基于ISSR和SRAP标记的69份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR引物和18对SRAP引物分别对海南省保存的69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425条多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.928,可鉴别的种质资源数25~67份;18对SRAP引物共检测到894条多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.936,可区分的种质资源数为17~63份。综合各项指标,利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。     

利用ISSR和SRAP分子标记技术构建红优甜瓜指纹图谱

为构建红优甜瓜指纹图谱,采用ISSR和SRAP两种分子标记技术,对红优进行分析。试验结果表明,1对SRAP引物(Me15-Em8)和2个ISSR引物(I-8和I-19)可扩增出红优甜瓜双亲的互补特征带,1个ISSR引物(I-19)可以区分出与红优相同类型的5个甜瓜品种,从而建立了红优甜瓜的指纹图谱,为该品种的知识产权保护提供了重要手段。     

不同核桃品种的ISSR标记分析

以西北农林科技大学资源苗圃的18个核桃品种嫩叶为试材,利用ISSR分子标记技术对其进行了遗传多样性分析,建立了最适PCR反应体系.结果表明:从31条引物中筛选出多态性强重复性好的15条引物,共检测到132个多态位点,平均每条引物扩增出多态性位点8.8个.“西林3号”和“辽宁4号”的相似系数最大(0.7639),“西洛3号”和“新疆2号”最小(0.2500).多态信息含量(PIC)变化范围在0.7105～0.9151,其值均大于0.5,说明15条引物扩增的位点均表现出高度多态,同时表明供试样品遗传资源非常丰富.     

24个山东石榴品种遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,利用8条ISSR引物对24个山东石榴品种进行遗传多样性分析。结果表明:共检测到178个DNA位点,平均每条引物扩增出22.25个DNA位点,其中有122个多态性DNA位点,多态性位点比率为68.54%。平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均Nei’s基因多样性指数、平均Shannon信息指数分别为1.685 4、1.379 0、0.228 2、0.345 3;品种的遗传相似系数为0.674 2~0.910 1,其中‘峄城多刺’与‘峄城竹叶青’这2个品种的亲缘关系最远,而‘峄城大红皮酸’与‘峄城大青皮酸’的亲缘关系最近。通过UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似系数约0.806为阈值,将供试的24个山东石榴品种分为6类,表明ISSR分子标记技术可有效用于石榴品种的遗传多样性分析。     

黑穗醋栗品种亲缘关系的ISSR分析

 采用ISSR标记技术对39个黑穗醋栗品种的亲缘关系进行分析。结果表明：13条ISSR引物扩增的总带数（A）从3到11条不等,平均扩增出6.77条带,平均多态性带百分比（P）为64.37%。聚类分析显示,在相似性系数为0.8496处将39个黑穗醋栗品种分为5组。第Ⅰ组包含8个起源国家的品种,说明世界各国之间基因交流较为频繁。‘Ben Lomond’和‘Kantata’同其他品种的遗传距离较远,两者又有诸多优良农艺性状,可作为黑穗醋栗的优良育种材料。     

不同核桃品种对核桃细菌性黑斑病的抗性调查

黑斑病是天水地区核桃的主要病害之一,通过对不同核桃品种的田间调查,筛选出‘清香’、‘元林’、‘温185’、‘辽核4号’、‘晋龙1号’5个对核桃黑斑病有较高抗性的品种,适宜在当地推广栽培。     

核桃不同品种间抗寒能力比较

【目的】通过对不同品种核桃生理指标特性的研究,探讨萌芽阶段核桃花芽及叶芽受早春寒害影响导致的整体产量下降等问题,为陇南地区选择核桃品种提供理论依据。【方法】以‘强特勒’‘清香’‘香玲’‘温185’‘西洛2号’‘元丰’‘维纳’等11个陇南地区常见核桃对外推广品种作为研究材料。采集3月初早春核桃带有顶芽的嫩枝,通过0℃的低温处理后,取下嫩枝上的顶芽,对不同品种顶芽中脯氨酸(Pro)、可溶性糖(SS)、可溶性蛋白(SP)、丙二醛(MDA)含量,以及过氧化酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)活性等生理指标进行测定。比较在低温胁迫下,11个核桃品种顶芽各生理指标差异,通过隶属函数法和主成分分析法,对其抗寒能力分别进行评价。【结果】根据主成分分析法得出其抗寒能力由强到弱排序为:‘强特勒’‘西洛2号’‘契可’‘维纳’‘清香’‘京861’‘香玲’‘西洛3号’‘陕核5号’‘元丰’‘温185’;根据隶属函数法得出由强到弱排序为:‘强特勒’‘西洛2号’‘契可’‘维纳’‘陕核5号’‘香玲’‘元丰’‘清香’‘西洛3号’‘温185’‘京861’。其中主成分分析法所得结论与隶属函数值法所得结论重合率高达72%。【结论】11个品种中抗寒能力较强的是‘强特勒’‘维纳’‘西洛2号’‘契可’,适合在陇南地区栽植;抗寒能力较弱的是‘香玲’‘陕核5号’‘元丰’‘清香’,初春需做好防寒措施;‘温185’‘京861’‘西洛3号’抗寒能力最弱,不适宜在陇南等早春低温地区大面积栽植。     

桦褐孔菌菌株遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术对21株不同来源的桦褐孔菌(Inonotusobliquus)菌株进行DNA指纹图谱分析,结果表明:从60条引物中筛选出11条ISSR引物对桦褐孔菌基因组DNA进行了ISSR-PCR扩增,共扩增出DNA谱带183条,其中多态性谱带169条,多态位点百分率为92.3%,遗传相似系数变化范围为0.605～0.880。在遗传相似系数为0.763时,可将21个桦褐孔菌菌株划为6大类群,菌株聚类结果与菌株的地理分布有关。     

杂柑新品种“中柑所5号”的SSR分子标记鉴定

以中柑所5号及其母本爱媛30号杂柑、父本沙糖桔为材料,从22对SSR引物中筛选出适用于中柑所5号鉴定的核心引物9对,其中5对引物(CSSR038、SS16、CSSR052、SS9、CSSR014)扩增出的带型为父本型,3对引物(CSSR020、SS12、CSSR037)扩增出的带型为母本型,1对引物(SS2)扩增出异于父母本的新带型,以此建立基于SSR分子标记的中柑所5号DNA指纹图谱。利用筛选出的9对SSR引物和DNA指纹图谱,鉴定出两个疑似中柑所5号的商品苗样品确为中柑所5号。     

石榴品种SSR指纹图谱构建及杂种父本鉴定

以枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的168个石榴品种为材料，利用SSR分子标记技术构建了石榴品种资源指纹图谱，并基于指纹图谱信息，应用最大似然值法(LOD)对品种‘秋艳’和‘会理青皮软籽’的自然授粉实生苗进行了杂种筛选及父本初步鉴定。22对SSR引物从168个石榴品种样品中共扩增到76个等位标记位点，其中多态性位点58个，多态性为76.3%。平均等位位点数(N_a)、有效等位位点数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)分别为3.455、2.269、0.362、0.538,Shannon’s信息指数(I)平均值为0.897，多态性信息含量(PIC)介于0.330～0.692之间，平均PIC值为0.462。利用22对SSR引物可将166个石榴品种区分开，另有‘大满天红甜’和‘小满天红甜’2个品种未有效区分，有同物异名的可能；在此基础上构建了166个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码。基于指纹图谱信息，利用SSR标记从‘秋艳’的30个自然授粉子代实生苗中筛选到1个真杂种Q-1，疑似父本为‘峄城丰...     

运用SSR分子标记分析蛹虫草遗传多样性

以蛹虫草全基因组为模板查找Simple Sequence Repeats(SSR)位点并设计筛选引物进行聚类分析。从100对SSR引物中选出30对多态性高、重复性好的SSR引物,共获得215条多态性条带。根据遗传相似系数(GS)采用不加权成对群算术平均法(UPGMA)进行遗传相似性聚类:材料间GS值的变化范围为0.527~0.995,以GS值为0.761水平可将46株蛹虫草分为6类;菌株亲缘关系与地域来源有一定相关性,且栽培菌株多为同一品种。     

ISSR．PCR技术在桂花品种分类研究中的应用

 利用ISSR．PCR方法对桂花的19个品种进行了基因组多态性分析，从74个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增，共扩增出9o条DNA片段，其中多态性DNA条带79条，占总扩增片段的87．8％ ，平均每个引物扩增的DNA带的数目为6．92条。根据ISSR扩增结果，应用RAPDistance软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算，利用UPGMA法构建聚类树状图。聚类分析的结果把供试桂花的l9个品种分为8个大类，并对4个品种群的遗传关系和种下分类系统进行了探讨。     

不同山楂品种亲缘关系的RAPD分析

为探讨山楂品种间的亲缘关系,采用RAPD技术对20个不同品种的山楂材料进行了基因组DNA多态性分析。从120个引物中筛选出15个10bp的随机引物对所选山楂品种的DNA样品进行PCR扩增,共得到216条谱带,177条表现多态性,多态性比率达81.9%,其中包含27条特异性谱带,揭示了山楂植物丰富的遗传多样性。且利用NTSYS软件和UPGMA法对扩增结果进行了品种间相似系数的计算及聚类分析,结果表明相似系数在0.71～0.87,实生楂与其他山楂品种亲缘关系较远。     

普通核桃(Juglans regia)3个群体遗传结构的SSR分析

以新疆伊犁野核桃、喀什实生核桃及部分栽培品种共80份种质材料为试材,利用来自黑核桃的7对SSR引物进行群体遗传结构分析。结果显示,7对引物多态性带比率为92.3%～100%,均具有较高的多态性;伊犁野核桃、喀什实生核桃及栽培品种3个群体的期望杂合度分别为0.2325、0.3085、0.305,香农系数分别为0.3361、0.4669、0.4646,多态性带百分率分别为56.52、95.83、86.84%,表明3个核桃群体具有较高的遗传多样性水平,3个指标均显示喀什群体的最高、伊犁的最低;从3个群体中随机选出10个株系或品种进行聚类分析,所有参试株系或品种相互交叉,说明伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种之间存在基因渗透和交流(基因流Nm=2.0934);讨论了伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种的亲缘演化关系,研究结果为"我国是世界栽培核桃的起源中心之一"的论断进一步提供了分子证据。     

越橘反转录转座子插入多态性分子标记开发及品种鉴别

从蔓越橘（Vaccinium macrocarpon Ait.）品种‘Ben Lear’基因组序列中发掘了398 014 bp的长末端重复序列反转录转座子（LTR-RT）,占整个基因组序列的11.17%;鉴别出228条Ty1-Copia家族成员和137条Ty3-Gypsy家族成员。以45个越橘（Vaccinium spp.）品种和1个蔓越橘品种为材料,从53对基于LTR-RT插入位点开发的引物中筛选出17对多态性引物,建立了越橘品种的LTR-RT插入多态性（RBIP）分子标记。使用RBIP标记对46个品种进行了亲缘关系分析和分子身份证构建,其中多态性最高的位点是Vmrg1,最低的位点是Vmrg14。其PCR产物的大小变化范围为200 ~ 463 bp,最小长度片段和最大长度片段分别出现在位点Vmrc19和Vmrc3。46个品种基于遗传距离聚为6组,组Ⅰ包括3个北高丛越橘品种,蔓越橘单独聚为组Ⅵ,其他4组中北高丛越橘、南高丛越橘或兔眼越橘混杂在一起。利用17个位点组成的“1”、“0”字符串构建了45份越橘品种和1份蔓越橘品种的唯一分子身份证,为越橘品种的鉴别提供了参考。     

柿野生雄性资源调查及其遗传多样性研究

柿（Diospyros kaki Thunb.）雄性种质资源非常稀缺,系统收集和梳理国内外现有雄性资源,阐明其遗传多样性并揭示其与主栽甜、涩柿品种及近缘种的亲缘关系,对雄性种质资源的高效利用有重要意义。在全国范围内开展柿野生种质资源调查,在湖北、广西、江苏等地发现野生雄性种质资源共计90余份。利用15对SSR引物对47份柿完全雄性资源、2份雄全同株资源和11份中国雌雄同株资源进行遗传多样性分析,以67份完全雌性资源、38份日本资源（其中包括25份雌雄同株资源）以及28份近缘种为对照。结果表明：15对引物共获得144个等位基因和316个基因型,平均每个引物获得9.60个等位基因和21.07个基因型,其中位点ssrDK11/DQ097479 遗传变异程度最高。从地理分布来看,柿雄性资源在适生的野外山区普遍存在,其中湖北木兰山来源的雄性资源遗传多样性最高,陕西省来源的雄性资源遗传多样性最低。UPGMA和ME聚类方法分别将193份资源分为16组和12组,两种聚类结果反映的总体规律类似：（1）各来源地间的野生雄性资源存在着一定程度的遗传隔离;（2）湖北木兰山野生雄性资源被分为遗传关系较远的两类,一类与江西、江苏、湖南野柿及‘火晶’等主栽涩柿品种和‘耀县五花柿’等雌雄同株涩柿品种亲缘关系较近,另一类与云架山雄性资源和罗田甜柿（包括‘甜宝盖’）亲缘关系较近;（3）大部分日本来源的柿资源可被单独聚为一类。     

牡丹89 个不同种源品种遗传多样性和亲缘关系分析

 利用ISSR分子标记技术,从121条ISSR备选引物中筛选出条带清晰、多态性好的19条引物对89个牡丹品种的遗传多样性进行了分析。通过优化PCR试验条件,共获得188条带,其中177条表现出多态性,多态位点的百分率为94.1%。通过计算机软件分析,供试牡丹品种平均有效等位基因数为1.514,平均Nei’s基因多样性指数为0.3085,平均Shannon’s信息指数为0.4713;各品种间的相似系数介于0.3294 ~ 0.7744之间,平均为0.5722。利用UPGMA法作图,供试的89个品种可聚为2个类群,很好地将不同来源的品种区分开来。     

葡萄SNP 标记的CAPS 和TSP 分析

 为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用，对前期开 发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选，设计了28 对CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences，酶切 扩增多态性序列）标记引物和22 对TSP（Temperature-switch PCR，温度转变PCR）标记引物，并在31 份葡萄材料中进行了分析，其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰，多态性较好。基 因分型统计显示：所有的SNP 位点均含有2 个等位基因，平均多态性信息含量（PIC）为0.336，平均 Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且 结果可靠。本方法简便、成本低，可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性 分析等。     

钙对根际低氧胁迫下黄瓜幼苗根系呼吸代谢的影响

 采用营养液水培, 研究了根际低氧胁迫下Ca²⁺对两个耐低氧能力不同的黄瓜品种根系呼吸代谢的影响。结果表明: 与耐低氧能力较弱的‘中农8号’相比, 耐低氧能力较强的‘绿霸春4号’根系LDH活性增加幅度较低, 乳酸含量较少, ADH活性增加幅度较大, SDH和IDH活性降低幅度较小。低氧胁迫下, 营养液加钙处理能够提高根系SDH、IDH和ADH活性, 降低LDH活性和乳酸含量; 而低氧缺钙处理表现出相反的结果。这表明, 低氧胁迫下, Ca²⁺能提高根系乙醇发酵能力, 降低乳酸发酵, 使植物保持有氧呼吸代谢, 从而缓解低氧胁迫对植株的伤害。     

中华猕猴桃矮型性状EST-SSR连锁标记的筛选

以中华猕猴桃（Actinidia chinensis Planch）矮型种质‘赣猕5号’为母本,普通型中华猕猴桃‘奉雄2号’为父本构建F1群体,采用优越而高效的基于表达序列标签（Expressed Sequence Tags,EST）的简单序列重复（Simple Sequence Repeats,SSR）标记技术,结合群体分离分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）在荧光DNA测序仪（ABI3130）上进行了‘赣猕5号’矮型性状连锁的EST-SSR分子标记研究。结果表明,通过本实验室开发并设计的85对EST-SSR荧光引物的扩增筛选,其中引物EST-Ad042在亲本及其矮型与普通型DNA 池之间扩增出一条285 bp 的多态性片段,经对其F1代分离群体部分矮型与普通型单株的随机验证,该片段稳定出现,在矮型植株中表现为有带,在普通型植株中表现为无带。遗传连锁分析表明,该标记与矮型基因之间的连锁距离为8.8 cM。EST-SSR荧光引物能够有效地筛选到中华猕猴桃的特异标记,可以作为鉴别矮型与普通型植株的标记引物。