栽培稻和普通野生稻基因组的随机扩增多态性DNA（RAPD）初步分析

 用35个随机引物对5个籼稻品种、5个粳稻品种和27份中国普通野生稻进行了RAPD分析。60%以上的引物能在籼稻和粳稻基因组间显示差异；中国普通野生稻与栽培稻的差异主要表现在与籼稻的不同，绝大部分供试野生稻的RAPD带型与粳稻的相同。这说明多数中国普通野生稻偏粳，但也存在偏籼的普通野生稻。     

应用RFLP标记研究亚洲栽培稻的起源与分化

 选用分布于10条水稻染色体的20个DNA探针，分析了来源于广东、广西、福建、湖南和江西等5省的14份亚洲普通野生稻材料以及来源于8个国家的19份亚洲栽培稻材料的RFLP。17个探针能在研究材料间检测到多态性，以一种酶为基础，共检测到67条多态性带。聚类分析结果表明，所有野生稻材料归入野生稻组，栽培稻材料分别归入籼稻组或粳稻组。三组区分明确，且三组之间的遗传距离差别很小，表明灿粳稻是几乎同时从古老野生稻种分化而来的。另外，所有普通野生稻材料在籼粳分化方向基本都属于中间类型，且变异幅度不大于籼粳稻组内各材料在籼粳方向的变异幅度。     

栽培稻和普通野生稻基因组的随机扩增多态性DNA（RAPD）初步分析

用35个随机引物对5个籼稻品种、5个粳稻品种和27份中国普通野生稻进行了RAPD分析。60%以上的引物能在籼稻和粳稻基因组间显示差异;中国普通野生稻与栽培稻的差异主要表现在与籼稻的不同,绝大部分供试野生稻的RAPD带型与粳稻的相同。这说明多数中国普通野生稻偏粳,但也存在偏籼的普通野生稻。     

水稻籼粳特异性RFLP标记及广亲和品种亲缘关系分析

 应用160个RFLP标记分析了21个水稻广亲和品种6个籼粳测验种，发现其中68个标记可以区分籼粳测验种。21个广亲和品种根据与籼粳测验和共有片段比率的大小 可以分为籼，粳和籼粳中间型三类。68个标记在15个籼粳品种中进一步筛选，得到24个籼粳特异性RFLP标记。它们在亚种内杂交带型相同而亚种产不一样。其中RG358、G318为籼稻专一性探针，在粳稻中表现为零等位。以此24个探针为基础构建了广亲和品品种亲缘关系的树状图。讨论了籼粳特异性RFLP标记在水稻遗传育种实践中的应用。     

水稻种质资源光合速率及光合功能期的研究

 对230份水稻种质资源进行了光合速率及光合功能期测定，结果显示水稻种质资源的光合速率及光合功能期的品种内变异系数分别集中在2.0%～11.0％和3.5%～9.5％，而其品种间变异系数分别为11.1%和11.2%。统计分析表明，水稻品种间光合速率和光合功能期存在极显著差异，但籼、粳亚种间差异不显著。进一步分析籼粳亚种间品种分布，发现籼稻光合速率偏高者居多，而粳稻光合功能期偏长者居多，且其变异幅度大于籼稻。根据聚类结果，42个水稻品种可分别划分为光合速率高、中、低类和光合功能期长、中、短类3个类群。对供试水稻种质资源光合速率及光合功能期进行二维排序并将坐标分成4个象限。籼稻和粳稻分别在象限Ⅱ和I的分布频率最大，分别为33.4％和33.3％。从4个象限中选出一些具有特异光合性状的典型材料，如协优9308、轮回422、武育粳8号、NPT、汕优129等，可用于优化水稻杂交配组及光合遗传改良研究。     

滇型杂交粳稻主要亲本的SSR 指纹图谱及其遗传差异分析

用筛选的13对SSR引物,构建了41个水稻品种(包括35份滇型杂交粳稻恢复系、保持系材料、2个杂交种以及4个籼稻品系)的分子指纹图谱.聚类分析表明,41个水稻品种间遗传相似系数在0.52～0.94之间;在相似系数0.52处,可以将粳稻与籼稻区分开;在相似系数0.66处,可将杂交粳稻与其它粳稻品系区分开;在相似系数0.71处,又可将大部分恢复系与保持系区分开.生产中应用的一些强优势滇型杂交粳稻的亲本分别聚于不同的类群,表明亲本间的遗传差异较大.     

中国栽培稻及其近缘野生种叶绿体DNA的限制性片段长度多态性分析

 对中国现存的七省（区）的17份中国普通野生稻（其中广西普通野生稻6份，东乡野生稻5份，广东、湖南各2份，福建及云南景洪普通野生稻各1份）及28份栽培稻地方品种的叶绿体DNA进行了限制性内切酶酶切分析。28份中国栽培稻被分成三类，C1、C2和C3。其中C2叶绿体基因组类型仅有1份材料，为一个籼稻品种。两个主要类型C1和C3分别对应于粳型和籼型，说明中国栽培稻在叶绿体基因组存在籼、粳分化。17份中国普通野生稻的叶绿体DNA用同样3种内切酶酶切，共产生两种类型。它们分别与栽培稻中的C1和C3相同，其中C1类型占主要，为94.1％（16／17），具C3型叶绿体基因组的野生稻为１份广西材料。此外没有检测到新的类型。这说明在中国普通野生稻中也存在对应于栽培稻籼型和粳型两种不同的叶绿体基因组类型，而且是以对应于粳型的C1型叶绿体基因组类型材料为主。从大多数中国普通野生稻具有与粳型栽培稻相同的叶绿体基因组类型，可以推测粳稻起源于中国的可能性很大。     

籼粳亚种间核DNA特征性分子标记在美洲爪哇稻中的分布规律初步研究

对籼粳亚种间特征性SSR分子标记和ITS序列中特征性碱基在美洲爪哇稻中的分布特点进行了初步研究。结果表明,籼稻和粳稻特征性SSR分子标记在供试爪哇稻材料中都有分布,但不同爪哇稻品种所含籼稻或粳稻特征性分子标记的多少存在差异;通过对比ITS序列籼、粳特征性碱基,Lemont与籼稻一致,P002在4个位点与籼稻相同,2个位点与粳稻一致,另4个爪哇稻的ITS序列与粳稻完全一致。表明爪哇稻是介于籼、粳稻之间的中间类型,但不同爪哇稻品种偏籼或偏粳程度存在差异。     

我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析

采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份）和近10年（73份）我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.309（RM174）～0.869（RM418）。籼粳亚种间SSR多样性差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 4.4,He = 0.458）均高于粳稻品种（Na = 4.0,He = 0.395）。比较了78份20世纪50年代与73份近10年水稻主栽品种的遗传多样性,籼、粳亚种表现出相近的变化趋势,即Nei多样性指数和等位基因数20世纪50年代主栽品种高于近10年的。虽然Nei基因多样性指数的变化并不显著（籼稻：z= 1.471,P=0.141;粳稻：z= 1.932,P=0.053）,但等位基因数目的变化达到显著水平（籼稻：z= 2.677,P=0.007;粳稻：z= 3.441,P=0.001）。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异绝大部分存在于两时期内,尽管时期间平均贡献的遗传变异仅占1.9％,但仍然达到5％的显著水平;籼、粳亚种两时期间平均贡献的遗传变异高于整个分析样本,分别为5.0％和8.2％;籼、粳亚种不同位点的遗传分化程度也各不相同,籼稻和粳稻品种分别有13个（占33.3％）和11个（占28.2％）SSR位点的等位基因在两时期间差异显著,而其余位点的遗传变异则是因时期内品种间的差异引起的。研究表明近10年我国常规稻主栽品种丢失了一部分等位基因,水稻育种仍应加强更广泛的种质亲本的选择。     

不同形态氮素营养和水分条件对苗期水稻生长及渗透调节能力的影响

 为比较不同形态氮素营养下籼稻与粳稻对水分胁迫的响应,采用室内营养液培养,通过供应不同形态氮素及100 g/L PEG6000模拟水分胁迫的方法,对4种不同基因型水稻的生长状况及渗透调节能力进行了分析。结果表明：1）与铵态氮营养相比,水分胁迫明显抑制了硝态氮营养籼稻和粳稻的地上部生长,降低了叶片净光合速率,且对粳稻的抑制效果更加显著;2）水分胁迫条件下,铵态氮营养籼稻和粳稻植株内的游离氨基酸和K+可以更有效地积累、转运和穿梭,以致伤流液和韧皮部汁液拥有更强的渗透调节能力;3）铵态氮营养籼稻和粳稻在通过渗透调节降低叶片渗透势的同时,能够提高或维持叶片含水量。由此可见,铵态氮营养下,籼稻和粳稻均可通过渗透调节促使叶片在渗透势下降和维持含水量之间达到合理的平衡,保证叶片在水分胁迫下维持正常的光合速率,提高了水稻的抗旱能力。     

Genetic Characterization of Indigenous Rice Varieties in Eastern Himalayan Region of Northeast India

The eastern Himalayan region of Northeast （NE） India is home to a large number of indigenous rice varieties, which are traditionally classified as Oryza sativa subspecies indica, japonica or intermediate types. The classification based on traditional Cheng’s index is often inconclusive due to phenotypic plasticity of morphological characters, which are influenced by environmental conditions. We used molecular markers specific for indica and japonica subspecies to assess the degree of genetic relatedness of indigenous rice varieties in NE India. The results revealed that majority of upland （jum） and glutinous rice varieties, traditionally considered as japonica, were genetically close to the subspecies indica. All varieties of boro ecotype were found to be indica type, and only a few varieties cultivated in lowland and upland areas were japonica type. Some of the lowland varieties of the sali ecotype were intermediate between indica and japonica, and they showed a closer genetic affinity to O. rufipogon.     

SSR Marker Analysis on indica-japonica Differentiation of Natural Population of Oryza rufipogon in Yuanjiang, Yunnan Province

It was generally recognized that the common wild rice (Oryza rufipogon Griff.) was the ancestor of cultivated rice (O. sativa L.) and there was indica-japonica differentiation in common wild rice before it evolved into cultivated rice [1-10]. The analysis…     

稻文化的再思考(7)——稻的起源、分化和传播

综述和讨论了稻的起源、分化和传播等的考古与现代生物学研究的一些成果。笔者根据这些研究成果描绘了稻的起源和传播路线,即稻起源于我国长江中下游地区或华南地区,分化成籼粳稻后一路向北传播至我国的北方,最后到达日本和朝鲜等国家(以粳稻为主);另一路向南和西南方向传播至我国西南地区和福建等地,再经我国西南地区传至缅甸、越南、印度等东南亚、南亚国家(以籼稻为主),最后经印度传至欧洲美洲,从福建经台湾和琉球群岛传至日本。稻的分化亦有多种研究成果和推论,但从籼粳重要的栽培特征和农艺性状基因看,一次起源的可能性更高。文中还穿插介绍了稻的起源和传播中的一些人文传说和神话故事。     

云南元江普通野生稻(Oryza rufipogon）群体籼粳分化的SSR分析

 利用经测验可区分籼粳品种的19对SSR特异引物对来自云南元江普通野生稻自然居群的56个个体进行了SSR分析。19对引物中，有17对（占89.47%）在所有参试个体中仅能扩增出一种带型，而RM18和RM251能扩增出多态带型。RM4等16对（84.21%）引物扩增出的带与籼稻或粳稻特征带相同，其中11个位点偏粳而4个位点偏籼；RM18、RM202、RM205等3对引物扩增出的带型不同于籼稻或粳稻带型。结果表明，云南元江普通野生稻基因组DNA在所检测的19个位点上，多数位点（89.47%）上个体间无差异，84.21%的位点已有籼粳分化，13.79%的位点仍具有原始性。说明云南元江普通野生稻主体比较纯而原始，但已开始了籼粳的分化。     

我国常规稻主栽品种的遗传变异分析

 采用40个SSR标记,分析了329份我国近50年来常规稻主栽品种的遗传变异。结果显示,39个SSR标记具有多态性,在多态性位点共检测到223个等位基因,每个位点2～11个,平均57个;平均Nei基因多样性指数（He）为0632。籼粳亚种间的SSR变异差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 54,He = 0440）均高于粳稻品种（Na = 44,He = 0397）。Nei遗传相似系数表明总体样本具有较小的遗传相似度（I = 0366）,而骨干亲本具有较高的遗传相似度（籼:I = 0590;粳:I = 0590）。这导致了籼粳亚种内较高的遗传一致性（籼:I = 0558;粳:I = 0600）。早、中、晚稻各类型遗传相似度差异明显,晚籼和早粳类型具有较高的遗传变异。籼粳稻品种尤其是粳稻的聚类结果显示出较强的季节型和地域特征。这些均提示育种家应选择更广泛的亲本源以拓宽选育品种的遗传基础。     

Subspecies specific RAPD markers in rice

The cultivated rice (Oryza sativa L.) is known to contain two major subspecies, indica (O. sativa L. ssp. indica) and japonica (O. sativa L. ssp. japonica). The indica and japonica differentiation resulted in significance of hybrid sterility and hybrid breakdown, which are barriers of gene flow between the two major subgene pools within O. sativa. Traditional classification of indica and japonica germplasm based on isozymes. Here, we report the identification of several random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers that have alleles specific in indica or japonica varieties and thus provide a quick and accurate tool to distinguish japonica lines from indica ones.     

基于SSILP、InDel和SSR标记的杂草稻籼粳分类

 采用40对SSILP、30对InDel和43对SSR标记对来自斯里兰卡的28份杂草稻和14栽培稻,来自国内外的9份籼型栽培稻、7份粳型栽培稻和4份代表性杂草稻进行遗传多样性分析。SSILP、InDel和SSR标记分别检测到84、61和213个等位基因,其平均多态性信息含量(PIC)分别为0.257、0.255和0.543。聚类分析显示供试的42份斯里兰卡杂草稻和栽培稻均为籼型。SSILP与InDel标记的相关性很高（r=0.989）,而它们与SSR标记相关性较低（0.812和0.808）。结果表明,SSILP和InDel标记可高效鉴别各类稻种资源的籼粳属性,而SSR标记更适用于亚种内的分类。