鱼类育种实践中的个体标记技术

本文对鱼类育种实践中所采用的鱼类个体标记方法及其优、缺点进行了综述。鱼类个体标记主要有外标和内标两种方式,每种标记方式中又有不同的具体方法。外标法主要包括鼻签、剪鳍、挂牌、烙印等,具有简便易行、成本较低等优点,但标记的保留率相对较低;内标法有染料标记、放射性同位素标记、荧光色素可见标记和被动整合雷达标记等,内标法的标记保留率较高,但成本也较高。内标法在标记效率和个体存活率上比外标法要好。     

基于荧光定量PCR的鳜传染性脾肾坏死病毒滴度检测方法

针对传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)的ORF007基因,设计特异性引物及TaqMan探针,建立了ISKNV的实时荧光定量PCR方法。采用CPE法对连续10倍稀释的ISKNV培养液的滴度进行了测定,同时采用荧光定量PCR法测定病毒拷贝数。结果显示,荧光定量PCR测定的病毒拷贝数与CPE法测定的病毒滴度具有良好的线性关系,其线性方程为y=1.076x+0.545(R2=0.998 6),其中y为基因组拷贝数浓度的对数,x为病毒滴度TCID50的对数。研究表明,荧光定量PCR法可替代CPE法应用于ISKNV疫苗抗原的定量,大大缩短了疫苗制备的时间,为疫苗生产提供了方便。     

实时定量PCR技术及其在水生动物研究中的应用

多聚酶链反应(PCR)研究与应用的飞速发展使其成为分子生物学实验室重要的工具,实时定量PCR(Real-time quantitative PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术,该技术以其特异性强、灵敏度高、速度快、污染少等优点,促进了PCR技术的发展.实时定量PCR技术在水生动物研究中有着广泛的应用,目前主要集中在病原体检测、定量分析以及基因表达差异等方面.本文对实时定量PCR技术的原理、特点及5种主要的荧光化学作一介绍,对其目前在水生动物研究中的应用进行了概述,并探讨了该技术存在的问题和应用前景.     

杂交鳢(斑鳢♀×乌鳢♂)弹状病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种能在临床上快速、准确检测杂交鳢弹状病毒(HSHRV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,利用PCR技术扩增HSHRV-C1207 G蛋白的全长序列,构建重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品,根据HSHRV-C1207 G蛋白的保守序列,设计合成了一对能特异性扩增143 bp片段的引物和TaqMan探针,以标准品为模板建立HSHRV的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏度、可重复性和特异性进行评价。结果显示:建立的荧光定量PCR检测方法标准曲线有较好的线性关系,相关系数(R2)为0.999,斜率为-3.290;荧光定量PCR最低可以检测到10个病毒核酸分子拷贝,而传统PCR方法最低可检测到1×103个拷贝;38个平行样品重复性实验组内变异系数为0.84%;对其他6种水产养殖常见病毒均无扩增反应。应用该方法对采集的21份患病鳢样品进行检测,其中18份为阳性,与细胞分离和电镜观察结果相同;以传统PCR方法检测同样的样品,仅13份为阳性。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,能较好的用于临床HSHRV的检测,对病毒病原定量检测与杂交鳢弹状病毒病的快速诊断具有重要意义。     

2种抗雌激素药物对雄性中华鳖脂代谢的影响

为探究缺乏雌激素对雄性中华鳖脂代谢的影响，通过腹腔注射不同剂量的芳香化酶抑制剂和雌激素受体拮抗剂，检测芳香化酶基因(Cyp19a1基因)、脂代谢相关基因的表达差异及肝脏组织学差异。组织切片染色结果显示，雌激素受体拮抗剂处理后，肝脏着色加深，表明肝脏产生脂肪堆积，且呈剂量效应。实时荧光定量PCR结果显示，雌激素受体拮抗剂处理1 d后，随着剂量的增加，Cyp19a1基因的表达量显著降低(P<0.05),但4 d后和42 d后显著升高(P<0.05);脂肪酸合成酶基因(Fas基因)、脂肪沉积相关基因(Scd和Pparγ基因)与脂肪分解相关基因(Stat3基因)表达量在雌激素受体拮抗剂处理42 d后显著升高(P<0.05)。低剂量芳香化酶抑制剂处理49 d后，Cyp19a1基因表达量显著升高(P<0.05),高剂量组表达量显著降低(P<0.05);Fas基因随剂量增加表达量呈升高趋势，处理后49 d高剂量组表达量降低；处理后49 d,处理组Pparγ基因和Bmp4基因的表达量呈降低趋势，高剂量组Scd基因表达量升高。定量结果表明，雌激素代谢紊乱会导致脂代谢失调，并...     

猪圆环病毒2型快速检测方法研究进展

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)可以引起猪生殖和呼吸道疾病、断奶仔猪综合征、皮炎和肾炎等，给全球养猪业造成了严重的经济损失。快速、精准的检测方法对该病毒的防控尤为重要。对近年来国内外已发表的PCV2快速检测方法的原理、特点及检测应用进行综述，主要介绍了基于PCR的检测方法(常规PCR、巢式PCR、荧光定量PCR、多重PCR、纳米PCR、数字PCR及其他基于PCR的方法)、核酸等温扩增技术(环介导等温扩增、重组酶介导等温核酸扩增、重组酶聚合酶扩增)、基因芯片、原位杂交、液相芯片系统以及免疫学检测方法(免疫层析技术、酶联免疫吸附试验、琼脂扩散试验、斑点测点法、表面等离子体共振技术)。此外，也对相关方法的未来发展方向进行了展望，以期为我国有效防控PCV2传播和感染提供科学而全面的参考。     

白斑综合征病毒(WSSV)3种PCR检测方法的灵敏度比较

为了探讨不同PCR检测方法的灵敏度,分别利用TaqMan实时定量PCR、世界动物卫生组织(OIE)公布的巢式PCR引物(简称OIE)、黄海水产研究所种质资源与工程育种研究室(GB)设计的引物(简称GB)及2种巢式PCR对应的一步法PCR,对具有不同白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)含量的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)样品进行检测.结果显示,当使用已知病毒含量的标准品进行检测时,TaqMan实时定量PCR方法可以检测到l0个WSSV拷贝;OIE巢式PCR与GB巢式PCR方法分别可检测到104和103个WSSV拷贝;单独使用OIE巢式PCR的外引物和内引物扩增时,分别可检测到5×104和2.5×104个WSSV拷贝;单独使用GB巢式PCR的外引物和内引物进行一步法PCR扩增时,分别可检测到104和5×103个WSSV拷贝.使用上述PCR方法分别对44份未知WSSV含量的样品进行验证,定量PCR方法检测阳性率为84.09%,OIE巢式PCR与GB巢式PCR方法检测的阳性率分别为18.18%和27.27%;单独使用OIE巢式PCR的外引物和内引物扩增检测的阳性率均为15.91%;单独使用GB巢式PCR的外引物和内引物扩增检测的阳性率分别为18.18%和20.45%.根据以上结果,PCR方法检测WSSV的灵敏度由高到低依次为:定量PCR、巢式PCR、一步法PCR.     

荧光定量PCR技术应用综述

实时荧光定量PCR技术是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。该技术具有范围宽、敏感性高、精确度高等优点,是迄今为止定量最准确,重现性最好的定量方法,其应用领域越来越广泛。研究表明,应用实时荧光定量PCR技术,可以快速、准确、特异性地对猪链球菌2型、炭疽杆菌、空肠弯曲菌、猪繁殖与呼吸综合征病毒、弓形虫等细菌、病毒性病原及食品微生物进行检测、鉴定;可以用于食源性微生物、食品过敏源、转基因食品、乳品等检测。荧光定量PCR技术也可用于肿瘤早期诊断、分型、分期和预后判断。     

荧光实时定量PCR技术及其在水产养殖研究中的应用

荧光实时定量PCR技术是近年来快速发展起来的一门新技术,它是核酸探针技术、荧光共振能量传递技术(Fluorescence Resonance Energy Transfer,FRET)和PCR技术的有机结合。与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高、能较准确定量等特点。本文综述了荧光实时定量PCR技术的基本原理及几种广泛应用的荧光化学方法,并概述了荧光实时定量PCR技术在水产养殖研究领域的应用现状,并对荧光实时定量PCR技术的应用前景进行了展望。     

泰国斗鱼Dmrt1基因的部分cDNA克隆及表达分析

Doublesex和Mab-3相关转录因子1(Dmrt1)隶属于DMRT家族,在脊椎动物性别决定、性别分化和性腺发育中具有重要作用。利用RACE克隆技术从泰国斗鱼脑中克隆Dmrt1基因的部分cDNA序列,分别采用半定量PCR和实时荧光定量PCR检测Dmrt1基因的组织分布和胚胎发育过程的表达变化。试验结果显示,克隆的泰国斗鱼Dmrt1基因的部分cDNA序列长为1037 bp,其中开放阅读框长为798 bp,编码265个氨基酸残基;进一步构建Dmrt1系统进化树,结果显示,泰国斗鱼与龟壳攀鲈亲缘关系最近;半定量PCR和实时荧光定量PCR结果显示,Dmrt1基因的表达具有明显的组织特异性及性别差异,在雄性个体中,Dmrt1基因在精巢和脾脏中特异表达,而在雌性个体中,Dmrt1基因在心脏中高表达,其次在脑、垂体、脾脏、肌肉、肾脏和肠道中也有少量表达,但未在性腺和肝脏中表达。在胚胎发育过程中,Dmrt1基因在受精卵的表达水平最高,而在原肠胚至心跳期表达量较低。Dmrt1可能在调控泰国斗鱼的雄性个体的生殖发育过程中发挥着重要作用。     

Development of improved PCR to prevent false positives and false negatives in the detection of Tetracapsula bryosalmonae, the causative agent of proliferative kidney disease

Proliferative kidney disease (PKD) is an economically significant disease caused by the myxozoan parasite Tetracapsula bryosalmonae. Polymerase chain reaction (PCR) protocols using primers specific for the small subunit ribosomal RNA (18S rDNA) gene of the parasite enable detection, however, false positive and negative results can render detection inconclusive. In this study a decontamination protocol was developed, using hydroxylamine hydrochloride (H), to prevent false positives by blocking re‐amplification of carry‐over contaminants. A mimic molecule was also developed and used as a competitive internal standard coamplified with target DNA in PCRs, revealing both true and false negatives. The sensitivity of one new and two existing primer sets was assessed with all primers detecting DNA equivalent to at least eight parasite cells per gram of tissue. This improved PCR protocol canprovide more reliable testing for T. bryosalmonae.     

洪湖碘泡虫PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出率提高了19.5%。结果表明,该PCR方法特异、灵敏,适用于洪湖碘泡虫的快速检测。     

拟穴青蟹不同发育时期胚胎基因表达的内参基因的筛选

为获得适用于研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)不同发育时期胚胎基因表达的内参基因,本研究采用3个内参基因筛选软件geNorm、NormFinder及BestKeeper对微管蛋白α1A(Tuba1a)、核糖体蛋白L13(Rpl13)、泛素(UBQ)、核糖体蛋白S6激酶(Rps6)、精氨酸激酶(Ak)、3-磷酸甘油脱氢酶(gapdh)、28S核糖体RNA(28S)、18S核糖体RNA(18S)和延伸因子1A基因(EF-1α)等9个常用候选内参基因在拟穴青蟹不同发育时期胚胎的表达稳定性进行分析。geNorm分析表明, EF-1α和Rpl13的表达稳定性最高,并且采用2个内参基因同时校正目标基因的定量结果可以达到最优效果; NormFinder分析表明, gapdh和EF-1α是9个候选内参基因中表达最稳定的; BestKeeper分析表明,gapdh的标准偏差和变异系数是9个候选基因中最低的。综合3个内参基因筛选软件,可以选用EF-1α,或选用EF-1α和gapdh双内参同时校正拟穴青蟹不同胚胎发育时期各基因的表达情况。     

巢式PCR法鉴定猪早期胚胎性别的研究

根据猪SRY基因序列设计合成2对巢式PCR引物作为性别鉴定引物,根据猪β-珠蛋白基因序列设计了一对引物作为内标引物建立了猪胚胎性别鉴定的PCR反应体系。公猪可以扩增出187bp的SRY基因片段和255bp的β-珠蛋白基因片段,母猪只能扩增出255bp的β-珠蛋白基因片段。由于巢式PCR只需3～8个细胞就可以在紫外灯下看到扩增结果,而常规PCR则需要较多的细胞,所以胚胎性别鉴定时使用巢式PCR效果更好。     

罗氏沼虾18SrRNA基因生物素标记探针的制备及应用

探针(probe)是带有标记的特定DNA(RNA)片段,是核酸杂交鉴定特定基因以及研究特定基因组织表达的重要工具[1]。PCR标记法是近年来发展起来的酶促标记基因探针的方法之一[2]。常用的标记物有放射性物质(如γ 32P)和非放射性物质(地高辛,生物素,荧光素等)[2]。在非放射性的标记物质中,生物素由于具有较高的化学稳定性和使用安全等优点而受到瞩目[3]。在研究特定基因组织表达的过程中,由于仪器精确度限制和操作误差等因素,使用于杂交的各样品上样量难以达到绝对一致。如没有内参照杂交信号间的可比性就会降低而影响实验结果的可靠性。脊…     

黄金鲫温和气单胞菌鉴定及溶血素基因检测

采用常规的培养特征、理化特性及分子生物学的方法,从患病的黄金鲫体内分离到的优势菌YD-1进行了回感试验、表观生物学、药敏试验及毒力因子检测等系统性研究。结果表明,该菌在盐度1-3%、PH4-9,温度10-30℃的营养肉汤培养基中均能生长。该菌株16S rRNA基因序列（GenBank收录号: KC561935, 长度1446bp）和gyrB基因序列（GenBank收录号: KC561934, 长度1169bp）分别与其他气单胞菌属细菌的基因同源性相思似在97%-99%之间,构建系统发育树确定该菌株为温和气单胞菌(Aeromonas sobria)。人工回感试验可引起健康银鲫死亡。对该菌毒力因子进行检测,可扩增出溶血素基因片段。药敏试验显示：该菌对多粘菌素、头孢呋辛、米诺环素、复达新、菌必治、新霉素等6种药物敏感。     

应用PCR方法检测患“黄水病”锯缘青蟹中的血卵涡鞭虫

"黄水病"是目前锯缘青蟹养殖过程中的主要疾病之一,病蟹主要症状表现为肌肉白浊,体液呈土黄色或浊白色牛奶状。因该病流行范围广、发病率和死亡率高,给青蟹养殖业主造成巨大经济损失,严重地影响了青蟹养殖的健康发展。本研究从病蟹体液中发现大量疑似血卵涡鞭虫的寄生原虫,应用已建立的梭子蟹血卵涡鞭虫病的PCR检测方法对患"黄水病"青蟹进行检测。结果从患病青蟹组织的DNA中扩增出产物大小为585bp的特异性目的片段,经序列分析比较,与三疣梭子蟹上发现的血卵涡鞭虫的序列同源,同源性达99.7%。综合病原流行病学调查、组织病理学、电镜观察等分析结果,初步确定血卵涡鞭虫是引起养殖青蟹"黄水病"的重要病原。     

三倍体虹鳟实时荧光定量PCR内参基因稳定性分析

采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(gapdh)、核糖体大亚基蛋白基因(rplp2)、真核延伸因子基因(ef1-α)、β-肌动蛋白(β-actin)和18S核糖体核酸基因(18S rRNA)等5个候选内参基因在体质量约800 g三倍体虹鳟脑、眼、鳃、皮肤、心脏、肾脏(头肾、中肾、后肾...     

缩骨鲫MSTN基因的克隆与组织表达分析

采用同源克隆、生物信息学方法及荧光定量PCR(Real-time PCR)对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因进行克隆,分析和组织表达状况研究。结果显示:缩骨鲫基因组MSTN基因全长4 737 bp,含有两个内含子和三个外显子;编码区长度为1 128 bp,编码375个氨基酸,包括信号肽(1aa~23aa),TGF-β前肽保守区域(34aa~256aa),TGF-β功能区(281aa~375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位点以及C-端活性区域9个保守的半胱氨酸残基,这与其他物种MSTN相似。此外,缩骨鲫与鲫鱼(Carassius auratus)的MSTN氨基酸序列同源性最高,达到96.1%。以β-actin为内参基因,荧光定量PCR分析表明,MSTN在肌肉中表达量最高;脑、眼、心脏中次之;在肝胰脏、卵巢、肠和肾脏中微量表达。     

PCR结合变性高效液相色谱快速检测发酵乳酸杆菌

采用多聚酶链式反应结合变性高效液相色谱技术建立了发酵乳酸杆菌的快速检测方法.以编码发酵乳酸杆菌Lactobacillus fermentum延伸因子(EF-Tu)基因为靶基因设计引物,优化PCR体系,以加氏乳酸杆菌等26株试验菌株做特异性检测;并将标准菌株稀释成不同梯度,做灵敏度检测.试验结果表明,该方法有很好的特异性,且灵敏度高,检测限可达到100CFU/ml.