PCR和Dig—cRNA探针检测番茄环斑病毒

利用根据ToRSV加拿大悬钩子株系核酸序列设计、合成的寡核苷酸引物进行PCR扩增试验,能成功地扩增ToRSV悬钩子株系的目标片段,但不能扩增苹果、樱桃株系的目标片段。 而ToRSV苹果株系的克隆pS_(64),经EcoRI酶切,再分别用~(32)P—UTP、Dig—11—UTP和SP_6RNA多聚酶转录出~(32)P标记、Dig标记的cRNA探针后,不仅能有效地检测出ToRSV的苹果株系,而且能有效地检测樱桃株系和悬钩子株系。~(32)P与Dig—标记的探针灵敏度基本相同,而Dig标记的探针无放射性,可以长期保存,多次使用,灵敏、准确、安全、经济,是值得推广应用的检疫新方法。     

小麦矮缩病毒NASH快速检测方法的建立及应用

以非放射性物质地高辛为标记物,采用PCR法制备了特异性强、灵敏度高的DNA探针。通过优化反应体系,建立了小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus,WDV)的核酸斑点杂交(nucleic acid spot hybridization,NASH)快速检测技术体系。该方法诊断准确率高,操作简单,周期短,整个检测过程仅需5h左右。利用建立的NASH技术开展WDV流行学调查,发现近年来WDV在我国陕西韩城、山西太原和河北石家庄等地区点片发生,没有大面积暴发成灾。     

不同探针大小、标记物及反应底物对马铃薯类病毒杂交检测的影响

 灵敏可靠地检测马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid,PSTVd)对脱毒种薯的生产具有重要意义。本研究探索了影响核酸杂交检测技术的关键因素。通过基因克隆技术构建了插有PSTVd全长单体、双体及片段的载体。分别以地高辛和同位素为标记物,利用PCR和转录标记技术制备cDNA和RNA探针。比较探针大小、标记物、标记方法、反应底物等对检测灵敏度的影响。结果显示,以地高辛为标记物,利用PCR标记制备的PSTVd双体cDNA探针,在以CDP-Star为底物,通过在柯达X-OMAT BT胶片进行化学发光反应来分析结果的检测灵敏度最高,可以检测到0.05 pg总RNA中的PSTVd,是国外报道检测灵敏度的500倍。利用核酸斑点杂交技术检测PSTVd具有灵敏度高,一次可检测样品数量多等特点,对于大规模PSTVd检测更加方便可行。     

核酸杂交技术在植物病毒诊断、鉴定与分类中的应用

用带标记的互补脱氧核糖核酸(cDNA)作探针的核酸杂交技术,是70年代发展起来的新技术,近年已广泛应用于生命科学的众多学科中。由于它具有特异性强、灵敏度高、适用面广及快速简便等特点,近十年来已应用于植物病毒及类病毒的诊断、鉴定与分类中。国外,很多植物病毒及类病毒已制备了     

梨火疫细菌实时荧光PCR和诱捕PCR-ELISA检测方法的建立

根据梨火疫细菌中独特而保守存在的质粒pEA29，设计了1对引物和3条探针，建立了实时荧光PCR检测方法和诱捕PCR-ELISA检测方法。实时荧光PCR采用带荧光标记的核酸杂交探针，边扩增边检测，步骤简单，不需PCR后处理，可避免假阳性和交叉污染；诱捕PCR-ELISA检测方法只需简单处理的样品就能检测，减少了核酸不纯出现的漏检，由于增加了核酸杂交探针，可不需凝胶电泳EB染色检测，不会出现假阳性问题。     

兰花5种病毒可视化基因芯片检测方法建立

为建立运用可视基因芯片技术快速、准确检测兰花病毒的方法,选择黄瓜花叶病毒、齿舌兰环斑病毒、建兰花叶病毒编码外壳蛋白(coat protein,CP)基因、辣椒褪绿病毒编码核衣壳蛋白N基因、落葵皱纹花叶病毒编码CI蛋白基因为目标基因,设计引物和探针(5'标记一段poly T)。利用多重RT-PCR方法进行病毒核酸扩增,将扩增产物与固定于芯片的特异性探针杂交,经清洗、可视化显色后进行结果分析。在优化的检测条件下,本研究筛选出2组多重引物组合Cm(F2-R2a)、Ba(F1-R1);Or(F1-R1)、Cy(F2-R2)和Ca(F1-R1),5条特异性探针。所建立的可视基因芯片具有较好的特异性和重复性,可检测出病毒阳性质粒的量为不低于10~3拷贝·μL~(-1)。     

昆虫分子标记基因和序列及应用

本文综述了昆虫分子系统学中应用较广的核糖体DNA(rDNA)、线粒体DNA(mtDNA)、核蛋白编码基因和卫星、微卫星DNA等几类核酸分子标记基因和序列及其研究进展。检疫性害虫的分子检测可选择其中一种或多种分子标记基因。     

实时荧光PCR检测瓜炭疽病菌

采用实时荧光PCR技术建立了瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)的检测方法。根据瓜炭疽病菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因和谷氨酰胺合成酶(GS)基因序列,设计了该病菌特异性引物和TaqMan探针,并对所设计的引物和探针的反应条件进行了优化。采用本试验建立的实时荧光PCR方法对瓜上的其他菌株及近似菌株进行检测,可将瓜炭疽病菌与其他病原菌区分开。灵敏度试验表明,25μL体系中只要有39.6pg的核酸量就可以被检测到,检测灵敏度达到1.584pg/μL,比普通PCR检测灵敏度高100倍。同时对田间采集的病株和未知样品进行的检测证明了引物和TaqMan探针的特异性。     

辣椒轻斑驳病毒葫芦岛分离物RNA杂交检测体系的建立

辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMoV)可引起辣椒叶片以及果实的花叶和畸形症状,造成相当的经济损失。为了建立辣椒轻斑驳病毒的高特异性和灵敏度的分子检测体系,采用非放射性的化合物地高辛(DIG)标记检测PMMoV正义链的RNA探针,建立了该病毒Dot blot杂交和Northern blot杂交检测体系,并通过RT-PCR法验证了杂交体系的检测特异性。结果表明,RNA探针对PMMoV具有很高的检测特异性和灵敏度,适用于病毒的早期检测以及相关分子研究。     

抗稻瘿蚊品种多抗1的抗性遗传分析及抗性基因定位

稻瘿蚊是亚洲稻区主要害虫,采用抗虫品种进行防治是最理想的方法。1993～1995年,广东省农科院与国际水稻研究所有关专家紧密合作,对能抗华南4个稻瘿蚊生物型的品种多抗1作进一步抗性遗传分析,确认多抗1对中国稻瘿蚊生物型1和4的抗性受显性单基因控制,这个基因暂定名为GM—6(t)。以多抗1×丰银占1组合的F3代160个家系作基因标记,据DNA库分离个体分析(BSA)原理,用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记物OPM6(1.4kb),首次成功地标记了这个抗性基因。随后多态性扩增产物经~(32)p标记,用作探针,检测另一个参考作图群体IR64×Azucena,将这个抗性基因定位在水稻第4条染色体上,位于RG214和RG163两个DNA限制性片段长度多态性(RFLP)标记之间。应用这些分子标记辅助选择有可能不必通过稻瘿蚊的直接筛选,快速准确地选育抗稻瘿蚊品种或进行抗性基因累加。     

马铃薯类病毒(PSTVd)非放射性标记cDNA探针制备及其在检测上的应用

 利用含PSTVd单体克隆的重组质粒pGEM PSTVd,通过PCR扩增技术,用生物素标记制备cDNA探针,进行杂交反应检测PSTVd,其中通过化学颜色反应进行判读灵敏度可达50pg,而用化学发光反应进行判读灵敏度可达5pg,分别是R-PAGE检测灵敏度的26倍和260倍,且2种反应特异性和专化性较强。cDNA核酸斑点杂交反应(NASH)检测PSTVd方法准确、灵敏度高,一次检测样品数量多,且对异地样品检测非常方便,是以往其它检测方法的有效补充。     

苹果小吉丁虫微卫星开发及其种群遗传结构分析

为研究苹果小吉丁虫Agrilus mali Matsumura的种群遗传结构,采用磁珠富集法以生物素标记探针(AC)_(12)和(AG)_(12)构建苹果小吉丁虫微卫星文库,根据阳性克隆测序获得的微卫星侧翼序列设计引物,筛选和开发苹果小吉丁虫多态性微卫星标记,并利用开发的微卫星标记对其不同地理种群的遗传结构进行分析。结果显示,从微卫星文库中的300个阳性克隆中筛选得到248个含有微卫星片段的克隆子,阳性克隆率为82.7%,其中完美型微卫星131个,占52.8%;不完美型90个,占36.3%;混合型27个,占10.9%,表明磁珠富集法开发新微卫星标记的效率较高。从获得的248个苹果小吉丁虫微卫星中筛选获得7个多态性微卫星位点,这7个位点在苹果小吉丁虫8个地理种群样本中的等位基因数为10~23个,有效等位基因数为1.674~12.218个,多态信息含量为0.304~0.796。8个苹果小吉丁虫种群的观测杂合度为0.095~0.676,期望杂合度为0.469~0.755,Shannon指数为0.791~1.621,遗传距离为0.071~0.788。采自新疆维吾尔自治区的7个苹果小吉丁虫种群之间遗传相似度较高,但其与辽宁省种群的遗传相似度较低。     

14 C-标记腈菌唑的合成及其在小麦幼苗上的吸收与传导确证

以14C标记碳酸钡(Ba14CO3)为起始物,采用4步反应合成14C-1,2,4-三唑,总强度为5.813 1 mci,比强为15.53 μci/mg, 纯度大于99%,放化收率84.21%。在此基础上,参照文献报道的有关腈菌唑合成的方法,以4-氯苯乙腈为原料,经取代、缩合等3步反应合成了14C-腈菌唑,其总强度为0.556 6 mci,比强为2.53 μci/mg,纯度大于96%,放化收率85.4%。应用同位素示踪技术研究了14C-腈菌唑在2~3叶期小麦幼苗上的吸收、分布和传导。结果表明,根部给药后6~120 h,小麦根部放射性物质分布比例由59.88%下降为 24.87%;在幼苗茎基部和叶片中,放射性物质分布比例分别由14.18%、1.19%上升为 19.47%和33.75%;14C-腈菌唑被小麦幼苗吸收后向顶传导的速度很快,在叶片中的分布和积累与根部给药时间呈正相关,放射强度由2.94×10-6 μci上升为322.72×10-6 μci。放射性自显影表明,根部给药后120 h,14C-腈菌唑可以内吸传导到整个小麦植株。     

10种植物病毒的基因芯片检测技术研究

 本研究设计了10种植物病毒和各种对照的探针, 将探针固定在醛基化玻璃片基上制备基因芯片。用常规的Trizol法提取植物总RNA, 根据病毒的外壳蛋白基因或复制酶基因设计特异性引物, 经RT-PCR扩增相应区段并用Cy3-dCTP进行标记。将标记的PCR产物与芯片杂交, 扫描仪对杂交结果扫描, GenePix Pro 4.0软件对杂交图像进行分析。结果表明, 该芯片可以从病毒感染样本中检测到特异性识别信号, 检测灵敏度比RT-PCR高10~100倍, 所以, 基因芯片能对植物病毒作出快速、准确的检测。     

同时检测樱桃绿环斑驳病毒和桃潜隐花叶类病毒的二聚cRNA探针制备和应用

<正>樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)和桃潜隐花叶类病毒(Peach latent mosaic viroid,PLMVd)是桃树上的主要病原。在检测中发现,我国桃树病毒多以CGRMV与PLMVd复合侵染为主,侵染率较高。通过分子克隆,串联几个病毒核酸序列合成多聚探针,能同时检测多个病毒和类病毒(Torchetti et al.,2012)。目前尚无关于CGRMV单一探针和同时检测CGRMV与PLMVd二聚探针的报道。本研究通过设计带酶切位点的特异引物制备二聚cRNA探针,以期建立适用于田间果树样品中CGRMV和PLMVd的快速检测技术,为桃树病毒病害的防治提供理论基础。     

辣椒轻斑驳病毒湖南分离物的全基因序列测定及结构分析

采自湖南地区的辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)样品经单斑分离后,根据已经报道的PMMoV序列基因保守区设计6对简并引物,采用片段重叠法和RACE方法扩增、克隆获得一个全长为6 356bp的湖南分离物(PMMoV-HN1,登录号:KP345899)全基因组序列,编码4个蛋白,分别为126kD蛋白(70~3 423nt)、183kD蛋白(70~4 908nt)、28kD蛋白(4 909~5 682nt)和17.5kD蛋白(5 685~6 158nt),5′-非编码区(5′-UTR)和3′-非编码区(3′-UTR)分别含有69和198个碱基,其中5′-UTR存在一个序列为m7G5′pppG的甲基化核苷酸帽子结构。一致性分析发现PMMoV-HN1与PMMoV其他分离物的核酸一致性为94%~99%,编码的氨基酸一致性为94%~99%。全基因组序列系统进化分析表明PMMoV-HN1分离物与中国首次报道的PMMoV-CN分离物亲缘关系最近。本研究是国内报道的第二例PMMoV全基因组序列。     

水稻白叶枯病菌毒性基因的克隆和功能分析

 通过DNA重组,用载体质粒pBR322和水稻白叶枯病菌(Xanthomonas campestris pv.oryzae Dye)毒性基因突变体XcoM3105带有转座子Tn5的毒性基因片段,构建了11.6kb的探针质粒pVIRl。用α-32P-dATP标记该探针,从构建在粘粒pSa747上的病菌野生型菌株JXO Ⅲ染色体基因文库中,通过菌落原位杂交和Southern杂交,筛选了8个毒性基因的克隆(pNAX3101~3108。将其中一个毒性基因克隆pNAX3103通过三亲交配接合法转移到XcoM3105中,接合频率为2.06×10^-7。功能互补分析表明,pNAX3103可以互补突变体XcoM3105,恢复致病性,同时也能互补其淀粉酶(Amy)活性表型,由原来的淀粉酶阳性恢复为阴性反应。因此可以认为,被克隆的毒性基因片段具有完整的致病功能,毒性基因与淀粉酶基因之间可能存在着某种负调控关系。     

福建马铃薯S病毒的分子鉴定及发生情况

为明确福建省马铃薯S病毒(PVS)的发生与分布情况,对福建省马铃薯主要种植区的PVS进行了鉴定和普查.在利用电镜技术和传统生物学方法鉴定的基础上,克隆了PVS外壳蛋白(cp)基因,依据PVS外壳蛋白氨基酸序列建立了PVS不同分离物的系统进化树.研究表明,利用PVS 外壳蛋白氨基酸序列分析可准确鉴定PVS,同时可分析不同分离物间的分子差异.利用病毒特异性引物和DIG标记的PVS cp基因为探针,分别利用RT-PCR技术和核酸斑点杂交技术(NASH)对PVS进行了检测,并对检测技术进行了改进.调查结果表明,PVS在福建省广泛分布,发病率最高可达80%以上,当地农家自留种可能是田间PVS的主要来源.