巴马香猪VRTN基因克隆、表达及其多态性与繁殖性状的关联分析

旨在研究VRTN(vertebrae development homolog)基因在巴马香猪群体中的编码区序列特征、组织表达情况、脊椎数性状因果突变位点ins291的等位基因频率及其与乳头数和产仔数性状的关联。本研究采集3头0日龄巴马香猪组织,利用cDNA克隆技术获得VRTN基因编码区全长序列并进行生物信息学分析,利用荧光定量PCR技术检测VRTN在心、肝、脾、肺、肾、背最长肌和皮下脂肪组织中的表达情况;采集279头经产巴马香猪母猪血液,检测ins291位点在该群体中的频率分布,并与乳头数、产仔数性状进行关联分析。结果表明,巴马香猪VRTN基因编码区全长2 097 bp,其编码的氨基酸序列在不同物种间存在大量保守区域;VRTN基因编码698个氨基酸,预测为亲水性蛋白质,存在1个螺旋转角螺旋域超家族结构功能区、2个低复杂度区域和2个内部重复结构,并与核受体辅抑制子1(NR6A1)、果蝇同源框基因Prospero的脊椎动物同源蛋白2(PROX2)和富亮氨酸重复序列74亚基(LRRC74A)等蛋白具有相互作用;VRTN基因在0日龄巴马香猪各组织中均有表达,其中在背最长肌组织中表达量最高;巴马香猪保种群体中VRTN基因有利突变位点ins291的等位基因频率为21.15%,不同基因型个体之间平均产仔数、总乳头数、左侧乳头数、右侧乳头数和单侧最大乳头数性状均无显著差异(P0.05),但纯合突变型(ins/ins)个体的乳头数性状均高于其他基因型个体。结果提示,在巴马香猪产业化生产中可通过分子育种手段提高VRTN ins291有利等位基因频率,但不影响其产仔数性状。     

枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析

为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 AG位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。     

MMP19基因在5个猪群体内的多态性分析

试验采用PCR-RFLP技术分析猪基质金属蛋白酶19基因(MMP19基因)多态性,并检测该基因在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪共501头猪群体内的基因型频率和等位基因频率。结果表明,MMP19基因在5个猪群体内呈现不同基因型。MMP19基因在杜洛克、长白和梅山猪群体内检测出TT、TC和CC共3种基因型。在大白猪和申农猪群体内检测出TC和CC基因型。在杜洛克群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.41、CC为0.58;在长白猪群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.44、CC为0.55;在梅山猪群体内的基因型频率:TT为0.03、TC为0.84、CC为0.13;在大白猪群体的基因型频率:TC为0.03、CC为0.97;在申农猪群体内的基因型频率:TC为0.40、CC为0.60。除在梅山猪外,在其余4个猪群体内CC型为优势基因型;在5个猪群体内C等位基因为优势等位基因。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

不同品系杜洛克后代商品猪胴体性状的比较分析

为研究不同品系杜洛克作为终端父本对其后代商品猪胴体性状的影响,选取214和108头分别由美系和加系杜洛克公猪配种、出生时间相近(±2 d)和体重相近(35±5 kg)的后代三元商品猪进行育肥饲养,结束饲养后开展屠宰试验,测定背膘厚度、眼肌厚度、瘦肉率和肋骨数。结果显示:加系杜洛克商品后代的背膘厚度、眼肌厚度显著(P<0.05)高于美系杜洛克后代商品猪;加系杜洛克后代商品猪的瘦肉率、肋骨数显著(P<0.05)低于美系杜洛克。同一品系不同性别间背膘厚度、眼肌厚度、瘦肉率均不显著(P>0.05),加系商品公猪肋骨数极显著低于母猪肋骨数(P<0.01)。结论:美系杜洛克后代商品猪的胴体性状优于加系杜洛克后代商品猪。     

肝脏型脂肪酸结合蛋白基因在不同猪种中遗传多态性分析

通过PCR扩增DNA测序方法对辽宁黑猪、丹育黑猪、冀合白A系和B系、杜洛克、长白猪、大白猪7个品种共281个个体的肝脏型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因1755位点的遗传多态性进行分析,产生了CC、CT、TT三种基因型,经独立性χ2检验1755位点等位基因分布表明,长白与杜洛克、大白、冀合白A、冀合白B、辽宁黑猪、丹育黑猪差异极显著(P<0.01);冀合白A与杜洛克、辽宁黑猪、丹育黑猪差异显著(P<0.05);冀合白B与杜洛克、长白、辽宁黑猪、丹育黑猪差异极显著(P<0.01),而与大白差异显著(P<0.05);大白与杜洛克、冀合白A差异不显著,冀合白A与B差异不显著,杜洛克、辽宁黑猪、丹育黑猪没有明显的差异。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪IGF2基因G3072A位点多态性及其与大白猪初生重和早期生长的关系

本研究采用PCR-SSCP技术对猪胰岛素样生长因子2（IGF2）基因G3072A位点在大白、长白和杜洛克猪群体的单核苷酸多态性（SNP）进行了检测，对其与大白猪初生重和早期生长的关系进行了分析。结果表明，在所分析的大白、长白和杜洛克猪群体的511个体中，IGF2基因在该位点均呈现多态性，大白、长白和杜洛克猪群体AA、AB和BB基因型均有分布，且大白和长白猪群体均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0．01），而杜洛克猪群未偏离Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。测序结果显示，等位基因A和B分别对应于核苷酸A和G，在A等位基因中，有（AG）二核苷酸的插入。关联分析表明，在大白猪群中，AA、AB和BB基因型个体的初生重差异显著（P〈0．05），AA和AB基因型个体的21、28和70日龄体重以及从出生～21日龄、21～28日龄、28～70日龄的日增重差异不显著（P〉0．1）。     

猪HSD11B1和MyoG基因多态性与妊娠期长短的关系

选择HSD11B1和MyoG2个基因作为影响妊娠期长短的候选基因。在7个中外猪群体中采用PCR-RFLP技术研究了HSD11B1和MyoG2个基因多态性与妊娠期长短的关系。HSD11B1基因的PCR-Bsh1236Ⅰ-RFLP分析结果表明：清平猪、新清平猪母系、大白猪、长白猪、杜洛克猪、中国瘦肉猪新品系DIV1和DIV2系猪群中A等位基因的频率分别为0.538、0.752、0.522、0.941、1.000、0.889和0.594;除DIV2外,HSD11B1不同基因型与妊娠期长短无显著关系（P〉0.05）。MyoG基因的PCR-MspⅠ-RFLP分析结果表明：清平猪、新清平猪母系、大白猪、长白猪、杜洛克猪、中国瘦肉猪新品系DIV1和DIV2系猪群中M等位基因的频率分别为1.000、0.534、0.370、0.115、0.094、0.382和0.243;清平猪中只存在MM基因型,其他群体中3种基因型皆有分布;新清平猪母系MM比NN基因型母猪妊娠期要短,且在经产长白猪中差异极显著（P〈0.01）。     

荣昌猪和3种瘦肉型猪胞内氯离子通道5基因多态性的分布

采用微卫星技术对159头荣昌猪、52头长白猪、247头大白猪和46头杜洛克猪4个品种的胞内氯离子通道5基因(CLIC5)多态性进行调查分析。结果表明:CLIC5有3个等位基因(A、B和C),4个猪种的CLIC5基因都存在多态性,但不同猪群中,CLIC5等位基因的频率差异较大,其中荣昌猪A型等位基因频率较高,而引进猪种中C型等位基因频率较高。4种猪群中,共有6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC),大白猪各基因型频率为0.01、0.04、0.05、0.09、0.20和0.61,长白猪为0、0.10、0.06、0.09、0.27和0.48,杜洛克猪为0、0.09、0.11、0.13、0.32和0.35,荣昌猪为0.31、0.43、0.20、0.04、0.01和0.01。所有的基因型在不同猪种中均符合哈迪-温伯格平衡。     

苏姜猪NR6A1和VRTN基因多态性及其与生产性状的关联分析

旨在探讨生殖细胞核因子(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)和椎体发育同源物(vertebrae development homolog, VRTN)基因的多态性对苏姜猪体重、体长、体高、胸围、胸宽、臀宽和背膘厚7个生产性状的影响。试验利用PCR扩增和酶切片段多态性技术检测苏姜猪及其亲本猪品种中NR6A1和VRTN基因的多态性，并将NR6A1和VRTN基因的多态性与苏姜猪的生产性状进行关联性分析。遗传多态性分析结果表明，NR6A1基因p.Pro192Leu (g.299084751 C>T)位点在姜曲海猪、枫泾猪和杜洛克猪群体中已经纯合，分别为CC、CC和TT基因型；在苏姜猪群体中有TT、TC和CC 3种基因型，基因型频率分别为0.397、0.482和0.121,基因型分布频率符合哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE,P>0.05),处于中度多态(0.25相似文献   

英系曾祖代原种猪在湖北地区的适应性观察

对引入到湖北的英系曾祖代原种母猪的繁殖成绩、公猪的精液品质、猪群对疫病的抵抗力情况进行统计分析与观察记录。结果显示,新英系曾祖代原种四个品系中,母系(母系长白种猪、母系大白种猪)的繁殖成绩较好,父系(父系大白种猪、父系杜洛克种猪)的繁殖成绩稍差;公猪的精液品质优秀;猪群对疫病的抵抗力较强。从综合表现看,猪群能够适应华中地区的气候条件。     

ESR和RYR1基因的多态性在监利猪、大白猪及杂交大监猪群中分布特征的探讨

采用PCR-RFLP技术测定了ESR基因和RYR1基因在监利猪、大监猪和大白猪3个猪群中的多态性分布,并将基因型频率和基因频率进行了对比分析。结果表明：ESR基因在监利、大白和大监猪中都具有多态性,同前人的研究相似,国内地方品种监利和大监猪都具有较高的B等位基因频率,分别为0．571和0757。RYR1基因在大白猪中存在多态,而在监利猪、大监猪中只含有等位基因N。监利猪、大监猪携带较高频率有利于产仔数提高的基因型B,及抗应激等位基因N。     

野猪、家猪及其杂种猪CAPN1基因PCR-RFLP分析

为了进一步揭示猪CAPNl基因变异与肌肉生长的关系,试验采用直接测序的方法寻找SNPs及利用PCR-RFLP检测技术分析不同基因型在野猪、民猪、大白、长白、杜洛克及野家杂种猪中的分布规律.结果表明:在2个分别引起NaⅢ、EcoRⅡ酶切位点改变的SNPs位点,各基因型在6个品种(品系)间的分布存在着极显著差异(P<0.01),并且NaⅢ位点等位基因的分布在瘦肉型猪中以B为优势基因,在脂肪型猪中以A为优势基因,NaⅢ位点的突变可能与瘦肉率有关.     

巴马香猪VRTN基因克隆、表达及其多态性与繁殖性状的关联分析

旨在研究VRTN（vertebrae development homolog）基因在巴马香猪群体中的编码区序列特征、组织表达情况、脊椎数性状因果突变位点ins291的等位基因频率及其与乳头数和产仔数性状的关联。本研究采集3头0日龄巴马香猪组织,利用cDNA克隆技术获得VRTN基因编码区全长序列并进行生物信息学分析,利用荧光定量PCR技术检测VRTN在心、肝、脾、肺、肾、背最长肌和皮下脂肪组织中的表达情况;采集279头经产巴马香猪母猪血液,检测ins291位点在该群体中的频率分布,并与乳头数、产仔数性状进行关联分析。结果表明,巴马香猪VRTN基因编码区全长2 097 bp,其编码的氨基酸序列在不同物种间存在大量保守区域;VRTN基因编码698个氨基酸,预测为亲水性蛋白质,存在1个螺旋转角螺旋域超家族结构功能区、2个低复杂度区域和2个内部重复结构,并与核受体辅抑制子1（NR6A1）、果蝇同源框基因Prospero的脊椎动物同源蛋白2（PROX2）和富亮氨酸重复序列74亚基（LRRC74A）等蛋白具有相互作用;VRTN基因在0日龄巴马香猪各组织中均有表达,其中在背最长肌组织中表达量最高;巴马香猪保种群体中VRTN基因有利突变位点ins291的等位基因频率为21.15%,不同基因型个体之间平均产仔数、总乳头数、左侧乳头数、右侧乳头数和单侧最大乳头数性状均无显著差异（P>0.05）,但纯合突变型（ins/ins）个体的乳头数性状均高于其他基因型个体。结果提示,在巴马香猪产业化生产中可通过分子育种手段提高VRTN ins291有利等位基因频率,但不影响其产仔数性状。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性检测及效应分析

采用PCR-SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西瘦肉型猪SD-〖KG-*4〗Ⅰ系、SD-〖KG-*4〗Ⅱ系、SD-〖KG-*4〗Ⅲ系和山西白猪等8个猪种372头个体催乳素受体基因（PRLR）第8内含子多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC和CC 4种基因型。等位基因A在所有品种中频率都较高（0.50~0.62）,等位基因B在杜洛克猪中频率较低（0.12）,在其它品种中频率为中等（0.24~0.44）,等位基因C在杜洛克猪和SD-Ⅲ系中频率较高（0.26）,在其他品种中频率很低（0~0.04）。对AA和CC 2种纯合子进行克隆测序和同源序列比较,发现在扩增片段内有4处突变,即G→A、T→C、A→G的转换突变和TTT插入突变,都发生在PRLR基因的第8内含子。利用140头母猪头胎产仔记录和118头山西白猪后备猪生长发育记录,采用最小二乘分析方法研究了PRLR基因型对猪繁殖性状和生长发育性状的影响,结果表明不同基因型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异不显著。但PRLR基因型对后备猪乳头数、6月龄体重和背膘厚等性状有显著影响,AA型个体的乳头数显著高于AC型（P<0.05）;AC型个体的6月龄体重和背膘厚显著高于AB型（P<0.05）。     

瘦肉型黑猪育种群MC1R、KIT基因多态性研究

研究旨在探索以毛色基因MC1R、KIT等位基因基因型分析应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作的可行性。实验群体包括从瘦肉型黑猪育种群中随机选择的长白猪、大白猪、杜洛克猪各108头,北京黑猪24头。另外选择杜洛克×民猪F1代15头作为对照。选择MC1R外显子区,KIT基因外显子3、18、19、21为候选目的片段。测序确认SNP位点后,进行PCR-RFLP并统计等位基因频率。结果表明:MC1R基因外显子区-51G/A(北京黑猪上携带)、-372G/A(长白猪,大白猪上携带)、-589,729T-G/C-A(杜洛克猪上携带)频率均为1,而KIT基因外显子19-156T/C(北京黑猪上携带)突变频率为0.938。结果提示,MC1R、KIT基因上的SNP位点结合PCR-RFLP方法可以应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作。     

辽宁种猪H-FABP和A-FABP基因位点多态性研究

目的:检测辽宁种猪H-FABP和A-FABP基因位点多态性。方法:采用PCR-RFLP技术。结果:4个猪种H-FABP基因HinfI和HaeⅢ点酶切位点上都显示多态性,优势基因型分别为HH和dd型,荷包猪H-FABP基因5′上游区和第二内含子多态性分析的结果显示H和d基因的频率较高;4个猪种A-FABP基因内含子IBsmI位点进行PCR-RFLP均检测到3种基因型,在地方猪种东北荷包猪中,等位基因A为优势基因,在国外引进猪种大白,长白,杜洛克猪中,等位基因B为优势基因。结论:荷包猪具有高肌内脂肪含量,我国地方猪种肉质优于引入品种。     

野猪、家猪及其杂种猪CAPN1基因PCR-RFLP分析

为了进一步揭示猪CAPN1基因变异与肌肉生长的关系,试验采用直接测序的方法寻找SNPs及利用PCR-RFLP检测技术分析不同基因型在野猪、民猪、大白、长白、杜洛克及野家杂种猪中的分布规律。结果表明:在2个分别引起NaⅢ、EcoRⅡ酶切位点改变的SNPs位点,各基因型在6个品种(品系)间的分布存在着极显著差异(P0.01),并且NaⅢ位点等位基因的分布在瘦肉型猪中以B为优势基因,在脂肪型猪中以A为优势基因,NaⅢ位点的突变可能与瘦肉率有关。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。