苏淮猪抗腹泻MUC13基因rs319699771位点多态性 及其与经济性状的关联

【背景】MUC13基因是调控致使仔猪断奶前腹泻的产肠毒素大肠杆菌F4ac感染的主效基因,该基因上rs319699771位点（G/A突变）能准确鉴别易感和抗性个体,其中GG型是抗腹泻基因型,苏淮猪抗腹泻性能分子选育是通过选留GG型个体来实现。但在选留抗腹泻GG型个体时是否会对苏淮猪其它重要经济性状如生长、胴体、肉质产生不利影响尚未明晰。【目的】旨在分析该位点是否与其它性状关联,以确定基于MUC13基因rs319699771位点抗腹泻性能的分子选育是否会对苏淮猪其它经济性状产生不利影响。【方法】以313头体重为87.61±0.54 kg的苏淮育肥猪为试验动物,屠宰测定其胴体和肉质性状,以261头日龄为161.1±0.5 d苏淮后备猪为试验动物,测定其生长、体尺性状,同时采集相应苏淮育肥猪和后备猪群耳组织样提取组织DNA,经过多重PCR反应进行MUC13基因rs319699771位点多态性检测,采用SAS软件中一般线性模型分析MUC13基因rs319699771位点多态性基因型和苏淮猪肉质、胴体和生长性状的关联性。【结果】MUC13基因rs319699771位点多态性检测结果显示,苏淮猪育肥群公、母猪群体MUC13基因rs319699771位点的抗腹泻G等位基因频率分别为0.695和0.634,抗腹泻优势GG型频率在苏淮猪育肥群公、母群体中分别为0.467和0.373;该位点抗腹泻G等位基因频率在苏淮后备群公、母猪群体分别为0.690和0.705,抗腹泻优势GG型频率在后备群公、母猪群体中分别为0.508和0.480,说明苏淮猪抗腹泻等位基因频率较高,通过分子选育提升苏淮猪抗腹泻GG型频率的可行性强。MUC13基因rs319699771位点多态性与苏淮猪经济性状关联分析结果显示：育肥猪群体该位点多态性与胴体、肉质性状均无显著关联（P>0.05）,可见在苏淮猪育肥猪群体内加大对抗腹泻MUC13基因rs319699771位点的选育不会影响到苏淮育肥猪的胴体和肉质性状;苏淮后备猪群体该位点多态性与腿臀围指标存在极显著关联（P<0.01）,该位点GG型个体腿臀围平均比比AG型个体腿臀围长1.46 cm,比AA型个体腿臀围长3 cm;与日增重和结测体重的关联性分析有关联趋势（P<0.10）,GG型个体相较于AA、AG型个体有提升趋势,对于这三个性状来说,有利基因型都是GG型,说明选留该位点GG型进行苏淮后备猪抗腹泻选育的同时还可以提升苏淮后备猪生长相关性状。【结论】据此,苏淮猪群体MUC13基因rs319699771位点抗腹泻等位基因频率较高,进行抗腹泻选育的可行性强,同时对于苏淮猪群体,不仅可通过选留提升MUC13基因rs319699771位点GG型频率来提高抗腹泻能力,还能同时实现对苏淮猪群腿臀围、日增重的选育提升。     

MUC13腹泻抗性纯合杜洛克种群的选育研究（英文）

MUC13是控制仔猪大肠杆菌F4ac易感或抗性的主效基因。该研究利用分子育种与常规育种技术、闭锁继代与开放选育相结合的综合方法,对250头杜洛克育种核心群实施连续3个世代的基因检测和性能测定,筛选出MUC13抗性纯合基因型种群。经测试,在相同饲养管理条件下,哺乳期的同胎次20窝育种群母猪与20窝扩繁群母猪相比,断奶前仔猪腹泻发生率分别为8.7%和18.4%(P0.01),但断奶成活率两组间差异未达到显著水平(P0.05);对育种群3个世代的测定选育结果分析发现,第1和第3世代间达100 kg体质量日龄差异不显著(P0.05)、但活体背膘厚相比减少1.46 mm(P0.05),同时还发现,3个世代中MUC13不同基因型个体间生长速度和活体背膘差异均不显著(P0.05)。综上说明,MUC13基因抗性纯合有利于防止仔猪腹泻的发生并能有效降低活体背膘,但对生长发育没有明显影响。     

MUC13腹泻抗性纯合杜洛克种群的选育研究

MUC13是控制仔猪大肠杆菌 F4ac易感或抗性的主效基因。该研究利用分子育种与常规育种技术、闭锁继代与开放选育相结合的综合方法,对250头杜洛克育种核心群实施连续3个世代的基因检测和性能测定,筛选出 MUC13抗性纯合基因型种群。经测试,在相同饲养管理条件下,哺乳期的同胎次20窝育种群母猪与20窝扩繁群母猪相比,断奶前仔猪腹泻发生率分别为8.7%和18.4%（P＜0.01）,但断奶成活率两组间差异未达到显著水平（P＞0.05）;对育种群3个世代的测定选育结果分析发现,第1和第3世代间达100 kg体质量日龄差异不显著（ P＞0.05）、但活体背膘厚相比减少1.46 mm（P＜0.05）,同时还发现,3个世代中 MUC13不同基因型个体间生长速度和活体背膘差异均不显著（ P＞0.05）。综上说明,MUC13基因抗性纯合有利于防止仔猪腹泻的发生并能有效降低活体背膘,但对生长发育没有明显影响。     

MUC13、FUT1基因在2个种猪核心群中的分子标记辅助选择研究

【目的】MUC13、FUT1基因分别为大肠埃希菌引起的断奶前和断奶后仔猪腹泻的主效基因,通过探索2个基因在不同种猪群中的分子标记辅助选择方法,提高种猪抗病性的选育效率.【方法】利用PCR-SNa Pshot和PCRRFLP的方法分别检测影响断奶前仔猪腹泻的MUC13基因及断奶后仔猪腹泻的FUT1基因在温氏集团2个专门化父系群体(666头杜洛克和512头皮特兰)中的基因分布情况.【结果和结论】MUC13基因频率在2个群体中表现出明显的群体特异性,有利等位基因频率分别为0.890和0.180,而FUT1基因则相差不大,分别为0.754和0.677.MUC13与FUT1基因的有利等位基因型组合个体比例在2个群体中差异较大,在杜洛克群体中达36.75%,而在皮特兰群体中仅为3.49%.通过基因型与选育性状表型的相关分析,发现优势基因型对皮特兰群体的体型外貌负面影响较大,但却不影响杜洛克群体.综合现场育种实践,建议杜洛克群体先实现MUC13基因的辅助选育纯化,再启动FUT1基因的选育工作.皮特兰群体有利等位基因型组合个体比例太低,暂时不宜进行抗腹泻基因纯化选育.     

福建省商业猪种MUC13、IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析

选择决定新生仔猪ETEC F4ac腹泻抗性的黏附素13(MUC13)基因,影响生长速度和背膘厚的IGF2内含子3 g.3072G＞A,决定氟烷敏感性的RYR1 c.1843C＞T等3个对养猪生产具有显著影响的基因位点,采用PCR-RFLP或PCR-SNaPshot方法,对福建省6家大型种猪场的杜洛克、长白、大白核心育种群进行基因型判定.结果表明:杜洛克、长白、大白的MUC13有利等位基因频率分别为0.892、0.643、0.638,IGF2有利等位基因频率分别为0.933、0.742、0.826,RYR1有利基因型频率很高,分别为:0.896、0.982、0.968.RYR1、IGF2与MUC13的有利等位基因型组合个体比例在各品种中差异较大,以杜洛克最高(65.4％),大白其次(28.4％),长白最低(19.9％).因此,与常规育种技术相结合,需经过多世代选育才能将此3个主效位点的有利等位基因在受试种群中选育纯合.     

3个外种猪群FUT1基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法,对3个外种猪群FUT1基因多态性进行了检测。结果表明,杜洛克猪群中检测到AA、AG和GG 3种基因型,长白和大白猪群中仅检测到GG和AG 2种基因型,未检测到EFC18抗性AA基因型。卡方检验结果表明,3个外种猪群该位点均处于Hardy-Weinberg遗传平衡（P〉0.05）。群体中该位点纯合度较高,杂合度较低,除杜洛克猪群具有中度遗传多态性外,其余2个猪群该位点遗传多态性较低。可在后续的育种方案中实施基因型选配,扩大群体中EFC18抗性AA基因型个体数量。     

氟烷基因在皮特兰猪群体中的分子标记辅助选择研究

【目的】探索氟烷基因(RYR1)在皮特兰猪群体中的辅助选择育种方法,以提高猪群的猪肉质量。【方法】利用PCR-RFLP的方法检测509头皮特兰猪中RYR1基因的等位基因频率,利用回归模型分析基因型与选育性状之间的相关性,采用Bootstrap方法分析等位基因频率与选育性状的相关性。【结果】在皮特兰猪群体中RYR1基因优势等位基因(N)频率占81.73%。NN基因型个体在日增质量方面表现明显优势,在背膘EBV、父系指数及母系指数中Nn基因型个体表现较好,nn基因型个体在肢蹄方面表现好于其他2种基因型。n等位基因频率达19%时,选育性状表现平衡;大于19%时,则瘦肉率较高,背膘较薄,体型较好;小于19%时,则生长速度较快。【结论】若皮特兰猪选育方向更注重瘦肉率、背膘厚、体型外貌等,可不优化RYR1基因;若是更注重生长速度、饲养抗应激、屠宰后肉质等方面的性状改良,则建议全面纯化皮特兰猪群体至RYR1基因优势等位基因纯合。     

西农萨能奶山羊IGFBP基因多态与产羔数、体尺性状的关联分析

为了研究山羊IGFBP3基因多态及其与繁殖、生长发育性状的关系,利用HaeⅢ、TaqⅠ、Alw26Ⅰ和XspⅠ限制性内切酶分析了74只西农萨能奶山羊IGFBP3基因RFLP,并利用最小二乘分析法研究了其多态性与产羔数、初生质量、成年质量、体尺性状的关联性。结果表明,仅在XspⅠ位点发现西农萨能奶山羊群体表现多态性,存在GG、GA和AA 3种基因型,G等位基因频率为0.6825,A等位基因频率为0.3175,处于Hardy-Weinberg平衡状态。西农萨能奶山羊IGFBP3-XspⅠ基因座不同基因型与第2胎产羔数存在显著相关(P<0.05),且与初生质量也存在显著相关(P<0.05),GG基因型个体初生质量显著高于AA、GA基因型个体(P<0.05)。表明西农萨能奶山羊群体IGFBP3基因存在XspⅠ位点多态,且该位点对产羔性状和初生质量有显著影响。     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

IGF2基因多态性检测与生长性状相关性分析

采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA＞GA＞GG,长白猪3种基因型分布为:GA ＞AA＞GG.大白和长白猪的A等位基...     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

猪FTO基因多态性与肉质性状的关联分析

为了探究猪FTO基因多态性与肉质性状的关联性,试验通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的BstuⅠ和TaiⅠ限制性内切酶技术分析了豫西黑猪和长白猪FTO基因第3外显子(c.594C>G)和第4内含子(g.276G>T)的遗传多样性,并将FTO基因的基因型与豫西黑猪背膘厚、pH₁、pH₂₄、滴水损失、肉色和大理石纹等肉质性状进行了关联分析。研究结果表明:FTO基因的c.594C>G位点和g.276G>T位点都具有中度多态性,经检验c.594C>G位点和g.276G>T位点的基因频率均符合χ²检验的Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。在c.594C>G位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为CC、CG和GG基因型,优势等位基因都为C等位基因,且两者C等位基因的频率分别为0.522 7和0.533 3,在肉色评分上,CG基因型和GG基因型个体显著高于CC基因型(P<0.05)。在g.276G>T位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为GG、GT和TT基因型,优势等位基因均为T等位基因(0.574 1,1.648 1)。结果表明,FTO基因的c.594C>G位点与豫西黑猪的肉质性状具有显著关联性,这在一定程度上说明了FTO基因可以为豫西黑猪肉质性状的遗传选择提供参考依据。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3＇非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因（Apoprotein A-I-1,apoA-I-1）3＇非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明：C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平（P〉0.05）;G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异（P〈0.05）。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3（TTC792T-GGG851A）个体的体质量均值最高,D6型（CCC792T-AAG851A）个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异（P〈0.05）。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。     

对氧磷酶2基因(G148A)多态位点与脑梗死的关系

目的探讨中国粤西地区汉族人群对氧磷酶2基因（paraoxonase 2,PON2）G148A多态位点与脑梗死（cerebralinfarction,CI）的关系。方法选择128例动脉粥样硬化性脑梗死患者（病例组）和108例健康体检者（对照组）为对象,应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析方法（PCR-RFLP）检测PON2基因G148A多态性,同时测定两组的血脂、血糖水平。结果病例组AA、AG、GG 3种基因频率和等位基因频率与健康对照组相比差异无统计学意义（P〉0.05）;同时病例组各基因型间的血脂、血糖与对照组比较差异亦无统计学意义（P〉0.05）。结论 PON2基因G148A多态性与中国粤西地区汉族人群脑梗死无关。     

湖北白猪优质系选育的综合选择指数制定

采用差额法与系统分析结合的方法,通过模拟商品猪生产过程进行利润分析,计算边际效益,通过基因流动法计算目标性状经贴现的标准化性状表现值,从而获得目标性状的经济加权值.最后,根据目标性状与选择性状的遗传关系,获得选择性状的经济加权值.湖北白猪优质系的综合选择指数：父系指数为ISIRE=100-1.1765 EBVdays90-1.64EBVbf90;母系指数为IDAM=100-0.9478EBVdays90-10.2889EBVbf90＋ 6.9088EBVnb.经过6个世代的选育,父系指数和母系指数分别提高11.21和10.57,达90 kg体重日龄、90kg体重背膘厚、产活仔数、父系指数、母系指数的世代遗传进展分别为-0.597 8、-0.135 0、0.023 0、2.24和2.11.     

娟姗牛催乳素基因型与产奶量的关联性分析

[目的]研究娟姗牛催乳素（PRL）基因多态性与产奶量之间的关联性,为选育高产奶量娟姗牛新品系奠定基础.[方法]利用PCR-RFLP分析44头娟姗牛PRL基因外显子2和外显子4的多态性,统计不同基因型娟姗牛305 d的平均产奶量,然后分析娟姗牛PRL基因型与产奶量的关联性.[结果]娟姗牛PR基因外显子2和外显子4存在RsaI酶切多态性,外显子2有AA和AG两种基因型,外显子4有AA、AG和GG 3种基因型;外显子2和外显子4的AG型频率分别是0.7272和0.5454,为优势基因型.PRL基因两个外显子AA型个体的305 d平均产奶量均高于AG型和GG型（P＞0.05）;基因型组合效应分析发现,A2A2A4G4为优势组合基因型,但在305 d平均产奶量方面是A2G2A4A4组合基因型的产奶量显著高于A2A2A4A4、A2A2A4G4和A2A2G4G4组合基因型（P＜0.05）.[结论]娟姗牛PRL基因外显子2和外显子4的碱基突变与产奶量之间存在关联性,其中第8398位碱基A是娟珊牛高产奶量的有利等位基因.