虾虎鱼科(Gobiidae)基因组微卫星DNA的分布特征

为了解虾虎鱼科(Gobiidae)鱼类基因组遗传结构特征，本研究自主开发矛尾复虾虎鱼(Synechogobius hasta)微卫星序列153条，结合从 GenBank 中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列535条，合计686条微卫星序列，隶属于19种虾虎鱼，序列总长度为295062 bp，包含473个微卫星位点，微卫星位点累计长度为33370 bp。统计微卫星重复类型，发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多，位点数为361个，占总微卫星的76.32%，其中，重复拷贝类别最多的是 AC (340个)，占全部微卫星的71.88%，占二碱基重复微卫星的94.18%，在二碱基重复类型中没有发现 AT 和 GC 两种重复类型。三碱基重复位点数为35个，占总微卫星的7.4%，其中以 ACT 重复拷贝类别最多(12个)，占三碱基重复微卫星的34.29%。四碱基重复位点数为68个，其中以 CTAT 重复最多(31个)，占总微卫星的14.38%。五碱基重复类型中只有 TCTGG和 ATCTA 两种类型，只占全部微卫星的0.42%。六碱基重复7个，占总微卫星的1.48%，六碱基重复中各重复类型出现次数相当。在所有微卫星重复类型中没有发现单核苷酸重复类型。     

三疣梭子蟹基因组微卫星特征分析

对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1～6bp重复)697个.统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复1个,占1.43%.在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A:两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和AAT;四碱基重复类型中,AGAC重复数目最多;五碱基重复类型中,以AACCT重复拷贝类别最多;六碱基重复中以AGGGGA重复数目最多.GC重复拷贝类别的重复数目很少,只发现1个(GenBank注册号为EU113241).     

绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征

绒杜父鱼(Hemitripterus villosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类, 近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息, 开发基因组范围内遗传标记, 以期为资源管理和保护工作提供参考, 本研究对绒杜父鱼开展全基因组 survey 分析, k-mer 分析表明绒杜父鱼基因组大小约为 713.18 Mb, 杂合率为 0.26%, 重复序列的比例为 38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50 和 Scaffold N50 分别为 7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内, 总共检测到 583498 个微卫星位点, 相对丰度为 1010 个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%), 单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是 AC/GT 和 AGG/CCT 类型, 微卫星重复拷贝数主要集中在 5~17 次。研究结果表明, 绒杜父鱼基因组为简单基因组, 可以用“Illumina+PacBio+Hi?C”的测序策略组装出高质量全基因组序列, 而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。     

目前我国斑点叉尾鮰产业趋势分析与应对新检测规程的措施

正一、我国斑点叉尾鮰产业趋势分析1.2016年我国斑点叉尾鮰养殖分布与产量预测(1)2016年商品饲养的鱼种数量来源2015年全国斑点叉尾鮰孵化鱼苗近12.5亿尾(其中湖北省约11亿尾),鱼苗成活数量为9.7亿,培育鱼种约为6.8~7.1亿尾,目前进入商品饲养初期时因病害大约损失近0.45亿尾。实际全国进行商品饲养的鱼种数量约为6.5~6.8亿尾。     

斑点叉尾鮰基因组的研究

作为重要的水产养殖种类之一,斑点叉尾(IctalurusPunctatus)的基因组学研究已经取得了较大进展。其众多遗传连锁图以及与表型性状有关的DNA分子标记和基因组资源已经建立;基因组中一些重要的重复片段,已经得到鉴定和辨别,这更有利于对斑点叉尾鮰基因组进行物理学分析;通过基因组学方法,获得了大量基因或全长cDNA序列、以及基因进化和与功能相关基因表达方面的信息。利用细菌人工染色体叠连群技术,创建斑点叉尾鮰基因组物理图谱,开发特定片段分子标记,进行数量性状基因位点(QTLs)分析和高密度基因组绘图。通过比较图谱,可以更有效地进行大范围EST分析和I型分子标记绘图。cDNA微阵列或基因芯片技术的利用,加快新基因发现和鉴定的步伐,为分子标记辅助育种和病害诊断与防治研究奠定了坚实基础。     

提高斑点叉尾(鮰)亲鱼产卵量和产卵率关键技术

斑点叉尾(鮰)亲鱼产卵量和产卵率决定了孵化鱼苗数量和养殖规模,但在斑点叉尾(鮰)实际养殖过程中,亲鱼产卵量和产卵率往往不稳定,时高时低,严重影响斑点叉尾(鮰)鱼苗生产计划.     

斑点叉尾(鮰)“江丰1号”新品种池塘两种模式养殖试验

斑点叉尾(鮰)又称美洲鲶、沟鲶,原产美国,具有适应性强、肉质鲜美、生长快等特点,尤其适合加工生产.2007年我国农业部渔业局针对我国斑点叉尾(鮰)养殖过程中种质性能退化、良种系统选育未开展等问题,开展了我国斑点叉尾(鮰)良种选育工程,江苏省淡水水产研究所作为该项目的实施单位,从2007年开始进行斑点叉尾(鮰)选育工作,经过6年努力,成功培育出了斑点叉尾(鮰)“江丰1号”新品种(品种登记号:GS-02-003-2013).     

穿心莲对斑点叉尾鮰消化酶活性的影响

为研究穿心莲(Andrographis paniculata)对斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)消化酶活性的影响,试验选取平均体重为(5.92±0.63)g的健康斑点叉尾鮰270尾,随机分成9组(G0、G1、G2、G3、G4、G5、G6、G7、G8组),每组设3个重复,每个重复10尾鱼,每组分别投喂...     

斑点叉尾鮰肠道败血症的病因分析与防治技术

<正>斑点叉尾鮰肠道败血症(Enteric Septicemia of Catfish,ESC)由鮰爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)感染所致,是斑点叉尾鮰的一种高致死率的传染性疾病。该病于1976年由美国奥本大学学者在阿拉巴马州和乔治亚州发现,并于1981年确定其病原为鮰爱德华氏菌。斑点叉尾鮰肠道败血症给斑点叉尾鮰养殖业造成了严重的经济损失,据报道,由于肠道败血症每年给美国斑点叉尾鮰产业带来的损失达一千多万美元。2000年,ESC被OIE列为斑点叉尾鮰两种重要疫病之一。我国自1984年引进斑点叉尾鮰以来,斑点叉尾     

斑点叉尾鮰常见疾病及防治药物

斑点叉尾鮰(Ictalurus Punctatus(Rafinesque)亦称沟鲶(Channel Catfish),属于鲶形目(Siluriformes)、鮰科(Ictaluridae)鱼类。斑点叉尾鮰天然分布区域在美国中部流域、加拿大南部和大西洋沿岸部分地区,以后广泛地进入大西洋沿岸,现在基本上全美国和墨西     

瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究

文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据.利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO(Gene O...     

棘头梅童鱼中期染色体物理长度的估测

棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）是我国重要的海洋经济鱼类之一，具有特别的多性染色体系统（X1X1X2X2/X1X2Y)。本研究使用流式细胞术（flow cytometry，FCM）首次估测了棘头梅童鱼基因组的大小，并利用碘化丙啶染色与图像分析软件测定棘头梅童鱼24对染色体的相对面积、相对长度以及相对累积荧光强度，估算了染色体的物理长度。结果显示，雌性和雄性棘头梅童鱼的基因组大小分别为802.91 ± 2.19 Mb和786.52 ± 1.95 Mb。雌性基因组显著大于雄性基因组（约16.39 Mb）。雌性的核型公式为2n = 48 = 48t，臂数NF = 48， 染色体估测物理长度在（22.17 ± 0.72） Mb ~ （46.30 ± 1.06） Mb之间。雄性的核型公式为2n = 47 = 1m + 46t，臂数NF = 48。其中，雄性特有的m染色体为Y染色体，其估测物理长度为（62.95 ± 2.89 ）Mb。染色体的估测物理长度与相对面积、相对长度均成正线性相关。研究结果为棘头梅童鱼染色体的识别、配对提供更丰富的信息，为棘头梅童鱼Y染色体的组装及石首鱼科鱼类染色体进化提供参考数据。     

方斑东风螺室内水泥池养殖研究

在35口面积均为30 m2的室内水泥池中,分7种规格、11个不同养殖密度组,共投放45.7万粒方斑东风螺苗进行养殖试验。经过151~216 d的养殖,共获商品螺2574.9 kg,平均单产2.5 kg/m2,平均规格146粒/kg(115~192粒/kg),成活率82.2%(48.4%~97.8%),饵料系数2.6。苗种规格为870~9200粒/kg的成活率较高且稳定,成活率超过86.5%,规格大于12170粒/kg的成活率明显下降,23400粒/kg的成活率仅为48.4%;投放密度为185.6~868.2粒/m2时,密度对养殖成活率影响不明显,但对养成规格影响较大,养殖密度超过542.6粒/m2时,生长速度明显下降。     

大黄鱼中期染色体面积和物理长度的测定

为获知大黄鱼染色体的物理长度,实验采用流式细胞术测定了大黄鱼基因组大小,并利用显微图像分析技术测定了大黄鱼24对染色体的面积和累积光密度(IOD),据此估算了大黄鱼染色体的物理长度。结果显示,大黄鱼基因组大小约为(725.25±14.65)Mb;染色体相对面积最小为2.26%±0.08%,最大为4.83%±0.08%;染色体相对IOD最小为1.80%±0.32%,最大为5.04%±0.15%;物理长度最小的是24号染色体,为(13.1±3.37)Mb,其他染色体的物理长度为(24.4±6.21)~(36.6±1.62)Mb。染色体的物理长度与相对面积、相对长度分别成正线性相关。其中,物理长度-相对面积的相关系数大于物理长度-相对长度。显微图像还显示,同一基因组中的染色体碘化丙啶(PI)着色不完全均一,非同源染色体间、部分同源染色体间以及染色体不同位置均存在荧光强度的差异。研究结果为大黄鱼染色体识别与配对提供了新的数量标记,也为深入解析大黄鱼基因组结构提供基础数据。     

洱海湖滨带大型底栖动物的群落结构

洱海是云贵高原第二大湖泊,拥有生物较为丰富的湖滨带和特有种,如螺蛳(Margarya melanioides)、绘环棱螺(Bellamya limnophila)。2009年5月和12月在洱海湖滨带开展调查,共采集到底栖动物30个分类单元;其中,寡毛类、摇蚊科幼虫和软体动物等主要类群为11种、7种和9种,分别占物种总数的36.7%、23.3%和30.0%,其它动物3种。在密度方面,群落结构以寡毛类为主,平均密度达488个/m2(占总丰度的89.7%),密度峰值出现在弥苴河口(7424个/m2);而在生物量方面则以软体动物占优势,平均生物量为67.26g/m2(占总丰度的91.4%)。按密度的平均相对丰度计算,霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)为第一优势种(平均相对丰度24.4%),其次为异腹腮摇蚊(Einfeldia sp.)(13.2%)、苏氏尾鳃蚓(Branchiura sowerbyi)(11.6%)和正颤蚓(Tubifex tubifex)(11.5%)。按生物量计算,圆田螺(Cipangopaludina sp.)为第一优势种(占总生物量的79.3%),其次为河蚬(Corbicula fluminea)(10.6%)和环棱螺(Bellamya sp.)(6.2%)。洱海的Shannon-Wiener指数平均为1.08,西岸比东岸的生物多样性指数要高。     

密度对网箱养殖硬头鳟生长及经济效益的影响

本文主要研究密度对网箱养殖硬头鳟Oncorhynchus mykiss存活和生长的影响。在水温8.2~19.1℃下,将体质量1.02 kg的硬头鳟鱼种养殖在5m×10m×6m网箱中,网箱放置在松花江上游的松山水库中,密度分别为5尾/m~2(Ⅰ组)、8尾/m~2(Ⅱ组)、11尾/m~2(Ⅲ组)和14尾/m~2(Ⅳ组),投喂粗蛋白含量为42%、粗脂肪22%的颗粒饲料,常规养殖。145d的养殖表明:网箱养殖的放养密度对硬头鳟的生长有一定影响。第Ⅳ组鱼的存活率显著低于其他3组(P0.05);放养密度为5~11尾/m~2时硬头鳟的生长与密度呈正相关,大于此密度范围则呈负相关。第Ⅲ组鱼的终末体质量、日增重、增重率、利润和利润率显著高于其余3组(P0.05);4个密度组硬头鳟的产量随放养密度增加而递增。本试验表明:网箱养殖硬头鳟的放养密度为11尾/m~2较适宜。     

草鱼全基因组微卫星特征分析与亲子鉴定

为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台,实验利用已发布的草鱼全基因组序列,开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记.结果显示,在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677363个,总长度12 835 407 bp,占全基因组长度的1.4254％,平均跨度为1...     

云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测

用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。     

易贡藏布江春季浮游生物群落结构特征研究

2017年4-5月对易贡藏布江的13个采样点进行了浮游生物调查。浮游植物计4门73种,各点密度变化范围为930-6840 个/L,生物量变化范围为2.124-13.21 xmg/L,易贡湖点密度及生物量最高,夏曲点密度及生物量最低；浮游动物计4门20种(属),各点密度变化范围为12-109.3个/L,生物量变化范围为1.08-12.56 xmg /L,易贡湖点密度及生物量最高,夏曲点密度最低,八盖曲点生物量最低。结果表明：易贡藏布江干流浮游动物的密度随着浮游植物密度的变化而变化,浮游生物密度随着海拔的上升而降低,浮游生物密度与水温和pH具有极显著相关性。     

长江干流安庆段浮游植物群落结构特征

为了解长江干流安庆段浮游植物群落结构特征,分别于2015年4月(春季)、7月(夏季)和9月(秋季)对长江干流安庆段浮游植物进行了调查。结果显示:本次调查共检出浮游植物5门22科33属54种(含变种)。以硅藻门种类最多,占总种数的46.30%;其次是蓝藻门和绿藻门,分别占24.07%和22.22%;黄藻门和甲藻门的种类相对较少,占5.56%和1.85%。优势种为蓝藻门的小颤藻(Oscillatoria tenuis)、极大螺旋藻(Spirulina maxima)、湖沼色球藻(Chroococcus minutus),绿藻门的小球藻(Chlorella vulgaris)、集星藻(Actinastrum hantzschii)以及硅藻门的尖针杆藻(Synedra acus)。浮游植物密度为1.228×10~4~33.002×10~4ind./L,均值为9.453×10~4ind./L;生物量为0.005~0.512 mg/L,均值为0.157 mg/L。密度和生物量最高值均出现在皖河口采样断面(7月)、最低值均出现在杨家套采样断面(4月)。研究结果表明:浮游植物密度和生物量在空间分布上差异均不显著,季节变化上则均表现出显著性差异。利用Shannon-Wiener指数和Pielou均匀度指数分析浮游植物群落结构特征,Shannon-Wiener指数变化范围为0.918~3.147,均值为2.539;Pielou均匀度指数变化范围为0.796~1.000,均值为0.893。Shannon-Wiener指数在空间分布和季节间均无显著性差异;Pielou均匀度指数在空间分布上无显著性差异,但在季节间变化上则表现出显著性差异。浮游植物多样性指数结果表明长江干流安庆段水质状况介于清洁型/β-中污型。