利用SSR、ISSR和RAPD技术构建苜蓿基因组DNA指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定多态性位点的RAPD、SSR和ISSR引物,建立苜蓿基因组DNA的SSR、ISSR和RAPD分子标记技术体系,并利用分子标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱.筛选出36个RAPD引物,8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了182个RAPD多态性位点和丰富的SSR和ISSR多态性位点,构建了55个苜蓿品种(系)的SSR、ISSR和RAPD指纹图谱.结果表明,不同苜蓿品种(系)的SSR多态性有较大差异;苜蓿品种ISSR指纹图谱多态性丰富,稳定性比RAPD强;可以通过2～3个引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种,SSR和ISSR指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多样性分析.     

不同栽培类型蓝莓遗传多样性的SSR分析

以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占比引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个之间。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北方高丛、南方高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数位于0.60~0.96之间,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种‘红粉佳人’外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。     

苜蓿遗传多样性和亲缘关系的SSR和ISSR分析

在苜蓿(Medicago sativa L.)基因组SSR和ISSR分析的基础上,筛选出8对SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(品系)中获得126条多态性位点.利用SSR和ISSR标记对其DNA指纹图谱和遗传多样性进行研究.采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,将55个苜蓿种质划分为4个大类群和7个类型,为苜蓿引种、亲本选配和种质资源评价提供依据.分子标记分析结果表明:我国苜蓿地方品种遗传基础广阔,在基因型表现特异性的同时又有较强的地域性;我国苜蓿育成品种间的遗传距离大,表现出遗传基础的异质性.     

蒺藜苜蓿耐酸铝性状的全基因组关联分析

铝毒害是酸性土壤耕种的主要限制因素,每年造成大量作物减产。蒺藜苜蓿是紫花苜蓿的一年生近缘种,广泛分布于世界各地,是紫花苜蓿遗传改良的重要基因资源。本研究利用蒺藜苜蓿群体的耐酸铝性状差异,进行全基因组关联分析,筛选蒺藜苜蓿耐酸铝性状相关的遗传位点,共得到58个与蒺藜苜蓿耐酸铝性状相关的SNP标记。对其周围基因进行功能注释分析,发现这些SNP位点主要参与苜蓿的细胞壁、脂质代谢、环境胁迫响应过程、氧化还原反应过程以及小分子转运等过程。最后,通过基因组选择方法将发掘SNP标记应用到蒺藜苜蓿耐酸铝性状的预测,预测准确性达到0.80,这说明本研究发掘的SNP标记可以用于蒺藜苜蓿及其近缘物种紫花苜蓿耐酸铝性状的遗传改良。     

42份紫花苜蓿种质资源遗传多样性的SSR分析

为了补充现有苜蓿(Medicago sativa)种质资源的遗传多样性信息,采用SSR分子标记技术对1份野生紫花苜蓿种质和41份栽培紫花苜蓿品种的遗传多样性进行了研究。15对引物在供试苜蓿材料中共获得231条扩增带,其中163条具有多态性。引物的多态位点百分率、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值分别为71.55%、0.210 0和0.326 3。供试材料间的相似系数介于0.641~0.913,平均为0.791,栽培品种间的平均相似系数相对较大,野生种质资源与栽培品种间的平均相似系数相对较小。聚类分析表明,供试材料在相似系数0.778处可聚为五大类,单独聚为类的陇东野生紫花苜蓿、CW 200和CW 787都表现出了与其他材料间较远的亲缘关系。基于主成分分析图,可把供试材料分为四大类,其中第Ⅰ、Ⅱ类与第Ⅲ、Ⅳ类材料间的亲缘关系较远。综上,供试苜蓿种质资源具有较丰富的遗传多样性,部分种质资源表现出了相对独立的遗传特性。     

基于SSR标记的72份猕猴桃种质资源聚类分析

利用SSR分子标记对72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定理论基础。研究结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物可以完全区分供试材料,均为多态性条带;共检测出70个等位基因,每对引物可检测到等位基因数9-17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点,多态性信息含量（PIC）变化范围在0.792-0.904之间,平均为0.828;遗传多样性结果表明,供试材料的遗传距离的范围为0.029-0.329,平均遗传距离为0.176;聚类分析结果表明,供试材料在相似系数0.087的水平上可分为六大类,其结果与传统的形态学分类大体一致。     

苜蓿种质资源遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了来自国内外的30份苜蓿(Medicago L.)材料的遗传多样性,为其遗传改良和分子标记辅助育种提供依据。结果表明:10个ISSR引物共扩增出112条带,其中59条带是多态性谱带,多态性比率平均值为74.5%,平均每个引物扩增出11.2条带。用POPEGENE 32软件分析多态性指数和有效等位基因数的平均值分别为0.3727和1.4280,遗传多样性水平较高。利用扩增结果进行遗传距离分析,构建了分子树状图,可以把30份材料划分为3个类群,第1类包括准格尔、敖汉、肇东等19份种质材料;金达苜蓿单独划分为1类;第3类包括和平、德宝等10份种质材料。     

苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建

苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的10个SSR标记对33个苜蓿DUS测试标准品种进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,10对SSR引物共扩增出69个等位基因,平均每个标记可产生6.9个等位基因;多态性比率(PPB)从25%到90%不等,平均值为56.7%;各SSR标记的多态信息含量(PIC)范围为0.56~0.87,平均值为0.75。利用不同引物间的组合能有效区分33个苜蓿 DUS标准品种,并为每份标准品种建立了唯一标识的指纹代码,为苜蓿品种的审定和保护以及遗传背景分析提供了技术依据。     

苜蓿品种鉴定及其遗传多样性分析

为快速有效地鉴定苜蓿属（Medicago）在内蒙古地区种植较广泛的10个品种,为后续研究奠定基础。本试验利用SRAP（Sequence Related Amplified Polymorphism）标记初步建立了10个苜蓿品种的指纹图谱,并分析了其中3个苜蓿品种的遗传多样性。试验结果表明,SRAP标记FR12,FR14,FR16,FR18,FR21引物组合在10个苜蓿品种中的多态性较好;利用SRAP标记FR6和FR21组合、FR21和FR17组合,制作出2套指纹图谱,均可有效鉴定出10个苜蓿品种。通过对‘呼伦贝尔’黄花苜蓿、‘草原3号’杂花苜蓿、‘敖汉’苜蓿的遗传多样性进行分析,得到这3个苜蓿品种的平均Nei's遗传多样性指数H和平均Shannon's信息指数I变化规律均一致,且不同产地和利用年限的2份‘草原3号’杂花苜蓿材料的遗传多样性指数达到显著差异（P<0.05）;表明杂花苜蓿的遗传变异程度较大,多样性水平较高。本研究构建了2套苜蓿指纹图谱,有利于从分子水平鉴定不同苜蓿种质资源,同时苜蓿3个种的遗传多样性变异分析可为合理利用苜蓿种质资源和推广应用提供理论参考价值。     

南方大口鲶微卫星标记在怀头鲶群体中适用性研究

本研究分析了31对南方大口鲶（Silurus meriaionalis）微卫星标记引物在怀头鲶（Silurus soldatovi）群体中的适用性。结果表明,南方大口鲶微卫星标记引物在怀头群体中具有较高的适用性,共筛选出可以稳定扩增的微卫星标记15对,每个位点等位基因数为1～5个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。借用已有的遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展怀头鲶种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。     

Genetic diversity analysis and fingerprint construction of Elymus germplasm based on SCoT markers北大核心CSCD

In this study，SCoT molecular markers were used to analyze the genetic diversity and construct DNA fingerprints of three species of Elymus on the Qinghai-Tibet Plateau to provide a theoretical basis for identification of the different species in collection material. Among 80 SCoT primers， 22 primers were selected for PCR amplification，and a total of 290 bands were amplified，of which 254 were polymorphic with the percentage of polymorphic bands（PPB）of 87.59%. The average values of the Shannon diversity information index（I），Nei’s gene diversity index （H），the observed number of alleles （Na），and an effective number of alleles （Ne） were 0.5411，0.3643，1.9856，and 1.6270，respectively. Cluster analysis results showed that the genetic similarity coefficient ranged from 0.50 to 0.80. At a genetic similarity coefficient of 0.53，46 collections could be divided into 2 groups，and the results of the principal coordinate analysis were consistent with those of cluster analysis. At the same time，the DNA fingerprints of 46 materials were constructed by using 4 SCoT primers. The SCoT molecular marker was suitable for genetic diversity analysis and DNA fingerprint construction of Elymus germplasm resources. This study provides fundamental information for germplasm identification，high-quality character mining，and breeding practice for wild Elymus. © 2022 Editorial Office of Acta Prataculturae Sinica. All rights reserved.     

基于SCoT标记分析紫花苜蓿遗传多样性的取样数量

本研究采用目标起始密码子多态性(Start codon targeted,SCoT)标记,对600份不同紫花苜蓿(Medicago sativa L.)材料(共6个种质)的基因组DNA进行扩增,分析了不同取样数量下(10,15,20,30,40,50,60,70,80,90和100)紫花苜蓿的遗传多样性,旨在筛选出代表紫花苜蓿种群遗传多样性的最佳取样单株数。结果发现,6条SCoT引物共扩增出80个条带,平均每条引物的扩增条带数为13.3个,多态性条带百分率为100%。在评价不同取样梯度下的紫花苜蓿遗传多样性覆盖度时发现,当取样数量增加至40时,6个供试紫花苜蓿种质的遗传多样性覆盖率均达到95%以上。此外,本试验采用UPGMA与STRUCTURE聚类分析方法,分析了不同取样梯度下紫花苜蓿的遗传结构。结果表明,样本量为40时能够有效反映紫花苜蓿群体间差异。     

3种生态型野生扁蓿豆种质资源ISSR与SSR遗传多样性分析

遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。运用SSR和ISSR技术分析扁蓿豆种质资源的遗传多样性。从供试材料中筛选到具有多态性的SSR引物18对,ISSR引物18条。SSR引物共扩增到109条清晰的多态性条带,多态性比率为80.09%,相似系数变化范围为0.669～0.885。ISSR引物共扩增到125条清晰的多态性条带,多态性比率为87.08%,相似系数变化范围为0.448～0.811。对2种标记结果进行UPGMA聚类分析,结果表明,扁蓿豆材料部分聚为1类,黄花扁蓿豆材料大部分聚为1类。Mantel检测显示,2种标记的遗传相似性呈显著相关(r=0.019 6,t=0.121 2),扁蓿豆比黄花扁蓿豆的遗传多样性水平稍高,细叶扁蓿豆之间的遗传差异较大。     

20个紫花苜蓿品种的ISSR遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术,对来自美国、加拿大、澳大利亚和荷兰等4个国家的20个紫花苜蓿品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示:从100条ISSR引物中筛选出10条带型清晰、多态性较好的引物,共扩增出75条带,其中62条呈多态性条带,多态性比率(PPB)为82.67%。20个紫花苜蓿品种的遗传相似性系数为0.60~0.87,平均为0.75,其中Algonquin与Phabulous之间的遗传相似性最高,达0.87,Sanditi,WL232和4020品种间,以及32IQ和Sequel品种间的遗传相似性最低,均为0.60。UPGMA聚类分析结果可将20个紫花苜蓿品种划分为6大类群,充分说明其具有丰富的遗传多样性。     

耐盐苜蓿与敏盐苜蓿RAPD多态性研究

以耐盐苜蓿和敏盐苜蓿为材料,通过RAPD反应,对8组的160条引物进行筛选.结果表明,经过5轮筛选,OPA组6条引物、OPD组9条引物、OPE组6条引物、OPF组7条引物、OPH组5条引物、OPC组9条引物、OPG组2条引物、OPN组7条引物共51条都可作为多态性引物,其中以OPA-17、OPD-5、OPD-7等3条引物的DNA多态性最稳定.在"中苜一号”DNA组上,OPA-17可在2200bp处产生一条多态性谱带,并在380bp出现谱带缺失现象.OPD-5可在3500bp处形成一条清晰度极高的谱带,OPD-7则在650bp处无谱带产生.这3条引物所检测出的耐盐苜蓿与敏盐苜蓿具有稳定的DNA多态性,该多态性与其耐盐性状有关.     

金沙柚及其近缘种的SSR分子标记分析研究简报

应用SSR分子标记对8份江西不同来源的金沙柚及其近缘柚类品种的遗传多样性进行分析。从41对引物中筛选了26对引物，共检测到等位基因92个，平均每对引物扩增出3.54个等位基因，多态性为53.68%。每对引物可检测到的等位基因数目为2～8个不等。 NTSYS 软件分析，8份材料的相似性系数为0.729～0. 924。聚类分析结果显示材料可以被划分为金兰柚和沙田柚两个组。结果表明，金沙柚与其近缘柚类亲缘关系较近，但近缘种间存在一定的遗传变异。为金沙柚的种质保存、育种和生产提供了分子水平上的依据。     

基于SCoT标记的饲用燕麦品种遗传结构及指纹图谱分析

采用目标起始密码子多态性标记（SCoT）对目前国内种植利用的36个饲用燕麦品种进行了遗传变异结构及指纹图谱分析。结果显示,从80个SCoT引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引物15个,共扩增出146条条带,不同引物扩增出的多态性条带数为3~9条,平均为6.4条,多态性比率为65.75%,平均有效等位基因数（Ne）为1.46,平均Nei’s基因多样性指数为0.27,平均Shannon’s多样性指数为0.38。基于4个多态性较高的核心引物组扩增的14个位点,构建了36个燕麦品种的DNA指纹图谱,其能够将供试燕麦品种区分并准确鉴定。供试品种的DICE遗传相似性系数为0.7596~0.9507,平均值为0.8473;基于遗传相似系数的非加权组平均法（UPGMA）聚类分析结果显示,可将36个品种分为四大类,聚类与其来源的关联性不高。群体遗传结构分析表明,国外引进品种遗传组成分布均匀,有32.1%的品种具有混合来源,而国内品种分布相对集中且仅有25.0%的品种有混合来源,表明供试的国内种植利用的燕麦品种遗传基础较狭窄,来源相对单一。结果为燕麦品种的鉴定、新品种的选育等提供了理论参考。