四个李属坏死环斑病毒分离物的检测鉴定及CP基因序列分析

采用RT-PCR方法,从北京昌平、云南昆明、陕西西安和浙江海宁的樱桃和月季罹病叶片中检测到李属坏死环斑病毒,为分析我国李属坏死环斑病毒分子生态学特性,克隆了病毒分离物的CP基因并进行序列分析。结果显示,北京分离物的CP基因长675nt、编码224aa,而西安、昆明和海宁分离物的CP基因均为681nt、编码226aa。序列相似性分析表明,4个分离物的CP基因之间具 有很高的同源性, 各个分离物间的核苷酸同源性在94.8%~99.3%之间, 氨基酸同源性在94.2%~98.7%之间。序列比对与系统发生树的分析结果显示,北京分离物属于GroupⅡ组,昆明、西安和海宁分离物属于Group Ⅰ组。     

水稻黑条矮缩病毒p8蛋白的原核表达、抗血清制备及其特性

水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)p8蛋白由其基因组片段S8编码,根据RBSDV浙江分离物S8序列(AJ297431)设计特异性引物扩增编码p8蛋白N端部分的片段,并亚克隆至原核表达载体pET-32a ,然后以大肠杆菌BL21plysS为宿主菌进行高水平地表达,利用纯化的p8蛋白免疫小鼠,制备了p8蛋白的特异性抗血清。Western blot分析表明,p8蛋白在水稻病株中含量较为丰富,易于检测,而且p8蛋白参与病毒粒子的组成,表明p8是一个病毒结构蛋白。ELISA检测显示p8蛋白的抗血清可与不同来源的水稻、小麦、玉米病汁液发生强烈的血清学反应,表明该抗血清适用于RBSDV田间病株的快速诊断。     

南方水稻黑条矮缩病毒安徽分离物S7片段的克隆及其S7-1基因编码蛋白的原核表达

为探讨南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)的种群变异并获得S7-1原核表达蛋白,采用RT-PCR技术扩增SRBSDV安徽分离物S7片段,并进行克隆、测序及序列分析,再利用特异性引物扩增该分离物S7-1基因并克隆到原核表达载体p ET-GST上,重组质粒p ET-S7-1转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导及Ni~(2+)-NTA亲和柱纯化融合蛋白,再进行Western blot检测。结果显示,SRBSDV安徽分离物S7片段与其它SRBSDV各个分离物S7片段的序列相似性极高,达99.3%~99.9%,而与斐济病毒属Fijivirus其它种之间的序列相似性较低,为35.5%~73.3%。SRBSDV安徽分离物与其它SRBSDV各个分离物聚成1个单独的分支,彼此间亲缘关系较近。试验获得了分子质量约为68 k D的S7-1融合蛋白,且GST单抗能够与S7-1融合蛋白发生特异性反应,表明本研究得到的融合蛋白确为靶标蛋白。     

禾谷缢管蚜RpGST1基因的克隆、序列分析及原核表达

为揭示禾谷缢管蚜耐药性的分子机理,采用RT-PCR方法克隆了禾谷缢管蚜谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione S-transferases,GSTs)的cDNA序列,命名为RpGST1(GenBank登录号KP192850),并构建原核表达载体pET32-RpGST1,对RpGST1基因进行原核表达、SDS-PAGE和Western blotting检测。结果显示,禾谷缢管蚜RpGST1基因的编码区长651 bp,编码216个氨基酸,分子量约为24.06 kD,理论等电点为6.20;RpGST1基因在大肠杆菌中成功表达出一个分子量约为45 kD的融合蛋白,与预测的融合蛋白分子量大小一致。通过克隆RpGST1基因的cDNA序列并进行序列比对分析,表明构建了GST基因的原核表达载体并成功表达。     

我国部分地区沙地葡萄茎痘相关病毒分离物外壳蛋白序列变异分析

为明确我国葡萄中沙地葡萄茎痘相关病毒（GRSPaV）的感染情况及病毒外壳蛋白（coat protein,CP）基因的变异特点,从而为其致病性、病害的防治以及抗病毒基因工程等研究提供依据,本研究对采自我国16个省市自治区的65个葡萄品种305株葡萄样品中的GRSPaV进行RT-PCR检测,根据地区与品种差异选取了24个阳性样品进行cp基因克隆与测序分析,并对不同RNA提取方法进行了比较。结果显示,114株样品被GRSPaV侵染,平均带毒株率为37.4%;分离物间及同一分离物不同克隆间的序列差异较大,从24个分离物克隆获得的37条cp基因序列与来源于不同国家的12个GRSPaV分离物的核苷酸序列同源性为80.5%~99.7%,氨基酸序列同源性为88.8%~100%;各个分离物的遗传距离无明显地域差异;SiO₂吸附法比SDS法和CTAB法更适宜葡萄样品RNA的提取。     

马铃薯甲虫热激蛋白基因Ld-hsp90的克隆及温度胁迫下的表达

马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata是一种抗逆性极强的世界性检疫害虫,对温度胁迫具有很强的适应性,为进一步明确其对温度胁迫适应性的分子生态机制,采用RT-PCR及RACE技术克隆得到了1个hsp90基因的cDNA全长序列,命名为Ld-hsp90,并利用实时荧光定量PCR技术检测其在温度胁迫后相对表达量的变化。Ld-hsp90全长为2 489 bp,开放阅读框(ORF)长度为2 160 bp,编码719个氨基酸,理论等电点为4.98,分子量约为82.09 kD,5'端与3'端非编码区长度分别为113 bp和216 bp。氨基酸序列中含有HSP90家族的5个签名序列及胞质特征序列MEEVD。实时荧光定量PCR检测结果显示:38℃和44℃高温热激1 h,马铃薯甲虫成虫体内的Ld-hsp90的表达量均显著高于对照组,而0℃与-10℃低温处理1 h后的表达量与对照组均无显著差异。研究表明Ld-hsp90的上调表达在马铃薯甲虫抗高温中起着重要的作用。     

大豆花叶病毒CP基因RNAi载体的构建及大豆遗传转化

为获得含有大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）CP基因干扰片段的转基因大豆新材料,对11个SMV流行株系的CP基因进行了核苷酸序列比对,采用GATEWAY技术构建了RNA干扰（RNA interference,RNAi）载体pB7GWIWG2（Ⅱ）-CPi,对重组载体测序比对,通过酶切以及PCR方法鉴定载体,并利用农杆菌介导的转基因体系进行大豆遗传转化。克隆出264 bp高度保守的CPi干扰片段,通过测序证实其与目标序列的匹配度达到100%;重组质粒经过XbaⅠ单酶切后出现783 bp和10 818 bp两条带,经过EcoRⅠ、Hind Ⅲ双酶切后出现2 256 bp和9 346 bp两条带,说明2个ccdB结合位点均被CPi取代;PCR反应得到474 bp和460 bp两条带,说明CPi以反向重复形式与pB7GWIWG2（Ⅱ）组合。共获得10棵T₀代转基因幼苗,经除草剂涂抹、PCR、PAT/bar转基因检测试纸检测后,6株为阳性,表明该方法可筛选出对大豆花叶病毒具有抗性的转基因大豆新种质,为SMV抗病育种工程提供良好的亲本材料。     

烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析

为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。     

黄瓜绿斑驳病毒河北分离物基因组克隆及序列分析

为揭示河北省黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)分类地位及系统进化情况,通过分子克隆测定了来自河北省西瓜产区分离获得的分离物CGMMV-chb的近全基因组序列,分析其基因组结构特征;并依据近全基因组核苷酸序列及外壳蛋白氨基酸序列进行了系统进化关系分析。结果表明,CGMMV-chb近全基因组大小为6 383 nts,Gen Bank登录号为KJ658958,含4个开放阅读框,编码4种蛋白;与Gen Bank库中的其它12个CGMMV分离物的核苷酸相似性为92%~100%,氨基酸相似性为98%~100%。CGMMV-chb与韩国分离物CGMMV-KW基因序列相似性最高,为98%~100%,与以色列分离物CGMMV isolate Ec基因序列相似性最低,为92%~99%;系统进化关系中CGMMV-chb与其它中国分离物、日韩分离物亲缘关系较近,处于同一亚组的不同分支中,与以色列分离物亲缘关系相对较远。     

百合斑驳病毒外壳蛋白基因原核表达、抗血清制备及其应用

为了建立百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMoV)的快速检测方法,采用RT-PCR方法从感染LMoV的百合叶片中克隆该病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因,然后连接到原核表达载体pET28a(+)上,导入大肠杆菌Escherichia coliBL21(DE3)并诱导表达,以表达的重组蛋白为抗原制备该病毒的抗血清。结果显示:LMoVCP全长为822 bp,编码274个氨基酸;SDS-PAGE及Western blot检测结果表明,经IPTG诱导得到了分子量约为34 kD带有HIS标签的目的蛋白;用该蛋白制备的抗血清经间接ELISA和Western blot检测结果显示,其效价为1∶51 200,具有较高的特异性,可用于感染LMoV百合的检测,其检测结果与RT-PCR检测结果一致。     

法国进境葡萄砧木中啤酒花矮化类病毒的检测与序列分析

为检测法国进境葡萄砧木中啤酒花矮化类病毒（Hop stunt viroid,HSVd）,对其进行了RT-PCR检测及序列测定,并构建系统进化树比较了不同地域来源HSVd间的分子差异性。结果表明基于HSVd基因序列设计合成的1对引物能够扩增出302 bp大小的目标片段,而健康植株无此扩增产物。法国葡萄砧木中检出的HSVd分离物,与国内外已报道毒株的核酸序列同源性达90%~97%,与已报道的HSVd全基因组序列间差异较小,表明HSVd的序列变异与地域、寄主等无明显相关性。     

重庆市萝卜芜菁花叶病毒的检测与序列分析

为明确重庆市萝卜感染芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)的情况,在重庆市巴南区、九龙坡区、北碚区等14个区县共采集了146份萝卜病毒病样品,采用酶联免疫吸附试验法(enzymelinked immunosorbent assay,ELISA)对病样进行TuMV检测,并通过PCR、克隆和测序等技术获得13个TuMV分离物CP核苷酸序列,利用软件分析重庆市TuMV CP基因序列的相似性,利用系统进化树分析CP基因遗传变异与系统进化。结果表明,共有105份样品的TuMV检测为阳性,检出率为71.9%;所得13个分离物CP基因均为864 bp,测序的13个分离物CP核苷酸相似性为89.1%~99.2%,与国内已报道的TuMV各分离物CP核苷酸相似性在88.3%~99.4%之间;所得的13个分离物均分布在basal-BR和world-B组中,在Asian-BR和basal-B组中均无分布,进一步分析发现有9个分离物属于word-B组,仅4个分离物属于basal-BR组。研究表明,TuMV在重庆市萝卜各种植区普遍发生,且word-B组为重庆市萝卜的优势毒源。     

葡萄卷叶伴随病毒-3外壳蛋白的原核表达及其特异性抗血清的制备

利用RT-PCR技术扩增得到了葡萄卷叶伴随病毒-3(Grapevine leafroll associated virus-3,GLRaV-3)中国分离物的外壳蛋白(coat protein,cp)基因。序列分析结果表明,cp基因的长度为942bp,与已报道的其它GLRaV-3分离物的cp核苷酸相似性为91%～99%,编码的氨基酸相似性为95%～100%。将此基因克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3)plysS后用终浓度为1mmol/L的IPTG进行诱导表达,SDS-PAGE及Western blotting分析表明,cp在大肠杆菌中可表达出分子量约为35kDa的蛋白。纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。A蛋白酶联免疫吸附测定(PAS-ELISA)及斑点免疫结合测定(DBIA)结果显示,制备的特异抗血清可用于检测田间感病葡萄样品中的GLRaV-3。     

引起玉米粗缩病的水稻黑条矮缩病毒河南分离物的分子特征

<正>目前已报道的造成玉米粗缩病的病原有3种,分别是玉米粗缩病毒(Maize rough dwarf virus,M RDV),水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)和南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)[1]。我国于1954年在新疆和甘肃发现该病,上世纪60年代曾在中东部夏玉米区流行,至70年代以来各玉米产区已陆续发生[2],近年来在黄淮海夏玉米区特别是套播或晚春播、早夏播玉米田发生危害严重。     

水稻黑条矮缩病毒江苏玉米分离物全基因组序列及进化分析

 利用RT-PCR从江苏玉米上克隆水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)的全基因组,其基因组10个片段核苷酸数目和蛋白编码情况与已报道的RBSDV分离物基本一致。 基因组的序列一致性分析和系统进化树表明,RBSDV基因组片段间存在频繁的RNA重排现象;江苏玉米分离物(JS)与湖北玉米分离物(HuB)和河北小麦分离物(HeB)的整体亲缘关系较近,而与安徽分离物(AH-MX8)的整体亲缘关系最远。综合本研究及前人对S8 和S10的研究,RBSDV基因组不同片段的进化中RNA重组的作用不同: S1、S2和S4中没有RNA重组;S3、S5、S6、S8和S10中存在低频率重组;S7 和S9存在较高频率重组,其中S7的高频率重组尤为显著。     

引起玉米粗缩病的水稻黑条矮缩病毒山东分离物的分子特性

 Four isolates of Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV) were collected from the maize plants showing rough dwarf symptom in Linyi and Tai'an,Shandong province.The S10 genomic sequences of these isolates were determined and compared with those of 14 other RBSDV isolates.All of the four sequences were 1 801 base pairs (bp) long including the 5'-UTR of 21 bp and the 3'-UTR of 103 bp.They all contained an open reading frame of 1 677 bp (22-1698),encoding the coat protein (CP) of 558 amino acids.The sequences of these four RBSDV isolates and those of the major cp gene of 14 other isolates available in the GenBank were divided into two groups in the phylogenetic tree.Recombination analysis indicated that the isolate Lym2 was likely a recombinant of isolates Lym1 and Zhjs.     

苹果茎沟病毒部分分离物的生物学特性与分子鉴定

通过昆诺藜接种鉴定和ELISA检测,从梨和苹果上分离获得苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)23个分离物.采用TC-RT-PCR对这些分离物进行扩增,均获得特异的扩增片段,PCR产物经5%PAGE电泳,出现大小约500、530和600bp的3种迁移率不同的泳动带型.根据PCR产物电泳迁移率的差异,选取3个来源于梨的分离物P-L4、P-6-1-17和P-3-2-67的PCR产物进行克隆与序列测定.经BLAST搜索,3个分离物的扩增片段与苹果分离物P-209的CP基因3′端核苷酸序列同源性分别为92.2%、90.4%和88.4%.3个分离物间的核苷酸序列也有较大差异,P-L4/P-6-1-17为95.5%、P-L4/P-3-2-67为90.4%、P-6-1-17/P-3-2-67为88.6%.