长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构；同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示，铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示，铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部，表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因；群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间；平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明，长江流域铜鱼遗传多样性较低，长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高，且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58，高于D．1oop固定指数，显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学，2008，15（3）：377-385]     

三峡库区干支流似鳊群体的遗传结构

为全面了解三峡库区小型鱼类优势物种似鳊（Pseudobrama simoni）群体的遗传结构，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列分析了三峡库首的太平溪（干流）、青干河（支流）和袁水河（支流），库中的万州（干流）和甘井河（支流）以及库尾的木洞河（支流）和嘉陵江（支流）共7个似鳊群体的遗传多样性、群体之间的遗传分化情况和种群的历史动态。结果显示，三峡库区似鳊群体遗传多样性较低，单倍型多样性为0.061~0.326、核苷酸多样性为0.005%~0.036%；分子方差变异分析（AMOVA）表明，似鳊群体的遗传变异绝大部分源自于群体内部（99.82%），只有0.18%的变异来自群体之间；遗传分化指数（Fst）显示，所有群体之间不存在显著的遗传分化；系统进化树和单倍型网络图表明，三峡库区似鳊群体没有形成明显的系统地理格局；Mantel 检验显示，三峡库区各似鳊群体群体之间的遗传分化程度与地理距离的远近无相关性；中性检验Tajima''s D值和Fu''s Fs值表明，三峡库区似鳊群体在6.58万年前可能发生过种群扩张现象。     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。     

基于线粒体DNA控制区序列的极边扁咽齿鱼群体遗传研究

极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类,由于人类活动的加剧,使其野生数量急剧下降,近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响,笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列来探究极边扁咽齿鱼野生和养殖的4个群体遗传多样性、遗传分化及遗传结构的差异。研究结果显示,4个群体均表现出了较高的单倍型多样性(0.950±0.011)和较低的核苷酸多样性(0.00987±0.00041),并且野生群体的单倍型数目、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均高于人工繁育群体。遗传结构分析结果显示,野生群体与人工繁育群体之间已产生了一定的遗传分化。中性检验表明,2个野生群体可能经历过种群扩张事件。研究结果表明,极边扁咽齿鱼人工繁育群体可能受到亲本数量有限、人工选择等影响,遗传多样性略有降低,有必要定期开展增殖放流效果的评估,并采用科学的人工繁育方法,丰富极边扁咽齿鱼种群的遗传多样性。     

大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较

基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记，对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示，413尾个体共检测到单倍型117种，其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型，占总单倍型数目的2.5%；放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种，分别占总单倍型数的17.09%和56.41%，放流群体特有单倍型数明显低于野生群体；放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5，单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9，遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示，放流、野生群体平均等位基因数(N_a)分别为13~44和13~27，平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0，均具较高的遗传多态性；群体遗传结构分析结果表明，放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明，山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性，且遗传结构未存在显著的群体分化。     

基于CO I和Cyt b序列的丹江口水库鲢群体遗传结构特征分析

有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。     

我国五大湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较

对我国五大湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）部分序列进行了测定和分析，经比对获得578bp核苷酸片段，发现49个变异位点，得到35个单倍型，包括7个共享单倍型，各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性，其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明，五群体间总遗传分化系数F_st＝0.31873 （P<0.05）， 群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离，洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191，巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾（Macrobrachium inflatum）为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树，结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群，太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。     

基于线粒体Cytb基因序列的西江流域广西境内卷口鱼遗传多样性分析

为了解西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群遗传结构及分化程度,采用线粒体Cytb基因序列对西江流域广西境内6个江段的139尾野生卷口鱼的遗传多样性进行了分析。结果显示,线粒体Cytb基因长度为1 053 bp,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.1%、27.7%、29.3%、13.9%,其中A+T (58.4%)高于C+G(41.6%)。共定义20个单倍型,并聚为2个分支,未观察到明显的地理聚群。6个卷口鱼群体的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.768 2、0.002 3,其中红水河群体(单倍型多样性h=0.748 7,核苷酸多样性π=0.003 3)遗传多样性最高,柳江群体(h=0.274 4,π=0.000 4)和左江群体(h=0.374 7,π=0.000 3)的遗传多样性相对较低。卷口鱼总体的遗传分化指数(F_(ST))为0.461 4 (P0.01),表现出较大的遗传分化。两两群体间遗传分化结果显示,左江和柳江种群之间的遗传分化程度最大,而柳江和西江之间最小。AMOVA分析表明西江流域的卷口鱼群体遗传变异一半来自群体内(53.86%),一半来自群体间(46.14%)。中性检验(Tajima's D=-1.082 8,P0.05;Fu's Fs=-6.572 5, 0.01P0.05)与碱基错配分布分析表明西江流域卷口鱼种群大约在0.07～0.187 Ma经历了种群扩张。综上,西江流域广西境内的卷口鱼柳江群体和左江群体遗传多样性较低,总群体分化程度较大,但仍属于一个种群,其中空间距离与地理阻隔对卷口鱼的遗传分化具有一定的促进作用。     

怒江濒危鱼类角鱼种群遗传结构研究

测定了怒江角鱼(Epalzeorhynchus bicornis)4个群体共70尾个体的线粒体DNA cytb基因序列,以探讨种群遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140 bp的cytb基因共检测到13个变异位点,70个样本得到16个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.579,核苷酸多样性(π)为0.00070,遗传多样性表现为较低。木城群体和泸水群体之间的遗传距离最远0.00080,泸水群体和道街群体之间的遗传距离最近为0.00059。Fu′Fs中性检验和碱基岐点分布分析暗示了角鱼在历史上曾经历过遗传瓶颈和种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间总遗传分化系数Fst=0.0049(P>0.05),几乎所有变异均来自于群体内,群体间未出现遗传分化,提示群体内存在广泛的基因交流。     

利用线粒体D—loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallus sp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示：在23尾个体中共检测到3个单倍型（Hap1、Hap2,及Hap3）,其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数（0.530）和核苷酸多样性（0.00053）远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%（P〈0.05）,已产生一定的遗传分化。     

河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体CO I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗鱼群体未发生扩张。麦穗鱼进入云南各水系后,单倍型多样性较高,可能来源于多个地区。在后续对麦穗鱼的管理过程中,需要注意避免单倍型特殊的群体与其他地区群体的交流,减少水系间相互引种。此外,通过开发麦穗鱼资源利用方式来提高麦穗鱼利用率,以控制其群体数量,从而减小其对当地土著物种和渔业养殖的危害。     

入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构

为了探讨太湖新银鱼快速适应新环境和快速入侵的遗传学机制,本研究利用10个微卫星位点对5个入侵地和2个原产地的群体遗传结构进行了分析。遗传多样性参数结果显示,入侵地滇池、邛海、抚仙湖和三峡库区群体的遗传多样性水平比原产地高,入侵地洱海群体的遗传多样性水平低于原产地太湖而高于巢湖群体,原产地巢湖群体的遗传多样性最低。遗传距离和UPGMA聚类结果表明邛海群体和其他群体的遗传关系最远,太湖与抚仙湖的遗传关系最近。ANOVA显示大多数遗传变异存在于太湖新银鱼群体内(95.78%),群体间的遗传变异为4.22%,固定系数(Fst=0.0422)显著,表明太湖新银鱼群体间存在显著的小尺度遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点。MVSP主成分分析显示邛海、三峡库区、巢湖和滇池群体有明显的分化。由此推断,高水平的遗传多样性和显著的遗传结构差异性可能是太湖新银鱼成功入侵的重要原因。     

基于mtDNACytb基因序列的我国不同水系野生鲇种群遗传多样性与种群历史分析

为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显示,78种单倍型被分为4个分支,且不同单倍型分布相对集中,划分为4个谱系。中性检验与错配分析表明,不同水系野生鲇种群(4个谱系)在约晚更新世时期(0.04~0.05百万年)经历过近期种群扩张事件。     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。     

A comparison of the population genetics of Lethrinus miniatus and Lutjanus sebae from the east and west coasts of Australia: Evidence for panmixia and isolation

Lethrinus miniatus and Lutjanus sebae are important commercial and recreational species of reef fish. Within Australian waters the former species is less widespread than the latter and has a discontinuous distribution, whilst the latter is continuously distributed in tropical Australian waters. The demographic attributes of these species (e.g. long life span, low rates of natural mortality) make them vulnerable to over-exploitation. Consequently, conservative harvest strategies including no-take zones for these species have been adopted by fisheries management agencies to control exploitation. Information on the genetic stock structure of these species is important for developing specific management strategies. However, little is known about genetic stock structures within and between east and west Australian populations of these species. The current study used the mitochondrial genome hypervariable region 1 (HVR1) of the control region to examine variation between two sites from both the east and west Australian coasts for each species. HVR1 for L. sebae did not differ genetically either within or between coasts (F_st < 0.018, p > 0.15) at the sites studied, suggesting a panmictic population structure. Similarly, L. miniatus did not differ significantly between sites sampled within coast. However, the west coast HVR1 for L. miniatus east and west coast populations, were discrete (F_st of at least 0.92, p < 0.0001). The degree of genetic sub-division between east and west coast populations indicates that they should be managed as discrete stocks. Further, when considering both species, the lower genetic (both haplotype and nucleotide) diversity in three of the four sites on the west coast of Australia, indicates that this region is genetically impoverished and neutrality tests suggest that selection is responsible. Consequently, west Australian populations will be less resilient to perturbations (e.g. fishing, climate change) than east Australian populations, which have higher genetic diversity.     

西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构

为检测西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构,采用线粒体DNA细胞色素b基因(Cytb)序列分析方法对鸢乌贼东海群体、南海群体与菲律宾海群体进行遗传变异分析。结果显示,(1)所有群体总的单倍型多样度与核苷酸多样度分别为0.982±0.006、0.012±0.006;菲律宾海群体对应的遗传多样度均最高,分别为0.973±0.014、0.015±0.008;南海群体与东海群体的单倍型多样度分别为0.959±0.026、0.943±0.031,核苷酸多样度均为0.006±0.003。3个地理群体均具有较高的遗传多样性水平。(2)分子方差分析结果显示,34.6%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化极显著。两两群体间Fst分析表明,西北太平洋鸢乌贼群体间均具有极显著的遗传分化。构建的单倍型邻接系统树和最小跨度树显示,西北太平洋鸢乌贼群体存在明显的系统发育谱系结构(谱系A、B、C),3个谱系单倍型类群间也存在极显著的遗传分化(Fst=0.735~0.805)。(3)中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,谱系B可能经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在10.3~12.5万年前。综合分析认为,西北太平洋鸢乌贼的种群遗传结构模式及系统发育地理格局模式是由其栖息地海洋环境与更新世气候变化共同塑造的。建议在渔业管理上将3个地理群体划分为3个独立的管理单元。