保护桃花水母及进行科学研究的建议

桃花水母生活在淡水中,在动物分类学上属腔肠动物门(Coelenterata)水螅纲(Hydrozoa)淡水水母目(Limnomedusae)笠水母科(Olindiidae)桃花水母属(Craspedacusta),是世界上极为珍稀的水生生物物种之一。全世界100多年来只发现桃花水母11种(含亚种),除英国的索氏桃花水母(Crasp     

福州地区发现的一种桃花水母的分类鉴定

采用形态鉴定和18SrDNA基因序列分析技术对采自福州一金鱼养殖场蓄水池中的桃花水母（freshwaterj ellyfish）进行分类鉴定。结果显示：样品的平衡囊管状,主辐触手较其它触手长,刺丝囊疣为乳突状呈螺旋状或环状排列,形态鉴别特征与己知的索氏桃花水母及其亚种相同;触手密集度11．06±0．71,平衡囊密集度5．66±0．43,与索氏桃花水母也最相近;样品18SrDNA序列与GenBank中索氏桃花水母有99％的相似性。因此,经鉴定本次在福州地区发现的桃花水母为索氏桃花水母（Craspedacusta sowerbyi Lankester, 1880）。     

中华虎头蟹线粒体16S rRNA和 COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。     

双线紫蛤(Soletellina diphos)形态、序列测定和同工酶的初步研究

双线紫蛤(Soletellina diphos)是一种名贵的珍稀濒危经济贝类,在福建省莆田市分布于南日岛西南沿岸潮间带海域。为了解该群体的种质资源和遗传背景,从莆田市南日岛采集双线紫蛤样本,测量养殖1龄贝和野生2~3龄贝2个群体的壳长、壳高、壳宽和体重等性状并推导关系式;扩增野生个体的12S rRNA、16S rRNA、COI、Cytb、H3、18S rRNA、ITS与28 S rRNA序列并进行测序,结合紫云蛤科(Psammobiidae)或樱蛤总科(Tellinoidea)同源序列比对分析、计算遗传距离值、邻接法构建系统发育树;提取野生群体闭壳肌和斧足肌2种组织的EST、IDH、LDH、MDH、ME和SOD,比较组织特异性和多态性。结果表明,南日岛双线紫蛤样本的壳长与壳高、壳长与体重、壳高与体重之间相关性较高,群体间壳长与壳高比相近;同种内异地个体在12S rRNA、16S rRNA、COI和Cytb序列碱基组成、遗传距离和邻接树上具有一定的遗传差异,16 S rRNA、28 S rRNA数据支持与亚当斯紫蛤(S.adamsii)为同种异名或地理亚种;除SOD外,EST、IDH、LDH、MDH和ME表达皆具有组织特异性,ME在闭壳肌中活性较强,EST酶谱清晰、带数显现多态性。本研究将为当地双线紫蛤自然资源后续的种质鉴定、遗传结构和多样性分析等研究提供有价值的参考依据。     

魁蚶(Scapharca broughtonii)不同地理群体的遗传多样性及种群结构

采用PCR技术扩增了中国山东胶南、长岛、蓬莱、荣成和韩国统营5个地理群体魁蚶(Scapharca broughtonii)样本的COⅠ、12S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因部分序列,分析了魁蚶5个地理群体的遗传多样性和系统进化关系。经测序拼接、剪接后,分别获得67条776 bp的COⅠ序列、72条443 bp的12S rRNA序列、75条909 bp的18S rRNA序列和75条894 bp的28S rRNA序列。序列分析结果显示,5个群体75个个体的COⅠ序列中共检测到466个多态位点,32种单倍型,单倍型多样性指数为0.925,核苷酸多样性指数为0.086;12S rRNA序列中共检测到292个多态位点,43种单倍型,单倍型多样性指数是0.928,而核苷酸多样性为0.0856;在18S rRNA序列中,5个群体都表现出丰富的遗传多样性,共有74种单倍型,909个多态位点,单倍型多样性指数为1.0,核苷酸多样性指数为0.717,其中胶南群体变异位点最多、多样性最丰富;通过对28S rRNA部分序列的分析发现,75个个体共检测到27个多态位点,18种单倍型,单倍型多样性指数为0.778,核苷酸多样性指数为0.289,蓬莱群体多样性最丰富。遗传距离分析结果表明,韩国群体与其他4个群体的遗传距离较大;基于COⅠ序列的系统进化树显示有多个聚群。     

魁蚶(Scapharca broughtonii)不同地理群体的遗传多样性及种群结构

采用PCR技术扩增了中国山东胶南、长岛、蓬莱、荣成和韩国统营5个地理群体魁蚶(Scapharca broughtonii)样本的COⅠ、12S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因部分序列，分析了魁蚶5个地理群体的遗传多样性和系统进化关系。经测序拼接、剪接后，分别获得67条776 bp的COⅠ序列、72条443 bp的12S rRNA序列、75条909 bp的18S rRNA序列和75条894 bp的28S rRNA序列。序列分析结果显示，5个群体75个个体的COⅠ序列中共检测到466个多态位点，32种单倍型，单倍型多样性指数为0.925，核苷酸多样性指数为0.086；12S rRNA序列中共检测到292个多态位点，43种单倍型，单倍型多样性指数是0.928，而核苷酸多样性为0.0856；在18S rRNA序列中，5个群体都表现出丰富的遗传多样性，共有74种单倍型，909个多态位点，单倍型多样性指数为1.0，核苷酸多样性指数为0.717，其中胶南群体变异位点最多、多样性最丰富；通过对28S rRNA部分序列的分析发现，75个个体共检测到27个多态位点，18种单倍型，单倍型多样性指数为0.778，核苷酸多样性指数为0.289，蓬莱群体多样性最丰富。遗传距离分析结果表明，韩国群体与其他4个群体的遗传距离较大；基于COⅠ序列的系统进化树显示有多个聚群。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

4 种大型水母类ITS-5.8S rDNA 序列分析及其在钵水母类系统分析中的应用

由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析并构建系统树,分析ITS1序列片段在大型水母种类鉴定方面的可行性及其在钵水母类系统及演化中的应用。结果显示,4种水母的ITS-5.8S rDNA序列变异较大且具有明显的序列长度多态性,序列长度范围675~833 bp。钵水母纲很多种类的ITS1序列具有种内长度多态性现象,这种长度多态性主要是由于微卫星重复次数不同所造成的。钵水母纲科间遗传距离为0.295~0.491,种间遗传距离为0.024~0.812;除白色霞水母和海蜇外,种内个体间遗传距离为0.000~0.099。采用ML法(maximum likelihood)和贝叶斯法(Bayesian)构建的分子系统树拓扑结构不完全相同且与形态分类学的观点不太一致。研究表明,ITS基因序列在钵水母纲不同阶元间变异较大,适合于钵水母纲种类鉴定和属内种间水平的系统进化研究。     

6个不同海域文蛤地理群体的亲缘关系分析

为探究中国辽东半岛海域(辽宁群体)、长江口及其两翼海域(江苏群体)、台湾海峡西部海域(福建群体)、珠江口及其两翼海域(广东群体)、北部湾海域(广西群体)以及日本伊势湾海域(三重群体)6个不同海域文蛤(Meretrix meretrix)地理群体的亲缘关系,采用18S rRNA基因、线粒体细胞色素氧化酶c亚基Ⅰ(COⅠ)及16S rRNA基因3种分子标记进行序列测定与分析。测序结果显示,3种基因序列长度分别在1 854、658、596 bp左右;18S rRNA基因碱基组成无偏异,序列较为保守;COⅠ与16S rRNA基因A+T平均含量明显大于G+C含量,符合线粒体基因组成特征。通过Meg Align软件比对6个地理群体文蛤,序列相似百分比分别为99.7%~100.0%(18S)、91.7%~99.8%(COⅠ)、90.2%~99.8%(16S),其中三重文蛤序列差异最大;以文蛤属的帘文蛤(Meretrix lyrata)作外群,采用MEGA 5.03软件中相邻连接法(NJ)构建系统发育树显示,我国沿海5个文蛤群体聚为一枝且与日本三重文蛤分开,自展值分别为67%(18S)、99%(COⅠ)、98%(16S);我国沿海5个文蛤群体中,辽宁、江苏、福建文蛤群体首先聚在一起,其次是广西文蛤群体,最后是广东文蛤群体。研究结果表明,辽宁、江苏、福建文蛤群体同源性较高,亲缘关系最近;广西文蛤群体、广东文蛤群体与我国其它文蛤群体间遗传差异较大,地理遗传分化明显;而日本三重文蛤与我国沿海文蛤可定为文蛤的2个地理亚种。     

额尔齐斯河银鲫寄生指环虫18S rDNA序列测定及 系统发育研究

为验证依靠形态鉴定的指环虫种类的正确性,进行了分子生物学鉴定,并研究了系统发育。2009-2014年在额尔齐斯河采集的银鲫(Carassius auratus gibelio)鳃部的指环虫,依靠形态鉴定为坏鳃指环虫(Dactylogyrus vastator)和伸展指环虫(Dactylogyrus extensus)。18S rDNA序列与Gen Bank中18S rDNA序列同源性比较结果,坏鳃指环虫同源性为99.36%(457/460),碱基转换率为0.65%(3/460);伸展指环虫同源性为100%(472/472)。用MEGA4.1软件分析和计算3科8属19种单殖吸虫18S r DNA序列的遗传距离。3个科单殖吸虫种类的种间遗传距离0.006~0.238,指环虫科的遗传距离0.007~0.047,指环虫科与锚首虫科的遗传距离0.097~0.182,指环虫科与鳞盘虫科的遗传距离0.164~0.235。系统发育研究结果,坏鳃指环虫和中间指环虫首先聚为一支,然后与伸展指环虫聚为一支,最终指环虫科的所有虫种聚为一支。研究结果同时也为额尔齐斯河人工养殖银鲫的病害防治提供依据。     

不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。     

小头鲔寄生鳍缨虫的分离及鉴定

海南陵水小型金枪鱼驯养基地在小头鲔(Euthynnus affinis)养殖过程中发现有寄生虫附着现象,文章对小头鲔寄生虫进行了分离、形态观察及18S、28S rRNA分子鉴定。结果显示,经18S rRNA分子鉴定,该寄生虫与Branchiomma sp.相似性为99.13%;而28S rRNA显示,该寄生虫与黑斑鳍缨虫B.nigromaculatum相似性为100%,与Branchiomma sp.(EF116223.1)相似性为99.12%。形态观察发现,该寄生虫虫体呈墨绿色、棕黄色或红棕色,具鳃冠,全长30~90 mm,寄生于小头鲔鳃弓后缘的体表及胸鳍中后部。该寄生虫由鳃冠、胸区和腹区组成,无钙质管,其消化道包括口、口腔、咽、肠、肛门等,与黑斑鳍缨虫存在少许生活习性和形态差别。因此,该寄生虫是否为鳍缨虫属(Branchiomma)、黑斑鳍缨虫(B.nigromaculatum),仍需进一步验证。该虫附着于小头鲔体表后,小头鲔摄食量明显下降,游泳速度加快,易受惊吓。采用甲醛浸泡具有良好的去除效果,去除后小头鲔成活率为75.9%。     

Cyt b和12S rRNA基因条形码在灯笼鱼科鱼类物种鉴定中的应用

灯笼鱼科鱼类种类繁多, 且同属鱼类形态学相近, 因此利用分子标记对灯笼鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。为探讨线粒体细胞色素 b 基因(Cyt b)和 12S rRNA 基因在灯笼鱼科物种鉴定中的适用性, 对西北太平洋采集的 56 尾灯笼鱼进行扩增, 并进行序列对比与系统发育分析。研究表明, 采集的样本包括 6 种灯笼鱼, 分别为瓦氏角灯鱼(Ceratoscopelus warmingii)、长体标灯鱼(Symbolophorus californiensis)、粗鳞灯笼鱼(Myctophum asperum)、 细泰勒灯鱼(Tarletonbeania crenularis)、日本背灯鱼(Notoscopelus japonicus)以及某背灯鱼属鱼类(Notoscopelus sp.)。 核苷酸多态性分析显示, 基于 Cyt b 基因的种内与种间遗传距离比基于 12S rRNA 基因的更大。比较灯笼鱼科 2 种基因序列的结构特征, 发现 Cyt b 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 25 倍, 12S rRNA 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 26 倍, 均符合作为 DNA 条形码的基本要求。系统进化分析显示, 每种灯笼鱼均能形成独立分支, 2 个基因均能对 6 种灯笼鱼类进行鉴别; 但在 Cyt b 基因构建的进化树中, 每种鱼类能更好与数据库中已有的序列进行聚类。综上所述, Cyt b 和 12S rRNA 作为 DNA 条形码可以有效地对灯笼鱼科鱼类物种进行鉴定, 且 Cyt b 基因在系统进化关系的研究上具有更高的适用性。     

云南淡水水母一新种（淡水水母目：笠水母科、桃花水母属）

本描记采于云南省路南县黑龙潭水库的桃花水母属一新种－云南桃花水母，新种主辐触手显长于其他触手，缘膜窄，平衡囊呈“S”形管状，刺丝囊集成丛，呈不连续的环状或螺旋状，生殖腺大，三角袋状，黑色，可明显与所有已发现的种相区别。     

罗氏沼虾18SrRNA基因生物素标记探针的制备及应用

探针(probe)是带有标记的特定DNA(RNA)片段,是核酸杂交鉴定特定基因以及研究特定基因组织表达的重要工具[1]。PCR标记法是近年来发展起来的酶促标记基因探针的方法之一[2]。常用的标记物有放射性物质(如γ 32P)和非放射性物质(地高辛,生物素,荧光素等)[2]。在非放射性的标记物质中,生物素由于具有较高的化学稳定性和使用安全等优点而受到瞩目[3]。在研究特定基因组织表达的过程中,由于仪器精确度限制和操作误差等因素,使用于杂交的各样品上样量难以达到绝对一致。如没有内参照杂交信号间的可比性就会降低而影响实验结果的可靠性。脊…     

Characterization of bacterial community composition in rotifer cultures under unexpected growth suppression

Unexpected growth suppression is common in rotifer mass culturing, and bacteria present in culture tanks are believed to be one of the main causes. We used a polymerase chain reaction (PCR)-amplified 16S ribosomal RNA (rRNA) gene finger-printing method to determine the bacterial community composition in water and that in association with rotifers present in tanks when rotifer growth was suppressed. Bacterial 16S rRNA genes representing Nautella sp. and Marinomonas sp. were identified as dominant in control tanks with good rotifer growth. In contrast, the bacterial community composition was more diverse at start-up in tanks where rotifer growth was suppressed. The community composition changed during rotifer cultivation, and bacterial sequences representative of Ruegeria sp. and Hyphomonas sp. were dominant when rotifer growth recovered. These findings indicate that the bacterial community composition varied according to the rotifer growth conditions and suggest that the initial microbial flora present in the culture water may cause rotifer growth suppression.     

我国不同地理群体栉江珧遗传多样性及系统发生分析

利用通用引物对5个栉江珧野生群体(山东长岛、山东日照、山东文登、广东湛江和海南海口) 28S rRNA 和COI 基因片段进行扩增测序,分别得到983bp和623bp的片段,基于28S rRNA序列分析系统发生的结果表明,栉江珧与Atrina vexillumju具有较近的遗传关系。基于COI基因序列的遗传多样性分析结果显示,山东文登群体具有最高的遗传多样性水平。AMOVA分析显示,群体遗传分化系数为0.132 3(P<0.001),说明栉江珧遗传变异主要来源于群体内的变异。由28S rRNA和COI基因聚类分析结果推测,由于地理隔离,我国栉江珧南北方群体可能早已分化为不同亚种。这些数据为我国栉江珧种质资源保护和利用补充了分子生物学资料。     

一株病原发光杆菌的分离与鉴定

从三疣梭子蟹育苗场发病且大量死亡的大眼幼体中分离到优势生长的菌株SX1,人工感染试验证明,SX1对健康三疣梭子蟹大眼幼体及Ⅲ期幼蟹有较强的致病性;对菌株SX1进行了形态特征、理化特性等表型生物学特性检验,并进行了菌株SX1的16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因的同源性检索与系统发育学分析。结果显示,菌株SX1具有发光杆菌属的特征,且16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因序列均与发光杆菌具有较高的同源性,在系统发育树中与Photobacteriumganghwense聚为一个分支,自举数据值达100%。综合菌株SX1的形态特征、理化特性及3种基因的同源性检索与系统发育学分析,研究表明菌株SX1与P.ganghwense亲缘关系更近,鉴定SX1为P.ganghwense且为本次引起三疣梭子蟹大眼幼体大量死亡的病原菌。     

金藻3011和8701与球等鞭金藻的18S rRNA基因研究

对金藻3011和8701的18S rRNA基因序列进行测定,分别获得1695 bp和1684 bp的DNA序列。应用DNAMAN,DNAstar和RnaViz 2.0生物软件,将获得的DNA序列与球等鞭金藻的18S rRNA基因序列进行DNA序列和RNA二级结构对比分析。DNA序列分析显示,三者的18S rRNA基因序列非常保守,相似性在99.5%以上,三者应同为球等鞭金藻;RNA二级结构分析显示,三者的RNA二级结构既存在球等鞭金藻种的特异性茎环结构,又存在明显的差异,并且从相近水域(山东)分离出来的3011和8701相对于采自挪威水域的球等鞭金藻具有更大的结构相似性;相对于3011,8701可能与球等鞭金藻具有更高的同源性。由此可见,单纯的18S rRNA基因序列分析可能不适用于球等鞭金藻种下水平的研究,但是其RNA二级结构分析对球等鞭金藻的物种鉴定,甚至是种下地理株的研究都具有非常重要的意义。