共鉴定到146个受选择信号区域和361个受选择的基因，其中多个基因被报道与肠道健康和肠道发育等功能相关，包括MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5等基因。选择两种分析中受选择且共有的8个SNPs位点，通过SNP与苏淮猪全群NDF表观消化率的关联性分析，发现rs81363074、rs327393763和rs81404927位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在显著关联（P<0.05），rs81347101和rs318870857位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在极显著关联（P<0.01）。其中，rs81363074位点位于MCC基因第二内含子上。通过高、低NDF表观消化率苏淮猪群体Fst和nSL选择信号分析，筛选到146个受选择信号区域，鉴定到影响苏淮猪NDF表观消化率的受选择候选基因MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5，筛选到了5个与NDF表观消化率显著关联的SNPs位点。本研究结果为解析苏淮猪耐粗饲性状的遗传机制奠定了重要基础。     

苏淮猪选育中不同选配方式对毛色的选育效果比较

在苏淮猪"广选、快稳"改良群体继代选育法等常规选育中,运用G_n♀×G_n♂、G_n♀×G_n-1♂、G_n♀×G_n-1♂3种选配方式对毛色选育效果进行比较。结果显示,G_3世代前,苏淮猪的毛色分离差异显著(P<0.05); G_3世代后,G_n♀×G_n-1♂选配方式的黑毛基因纯合低于其他2组(P<0.05),花豹仔猪占比最太(P<0.05);至G_6世代时,G_n♀×G_n-1♂、G_n♀×G_n♂和G_n♀×G_n+1♂中花豹仔猪分别占1.31%、0.73%和0.24%。黑毛基因已基本纯合,毛色趋于一致,证明G_n♀×G_n♂、G_n♀×G_n+1♂选配方式优于G_n♀×G_n-1♂选配方式。     

苏淮猪产业文化发展存在的问题及对策研究

苏淮猪是具有7 000多年历史的优良品种,有着悠久的历史。我国丰富的文化和人文价值对推动苏淮猪产业发展意义非凡。然而,经过12年的培育,苏淮猪生产企业未能对苏淮猪的历史文化进行深入挖掘,苏淮猪产业发展缺少核心价值理念支撑,苏淮猪产品宣传的文化创意不足,苏淮猪品牌建设也缺乏文化理念。因此,苏淮猪产业的发展应积极与文化软实力结合,加强苏淮猪产品品牌建设,打造具有文化特色的苏淮猪产业发展模式,提高苏淮猪产品的竞争优势。     

苏淮猪群体抗腹泻基因MUC13和FUT1多态性分析及其抗腹泻选育方案研究

腹泻是现代猪场集约化规模养殖过程中常见的疾病,给养殖场带来巨大的经济损失。产肠毒素大肠杆菌F4ac以及F18是导致仔猪腹泻的重要病原微生物,而MUC13和FUT1分别是控制仔猪大肠杆菌F4ac以及F18易感或抗性的主效基因。本试验对淮安市淮阴种猪场的苏淮猪核心群做了MUC13和FUT1基因的多态性检测。结果表明:在整个苏淮猪核心群中MUC13的G等位基因频率较高,其中公、母猪群体分别达到0.625和0.568,有利于苏淮猪抗腹泻性能的选育提高;然而FUT1的A等位基因频率较低,其中公、母猪群体分别为0.250和0.190。根据苏淮猪MUC13和FUT1基因多态性结果,制定了以MUC13基因的选择为主,FUT1基因选择为辅的抗腹泻群体的分子选育方案,以期通过结合常规育种手段来提高苏淮仔猪对腹泻的抗性。     

贵州地方猪品种毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析

为了研究KIT基因的拷贝数与贵州地方猪毛色之间的关系,本试验以黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、香猪4个地方品种为试验材料,采用实时荧光定量PCR方法检测基因组中KIT基因的拷贝数变异,并与荣昌猪和大白猪2个白毛色猪品种相比较.结果显示,4个贵州地方猪种中,全黑/全棕毛色个体的KIT基因拷贝数以缺失为主,黑色带白斑个体的KIT基因拷贝数全部缺失,而棕色带白个体的KIT基因拷贝数增加、正常各半.大白猪的KIT基因拷贝数显著增加,荣昌猪KIT基因拷贝数以正常类型为主.表明大白猪的白毛色由KIT基因拷贝数增加决定,但荣昌猪的白毛色可能与KIT基因的拷贝数变异之间没有直接的联系;4个贵州地方品猪的全黑/全棕色毛色与KIT基因拷贝数的缺失有关,但柯乐猪和香猪中带白斑个体的KIT基因拷贝数并未增加,提示贵州地方猪品种的白斑毛色的形成机制有一定的特殊性.     

利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss, DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value, EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10% 的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index, Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score, iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择 iHS值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51 705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP 位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到 73 个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA 基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点：rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。     

苏淮猪高肌内脂系的生长、胴体和肉质性能测定

为了培育更优良肉质的苏淮猪新品系,跟踪苏淮猪高肌内脂系的选育进展,本试验对苏淮猪与苏淮猪高肌内脂系(暂命名为苏淮猪B22系)进行了饲养和屠宰试验比较。结果表明:在生产性能方面,苏淮猪B22系日增重(g)极显著低于苏淮猪(399.88±13.11)vs(453.95±13.71),(P0.01);在胴体性状方面,苏淮猪B22系的平均背膘厚(mm)(29.25±1.33)vs(24.45±1.64),(P0.05)和第6-7肋背膘厚(mm)(29.49±2.02)vs(23.55±4.30),大于苏淮猪(P0.05),而眼肌面积(cm2)小于苏淮猪(33.50±2.39)vs(37.83±1.37),P0.05;但在肉质性状方面,苏淮猪B22系的肉色红度a值(9.53±0.79)vs(7.07±0.74),P0.05;失水率(35.45±0.72)%vs(39.17±1.39)%,P0.05和肌内脂含量(4.29±0.45)%vs(2.76±0.35)%,P0.05,均优于苏淮猪。总之,苏淮猪高肌内脂B22系具有更优良的肉质性状。     

苏淮猪群体ESR1和FSHβ基因的多态性及其与繁殖性状的关联性研究

为了给提高苏淮猪繁殖性能的选育工作提供技术支持,选取经产母猪344头,检测了苏淮猪群体内雌激素受体1(ESR1)、卵泡刺激素β(FSHβ)基因的多态性,分析单个基因型及合并基因型与总产仔数、产活仔数和初生重的关联性。结果显示:在ESR1基因中,A等位基因与B等位基因的基因频率相近,分别为0.541和0.459;AA型基因型频率为0.308,AB型为0.465,BB型为0.227;不同基因型苏淮母猪的总产仔数、产活仔数和初生重无显著差异(P0.05)。在FSHβ基因中,A等位基因与B等位基因的基因频率分别为0.148和0.852;AA型基因型频率为0.027,AB型为0.241,BB型为0.732,不同基因型苏淮母猪的总产仔数、产活仔数和初生重无显著差异(P0.05);ESR1和FSHβ基因合并基因型与总产仔数、产活仔数以及初生重无关联(P0.05)。ESR1和FSHβ基因与苏淮猪母猪的总产仔数、产活仔数以及初生重性状不相关。     

Characterization of MC1R and KIT Genotypes in Luchuan Pig Population

In order to assess the purity of Luchuan pig populations, four South Chinese local pig breeds including Putian Black pig, Yuedong Black pig, Dahuabai pig, Bama miniature pig and three foreign pig breeds including Duroc pig, Yorkshire pig and Landrace pig were studied as controls by sequencing of PCR products, MC1R and KIT genotypes in 56 Luchuan pigs were analyzed in this study. Sequencing results indicated that a splicing mutation (G>A) was presented in the first base in intron 17 of KIT gene in both Yorkshire pig and Landrace pig, in contrast, the wildtype GG of KIT gene was presented in Luchuan pig, four south Chinese local pig breeds and Duroc pig.Compared with Hainan wild boar, South Chinese local pig breeds had two missense mutations 95Val > Met and 102Leu > Pro in the coding region of MC1R gene;Compared with Yorkshire pig, Landrace pig and Duroc pig, South Chinese local pig breeds had 5 to 6 SNPs in MC1R gene 5'UTR, and in addtion, an A base deletion in MC1R gene 3'UTR. Furthermore, we found one litter of Luchuan pig with abnormal coat color.The results showed that the presentation of two distinct MC1R genotypes E^D1 and E^p in both litters and the sow,but only E^D1 in the boar. Considering E^p was derived from Pietrain pig, we preliminarily considered that the genome of the sow might be infiltrated with foreign pig breeds. In summary, we detected the genotypes of the coat color genes KIT and MC1R in eight pig breeds, confirmed the molecular differences of coat color between Chinese local pig breeds and foreign pig breeds, which could be useful for the further investigation of the molecular mechanism of pig coat color.     

陆川猪MC1R和KIT基因型鉴定

为了检测陆川猪种群的纯度,本研究以4个华南地方猪种（莆田黑猪、粤东黑猪、大花白猪、巴马香猪）和3个外来猪种（杜洛克猪、大白猪、长白猪）作为对照,利用PCR测序法对陆川猪群体56个样本的MC1R和KIT基因进行基因型鉴定。测序结果表明,大白猪和长白猪KIT基因内含子17的第1个碱基发生G>A剪接突变,而陆川猪和4个华南地方猪种,以及杜洛克猪中KIT基因型一样,均为野生型的GG基因型;MC1R基因编码区分析表明,以海南野猪MC1R基因型作为参考序列,陆川猪和4个华南地方猪种在MC1R基因编码区存在95Val > Met和102Leu > Pro两个错义突变;MC1R基因非编码区分析表明,与大白猪、长白猪和杜洛克猪相比,陆川猪和4个华南地方猪种MC1R基因的5'UTR分别存在5~6个SNPs,3'UTR存在1个A碱基的缺失。另外,试验对一窝毛色异常的陆川猪仔猪及其亲本的KIT和MC1R基因进行测序分析,结果表明,仔猪及其亲本的KIT基因型均为GG野生型,仔猪和母本的MC1R基因均存在E^D1和E^p两种不同的基因型,父本的MC1R基因型为E^D1,因E^p对应于皮特兰猪的斑块表型,所以初步判定母本渗入了外来猪种的血统。本研究通过检测陆川猪等8个猪种的毛色相关基因KIT和MC1R基因的基因型,证实了中外猪种间在毛色遗传上的分子差异,为今后深入研究猪毛色遗传的分子调控机理提供参考。     

苏淮猪发酵床养殖试验

苏淮猪是2011年刚通过国家畜禽遗传资源委员会审定的新品种。其在正常饲养条件下,25kg-90kg日增重650g,90kg体重的日龄约175天,料重比3．1：1,屠宰率72％,背膘厚28．7mm以下,胴体瘦肉率56％以上。在发酵床养殖条件下,达到90kg体重需190日龄,日增重为565g,屠宰率、背膘厚和胴体瘦肉率差异不显著,而料重比为2．87：1,节约饲料9％,特别是肌肉氨基酸含量明显提高,超过正常值40％以上。苏淮猪发酵床养殖效益十分显著。     

不同脱脂米糠水平日粮对苏淮猪胴体性状及肉品质的影响

旨在研究不同脱脂米糠水平日粮对苏淮猪胴体性状及肉品质的影响。选取35头初始体重为（62.9±0.8）kg的健康纯种苏淮阉公猪,随机分为5组,每组7个重复,每个重复1头猪,使用奥斯本种猪生产性能测定系统（OTSS）饲喂。对照组（CTRL）饲喂不含脱脂米糠的基础日粮,试验Ⅰ~Ⅳ组分别饲喂7%、14%、21%和28%脱脂米糠的试验日粮,5组日粮的中性洗涤纤维（NDF）水平分别为8.89%、11.80%、12.93%、14.35%和17.94%,各组日粮除纤维水平不同外,其他营养成分基本一致。试验预饲期10 d,所有猪饲喂基础日粮;正式期28 d,分别饲喂基础日粮和试验日粮。试验结束屠宰全部试验猪,测定其胴体性状（胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚）;采集肉样用于测定肉质性状（滴水损失、剪切力、熟肉率、肌内脂肪含量、pH和肉色）;采集背最长肌样品用于猪滴水损失主效基因磷酸化酶激酶γ1（phosphorylase kinase gamma1,PHKG1）表达分析。结果表明：1）日粮脱脂米糠水平对苏淮猪的胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚等胴体指标没有显著影响。2）随脱脂米糠水平的提高,苏淮猪背最长肌的滴水损失呈先降低后上升的二次曲线变化（P<0.05）,猪肉的剪切力线性降低（P<0.05）;熟肉率、pH_{24 h}随脱脂米糠水平的增加呈线性增加的趋势（P=0.061,P=0.068）;日粮脱脂米糠水平的增加有降低L_{24 h}^*的趋势（线性,P=0.085）,脱脂米糠水平对其它肉质指标均无显著影响。3）PHKG1基因的相对表达量随脱脂米糠水平的增加趋于二次方升高（P=0.085）。综上所述,日粮脱脂米糠水平对苏淮育肥猪的胴体性状无显著影响,但在日粮中适度添加脱脂米糠可降低苏淮猪猪肉的滴水损失及剪切力,改善苏淮猪猪肉品质,但其背后的机制还有待进一步深入研究。     

猪毛色遗传的研究进展

本文概述了猪的毛色类型、猪的毛色遗传模式,着重综述了猪毛色基因分子基础的研究进展,指出存在问题并就未来发展方向做了思考。     

Haplotype diversity in MC1R locus between the Min and white-haired pig breeds

In this article, we investigated the genetic variations in the coding region of porcine melanocortin receptor 1 (MC1R) gene in three pig breeds (Min, Yorkshire and Landrace) with black and white coat colors. Six polymorphic sites were found to be significantly associated with coat color. Two blocks were identified in the linkage disequilibrium map, the haplotypes in the first block are nt67/68indelCC and nt67/68indel--, and the haplotypes in the second block are ACCGA and GTTAG. The median-joining network diagram of MC1R haplotypes showed most Min pigs and other Asia domestic breeds own similar haplotypes to ACCGA, while the haplotypes of Europe pig breeds are similar to GTTAG. The phylogenetic analysis of the MC1R CDS further showed Min pigs are close to Laiwu pigs (Shandong, China), which indicated that the black coat color trait of Min pig might be originated and evolved from the black pig breed in Shandong Peninsula of China.     

Genetic variation within coat color genes of MC1R and ASIP in Chinese brownish red Tibetan pigs

Melanocortin receptor 1 (MC1R) and agouti signaling protein (ASIP) are two major genes affecting coat color phenotypes in mammals, and inactivation mutations in the MC1R gene are responsible for red coat color in European pig breeds. Conversely, the gain‐of‐function ASIP mutations block MC1R signaling and lead to the production of red pheomelanin. Chinese Tibetan pigs have three types of coat color phenotypes, including brownish red, solid black and black with patches of brownish red and white. Herein, we investigated variations of the MC1R and ASIP genes in Tibetan pigs. The results showed that the brownish red Tibet pig had the dominant black MC1R allele (E^D1). No loss‐of‐function mutation in MC1R responsible for red coat color in European breeds was observed in this breed. No causal mutation for the red coat color phenotype was found in the coding sequence of the ASIP gene. A novel missense mutation c.157G > A was firstly identified in exon 2 of ASIP, which was further genotyped in 285 pigs from five Chinese breeds and three Western breeds having different coat color phenotypes. Nearly all pigs were GG homozygotes. In conclusion, no functional variant responsible for brownish red coloration was found in the coding region of MC1R and ASIP in Tibetan pigs.