牦牛大肠杆菌的分离鉴定及系统发育分析

本试验旨在研究牦牛源大肠杆菌的遗传进化关系,明确其与人和其他动物大肠杆菌的亲缘关系。采集来源于四川省甘孜州、阿坝州的60份临床健康成年牦牛肛门棉拭子样本,接种于麦康凯琼脂培养基上进行细菌的分离培养,通过常规形态学、培养特性、生化特征和16S rRNA PCR检测的研究,确定49株为大肠杆菌。对其中9株牦牛源大肠杆菌进行16S rRNA克隆、测序,经系统发育分析发现牦牛菌株组内同源性为98.8%~99.9%,与GenBank中其他菌株的同源性为94.0%~100%。结果表明,牦牛源大肠杆菌与牛源菌株的遗传距离最近,与羊源菌株的遗传距离最远,与人、猪、鸭、鸡源菌株的遗传距离较近,其中有2株菌与人肠出血性大肠杆菌(EHEC)O₁₅₇∶H₇和志贺氏菌聚为一支,从遗传进化的关系看其有可能成为人类的潜在病原菌。     

15株禽源空肠弯曲菌的分离鉴定及CheW基因序列分析

为了解四川地区禽源空肠弯曲菌流行菌株的感染情况及其Che W基因的变异特点,本研究于四川地区采集禽源盲肠及内容物对空肠弯曲菌进行分离并纯化培养,将分离菌株进行染色镜检、生化试验、16S r RNA基因PCR鉴定,并对分离株的Che W基因进行克隆测序,选取Gen Bank中登录的10株国内外空肠弯曲菌菌株与分离株进行Che W基因的序列分析及遗传进化分析。结果显示:分离株经纯化培养于哥伦比亚血琼脂培养基上后出现无溶血现象的菌落;革兰染色为阴性;生化代谢类型较稳定且与相关报道一致;16S r RNA基因序列与空肠弯曲菌(NCTC11168、YQ2210)等菌株同源性为99%以上。15株分离菌株的Che W基因的核苷酸序列与所选参考株一致性为98.68%,其推导的氨基酸序列同源性一致性在98.9%以上。其中鹌鹑源分离株CJ-1、CJ-2、CJ-4、CJ-13、CJ-14在第22位和161位均出现单个碱基的置换为A→G。本实验中分离菌株均为空肠弯曲菌且分离菌株之间Che W基因保守性强,遗传变异动态性较弱。本研究为空肠弯曲菌遗传变异方面的相关动态研究提供参考依据。     

西藏牦牛源大肠杆菌毒力基因检测与分型

为了了解西藏地区牦牛源肠产毒性大肠杆菌毒力基因分布情况,本试验对西藏林芝、拉萨等不同地、市107株牦牛源大肠杆菌进行了大肠杆菌毒力基因的PCR检测和基因分型。结果显示,利用22对肠产毒性大肠杆菌毒力基因引物进行检测,只检出STp以及CS8基因;对所检测到的16株牦牛源肠产毒性大肠杆菌进行克隆测序,经系统发育分析发现牦牛源肠产毒性大肠杆菌菌株内同源性达到99.9%左右,与GenBank中所录其他菌株的同源性达到95%~100%。按照系统发育进化分型的方法,对16株大肠杆菌中有3株属于D群,其余均属于A群。结果表明,西藏牦牛源大肠杆菌中肠产毒性大肠杆菌基因确实存在,其毒力基因主要为STp以及CS8基因;西藏林芝、拉萨、山南和日喀则均有分布,那曲和阿里地区未检出,通过对小鼠的致病性试验,致死率为95%,说明致病性很强,应引起重视。     

雪貂空肠弯曲杆菌的分离与鉴定

从试验用雪貂分离到一株弯曲杆菌,通过菌落、菌体形态、生化特征、培养特性等生物学特性和PCR方法对所分离菌株进行鉴定,分离株经空肠弯曲杆菌VS1基因特异性引物PCR扩增为阳性,测序结果显示与空肠弯曲杆菌序列同源性达100%,结合生物学特性和PCR结果确定所分离菌株为空肠弯曲杆菌,该菌的分离鉴定为雪貂微生物检测标准的建立提供了理论依据。     

牦牛源肠球菌的分离鉴定及耐药性分析

试验结合革兰氏染色及16S rRNA分子鉴定,对分离自红原县的17份牦牛粪便样中的肠球菌进行鉴定。结果显示,通过细菌分离纯化及PCR扩增,从牦牛粪便样品中分离出8株疑似肠球菌,分离菌的扩增产物经凝胶电泳后均产生1 500 bp特异性条带。16S rRNA测序结果显示,8株疑似肠球菌中,6株为粪肠球菌,2株为屎肠球菌。同源性比对分析显示,粪肠球菌与参考序列同源性为99.7%~100.0%,屎肠球菌与参考序列同源性为98.2%~99.2%,说明牦牛源肠球菌在遗传进化过程中高度保守。运用K-B纸片法进行药敏试验,结果显示,分离株对氨基糖苷类抗生素耐受性较高,2株屎肠球菌中,11-1-2菌株表现为5重耐药,且该菌株耐万古霉素,粪肠球菌主要表现为3重耐药,药敏结果提示牦牛源肠球菌耐药较严重,应引起高度重视。     

鸡源鸭疫里默杆菌的分离鉴定及ompA基因遗传进化分析

从病死鸡肝脏中分离到8株革兰阴性多形杆菌,对8株分离株进行形态学和16S rDNA基因鉴定并分析ompA基因及其推导的蛋白序列遗传进化特征。16S rDNA进化分析显示,8株鸡源分离株与22株鸭疫里默杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)参考株形成一个大的进化分支,与RA模式菌株ATCC11845和22株RA参考株之间的同源性分别为99.3%~99.8%和98.8%~100.0%。根据形态学和16S rDNA基因鉴定结果,将8株分离株鉴定为RA。ompA基因进化分析显示,8株鸡源RA分离株与3株鸭源RA分离株KML1、KML2、KML3以及1株鹅源RA分离株KS9901-G形成一个大的进化分支,同源性为94.0%~99.6%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株ompA基因均发生99个核苷酸位点的突变。OmpA蛋白进化分析显示,8株鸡源RA分离株形成一个独立的大的进化分支,同源性为100%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株OmpA蛋白均发生19个氨基酸位点的突变。8株鸡源RA分离株对青霉素、阿莫西林克拉维酸、头孢噻吩等10种抗生物敏感。本试验在国内分离到鸡源RA,证实鸡RA感染在我国的存在,对鸡RA感染的预防和控制具有重要指导意义。     

袋鼠源铜绿假单胞菌分离鉴定

为确定袋鼠死亡原因,本研究采用Biolog快速鉴定系统、16SrRNA序列分析以及传统细菌鉴定方法对2株分离自北京动物园袋鼠肺脏的菌株进行形态学、培养特性、生化特性、小鼠致病性、系统发育分析等生物特性的鉴定和分析,结果表明2菌株均为铜绿假单胞菌,对昆明小鼠有强致病性。系统发育分析结果表明2株袋鼠源铜绿假单胞菌16SrRNA序列与ATCC10145模式株差异很小,同源性分别为99.9%和100%,并且位于系统发育树的同一分支。     

动物源性空肠弯曲杆菌耐药性地域差异性分析

从上海家禽批发市场采集鸡盲肠内容物样品,分离到47株空肠弯曲杆菌,从上海屠宰场采集猪盲肠内容物样品,分离到99株空肠弯曲杆菌,分别测定分析了这些空肠弯曲杆菌耐药性; 通过对不同产地鸡源空肠弯曲杆菌耐药性状况比较结果显示,江苏南通、江苏海门和浙江金华分离到的鸡源空肠弯曲杆菌对9种抗生素(见表1)都有不同程度的耐药性,对万古霉素、红霉素和氨苄青霉素的耐药性达到100%。江苏海门、上海崇明和浙江温岭、金华等地的菌株分别对克林霉素和氨苄青霉素显示了高耐药性,分别达到90%、100%;通过对不同产地猪源空肠弯曲杆菌耐药性状况比较结果显示,山东莘县分离到的猪源空肠弯曲杆菌对9种抗生素都有不同程度的耐药性,对万古霉素、红霉素、克林霉素和氨苄青霉素的耐药性达到80%以上。河南孟津和安徽淮北分离到的猪源空肠弯曲杆菌对除头孢拉定之外的8种抗生素都有不同程度的耐药性,对氨苄青霉素的耐药性达到100%。结果显示动物源性空肠弯曲杆菌耐药性存在明显的地域差异性。     

西藏部分地区牦牛源肺炎克雷伯菌的分离、鉴定、毒力及耐药基因分析

利用细菌分离纯化、生化鉴定、分子生物学及WHO推荐的K-B纸片法等研究方法,对从西藏不同地区采集的103份牦牛鼻拭子样品进行肺炎克雷伯菌的分离鉴定,对分离鉴定的疑似菌株进一步进行16S rDNA测序及系统发育分析,荚膜血清学分型、毒力基因和耐药表型及耐药基因检测。结果显示,从西藏林芝市、那曲市分离鉴定出8株牦牛源克雷伯菌,分离率为7.76%;挑取其中2株进行测序,结果显示与重庆牛源KM096433和北京土壤源JQ003560聚为一簇,亲缘关系最近;8株西藏牦牛源克雷伯菌荚膜血清型均为K20型;此外,8株菌株均检测到3种毒力基因mrkD、fimH和wabG,检出率为100%;blaTEM、sul3、tetA和tetA耐药基因检出率分别为100%,100%,75%和75%,其余耐药基因均未检出;药敏试验结果显示,8株菌株对青霉素和氨苄西林耐药率达100%,其次是克拉霉素、四环素和多西环素耐药率达75%,而对喹诺酮类药物,如:环丙沙星、氧氟沙星和诺氟沙星强敏感;致病性试验中对照组全部存活,处理组小鼠病死率为80%(4/5),病变主要表现为脾脏肿大。本试验对西藏地区牦牛源肺炎克雷伯菌的流行情况、毒力基因和耐药性进行分析,对牦牛源肺炎克雷伯菌的防制具有重要的指导意义。     

鸡源致病性奇异变形杆菌的分离鉴定与遗传进化分析

为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌（YLF1、WS）,通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用（K-B）法检测分离菌对14种常用抗生素（包括β-内酰胺类、头孢烯类、氨基糖苷类、四环素类、氟喹诺酮类、大环内酯类）的敏感性;并与GenBank中公布的21种不同来源的变形杆菌16S rRNA基因序列进行遗传进化分析。结果表明,YLF1、WS菌株均具有迁徙性和β-溶血生长特征,镜检为革兰氏阴性长短不一的杆菌或球菌,经16S rRNA基因鉴定与GenBank中奇异变形杆菌同源性均在99%以上,YLF1、WS菌株确定为奇异变形杆菌,均表现为多重耐药,耐药率分别为78.6%（11/14）和71.4%（10/14）;雏鸡致死率均为80%;YLF1、WS菌株与日本人体分离株、中国新疆黄牛分离株和中国广东土壤分离株同源性最高,达99.9%;与来自中国河南、中国新疆及印度的鸡源奇异变形杆菌同源性较高（98.9%~99.3%）,遗传关系密切。表明凉山地区鸡群中存在奇异变形杆菌感染,分离株有较高的致病力和较强的耐药性,也提示分离菌可能来源于环境、感染鸡或其他动物,同时存在人畜共患的潜在危险。