干扰MSTN的牛骨骼肌卫星细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选在牛骨骼肌卫星细胞(MSCs)分化前后稳定表达以及不受MSTN基因表达影响的内参基因,试验以野生组(WT)、转染干扰MSTN组(si-MSTN)和对照组(NC-MSTN)的牛MSCs作为样品,选取HMBS、B2M、GAPDH、TUBB、SDHA、18S rRNA、ACTB、RPL4、PPIA、HPRT1和YWHAZ作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对各候选内参基因的相对表达进行测定,首先利用3个独立评价软件geNorm、NormFinder和BestKeeper分别对各候选内参基因在野生组牛MSCs增殖期(GM)和分化第3天(DM3)细胞中的表达稳定性进行评价,筛选出前5个表达相对稳定的候选内参基因;然后以此为基础,利用相同的方法分析MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天的细胞中上述5个内参基因的表达水平和稳定性。geNorm、NormFinder分析结果均显示,HMBS、B2M、TUBB、GAPDH和ACTB在牛MSCs分化前后表达较稳定,BestKeeper分析显示ACTB和TUBB相关系数(r)排序靠前,GAPDH、HMBS和B2M排序不是很高,但是GAPDH的SD值最小,因此选择这5个候选内参基因做后续试验;在牛MSCs MSTN干扰组和对照组增殖期和分化第3天,geNorm、NormFinder软件分析结果显示,上述5个候选内参基因中GAPDH、TUBB和B2M表达最稳定,BestKeeper分析显示TUBB相关系数排名不是最高,但其SD值最小,综合以上分析,选择TUBB作为牛MSCs干扰组和对照组增殖期和分化第3天最适内参基因。研究结果可为以后进行牛MSCs在不同生长时期以及MSTN表达被调控后基因的表达分析提供参考。     

白羽王鸽不同组织RT-qPCR内参基因的筛选

内参基因的正确选择是获得精准、可靠RT-qPCR数据的重要前提。本研究随机选取3只28日龄的白羽王鸽,采集心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌、腹脂、卵巢9个组织作为实验材料,选取GAPDH、β-actin、18S rRNA和RPS24个常见的内参基因作为候选内参基因。利用RT-qPCR技术和geNorm、NormFinder、BestKeeper软件及Ct值分析法对候选基因在不同组织中的表达进行检测和稳定性分析。结果表明:geNorm、NormFinder软件分析与Ct值分析法的结果一致,即18S rRNA基因稳定性最佳,RPS2次之;BestKeeper软件的分析结果显示RPS2基因表达稳定性最好,18S rRNA基因次之。因此,推荐选择RPS2+18S rRNA的内参基因组合用于白羽王鸽不同组织基因表达的研究。     

多孢木霉HZ-31菌株胁迫下野燕麦内参基因的选择

为构建多孢木霉（Trichoderma polysporum） HZ-31菌株胁迫下野燕麦（Avena fatua L.）基因表达的RT-qPCR技术体系,筛选稳定内参基因,本研究利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder 4个程序,对接种多孢木霉HZ-31菌株的野燕麦样本中8种候选内参基因（18S,28S,TUA,UBC,ACT,GAPDH,TBP和EF-1α）进行基于SYBR Green的RT-qPCR分析。结果表明TBP,18S和UBC是木霉侵染时野燕麦中表达最稳定的内参基因,TBP和TUA,TBP和GAPDH,18S和TBP,UBC和18S为最适宜两内参基因组合,可作为多孢木霉HZ-31菌株与野燕麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。     

民猪外周血单核细胞实时荧光定量PCR内参基因的筛选

民猪是能够适应东北地区寒冷环境的地方猪种,但目前对其环境适应性相关基因的研究较少,也没有确定适合此研究所需的实时荧光定量PCR的内参基因。因此,本试验通过研究常用的12个内参基因（B2M、ACTB、RPL11、RPL4、YWHAZ、GAPDH、HPRT1、SDHA、HMBS、IDH3B、TUBB2B和TBP1）在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中的表达稳定性,旨在确定合适的内参基因进行相关研究。分别在-25、5、10和30℃采集3头民猪耳静脉血分离出单核细胞,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper 3种软件分析12个候选内参基因的Ct值,筛选出表达稳定的基因作为内参基因。经geNorm和NormFinder计算获得各候选基因的M值发现,12个候选基因的表达均相对稳定,而BestKeeper的分析则显示ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1、TBP1、YWHAZ基因的SD值均<1,可用作本研究条件下的内参基因,而另外6个基因SD值则>1,不符合作为内参基因的标准。综合3种分析的结果,在本研究条件下,TBP1基因的稳定性最高,ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和YWHAZ基因也符合作为内参基因的标准,都可研究在不同环境温度下民猪外周血单核细胞中基因表达时作为内参基因。     

干扰MSTN对牛骨骼肌卫星细胞增殖分化的影响

为研究肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）对牛骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化的影响,本试验以牛骨骼肌卫星细胞体外诱导成肌分化模型为对象,以前期设计合成3个干扰RNA（si-MSTN-1、si-MSTN-2、si-MSTN-3）并对其进行干扰效果筛选为基础,将干扰效果极显著的si-MSTN-2（si-MSTN）转染牛骨骼肌卫星细胞,通过EdU染色法检测干扰MSTN对牛骨骼肌卫星细胞增殖的影响;进一步对干扰MSTN的牛骨骼肌卫星细胞进行体外成肌诱导分化,通过肌管形成状态和分化标志因子综合分析干扰MSTN对牛骨骼肌卫星细胞分化的影响：首先通过显微镜观察牛骨骼肌卫星细胞分化时期的肌管形成状态,然后利用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测牛骨骼肌卫星细胞分化标志因子MyoG和MyHC在mRNA和蛋白水平的表达情况。结果显示,干扰MSTN后,牛骨骼肌卫星细胞中EdU阳性细胞率极显著增加（P < 0.01）,说明下调MSTN表达极显著促进了牛骨骼肌卫星细胞的增殖;牛骨骼肌卫星细胞诱导分化后形成的肌管数量和直径均呈现增大趋势,牛骨骼肌卫星细胞成肌分化标志因子MyHC在mRNA和蛋白水平的表达均极显著高于对照组（P < 0.01）,说明下调MSTN表达能够促进牛骨骼肌卫星细胞的成肌分化过程。本研究结果表明,干扰MSTN可以显著促进牛骨骼肌卫星细胞的增殖及成肌分化过程。本试验结果为进一步开展MSTN对牛骨骼肌卫星细胞成肌分化的调控机制研究提供了参考。     

猪骨骼肌内参基因的筛选及验证

内参基因的正确选择是获得目的基因准确表达的关键。本实验以不同时期（3 d、30 d、90 d和180 d）、不同性别（阉割公猪和母猪）关中黑猪的2种骨骼肌（背最长肌和比目鱼肌）为研究对象,用RT-qPCR技术及geNorm和NormFinder软件分析8个候选内参基因（GAPDH、ACTB、PPIA、TBP、B2M、YWHAZ、eEF-1γ和18SRNA）的表达稳定性。同时,以候选基因本身和两两混合作为内参基因,检测肌纤维类型标志基因肌球蛋白重链MyHC IIx的表达。结果表明：ACTB、B2M和TBP在背最长肌和比目鱼肌中的表达相对稳定;而MyHC IIx基因的相对表达水平的检测结果证实,在背最长肌和比目鱼肌中,将ACTB作为内参基因较好。     

绵羊基因表达定量分析内参基因的筛选

内参基因在基因表达定量分析中常用于修正基因的表达量,但不同条件下内参基因的表达并不稳定。本实验旨在选出在绵羊不同组织稳定表达的内参基因。选取6月龄广灵大尾羊的皮肤、肾周脂肪、肝脏、背部最长肌组织为实验样本,用实时荧光定量PCR方法分别测定内参基因GAPDH、18S rRNA、B2M、ACTβ、RPLPO、YWHAZ在绵羊各组织内的mRNA丰度,经GeNorm、NormFinder及BestKeeper综合分析内参基因的稳定性。结果表明:在绵羊背部最长肌和肾周脂肪中,3个软件都得出GAPDH表达最稳定;在肝脏中,3个软件都得出RPLPO表达最稳定;在皮肤中,GeNorm和NormFinder均得出18S rRNA表达最稳定,而GeNorm和BestKeeper均得出GAPDH表达最稳定,所以选取18S rRNA或GAPDH作为内参基因;比较4个组织中表达最稳定的基因时,GeNorm和NormFinder软件均得出RPLPO表达最稳定,而BestKeeper分析表明B2M基因稳定性最好,所以选取RPLPO或B2M作为内参基因。     

实时荧光定量PCR研究蛋鸡组织基因表达的内参基因筛选

为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡（Gallus domesticus）为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行测定,利用独立评价软件geNorm和NormFinder对蛋鸡的4个候选内参基因在不同组织（心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肠、胫骨、胰脏和子宫）中的表达稳定性进行评价。结果显示,Ct值分析和geNorm程序分析均得出相似的结果,即RPS2基因始终占主导地位,稳定性最强,β-actin基因次之;NormFinder软件分析显示,HMBS基因稳定性最好,最佳组合为HMBS和RPS2基因;当分析不同组织中表达恒定的内参基因时,发现不同组织最稳定的内参基因也不完全相同。由此说明,不同的组织器官和不同的分析方法得出的结论虽然不完全一致,但它们却有着一定的潜在共性,发展趋势有一定相似性,即RPS2和β-actin基因相对稳定性更强。     

草地早熟禾荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选出草地早熟禾实时荧光定量中的最适内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测6个传统内参基因ACT、GAPDH、UBQ、EF-1α、18s rRNA和β-tublin在草地早熟禾不同组织器官、叶片不同发育期、非生物胁迫和不同激素诱导下mRNA的表达差异情况。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件综合评价6个候选内参基因的表达稳定性。结果表明,在不同组织、叶片不同发育期、激素诱导和非生物胁迫下,候选内参基因的表达稳定性存在差异。GAPDH在草地早熟禾不同组织器官中表达最为稳定;EF-1α在非生物胁迫下表达最为稳定;不同激素下首选β-tublin;在叶片不同发育期ACT表达最为稳定。综上所述,通过筛选出不同条件下适宜的内参基因不仅有助于提高草地早熟禾基因表达分析的准确性,也为早熟禾属植物其他内参基因的开发提供了理论参考。     

MSTN基因对牛肌动蛋白细胞骨架调节通路的影响

为探究肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）对牛骨骼肌生长发育的作用机制,本研究前期利用定量蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学分析野生型蒙古牛（MG.WT）和MSTN^+/-蒙古牛（MG.MSTN^+/-）腿臀肌肌肉组织中蛋白质水平和磷酸化修饰水平的差异变化,使用已建立的牛骨骼肌卫星细胞体外诱导成肌分化模型,检测设计合成的MSTN siRNA （si-MSTN）干扰效果;采用实时荧光定量PCR和Western blotting方法检测转染si-MSTN的增殖期（GM）和分化第3天（DM3）牛骨骼肌卫星细胞中肌动蛋白细胞骨架调节通路相关基因的mRNA和蛋白水平的表达变化,研究敲低MSTN表达对肌动蛋白细胞骨架调节通路的影响。结果显示,在MSTN^+/-蒙古牛肌肉组织中共鉴定到16个肌动蛋白细胞骨架调节通路相关基因表达丰度上调;转染si-MSTN细胞中的MSTN表达水平极显著降低（P<0.01）;在转染si-MSTN的GM期牛骨骼肌卫星细胞中,肌动蛋白细胞骨架调节通路相关基因ENAH、ACTN4和Cdc42的mRNA水平均显著升高（P<0.05）,PFN1、RhoA和ACTN4的蛋白水平均显著或极显著升高（P<0.05;P<0.01）;在转染si-MSTN的DM3牛骨骼肌卫星细胞中,ENAH、CFL1、SCIN和Cdc42基因mRNA水平均显著升高（P<0.05）,RhoA基因mRNA水平极显著升高（P<0.01）,PFN1和ACTN4的蛋白水平均显著升高（P<0.05）。结果表明,干扰MSTN可以促进肌动蛋白细胞骨架调节通路相关基因的表达,探明了MSTN可能通过介导肌动蛋白细胞骨架调节通路影响牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的分子机制,为进一步研究MSTN对牛成肌分化的调控机制提供参考。     

窄竹叶柴胡内参基因筛选及皂苷合成关键酶基因表达分析

窄竹叶柴胡(Bupleurum marginatum var.stenophyllum)为柴胡属多年生高大型草本植物，以根入药称为藏柴胡，具有较高的药用价值。本试验采用实时荧光定量PCR技术，利用geNorm、NormFinder及BestKeeper3种不同数据分析软件，从5个常用的候选基因(Actin,α-tubulin,β-tubulin,Cyclophilin,EF-1α)筛选出可在窄竹叶柴胡不同器官稳定表达的基因作为内参基因，并利用筛选得到的内参基因分析皂苷合成关键酶基因(HMGR,IPPI,FPS,SS,β-AS)在窄竹叶柴胡不同器官的相对表达量。结果表明β-tubulin基因可作为窄竹叶柴胡不同器官稳定表达的内参基因；皂苷合成关键酶基因在窄竹叶柴胡的不同器官中表达量有显著差异，IPPI基因在种子中表达量最高，其他基因在根中的表达量均高于在其他器官中的表达量，其中HMGR,FPS,SS在侧根的表达量高于主根。因此，窄竹叶柴胡各器官皂苷合成关键酶基因的表达量不同，最适内参基因为β-tubulin基因，本研究为窄竹叶柴胡分子生物学研究提供一定依据，促进其合理开发和利用。     

Screening of the Reference Genes for the Study of Peripheral Blood Mononuclear Cells by Quantitative Real-time PCR in Min Pigs

Min pig is a local pig breed in Northeast China. It has been well-adapted to the local cold weather,but few genes related to its environmental adaptation have been studied. For studies about environmental adaptation of Min pig on molecular level,it is important to have proper reference genes for quantification of gene expression by quantitative Real-time PCR. In this study,12 reference genes (B2M,ACTB,RPL11,RPL4,YWHAZ,GAPDH,HPRT1,SDHA,HMBS,IDH3B,TUBB2B and TBP1) were evaluated for their potential as the reference gene in Min pig peripheral blood mononuclear cells under different temperatures. Blood samples were collected from 3 Min pigs which were under -25,5,10 and 30℃,respectively. Mononuclear cells were separated using density gradient centrifugation. Statistical algorithms including geNorm,Normfinder and BestKeeper were employed to assess the stabilities of these genes. Analysis of geNorm and Normfinder revealed that all these 12 genes were highly stable. However,ACTB,GAPDH,SDHA,HPRT1,TBP1 and YWHAZ genes (SD<1) were found to be more stable than other six genes (SD>1),of which TBP1 was the most stable one using BestKeeper program. To summarize,ACTB,GAPDH,SDHA,HPRT1, TBP1 and YWHAZ genes were suitable to be the reference genes,with TBP1 was the best one.     

Screening of Reference Genes for Gene Expression in Layer Hens Tissues Using Real-time Quantitative PCR

To screen the reference genes of stable expression in different tissues of Hy-line layer (Gallus domesticus), RPS2, β-actin, GAPDH and HMBS genes were chosen as candidate gene, the software of geNorm, NormFinder and the Ct value were employed to analyze their stability in eight tissues (heart, liver, lung, kidney, duodenum, tibia, pancreas and uterus) of 120 days of age layers using Real-time quantitative PCR technology. The results showed that RPS2 gene was always dominant stability by the analysis of Ct value and geNorm software, the β-actin gene was followed; The NormFinder software showed that the HMBS gene was relative stability, and HMBS and RPS2 genes were the optimal combination; When analyzed the expression of constant reference gene in different tissues, it found that the most stable reference gene in different tissues was not the same. Therefore, it concluded that different tissues had different optimal gene, but they had the common potential, RPS2 and β-actin genes had the relative expression stability comparing the other gene.     

Identification of stable normalization genes for quantitative real-time PCR in porcine articular cartilage

Background

Expression levels for genes of interest must be normalized with an appropriate reference, or housekeeping gene, to make accurate comparisons of quantitative real-time PCR results. The purpose of this study was to identify the most stable housekeeping genes in porcine articular cartilage subjected to a mechanical injury from a panel of 10 candidate genes.

Results

Ten candidate housekeeping genes were evaluated in three different treatment groups of mechanically impacted porcine articular cartilage. The genes evaluated were: beta actin, beta-2-microglobulin, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, hydroxymethylbilane synthase, hypoxanthine phosphoribosyl transferase, peptidylprolyl isomerase A (cyclophilin A), ribosomal protein L4, succinate dehydrogenase flavoprotein subunit A, TATA box binding protein, and tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein—zeta polypeptide. The stability of the genes was measured using geNorm, BestKeeper, and NormFinder software. The four most stable genes measured via geNorm were (most to least stable) succinate dehydrogenase flavoprotein, subunit A, peptidylprolyl isomerase A, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, beta actin; the four most stable genes measured via BestKeeper were glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, peptidylprolyl isomerase A, beta actin, succinate dehydrogenase flavoprotein, subunit A; and the four most stable genes measured via NormFinder were peptidylprolyl isomerase A, succinate dehydrogenase flavoprotein, subunit A, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, beta actin.

Conclusions

BestKeeper, geNorm, and NormFinder all generated similar results for the most stable genes in porcine articular cartilage. The use of these appropriate reference genes will facilitate accurate gene expression studies of porcine articular cartilage and suggest appropriate housekeeping genes for articular cartilage studies in other species.     

羊草不同组织实时定量PCR内参基因的筛选

为筛选羊草(Leymus chinensis)不同组织实时定量PCR(qRT-PCR)试验体系中的最佳内参基因,以羊草叶、茎、根、穗为研究材料,利用qRT-PCR技术分析TUA、TUB、18SrRNA、EF-1α、APRT、CYP、Actin和CBP20共8个常用候选管家基因的表达情况,并使用geNorm和NormFinder软件进行综合评价,以期筛选出羊草不同组织中最稳定的内参基因。结果表明,8个候选内参基因在羊草不同组织表达稳定性不同,其中,叶片中稳定性较高的内参基因是Actin;茎中稳定性较高的内参基因是EF-1a;根中稳定性较高的内参基因是APRT和18SrRNA;穗中稳定性较高的内参基因是TUB。本研究结果将为开展羊草功能基因的表达分析提供重要参考。