ISSR和RAPD分子标记技术在不同君子兰品种遗传多样性上的应用

采用ISSR标记和RAPD标记技术研究了15个君子兰品种的遗传多样性。结果表明:从55条寡聚核苷酸引物中筛选出10条简单重复序列引物,共扩增出65条带,平均每条引物扩增出6.5条带,其中5.4条多态性带,多态性比率为81.95%;从55条寡聚核苷酸引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出47条带,平均每条引物扩增出4.27条带,其中32条多态性带,多态性比率为67.88%。POPGEN软件计算出君子兰品种间遗传距离为0.1123~0.6330,平均值为0.3263。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将15个品种明显聚为二组,国兰系列品种为一组,日本兰系列品种组成另一组。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

茎瘤芥(榨菜)主要品种SSR分子标记差异性研究

选取6个茎瘤芥品种为试材,在芸薹属SSR公共引物中初筛获得引物的基础上,选择9对条带清晰、表现稳定的多态性引物,利用SSR荧光标记技术开展了茎瘤芥品种SSR分子标记的差异性研究,初步构建了品种的分子身份证。结果表明,共筛选到7对多态性引物,检测到20个等位位点,平均每对引物2.2个;扩增得到20个带型,平均每对引物2.2个,扩增片段长度在126～397 bp;构建了6个茎瘤芥品种的分子身份证,并进行了合理区分;在分子水平上,浙江品种间差异最为显著,浙渝两地品种差异次之,重庆品种间差异最小,但各品种均拥有独立身份代码,研究结果为茎瘤芥品种资源的鉴定、亲缘关系分析、遗传基础研究等各项工作提供了依据。     

基于SSR标记的42份樱花品种的聚类分析及DNA指纹图谱构建

通过14对SSR引物基于UPGMA法对42份樱花品种进行聚类分析，并采用引物和基因型组合法构建DNA指纹图谱。结果表明：14对SSR引物共检测出187个等位基因，每对引物平均13.36个，有效等位基因平均6.10个，观察杂合度平均0.31，期望杂合度平均0.80,Shannon’s信息指数平均2.01，多态信息含量平均0.77；共检测出219个基因型，平均15.64个，平均区分率为22.11%。在Dice遗传相似系数约为0.18处时可分为3组，A组主要是山樱系、豆樱系和江户彼岸樱系的品种，B组是钟花樱系的品种，C组中只有尾叶樱；当Dice遗传相似系数约为0.37时，除八重红枝垂樱外，A组又可以分为6个小组。采用引物和基因型组合法构建了42份樱花品种的DNA指纹图谱，为今后樱花品种资源的分子鉴定提供依据。     

利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

黄瓜抗白粉病染色体片段导入系的SSR鉴定

 以黄瓜高抗白粉病品种JIN5-508为供体亲本,以高感白粉病品种D8为轮回亲本,通过多代回交后自交,并在每个世代结合白粉病抗性进行接种鉴定,获得了17个以D8为遗传背景但具有抗白粉病的染色体片段导入系。利用平均分布于黄瓜7条染色体上的324对SSR引物对17个导入系63个抗病单株（病情指数 ≤ 10）的染色体导入片段特征进行了鉴定。结果表明：74对SSR引物在亲本间表现多态性;63个抗病单株中单片段导入系共25株,占39.68%;导入双片段的共32株,占50.79%;有3个供体片段导入的为4株,占6.35%;无片段导入的2株,占3.17%。出现频率较高的导入片段共4个,分别位于1号染色体的23.4 ~ 41.3 cM、3号染色体的51.1 ~ 54.0 cM、4号染色体的9.3 ~ 11.3 cM和6号染色体的1.4 ~ 3.2 cM处,出现的频率分别为74.6%、44.4%、25.4%和7.9%。     

基于EST-SSR标记的怀地黄遗传特性

以怀地黄新品种"怀中1号"和道地产区5个主流品种"金九""怀丰""北京3号""沁怀""85-5"共60个样本为试材,采用EST-SSR分子标记方法,研究不同怀地黄品种间遗传特性,以期为分子标记辅助育种提供参考依据.结果表明:从68对引物中筛选出9对具有多态性的引物,每对引物R检测到的等位基因数8～25个,平均15个.共检测到137个等位基因(分子量变异范围为100～500 bp),多态位点百分率97.08％.SSR多态信息量(PIC)分布范围为0.850 1～0.926 4,平均为0.900 7.有效等位基因1.153 1～1.201 2,Nei's 基因多样性为0.085 7～0.111 3,Shannon 指数为0.124 6～0.160 5,不同品种的遗传距离范围0.148 6～0.590 9.聚类分析结果显示,遗传相似系数为0.59时,6个品种分为3类,在遗传相似系数0.79处,每个品种的10个样本单独聚为一类.表明SSR分子标记可以用于地黄不同品种之间的亲缘关系鉴定以及品种纯度的验证.     

丝瓜种质资源遗传多样性的SSR与SRAP分析

利用SSR和SRAP标记对30份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,分别从52对SSR和48对SRAP引物中选取10对和12对多态性好的引物,其中10对SSR引物共扩增出32条多态性带,12对SRAP引物扩增出118条多态性带。30份种质间的平均遗传相似系数为0.761,说明丝瓜间种质遗传背景比较狭隘。聚类分析显示,30份丝瓜种质被划分为普通丝瓜与有棱丝瓜两大类。     

利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性

利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体遗传变异较低;基因分化系数为0.081,与AMOVA分析结果8.13%相近,说明2者遗传变异以群体内遗传变异为主;基因流值为5.657,则说明不同国家间桃育成品种交流比较频繁。根据Nei’s基因多样度和Shannon遗传多样性表型指数2指标所得,欧美品种群遗传变异最高,其次为中国,最后为日本。UP-GMA聚类分析结果表明,品种间的遗传距离与系谱关系基本吻合。     

不同生态类型西瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR分子标记技术对96份不同生态型西瓜种质资源的遗传多样性进行研究。从398对引物中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带,其中多态性条带826条,占11.7%。平均每对引物对96份材料扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。96份材料间的相似系数为0.42～0.99。聚类分析结果表明,野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北生态型、华南生态型和西北生态型西瓜的亲缘关系较近,说明我国西瓜种质资源同源性较高,遗传基础狭窄,有必要引入更多种质资源以拓宽西瓜育种背景。     

20个青菜品种的遗传多样性分析

利用10对SSR分子标记对来自中国和日本的20个青菜品种进行了聚类和遗传多样性分析。分析结果显示,10对SSR引物扩增的条带总数为26,其中76.9%扩增条带具有多态性,说明供试青菜品种间具有一定的遗传差异;聚类分析表明,20个青菜品种可分为三大类,表现出一定的地域性。     

利用ISSR分析澳洲坚果的亲缘关系

 从100条ISSR引物中筛选出19条重复性好,扩增条带清晰的引物对17份澳洲坚果种质进行亲缘关系分析。19条引物共扩增出369个位点,多态性位点249个（67.5%）。利用UPGMA法得到的聚类的结果表明17份种质分为4个类群,所有夏威夷选育出的品种在最大的一个类群中归于两个亚类,而在澳大利亚选育出的品种则分别聚为独立的类群,因此推测夏威夷选育出的品种很可能起源于两个遗传多样性不同的群体;而澳大利亚选育的品种其遗传背景和选育史与夏威夷的品种不同。     

利用ISSR分子标记对39份莲藕种质资源的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对39份莲藕品种进行遗传多样性分析。结果表明:8个ISSR引物共扩增出89条带,其中有55条多态带,平均每个引物扩增的多态性带数为6.88条,多态性比率平均为61.8%;通过遗传相似系数和聚类分析,能将39份莲藕品种完全区分开;说明ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出莲藕品种的遗传多样性。     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

部分板栗品种遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术,采用7对M+3和E+3引物组合对30份板栗和日本栗栽培品种进行了总基因组DNA水平上的多态性检测,共获得962条可统计的条带,其中852条呈多态性,多态性带百分率达89％。揭示了板栗丰富的遗传多样性。7组引物在30个品种中检测到数目不等的品种特异带型,对供试板栗品种具有一定的鉴别价值。7对引物能将30个板栗和日本栗品种完全区分开。聚类分析结果表明,多数来源地相同的板栗品种资源表现出较为密切的亲缘关系。     

SRAP在葱栽培品种遗传多样性研究中的适用性分析

为评价SRAP技术对葱品种进行鉴定和遗传关系分析的适用性, 对20个葱栽培品种的表型特征进行了观察记载, 利用256个SRAP引物组合对其进行了遗传多样性研究。结果表明: (1) 256个SRAP引物组合中有161个引物组合产生多态性条带, 占所用引物组合数的62.9%。161个引物组合共产生336条多态性条带, 不同引物组合产生的多态性条带数为1～6个, 平均2.1个。20个葱栽培品种遗传相似系数变幅为0.464～0.938, 平均0.703。(2) 依据SRAP进行聚类分析的分类结果与依据表型特征分类的结果一致。上述结果说明SRAP标记可以在葱栽培品种的鉴定和遗传多样性研究中应用。     

河南部分牡丹品种遗传多样性的AFLP分析

 利用AFLP技术对30个牡丹品种的遗传多样性进行了研究。用3对引物组合进行选择性扩增, 共产生151个位点, 其中96个为多态性位点, 占63.5%。其中2个受试品种产生了特异性位点。聚类分析结果显示, 遗传距离0.25将30个牡丹品种划分为5个聚类组, 与传统分类结果基本一致。