基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

利用SSR标记分析福建省选育福云半同胞系茶树品种遗传多样性

利用SSR分子标记技术对福建省选育的福云半同胞系茶树品种遗传多样性进行研究.通过18对SSR引物PCR扩增13个参试品种,共获得108条谱带,其中多态性谱带占67.59％.遗传相似系数分析发现,半同胞系品种间相似系数在0.75～0.91之间,而对照种相似系数在0.68～0.97之间,说明对照种遗传多样性比半同胞系更丰富.13个参试品种聚类结果表明,早春毫等3个对照种与其它品种遗传距离最远,同时这3个品种由于相互间的遗传距离较远而没有聚合成簇:剩余10个品种聚合成2组,其中5个半同胞系全部聚合于Ⅰ组,而母本福鼎大白茶与其它4个对照种聚合于Ⅱ组.从聚类图中进一步看出对照种的遗传多样性比半同胞系丰富.通过分析聚类结果与遗传相似系数发现遗传距离与品种间的地理距离、品种的亲本来源及品种性状特征具有重要的相关性.茶树遗传多样性分析为茶树分子标记辅助选择、茶树杂交育种及遗传改良提供依据,以及为茶树栽培选种及引种提供指导作用.     

基于荧光标记SSR的CID法快速鉴定福建茶树品种

茶树品种真实性鉴定是茶树种质资源研究的重要组成部分,是茶树品种知识产权保护的前提。在茶树基因组上按照均匀分布的原则选择45个SSR标记合成荧光标记引物,利用这些标记引物对54个福建无性系茶树品种进行PCR扩增,标记基因型分型后进一步筛选出9个SSR标记核心引物。这批核心引物的多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC)均大于0.5,等位位点数在3~5之间,基因型数在5~10之间,属于高度多态性引物且方便进行基因型数据统计,适宜用来进行无性系茶树品种的真实性鉴定。利用其中的6个标记核心引物建立了54个福建无性系茶树品种的品种鉴别图(Cultivar identification diagram,CID),该CID能直观地提供对其中任意品种进行鉴定所需要的标记引物以及相应的标记基因型,且能够方便地进行扩容以用来对更多的无性系茶树品种进行真实性鉴定。利用该方法对无性系茶树品种进行真实性鉴定,操作方便、快速准确、稳定性高、实用性强。本实验所获得的茶树品种鉴定图(CID)对茶树品种知识产权保护,以及促进茶树品种选育工作健康可持续发展具有重要的意义。     

茶树PVP申请品种的SSR分子标记鉴定和系谱关系分析

利用30对SSR引物,对26个植物新品种保护(PVP)申请茶树品种及其13个近似品种与亲本进行了分子鉴定和系谱关系分析,探讨SSR分子标记在茶树新品种保护工作和DUS测试中的应用。研究结果显示,30对SSR引物共检测到131个等位基因,每对引物检测的等位基因数为3~7个,平均4.4个。平均Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为1.04和0.51。39个参试品种的遗传距离在0.03~0.70之间。在遗传距离为0.15时,可将39个品种划分为7类,其中地理来源一致或遗传背景相似的材料基本上聚为一类。30对引物的品种鉴定能力差异较大,每对引物能鉴定的品种数为3~16个。通过4对核心引物的组合可以鉴定全部39个参试品种,并依此构建了SSR指纹图谱。     

基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用62对SSR引物对16个白化、黄化茶树品种资源的遗传多样性进行了分析,初步明确了不同白化、黄化品种的遗传结构,以及SSR标记在白化、黄化品种鉴定上的适用性,为此类茶树品种资源的鉴定评价提供了理论依据。经过对引物筛选和扩增条带的分析,结果显示：具有多态性的55对引物中,共检测出169个等位基因,每对引物检测出的等位基因数为2~5个,平均为3.07个;多态信息含量（PIC）和Shannon信息指数（I）的平均值分别是0.40和0.79;169个等位基因出现频率在3.12%~96.88%之间;16个参试品种的遗传距离在0.086~0.532,品种间遗传结构差异明显;当D≈0.18时,可将16个品种划分为3类,其中大部分亲缘关系相近或地理位置一致的品种聚为一类。此外,笔者根据不同引物的等位基因带型构建了16个白化和黄化茶树品种的分子指纹图谱,并筛选出3对核心引物（TM156、TM508、MSG0380）用于不同白化、黄化茶树品种的鉴定。     

基于SSR标记评价江西赣东北茶树遗传多样性

遗传多样性评价是茶树种质资源鉴定和新品种选育的重要内容.本研究采用筛选的9对SSR引物对17份江西赣东北茶树种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:9对SSR标记在17个品种中共检测到32个等位基因,平均每个标记3.56个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.54和1.07,参试品种的Nei's遗传距离(D)在0.14～0.78;当D=0.19时,可将17个茶树品种聚为4类,江西赣东北茶树种质资源遗传多样性丰富.本研究结果为江西省茶树优良地方品种的开发利用提供参考.     

湖南省主要茶树品种分子指纹图谱的构建

建立茶树品种分子指纹图谱对茶树资源鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。采用17个SSR标记对湖南省主要茶树品种尝试构建了分子指纹图谱,提出了构建茶树分子身份证的方法模式。17对SSR引物共检测出41个等位位点,每个引物检测到的等位位点变化范围为2~3个,平均2.4个。根据茶树SSR标记带型特点,将扩增得到的1、0数据进行了基因型转换,分别用1、2、3、4……N来代表不同的基因型,构建了一套湖南省主要茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了一个17位数的指纹图谱号码,进而可将参试品种完全区分开。同时,对参试品种进行了特异性指数分析,品种特异指数介于65.4~113.7之间,平均80.1,表明品种间的特异性差异较大。     

川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构

利用自主开发的EST-SSR标记分析了四川（川）和重庆（渝）的90份地方茶树品种资源的遗传多样性和群体结构。84对EST-SSR引物在供试样本中共扩增出275个等位位点,平均每对引物可鉴定3.3个等位位点,平均位点杂合度为0.33。90份地方品种的平均基因多样性（H）和多态性信息含量（PIC）分别为0.462、0.407。比较分析表明,重庆地方茶树品种的遗传多样性略高于四川,川、渝南部（Lat.相似文献   

梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

甘肃省近年来育成冬小麦品种农艺性状的区域表现及遗传多样性分析

为挖掘甘肃省冬小麦种质资源潜力,对74份2003-2014年甘肃省不同生态区域通过审定的冬小麦品种进行了农艺性状和SSR分子标记的遗传多样性分析。结果表明,陇中地区除穗粒重外,其他农艺性状的遗传多样性指数H′值均高于陇南和陇东地区。其中,生育期天数、穗长、穗下节长、穗粒重的H′值在全部区域中均最高,均大于2.0。经主成分分析,前三个主成分(株高因子、产量因子、生育期天数因子)对变异的贡献率达86.303%;陇中地区的品种与陇东、陇南地区在基因库上存在一定差异。利用42对SSR引物对参试品种的多态性进行检测,结果显示,每对引物检测到等位变异1~17个,平均等位变异7个,全部引物共检测到298个等位变异。经聚类分析,参试品种间遗传相似系数(GS)的变异范围为0.486~0.781,平均值为0.605。全部参试品种可分为3个大类,7个亚类。     

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。     

乌龙茶品种（系）遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用40对具有多态性的SSR引物对我国46份乌龙茶品种（系）的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。结果表明,40对引物在供试材料中共检测到179个等位基因,329个基因型,平均检测4.48个等位基因,8.23个基因型,平均多态性信息量（PIC）为0.52。46份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.57,观测杂合度（Ho）为0.40,遗传距离为0.59。按照地理来源分组分析表明,地区间乌龙茶品种（系）的遗传多样性以广东最高,其次为福建,最低的为台湾。亲缘关系分析表明,大部分品种（系）都按照其地理来源和遗传背景进行了聚类。根据育种方式分组的分析表明,杂交选育的品种（系）遗传多样性水平较其他方式选育的品种（系）低。     

浙江开化县茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

收集了浙江省开化县的不同茶树种质资源,利用SSR标记对资源的遗传多样性及个体间的遗传关系进行评估,筛选适于分子鉴别的核心标记组合,并分析样本的亲缘关系。研究结果显示：（1）14个SSR标记在供试样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为3~6个,平均等位基因数为4.14个,平均有效等位位点数为2.927个;（2）14个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,基于复合位点分析,成功筛选出10个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测本试验的36份种质资源,其PE-1和PE-3分别超过0.99,PE-2超过0.95;（3）基于UPGMA构建进化树,将36份样本分为3个类群,并通过亲缘分析初步推测样本组中5个组合可能存在亲子关系。研究表明开化的茶树种质资源具有区别于现有育成品种的遗传背景,遗传多样性丰富。     

我国部分蓖麻品种遗传资源SSR分析及DNA指纹图谱

为了解蓖麻品种间的遗传多样性、构建指纹图谱,利用171对SSR及EST-SSR引物对30份国内蓖麻品种和1份法国品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明蓖麻品种间呈中度多态性,平均每位点有2.267个等位基因数,香农指数、期望杂合度和多态性信息含量(PIC)分别为0.553、0.347和0.289。聚类分析显示在相似系数0.730处将31份蓖麻品种分为7个类群,来源于相同育种单位或相同省区的大部分品种聚在一起。另外,利用10对扩增清晰、多态性好的引物构建了31份蓖麻品种的指纹图谱,可用于品种鉴别。     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。