24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.     

基于ISSR分子标记的广西香蕉种质资源遗传多样性分析

[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究.     

利用ISSR分子标记对25个烟草种质资源的遗传多样性分析

[目的]利用ISSR分子标记研究烟草遗传的多样性。[方法]利用ISSR分子标记对25个烟草种质资源进行了遗传多样性分析。[结果]从50条ISSR引物中共筛选出5条引物,对25份材料烟草基因组DNA进行有效扩增,共扩增出100个位点,其中有76个多态性位点,多态性比率为76.0%。用NTSYSpc-2.10e软件计算烟草种质间的Jaccard遗传相似系数,25种烟草种质之间的遗传相似性系数界于0.313~0.938,平均遗传相似性系数为0.737。野生烟与栽培烟草相似系数较低,说明它们之间存在较高的遗传多样性。利用UPGMA进行的系统聚类分析表明,25个烟草种质资源可划分成2组,3个野生烟聚成一类,22个栽培烟草种质聚成另一大类。[结论]供试栽培烟草的遗传多样性相对较低,迫切需要拓宽栽培烟草的遗传基础。     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析（英文）

【目的】了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考。【方法】采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析。【结果】从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条。供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61。UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群。类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县。【结论】24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源。     

利用ISSR分子标记分析44份红麻种质资源的遗传多样性

[目的]揭示不同地区来源红麻材料的遗传多样性及亲缘关系,为红麻遗传改良和分子标记辅助育种提供依据。[方法]用ISSR分子标记方法分析44份不同地区来源红麻种质资源的遗传多样性和亲缘关系,从91个ISSR引物中筛选出多态性较好、条带最清晰的21个引物对其进行PCR扩增,采用NTSYSpc-2．10e分析软件计算样品间的遗传相似系数,同时用UPGMA进行聚类分析,构建聚类图。[结果]21条引物共扩增出169条带,平均每个引物扩增出8．05条,其中多态性条带共141条,多态性条带比率为83．4％;当在遗传相似系数为o．887处作切割线L1时,可将44份红麻材料中的32份栽培品种与12份野生半野生材料分开;当在遗传相似系数为o．897处作切割线L2时,可将32份栽培种进一步细分为4个亚群;栽培种与野生半野生种间的遗传相似系数在o．47～0．91之间,表现出较大的遗传差异性,而32份栽培种材料中,遗传相似系数在o．85～0．97之间,表明栽培种材料间的亲缘关系较近,遗传多样性较为狭窄。[结论]ISSR可以较好地确定红麻种质资源的遗传多样性的亲缘关系,能够为杂交育种亲本选择组配提供有价值的分子水平上的信息,可为开展红麻核心种质DNA图谱研究奠定基础。     

利用AFLP鉴定沙田柚新种质

[目的]鉴定沙田柚新种质的遗传分类,为其利用提供参考.[方法]选用64对AFLP引物组合,对12份柚类种质资源进行遗传多样性分析及分类研究.[结果]从64对引物中筛选出12对AFLP引物组合,在12份柚类材料中扩增出399条清晰条带,每对引物扩增条带数为25~49条,平均每对引物扩增条带33.25条;多态性条带91条,多态性比例为22.8%.供试材料相似系数在0.752~0.956,AFLP鉴定结果显示桂柚1号与沙田柚相似系数为0.956,早熟沙田柚与沙田柚相似系数为0.920;早熟酸柚和福建酸柚两个品种与其他柚类亲缘关系较远;以0.830为相似系数的阈值,可以将12份柚类材料分为5类.[结论]AFLP分子标记技术能将12份柚类材料区分开;早熟沙田柚与桂柚1号是不同于沙田柚的变异新种质,可以直接作为品种资源加以利用.     

基于SCoT分子标记的48份杨桃种质遗传多样性分析

[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析.     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。     

基于SRAP分子标记的贵州5种忍冬属药用植物遗传多样性分析

[目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100~1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36%,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213~0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物.     

基于SSR分子标记的广西柿种质资源遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记技术分析广西柿种质资源的遗传多样性,为其资源的分类、鉴定、保护和开发利用提供依据.[方法]设计48对SSR引物,对从广西不同生态气候区收集的93份柿种质资源进行PCR扩增、聚类分析和主成分分析,探讨不同种质资源的遗传多样性和亲缘关系.[结果]在48对引物中,15对SSR引物可从93份柿种质中扩增获得1 59条带,多态性条带比例为96.86%;各种质间的遗传相似系数在0.478~0.925,平均为0.667.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.640处可将93份柿种质资源分为A、B、C、D4组,其中柿栽培种、油柿和君迁子分属不同组中,野柿与柿栽培种间存在交叉现象.主成分分析结果表明,前三主成分贡献率依次为14.18%、5.25%和4.11%,累积贡献率为23.54%;主成分分析可将93份柿种质材料分为四大类,与聚类分析结果基本一致.[结论]广西柿种质资源遗传背景广、多样性较丰富,可为柿资源开发利用和新品种选育提供重要材料;SSR分子标记可作为柿种质资源分类和鉴定的可靠工具.     

广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建

【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性,构建其DNA指纹图谱,为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率(PPL)、多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物,对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增,统计凝胶电泳特征性谱带;采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数,并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类;利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带,其中,多态性条带95条,多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处,可将85份春...     

13个大果油茶品种遗传与亲缘关系的ISSR分析

[目的]探讨广西大果油茶资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对13个大果油茶品种（系）的遗传与亲缘关系进行分析.[结果]从99条ISSR引物中筛选出6条多态性引物,共扩增出56条带,其中54条为多态性带,多态性比例为95.2％,平均每个引物扩增的条带数为9.33条.供试大果油茶品种间的遗传相似系数范围为0.2222～0.7826,平均相对遗传相似系数为0.5293.UPGMA法聚类分析结果表明,供试的13个大果油茶品种（系）可分为3个类群.UPGMA法聚类分析结果表明供试的13个大果油茶品种（系）可分为3个类群.[结论]13个广西大果油茶品种资源间的遗传基础较宽.     

菌草种质资源iPBS多样性分析

[目的]对47份菌草种质资源进行遗传多样性分析.[方法]利用iPBS (Inter Primer Binding Site Amplification,引物结合位点间扩增)分子标记技术对47份菌草种质资源材料进行遗传多样性分析.利用从28个iPBS引物中共挑选出的11个扩增效果较好的iPBS引物,对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增和电泳分析.[结果]11个iPBS引物在47份菌草种质材料上共给出了208个多态片段,平均每个引物给扩增出18.9个多态片段,聚类分析表明,供试材料之间的遗传相似性系数(SM)分布在0.58～0.99之间,在遗传相似系数0.67时可将47份菌草种质材料分成10大类群,所有47份材料被区分开来.[结论]iPBS分子标记技术可以有效用于菌草种质资源材料的品种鉴定和遗传多样性分析,本研究为科学管理和利用菌草种质资源提供理论指导和技术支撑.     

利用RAPD分子标记对30份山茶属种质资源进行分类分析

[目的]对30份山茶属种质资源进行分类分析.[方法]利用RAPD分子标记技术研究30份山茶属种质资源的遗传多样性,并进行分类分析.[结果]17个RAPD引物共扩增出138条带,多态性条带为129条,多态性比率为93.5％,材料间的遗传相似系数（GS）变化范围为0.605 ～ 0.855.[结论]利用NTSYS软件对RAPD扩增结果进行聚类分析,可将30份资源分为5大类群,其分类结果与张宏达分类体系基本一致.     

铁观音及黄棪半同胞系种质遗传多样性的ISSR分析

铁观音和黄棪是乌龙茶茶树育种的骨干亲本,以这2份品种及其为亲本选育出的新种质及不同地域种质的铁观音茶树为研究材料,采用ISSR分子标记技术,利用筛选出的9个多态性较好、扩增条带较清晰的ISSR引物,分别对24份茶树品种(系)进行扩增,分析其遗传多样性和亲缘关系。结果表明:9个ISSR引物共扩增出73条稳定的谱带,其中47条具有多态性,多态性比率为64.4%,平均每个引物扩增出5.2条谱带;遗传相似性分析显示24份供试种质的遗传相似系数0.544~0.889,平均为0.727,表明供试种质的遗传基础较窄,亲缘关系较近。     

橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明,16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条,多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数,ISSR标记在相似系数约0.74处,可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类;RAPD标记在相似系数约0.70处,也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类,但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析,结果表明,RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关,相关系数为0.672。以上结论表明,RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究,但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力,ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

咖啡种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]对我国收集保存的咖啡种质资源进行遗传多样性分析,为咖啡种质资源的收集、保存、鉴定、创新及有效利用提供理论参考.[方法]从哥伦比亚大学(UBC Primer Set#9)公布的100个ISSR引物序列中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的引物,利用其对72份咖啡种质材料进行扩增,对电泳图谱进行统计分析,并利用NT-SYSpc 2.1计算遗传相似系数和遗传距离.根据非加权算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,并进行主坐标分析.[结果]筛选出的19条引物共扩增出153条条带,其中多态性条带数为128条,占总条带数的83.7%;72份咖啡种质材料间的遗传相似系数为0.4531~0.9609,平均为0.6567;遗传距离为0.0351~1.0951,平均为0.4081.其中,大粒种种内遗传相似系数最大(0.9297~0.9531),遗传距离最小(0.0445~0.0669);中粒种种内遗传相似系数最小(0.5781~0.8750),遗传距离最大(0.1210~0.5363).主坐标分析与聚类分析结果一致,均显示72份咖啡种质材料可分为三大类,其中3份大粒种、3份查理种及1份中粒种巴布亚新几内亚-2聚为Ⅰ类群;32份小粒种聚为聚为Ⅱ类群;除巴布亚新几内亚-2外的其他31份中粒种及1份中小粒杂交种Arabusta和1份福建咖啡共33份聚为Ⅲ类群.聚类分析结果与种质地理来源无明显相关性.[结论]咖啡种质资源各种间存在较大的遗传差异,以中粒种种内遗传多样性较丰富,以大粒种种内遗传多样性较低.利用ISSR分子标记可准确分析咖啡资源遗传多样性.     

新疆早熟陆地棉种质资源遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记对北疆早熟陆地棉部分种质资源材料进行基因组分子检测并进行遗传多样性研究,从分子水平上揭示遗传性关系.[方法]从39个SSR核心引物中筛选多态性好且稳定的24对引物在43份北疆早熟陆地棉种质材料进行分子检测,利用NTSYS-pc 2.11软件进行遗传相似性及聚类分析.[结果]共扩增出71个多态性条带,平均每个引物为2.84个条带,扩增98个等位基因.变异的多态信息含量(PIC)在0.12 ～0.80.43份资源材料成对遗传相似系数变化范围在0.458～0.944,其中63.75;的材料遗传相似系数在0.500 ～0.696,35.71;的材料遗传相似系数在0.700～0.944.根据UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.58时,可将43份材料聚类为2类群.[结论]43份资源材料中大部分材料成对间相似度较高,遗传性差异较小,遗传基础较狭窄.     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

基于EST-SSR的福建地区茶树资源遗传多样性和亲缘关系

[目的]通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据.[方法]利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图.[结果]26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05～0.75,平均值为0.56.期望杂合度(He)大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度(He)在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shannon指数为1.16.按相似系数为0.40可将参试的42份种质资源分为两大类.[结论]研究发现福建地区茶树资源具有相对较高的遗传多样性,并明确了不同资源间的亲缘关系.