唐菖蒲2种主要病毒的多重RT-PCR检测

根据黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)和烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)外壳蛋白基因序列分别设计特异性引物对,运用单重RT-PCR检测到病毒并筛选出适合多重RT-PCR的引物对。以唐菖蒲18S rRNA为内参照,建立同时检测CMV和TMV的多重RT-PCR方法。此方法可从带病样品中扩增出CMV(629bp)和TMV(423bp)2条特异片段。测序结果表明:CMV扩增产物与其他植物分离物核苷酸的同源性为93%～97%,TMV扩增产物与其他分离物核苷酸的同源性可达99%。     

与毛白杨性别相关的RAPD标记

应用RAPD技术筛选与毛白杨性别相关的分子标记,对毛白杨雌雄株的基因组DNA进行混合分组分析（BSA）．结果表明：在88条随机引物中有12条引物能够在雌雄DNA反应池间形成多态性条带,应用这12条引物分别对毛白杨雌雄个体（雌雄个体各选取5个）进行RAPD分析,其中引物S60扩增得到1个约为1800bp的与雄性相关的RAPD标记．该标记的获得进一步表明毛白杨雌雄株间存在基因水平的差异,为毛白杨的性别研究提供了分子依据．     

松毛虫质型多角体病毒RT—PCR检测技术的建立

为研究DsCPV在松毛虫种群中的垂直传递及对松毛灾害的持续控制作用,转录聚合酶链式反应（RT－PCR）建立了DsCPV的早期检测技术。依据家蚕质多角体病毒（BmCPV）质型多角体蛋白的核苷酸序列设计一对引物，从纯化的DsCPV、BmCPV和舞毒蛾质型多角体病毒（LdCPV)的基本组dsRNA可成功地扩增出长614bp的目的片段，从提取的健康松毛虫幼虫肠组织的DNA、舞毒蛾核型多角体病毒（LdNPV)基因组核酸、以及棉铃虫质型多角体病毒（HaCPV)基因组核酸，未能扩增出目的片段。DsCPV基因组dsRNA的增片段的序列与BmCPV相应基因序列具有87％的同源性，检测敏感度为1pg的DsCPV基因组dsRNA。由于松毛虫与家蚕、舞毒蛾相互之间食性不同，而且BmCPV和LdCPV对松毛虫无感染性，即在松毛虫体内不会有BmCPV病毒和LdCPV病毒的感染，因此该结果一方面从分子水平上证实了DsCPV与BmCPV、LdCPV存在基因同源性，同时也表明了依据BmCPV的基因序列设计引物对DsCPV基因组核酸建立的RT－PCR扩增体系，可以作为松毛虫种群中DsCPV的一种敏感、特异、早期、快速的检测手段。     

竹花叶病毒福州分离物基因组序列分析及其侵染性克隆的构建

【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片段和载体进行连接并转化农杆菌,接种本氏烟后检验其侵染性。【结果】测序获得的BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物核苷酸序列全长分别为6 366和834 nt(不含3'端的多聚腺苷酸尾),具有典型的BaMV和satBaMV基因组结构特征。BaMV-TMS1分离物与已报道的其他分离物序列同源性为82%~83%,而satBaMV-TMS1分离物与其他分离物的序列同源性为92%~93%。系统进化树分析表明,BaMV-TMS1分离物可单独形成一簇,satBaMV-TMS1分离物也单独形成一个新的分支。侵染性克隆通过农杆菌注射接种本氏烟10天以后,RT-PCR检测以及透射电镜负染观察结果都验证病毒成功侵染。【结论】BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物与已知序列有着较高的变异度且生成新的系统发育树分支,体现了该病毒与卫星RNA较高的遗传多样性。本研究成功构建具有生物活性的BaMV侵染性克隆且构建方法相对简单快速。     

油桐delta 8脱饱和酶基因的全长cDNA克隆及序列分析

桐油是制备生物柴油的优势原料。delta 8脱饱和酶基因与植物膜脂、鞘磷脂的生物合成及细胞信号传递途径有关。通过简并PCR扩增、3’RACE、5’RACE及编码区扩增获得了油桐delta 8脱饱和酶的全长c DNA序列。该基因全长1 787 bp,ORF的长度为1 344 bp,编码447个氨基酸。经过网上比对分析,发现油桐delta 8脱饱和酶与其它植物的此基因具有较高同源性,其中与蓖麻脂肪酸去饱和酶相似度达83%。研究结果为揭示油桐油脂合成途径及分子定向育种奠定基础。     

巨龙竹AINTEGUMENTA基因的克隆研究

为进一步探索臣龙竹速生与巨大的分子机理,研究其AINTEGUMENTA（ANT）基因功能,研究试验以巨龙竹cDNA第一链为模板,用简并引物、基因特异引物以及运用RACE技术首次克隆出巨龙竹ANT基因全长cDNA序列。其序列全长为1914bp,与水稻、玉米、小麦等植物同类基因序列相似性高达85％;并且含有一个837bp的开放阅读框,编码278个与水稻、拟南芥和烟草ANT蛋白氨基酸序列有着较高同源性的巨龙竹ANT前体蛋白氨基酸序列。     

利用RAMP分子标记对酸枣资源的遗传多样性分析

为了探讨不同区域酸枣资源的遗传多样性,完善酸枣的DNA分子指纹鉴定方法,用24对引物对31份酸枣样品进行RAMP分子标记分析,从中筛选出14条有多态性并且条带清晰的引物,共扩增了132个位点,多态性位点107个,多态性比率81.1%。遗传多样性分析结果表明,31份酸枣样品的遗传距离为0.120 9~0.517 2;根据扩增结果可将参试的31份样品划分为6类。     

杨树木质素合成酶hct基因的克隆及核苷酸序列分析

根据毛果杨全序列（AC185363.2）中唯一具有转移酶功能的保守区设计引物,以正在分化的2年生欧美杨107次生木质部总RNA为模板经RT-PCR扩增出hct基因片段,与pMD20-T载体连接,重组质粒经特异引物扩增、限制性内切酶酶切和测序鉴定。结果表明,扩增片段长度为709bp,包含一个708bp的开放阅读框,与毛果杨全序列及HCT2（EU603314）的同源性均为98%,编码的氨基酸序列与毛果杨HCT2氨基酸（ACC63883.1）的同源性为98%,断定我们克隆的cDNA为hct,属于转移酶超家族,GenBank登录号为FM202091,该重组质粒命名为pMD20-T-hct。     

木聚糖酶基因xyn I的克隆和序列分析

以宇佐美曲霉E001总RNA为模板,采用RT-PCR等技术扩增了木聚糖酶基因(xynI)的cDNA全序列(GenBank登录号DQ302412)。该cDNA全长881 bp,其中5′和3′端非编码区分别为97和106 bp,信号肽编码区111 bp,成熟肽编码区567 bp编码188个氨基酸组成的木聚糖酶Xyn I。以E001基因组DNA为模板,采用单侧PCR等技术扩增了xynI的DNA全序列(GenBank登录号DQ302413)。该DNA全长1 098 bp,含启动子序列、内含子和外显子等核苷酸序列。将xynI cDNA所推导的Xyn I一级结构与GenBank中报道的其它相关序列进行了同源性比较。结果表明,E001 Xyn I是一种新的木聚糖酶,且具有第G/11家族木聚糖酶的共同特征。     

木聚糖酶基因xynⅠ的克隆和序列分析

以宇佐美曲霉E001总RNA为模板,采用RT- PCR等技术扩增了木聚糖酶基因(xyn I)的cDNA全序列(GenBank登录号DQ302412).该cDNA全长 881 bp,其中5′和3′端非编码区分别为97和 106 bp,信号肽编码区 111 bp,成熟肽编码区 567 bp 编码188个氨基酸组成的木聚糖酶Xyn I.以E001基因组DNA为模板,采用单侧PCR等技术扩增了xyn I的DNA全序列(GenBank登录号DQ302413).该DNA全长 1 098 bp,含启动子序列、内含子和外显子等核苷酸序列.将xyn I cDNA所推导的Xyn I一级结构与GenBank中报道的其它相关序列进行了同源性比较.结果表明,E001 Xyn I是一种新的木聚糖酶,且具有第G/11家族木聚糖酶的共同特征.     

Isolation and sequence analysis of a Dof protein gene （PtDof1） in Populus

Both cDNA and DNA clones of PtDof1(GenBank Accession No. FJ402844 and FJ402845) were isolated from plants grown in tissue culture of Populus tomentosa. The DNA sequence is 1597 bp including two exons and one intron. The cDNA is 969 bp in length with a 765 bp open reading frame which is capable of encoding 255 amino acids. The deduced amino acids sequence of the PtDof1 protein shares 65%,56% and 55% identity with Vitis vinifera(CAO48618) ,Nicotiana tabacum(CAA08755) and Glycine max(ABI16022) Dof protein by b...     

Isolation and sequence analysis of a Dof protein gene (PtDof1) in Populus

Both cDNA and DNA clones of PtDof1 (GenBank Accession No. FJ402844 and FJ402845) were isolated from plants grown in tissue culture of Populus tomentosa. The DNA sequence is 1597 bp including two exons and one intron. The cDNA is 969 bp in length with a 765 bp open reading frame which is capable of encoding 255 amino acids. The deduced amino acids sequence of the PtDof1 protein shares 65%, 56% and 55% identity with Vitis vinifera (CAO48618), Nicotiana tabacum (CAA08755) and Glycine max (ABI16022) Dof protein by blast analysis in GenBank. Phylogenic analysis suggests PtDof1 gene could belong to the Dof gene family. PtDof1 protein contains an unusual conserved single zinc finger with the pattern of C-X2-C-X21-C-X2-C, which may play a functional role in tissue-specific expression and possibly the auxin response of endogenous plant genes.     

Apple stem grooving virus naturally infects Himalayan wild cherry (Prunuscerasoides D. Don)

Himalayan wild cherry (Prunus cerasoides), widely distributed in the Himalayas, was found to exhibit severe virus‐like symptoms (chlorotic spots, chlorosis along the margins of the leaf and necrotic spots). Of 47 symptomatic and asymptomatic leaf samples tested through DAS‐ELISA, dot‐blot hybridization and RT‐PCR, only three were found to be positive for Apple stem grooving virus (ASGV) infection. The complete coat protein gene from all the three positive samples was molecularly characterized and sequencing of the amplicons confirmed presence of the virus. The three characterized isolates of Himalayan wild cherry (HWC‐15, HWC‐16 and HWC‐47) grouped with the ASGV apple isolates from India, Brazil and China. Of the three, two isolates (HWC‐15 and HWC‐47) shared around 100% sequence identity among themselves while 96.2% with the third isolate (HWC‐16) (both at nucleotide and amino acid level), respectively. While they all shared an overall identity of around 92.8–99% at (aa) and 86.5–99.5% at (nt) with rest of the isolates from different hosts and geographical locations. Experimental host range of the variant HWC‐16 isolate identified C. amaranticolor, C. sativus, C. quinoa, P. vulgaris, N. benthamiana and N. glutinosa as positives for the ASGV isolate‐inducing epinasty, symptomless carrier, chlorotic spots, interveinal chlorosis, chlorotic spots and chlorotic patch. To the best of our knowledge, this is a first report of natural infection of ASGV on Himalayan wild cherry.     

应用RAPD分析快速鉴定外生菌根蘑菇分离物的真伪

采用DNA指纹比较技术对部分外生菌根蘑菇分离菌株的真伪进行了鉴定，结果表明：不同来源的点柄乳牛肝菌Suillus granulatus子实体之间的DNA相似系数为0.939。但各菌丝体分离菌株与其来源子实体的DNA相似系数为1.000，每个供试引物获得的RAPD指纹图谱全部对应相同，证实分离物为真正的牛肝菌分离菌株。试验还鉴定与子实体DNA具极高同源性的细裂硬皮马勃Sclerodema areolatum的组织分离菌丝体是真正的分离菌株。供试大红菇Russula rubra分离培养物与供试子实体之间存在很大的DNA异质性，因此判定该分离物为杂菌或其它生物体分离物，并非大红菇的分离菌株。试验结果显示：RAPD指纹技术是外生菌根蘑菇分离物真伪鉴定的一种快速可靠的方法。文章就RAPD鉴定共生真菌分离菌株的可靠性与技术范围进行了讨论。     

油桐尺蛾核型多角体病毒广西株全基因组序列

油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76%。以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个。在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为一59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段。与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在其他非核心基因中有6个基因仅存在于一个病毒株中,另有13个基因存在蛋白序列长度上的差异。     

中国3种松干锈菌在随机扩增DNA多态性水平上的遗传分化

用ＲＡＰＤ手段分析了我国３种松干锈菌Ｃｒｏｎａｒｔｉｕｍｒｉｂｉｃｏｌａ、Ｃ．ｆｌａｃｃｉｄｕｍ及Ｃ．ｑｕｅｒｃｕｕｍ在ＤＮＡ水平上的遗传分化。用５个随机引物从１０个菌株（含１个不同属参照菌株）中检测出５１个多态ＤＮＡ片段进行聚类分析,３种锈菌清晰地显示为不同类群,此结果为传统分类的成立提供了分子遗传学证据。３种锈菌中Ｃ．ｒｉｂｉｃｏｌａ和Ｃ．ｆｌａｃｉｄｕｍ的亲缘关系较近,这同由症状和冬孢子寄主反映出的相似关系一致。种内菌株间存在遗传差异,但其程度小于种间差异。锈孢子及冬孢子寄主都不同的Ｃ．ｆｌａｃｉｄｕｍ菌株间差异明显,可能反映着专化型分化的遗传学基础。不同松树寄主的Ｃ．ｑｕｅｒｃｕｕｍ菌株间也存在差异,暗示我国的Ｃ．ｑｕｅｒｃｕｕｍ同北美一样存在对松类的寄生专化性分化。研究结果还提示松干锈菌的遗传分化主要同寄主有关,而与地理分布关系不大。     

RAPD analysis of genetic relationships among Sphaeropsis sapinea isolates

Genetic relationships were studied among 23 isolates of Sphaeropsis sapinea collected from China, the United States, England, South Africa and Chile by using a random amplification of a polymorphic DNA (RAPD) analytical method. One hundred and 35 DNA fragments were amplified with 12 random primers by a polymerase chain reaction PCR technique and 96.3% were polymorphic. The genetic dendrogram based on RAPD analysis showed that the S. sapinea isolates could be divided into three types. Isolate CWS41 from Chile was separated genetically as the first type that was different from other isolates and isolates F2 and J2 from China comprised the second group. The third RAPD group accommodated other isolates including the B morphotype isolate CWS43 from the United States. __________ Translated from Journal of Nanjing Forestry University, 2006, 30(1): 13–16 [译自: 南京林业大学学报]     

危害白榆的中国突瓣叶蜂属(膜翅目:叶蜂科)一新种

记述采自中国境内危害白榆的突瓣叶蜂属(膜翅目:叶蜂科)一新种:白榆突瓣叶蜂 Nematus pumila Liu,Li & Wei,sp.nov.。该种幼虫取食白榆的叶片,当虫口密度较大时,可将寄主叶片蚕食殆尽,对寄主产生严重危害。本研究对林业有害生物的鉴定、监测与防治工作奠定了基础。新种与申氏突瓣叶蜂 N.sheni Wei,1999十分相似,二者的主要区别是:新种上唇、前胸背板和翅基片完全黑色;前足胫节、中足胫节基部3/4和后足胫节基部3/5白色;单眼后区宽长比为1.9;前翅无Rs脉;锯腹片15锯刃,锯刃内侧亚基齿明显,外侧亚基齿粗大;1-11节缝具刺毛带,刺毛带最宽处约2/3于锯节宽;锯根0.7倍于锯端;申氏突瓣叶蜂上唇黄白色;前胸背板后缘、翅基片基小部黄褐色;前中足胫节腹侧大部和背侧基部1/4、后足胫节基部1/3黄白色;单眼后区宽长比约等于3;前翅Rs脉痕状;锯腹片23锯刃,内齿亚基齿不明显,外侧亚基齿细小;2-15节缝具刺毛带,刺毛带最宽处约1/3于锯节宽;锯根0.4倍于锯端。采用DNA试剂盒法提取了新种基因组DNA,测序获得COⅠ基因序列,长度为810 bp。另外,从GenBank数据库中下载突瓣叶蜂属、槌缘叶蜂属、厚爪叶蜂属已知种类COⅠ序列10条,与新种序列构成COⅠ序列数据集,分析其碱基组成,结果显示: A+T含量均大于G+C含量,且均高于65%;基于贝叶斯法构建了COⅠ基因系统发育树,树图结果显示:白榆突瓣叶蜂与突瓣叶蜂属内其他6个已知种聚为一支,构成单系群。分子分析结果与形态鉴定结果一致,均支持新种成立。新种模式标本保存于湖南长沙中南林业科技大学昆虫模式标本室。