美洲狮和亚洲黑熊蛔虫ITS序列扩增及序列分析

以采自广州动物园美洲狮和亚洲黑熊体内的蛔虫样品为研究对象,提取样品的总DNA,以保守引物对核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序及网上比对。结果表明,美洲狮体内样品获得与GenBankTM公布的狮弓首蛔虫相似性很高的ITS-1、ITS-2和5.8S序列,亚洲黑熊体内样品获得与GenBankTM公布的转移拜林蛔虫相似性很高的ITS-2序列,并首次获得样品的ITS-1与5.8S序列。序列分析结果表明,美洲狮体内蛔虫样品为狮弓首蛔虫,亚洲黑熊体内蛔虫样品为转移拜林蛔虫。     

华南虎蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增及分析

以从我国广州动物园华南虎肠道中采集的2条蛔虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)中转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物NC5和NC2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-TEasy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落。对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关蛔虫ITS序列进行比对分析。结果显示,来自广州动物园的2条蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为858 bp,序列相似性为100%,与狮弓蛔虫(Toxascaris leonina)、猫弓首蛔虫(Toxocara cati)、犬弓蛔虫(T.canis)的ITS-1序列相似性分别为97%、81%、82%;5.8S序列的相似性分别为100%、98%、99%;ITS-2序列与GenBank上公布的狮弓蛔虫序列相似性94.6%,与猫弓首蛔虫、犬弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫(T.malaysiensis)序列相似性均小于60%。研究结果证明此次分离的华南虎蛔虫属于狮弓蛔虫。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^TM公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫（Baylisascaris transfuga注册号AB571304）相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫（Baylisascaris schroederi注册号JN210912）相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫（Ascaris suum注册号AB571302）相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫（Ascaris lumbricoides注册号AB571296）相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫（Baylisascaris procyonis注册号AB053230）相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

大熊猫蛔虫ITS及5.8SrDNA序列的克隆与分析

基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定及分析,鉴定大熊猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段总长为910 bp,2个不同样品之间的ITS及5.8S序列没有差异,与GenBank~（TM）中的拜林蛔线虫（Baylisascaris transfuga）、猪蛔虫（Ascaris suum）和人蛔虫（Ascaris lumbricoides）的ITS序列相似性分别为96.6%、82.9%和82.7%。结果表明,此次分离的大熊猫蛔线虫可能为拜林蛔线虫。     

棕熊蛔虫ITS rDNA的PCR扩增与序列分析

目的以核糖体DNA（rDNA）的第一与第二内转录间隔区序列（ITS-1及ITS-2）鉴定从广州动物园棕熊分离的蛔虫种类。方法应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA序列,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEsay载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gen．Bank“公布的人蛔虫（Ascaris lumbricoides）、猪蛔虫（Ascariis suum）、浣熊贝利斯蛔虫（Baylisascaris procyonh）及狮弓蛔虫（Toxascaris leonina）ITS序列比较。结果从棕熊分离的2个蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA总长为859—861bp,种内相似性为99．7％,与GenBank^TM公布的人蛔虫、猪蛔虫、浣熊贝利斯蛔虫及狮弓蛔虫的相似性分别为84．6％、84．5％、89．3％及72．3％,序列差异明显。结论棕熊蛔虫不同于上述种类蛔虫,可能为Baylisacaris transfuga.     

鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫PCR扩增与序列分析

应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增从南京地区鸬鹚肌胃分离的线虫rDNA的第一及第二内转录间隔(ITS-1、ITS-2)序列。将扩增产物直接进行测序,并与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A(Coutracaecum rudolphiiA)、鲁道夫对盲囊线虫B(C.rudolphiiB)、北方对盲囊线虫(C.septentrionale)ITS-1与ITS-2序列进行比较。结果显示,从鸬鹚肌胃分离的2个线虫样本的ITS序列完全相同,其中ITS-1的长度为452bp,ITS-2的长度为268bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和北方对盲囊线虫ITS序列的相似性分别为96.53%、99.59%与91.94%。来自鸬鹚线虫rDNA的ITS序列与鲁道夫对盲囊线虫B相似性最高。由此可以证实该鸬鹚肌胃的线虫为鲁道夫对盲囊线虫B型。     

斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA的克隆及进化分析

研究从斑马体内分离的蛔虫的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5．8SrDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构斑马蛔虫与其它蛔虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增斑马蛔虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM．TEasy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示所获得的斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA序列总长为892bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS,1、5．8S及ITS．2序列。证实从斑马体内分离的蛔虫为马副蛔虫,从而为斑马蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

双盲口线虫ITS rDNA的PCR扩增及序列分析

以从波兰大西洋鳕体内采集的8条双盲口线虫样品为研究对象,利用保守引物通过PCR扩增其核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)ITS-1 rDNA、5.8S rDNA、ITS-2 rDNA后,将扩增片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,经PCR及酶切鉴定后,对获得的阳性质粒DNA进行序列分析。结果显示,所获得的ITS rDNA及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,ITS rDNA为885～927 bp,包含18S rDNA、28S rDNA部分序列及ITS-1 rDNA(441～449 bp)、5.8S rDNA(155 bp)和ITS-2rDNA(266 bp)全部序列。结果表明,双盲口线虫ITS序列种内相对保守(ITS-1 rDNA:0～2.2%;ITS-2 rDNA:0～3.4%),而种间差异较大(ITS-1 rDNA20%;ITS-2 rDNA35%),可作为种间遗传变异研究的标记。本研究结果为双盲口线虫的分子鉴定、种群遗传学以及双盲口线虫病的进一步研究提供了参考和依据。     

蛇蛔虫ITS及5.8S rDNA的克隆及进化分析

利用聚合酶链反应（PCR）扩增蛇蛔虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的蛇蛔虫ITS及5.8SrDNA序列总长为846bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS-1、5.8S及ITS-2序列。本研究系国际上首次报道蛇蛔虫的ITS序列,从而为蛇蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

斑鼻羚毛首线虫ITS序列的PCR扩增及分析

以茂名野生动物园斑鼻羚体内分离出的毛首线虫为研究对象,用保守引物PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8 S序列,并进行克隆、转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定.结果获得2个毛首线虫样品的ITS及5.8 S rDNA序列,总长为1 316 bp,样品间序列相似性为99.2%.将序列与G...     

河北兔场皮肤病原真菌rDNA-ITS序列分析

利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区（ITS）序列通用引物,对采自河北省兔场的5种皮肤真菌病进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与GenBank核酸序列数据库数据比对和形态学观察结果表明：有4种真菌被鉴定,分别为须毛癣菌、多聚曲霉、球孢白僵菌和产黄青霉,1种未鉴定;不同病原菌的5.8SrDNA序列高度保守,而ITS区的变异性则较高。该研究确定ITS区序列分析可用于兔皮肤病原真菌的分离。     

进境太平洋鳕鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS 序列的PCR扩增及分析

以日本进境的冻太平洋鳕鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,进行克隆、转化、测序和序列分析,并对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为906 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(353 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(299 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank登录的伪新地蛔线虫(Pseudoterranova decipiens)同源性均为在99.7%以上,与其他线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从鳕鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与伪新地蛔线虫处于同一分支。本研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步的分子生物学研究奠定基础。     

骆驼刺青贮中胶红酵母菌分离鉴定和菌株特性研究

用青贮骆驼刺进行倍比稀释、涂布获得单菌落,单菌落在PDA培养基上划线纯化,获得3株革兰氏阳性菌,经菌落形态特征鉴定、生理生化特征鉴定及ITS（ITS1＋5.8S＋ITS2）序列同源性分析,结果表明：其中1株菌红色单菌落的细胞形态呈圆形或椭圆形且中央隆起,能够利用蔗糖、D-半乳糖等多种碳源和（NH4）2SO4、L-谷氨酸2种氮源,不利用KNO3,5.8S rDNA测序的序列全长616 bp,采用DNA Star软件分析序列与胶红酵母标准菌株ATCC 4054（NCBI登录号：KC881069）的5.8S rDNA基因序列同源性为99.8%,确定其为胶红酵母（Rhodotorula mucilaginosa）。