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相似文献
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1.
试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方法对鉴定到的lncRNAs进行分析筛选,对lncRNAs靶基因和3个时期差异mRNAs进行Veen分析,并对Veen结果进行GO和KEGG富集分析,筛选与肌肉发育相关的lncRNAs及靶标mRNA。结果显示,高通量测序共鉴定到212 851条新的未注释的lncRNAs,其中在不同时期差异表达的有9 913条,分属于基因间型、正义链型、反义链型和双向型4种类型,在各染色体上均有分布,其中正义链型lncRNAs在各个染色体上分布数量最多,分布范围最广。分析其结构发现这些lncRNAs具有开放阅读框短、表达水平低、编码能力弱、分布广、数量大等特征。通过GO和KEGG富集分析,最终筛选出3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体肌肉中差异表达并与肌生成有密切关系的55条lncRNAs和38条候选靶标mRNA。本研究不仅提供了3个时期牛肌肉组织中lncRNAs的表达模式,而且通过预测lncRNAs与mRNA的相互作用关系极大地缩小了与牛肌肉发育相关的lncRNAs的研究范围,为揭示牛肌肉发育的功能提供了重要的靶点。  相似文献   

2.
旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础。随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序。筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对测序结果进行验证。结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个。差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调。差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集。lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢相关的信号通路。筛选与骨骼肌发育相关的差异表达mRNAs和lncRNAs构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,qRT-PCR结果显示其表达趋势与转录组测序结果一致,证实测序数据准确可靠。本研究筛选出藏鸡和大恒肉鸡胚胎期差异表达的mRNA和lncRNA,并构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,为揭示不同鸡品种中骨骼肌生长发育的差异性提供理论依据。  相似文献   

3.
旨在探究培养液中添加3mmol·L~(-1)谷胱甘肽(Glutathione,GSH)对牛体外受精胚胎中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的影响。收集8~16-细胞期和桑椹期的胚胎,构建文库后测序,筛选差异lncRNAs,共表达分析后,获得的差异基因进行GO功能注释和KEGG通路分析;同时对lncRNA进行了顺式作用靶基因的预测及其功能分析;通过荧光定量PCR对8个lncRNAs表达水平进行检测,验证测序结果的准确性。测序共得到4 273个lncRNAs,通过对其表达量、长度和外显子个数分析表明,测序数据的可靠性较好。筛选共得到59个差异lncRNAs(其中23个在对照组(不添加GSH)上调,而在处理组(添加3mmol·L-1 GSH)下调;36个在对照组下调,而在处理组上调),在对照组和处理组中,59个lncRNAs分别与754和2 782个蛋白编码基因共表达,这些基因分别参与47和48个功能分类,且主要富集于5和13条信号通路。对23和36个差异lncRNAs临近的145和154个蛋白编码基因进行GO注释,结果表明,这些基因分别参与35和43个功能分类。14个lncRNAs共表达的差异基因参与谷胱甘肽代谢通路。综上表明,在培养液中添加GSH能导致胚胎lncRNA表达谱的变化。  相似文献   

4.
研究旨在分析鸡感染肠炎沙门菌后长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱,了解lncRNA在肠炎沙门菌感染过程中发挥的作用。通过提取脾脏组织总RNA进行高通量测序,利用生物信息学方法进行比较分析。根据差异显著的lncRNAs与mRNAs之间的位置关系预测lncRNAs顺式调控的邻近基因,并对邻近基因进行GO富集和KEGG分析,预测lncRNA的功能。结果显示:在肠炎沙门菌感染过程中共鉴定到2 911个lncRNAs,差异表达分析后共筛选到117个差异表达的lnc RNAs(DE-lncRNA),随机抽取7个差异表达的lncRNAs进行实时荧光定量验证,在所有差异表达的lnc RNAs中有5个(4.27%)在差异表达mRNA附近被转录,lnc RNATCONS_00375517被预测与多个防御素家族基因DE-m RNAs之间可能存在顺式调控作用。结果提示lncRNA可能参与调控鸡抗沙门菌的免疫反应。  相似文献   

5.
旨在研究长链非编码RNA(lncRNA)对牛骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响。本研究以体外分离培养的鲁西黄牛胎牛原代骨骼肌卫星细胞为试验材料,体外诱导成肌分化,以前期高通量测序筛选的肌肉组织特异性表达lncRNA为靶标,通过RACE技术对其进行全长扩增,命名为lncbMD,对lncbMD进行生物信息学分析和亚细胞定位。收取增殖期和分化期第1、2、3天的细胞,提取RNA(每组设置4个重复)或蛋白质(每组设置3个重复),通过qRT-PCR检测lncbMD在牛骨骼肌卫星细胞分化进程中不同时期的表达情况。根据lncbMD的序列设计合成干扰RNA,转染牛骨骼肌卫星细胞干扰lncbMD的表达,利用EdU试验检测细胞增殖情况,qRT-PCR技术检测lncbMD干扰效果、lncbMD的mRNA表达水平,增殖标志因子Pax7、Cyclin D1以及分化标志因子MyoG、MyHC的mRNA表达水平,荧光倒置显微镜观察细胞生长情况。结果显示,lncbMD全长序列1 902 nt,位于牛基因组23号染色体上,不具有编码潜能,是一条未报道的lncRNA。在牛骨骼肌卫星细胞与肌管中均主要存在于细胞核,在牛骨骼肌卫星...  相似文献   

6.
旨在分析不同繁殖周期绵羊卵巢组织中长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,了解lncRNA表达及其调控机理,为绵羊繁育研究提供理论依据。本研究以湖羊为研究对象,选取年龄在1.5~2.5岁的黄体期和卵泡期母羊各3只,通过高通量测序筛选出卵巢组织中的lncRNA,运用生物信息学分析对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,通过GO和KEGG富集分析找出与绵羊繁殖相关的通路。结果显示,本研究共获得1 379个差异表达的lncRNAs,其中1 158个表达上调,221个表达下调。GO和KEGG富集分析表明,差异表达的lncRNAs及其靶基因主要参与卵泡发育、排卵周期过程、钙离子信号通路、卵母细胞减数分裂、催产素信号通路、MAPK信号通路、甲状腺激素合成通路、雌激素信号通路。关键的lncRNAs可能通过调控参与这些信号通路和生物学过程的相关基因来调控生殖。其中,LNC_011239、LNC_012847、LNC_003902、LNC_003906、LNC_003907等靶向的MAPK1、ADCY1、ADCY5、PPP3CA和CDC23可能发挥关键的调控作用。qRT-PCR验证证明,随机选取的5个差异lncRNAs定量结果与测序结果基本一致。本研究利用RNA-Seq技术筛选出黄体期和卵泡期卵巢组织中的lncRNAs,并进行差异分析,为揭示绵羊繁殖能力的分子机制提供依据。  相似文献   

7.
旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测,挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头,取背最长肌组织用于RNA测序,测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明,以雷琼牛为对照组,两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达,46个下调表达;差异表达的miRNAs共有13个,其中7个上调表达,6个下调表达;差异表达的mRNAs共有599个,其中155个上调表达,444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示,与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO...  相似文献   

8.
9.
本研究旨在筛选不同年龄蒙古羊肌肉组织中的差异表达基因,以3日龄、5年龄蒙古羊相同部位的肌肉组织为实验素材,采用mRNA差异显示技术检测蒙古羊肌肉组织中表达差异的基因,实验获得9条差异表达条带;对其中1条差异表达显著的片段进行测序,获的一段长度为241 bp的mRNA序列,与牛的TMP1基因同源性为97%,实时定量PCR技术进一步检测发现TPM1在3日龄羊肌肉中的相对表达量为5年龄羊中的2.675倍。  相似文献   

10.
旨在对蒙古马高负荷运动训练前后转录组差异表达进行分析。本试验对6匹进行了4个月高负荷运动训练的蒙古马进行研究,分别在训练前后两个时期采集肌肉样品,利用二代测序技术对肌肉样品建立转录组文库,对发生显著变化的差异基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找训练前后发生显著变化的代谢通路及相关候选基因。结果表明,在转录组筛选到的1 102个显著差异表达基因中,有299个在训练后发生下调,803个发生上调。这些差异基因被注释到3 398条GO term上。其中与运动学相关的生物学过程有:肌肉结构发育、心血管系统发育、循环系统发育、肌肉组织发育、肌肉器官发育、肌肉收缩和肌肉细胞分化等。对差异表达基因进行KEGG pathway分析,结果表明,差异基因被富集到如扩张型心肌病、肥厚型心肌病、心肌收缩、钙信号通路、肌动蛋白骨架调节等与运动相关的193条通路中。本研究结果为探究蒙古马强耐力的基本分子机理提供理论基础,同时也为理解蒙古马运动学特性提供新的思路。  相似文献   

11.
本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期(育肥前期、中期和后期)的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1 258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。  相似文献   

12.
本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期(育肥前期、中期和后期)的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。  相似文献   

13.
本研究旨在分析产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)感染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)后,在感染初期细胞内长链非编码RNA (long non coding RNA,lncRNA)的表达谱变化,探究lncRNA在ETEC感染初期所起到的调控作用。使用ETEC F41感染IPEC-J2,在感染前和感染初期(感染后4 h)收集细胞,通过Illumina Hiseq Xten平台进行高通量测序,共发现lncRNA 9 975条。感染初期与感染前相比,共发现100条差异表达lncRNA,其中40条表达上调,60条表达下调。通过miRanda-3.3a和psRobot_v1.2软件共同预测差异表达lncRNA的靶基因,并对差异表达lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果显示,感染初期差异表达lncRNA的靶基因显著富集于细胞核、核仁、代谢过程调控及发育过程等GO功能条目中。KEGG分析表明,感染初期差异表达lncRNA的靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节、黏附斑及细胞周期等信号通路。利用实时荧光定量PCR随机验证了5条差异表达lncRNA,结果与测序分析中表达变化趋势一致。本研究对ETEC感染IPEC-J2细胞初期的lncRNA表达谱进行了差异分析,为深入探究lncRNA在ETEC感染初期中的作用机制提供了参考依据。  相似文献   

14.
旨在筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头中差异表达的长链非编码RNAs(lncRNAs)、微小RNAs(miRNAs)和mRNAs,构建太行山羊附睾头中免疫相关基因调控的竞争性内源RNAs(ceRNAs)网络。本研究选取健康状况良好、体重相近的幼龄(2月龄)和成年太行山羊(2周岁)公羊各3只,去势采集其附睾头组织进行全转录组测序,用DESeq2软件筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头差异mRNAs、lncRNAs和miRNAs。利用miRanda软件和R-package(reshape2、dplyr、tidyr),基于ceRNA-score原理分析得到差异ceRNAs表达谱,对预测所得具有ceRNAs关系的mRNAs进行GO和KEGG富集分析,并绘制得到太行山羊附睾头免疫相关ceRNAs网络。最后,各随机挑选8个mRNAs、miRNAs和lncRNAs,并通过qRT-PCR验证全转录组测序结果的准确性。根据分析结果,以幼龄太行山羊附睾头为对照,成年山羊附睾头差异表达mRNAs有6 461个,其中上调2 997个、下调3 464个;差异表达lncRNAs共有1 147个,其中703个上调、444个下调;差异表达miRNAs共有182个,其中81个上调、101个下调。共得到具有ceRNAs调控关系的lncRNAs 366个,其中上调213个,下调153个;mRNAs有3 131个,其中1 253个上调,1 878个下调;miRNAs有140个,其中48个上调,92个下调。分析具有ceRNAs机制的基因发现,表达量显著上调的与免疫相关的mRNAs:淋巴细胞抗原6复合位点蛋白G5B(LY6G5B)、脂质运载蛋白9(LCN9)、解整合素金属蛋白酶28(ADAM28)和粘蛋白15(MUC15)基因在成年太行山羊附睾头表达量高,且极显著高于幼龄太行山羊(P<0.01)。GO和KEGG富集分析表明,具有ceRNAs机制的差异表达基因富集在内质网蛋白加工通路、蛋白质输出通路、粘蛋白型O-聚糖生物合成通路、细胞外基质受体相互作用通路等。qRT-PCR验证结果表明,除chi-miR-320-3p外,其余差异表达的mRNAs、lncRNAs和miRNAs表达趋势与全转录组测序结果一致。附睾头免疫相关ceRNAs网络分析表明,lncRNA-MSTRG.22929.11、lncRNA-MSTRG.57822.5、lncRNA-MSTRG.26758.1、lncRNA-MSTRG.12113.3、lncRNA-MSTRG.59930.2等lncRNAs作为ceRNAs可以调控附睾头免疫相关基因表达。本研究筛选出了幼龄和成年太行山羊附睾头差异ceRNAs,挖掘并绘制了免疫相关的关键ceRNAs网络,这些lncRNAs作为ceRNAs可为太行山羊附睾头免疫调控机制研究提供参考依据。  相似文献   

15.
为研究猪A型塞内卡病毒(SVA)感染猪肾细胞(PK-15)后对于PK-15 lncRNA表达谱的影响,本研究进行了高通量测序以检测SVA感染诱导PK-15产生的差异表达lncRNA。结果显示,在SVA感染后24 h,共诱导1043个lncRNA差异表达,其中已知的lncRNA 420个,未知的lncRNA 623个。GO富集和KEGG通路分析显示,lncRNA靶基因富集于p53信号通路、RIG-I样受体信号通路、MAPK信号通路、IgA生成的肠道免疫网络通路等。根据高通量测序结果选择了8个差异表达的lncRNA采用荧光定量PCR验证,验证结果与高通量测序结果一致。本研究初步表明lncRNA参与了SVA对PK-15细胞的感染过程,为SVA的分子机制研究提供了新的方向。  相似文献   

16.
旨在分析高、低繁殖力川中黑山羊卵巢组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探讨lncRNA与山羊生殖调控的关系,为解释lncRNA在山羊繁殖调控中的分子机制提供理论依据。本研究选择3胎以上的10头健康川中母羊(3.5~4.5岁),将其分为高繁组和低繁组。高繁组为每胎产羔数在2头以上的母羊(n=6),低繁组为每胎产羔数为1头的母羊(n=4)。同期发情后,采集高繁和低繁山羊的卵巢样品,并从中提取总RNA构建测序文库,通过HigSeq X ten平台进行测序,筛选出差异lncRNAs,通过对差异显著的lncRNAs与mRNAs位置关系以及结合能的判定预测顺式作用的靶基因,并对其进行GO和KEGG通路分析。最后,随机抽取6个差异lncRNAs进行实时荧光定量验证。结果表明,本研究共鉴定出168个差异表达lncRNAs,其中,163个lncRNAs在高繁组卵巢显著上调,5个lncRNAs在低繁组卵巢显著上调。筛选出的差异表达lncRNAs可能为调控山羊繁殖力的候选lncRNAs,包括ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等。这些候选lncRNAs的靶基因(MYCCDH2、FGF9、PPARGC1A等)主要富集于Jak-STAT、细胞黏附分子及AMPK等信号通路,ENSCHIG00000001479的靶基因MYC参与了Jak-STAT、TGF-β和MAPK通路;ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622的靶基因CDH2参与了细胞黏附分子通路。通过qRT-PCR验证发现,定量结果与测序结果基本一致。研究结果推断,ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等lncRNAs可能对山羊生殖发育过程中的卵巢发育及排卵等进程具有重要的调控作用,认为鉴定出的差异表达lncRNAs与山羊产羔数有关。本研究利用RNA-Seq技术筛选高、低繁殖力山羊的差异表达lncRNAs,并对其进行GO和KEGG功能分析,为探讨山羊产羔数的繁殖机制提供更完善的转录组数据。  相似文献   

17.
旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA (lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据.本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n-3)和大约克夏公猪(n-3)为研究对象,收集背最长肌肉品...  相似文献   

18.
为探究肌生长抑制素(myostatin,MSTN)基因对牛肌肉发育的具体调控机制,本研究选取同一牛场健康鲁西黄牛10头,其中通过转基因技术得到的基因编辑牛MSTN-/-和同种非转基因野生型牛各5头。分别采集两组牛腿臀肌肉样品,利用IIlumina HiSeq高通量测序技术进行转录组测序分析,通过生物信息学方法比较两组样本间的差异表达基因,并进行GO和KEGG富集分析,最后利用实时荧光定量PCR验证转录组测序数据。结果显示,基因编辑型牛和野生型牛之间共检测到18 071个基因。在log2|FoldChange|≥ 1.48条件下,筛选出406个差异表达基因,其中347个显著上调,59个显著下调。GO功能富集分析显示,MSTN基因编辑后显著影响915个功能类别(P<0.05),差异基因主要参与结合、生物系统调节、免疫系统等相关功能。KEGG通路富集分析结果共涉及211个通路,差异基因主要富集在细胞黏附分子、趋化因子信号通路、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育的差异基因(CD14、KIT、CSF1R、FBP1、DUSP4、ULBP21、PRKCB、SPN、CHAD、SRC)。实时荧光定量PCR检测结果显示,所选差异基因表达水平与转录组表达水平一致,证明测序结果的可靠性。本研究结果表明,MSTN基因发挥作用后可以介导多个下游基因表达,从而影响相关信号通路及生物学过程;同时,所筛选出的差异表达基因可作为进一步研究骨骼肌调控机制的候选靶标。  相似文献   

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