虾夷扇贝苗种培育水中可培养细菌群落分析

为研究虾夷扇贝Patinopecten yessoensisis苗种培育过程中幼体发育5个时期苗种培育水中(受精卵期水样W1,担轮幼虫期水样W2,D型幼虫期水样W3,壳顶幼虫期水样W4,稚贝期水样W5)可培养细菌的群落组成,采用传统培养方法,从每个水样分离细菌30株,通过16S rRNA基因测序分析鉴定细菌。结果表明:分离的150株细菌可归为2门、3纲、6目、9科、10属、22种;在门水平,W1~W5的优势门均为变形菌门,其次为厚壁菌门;在属水平,假交替单胞菌属为所有水样第一优势属,此外,W1的优势属依次为交替单胞菌属、弧菌属和海杆菌属,W2的优势属依次为弧菌属、交替单胞菌属和Cobetia,W3的优势属依次为弧菌属、交替单胞菌属和芽孢杆菌属,W4的优势属依次为交替单胞菌属、芽孢杆菌属和弧菌属,W5的优势属依次为弧菌属、Pseudophaeobacter、芽孢杆菌属和赤杆菌属。研究表明,扇贝幼体不同发育时期苗种培育水中所含可培养细菌种类比较丰富,细菌群落结构存在差异。     

东山湾海带养殖区海洋浮游细菌的群落结构变化

对福建省东山湾一处海带养殖区海水中浮游细菌群落进行考察，以了解在海带生长不同阶段海洋浮游细菌的群落结构变化特征。结果表明，在未挂养海带前，海水中的优势浮游细菌为亚硫酸杆菌属细菌，在海带生长的凹凸期、薄嫩期、厚成期、成熟期，海水中优势浮游细菌分别为假单胞菌属、普里斯特氏菌属、假交替单胞菌属、假交替单胞菌属细菌。该研究深化了对海洋细菌与海带相互作用的认识，为海带生长过程中的科学管理提供了理论依据。     

育苗阶段虾夷扇贝幼体中可培养细菌的多样性

为了研究虾夷扇贝Patinopecten yessoensis育苗过程中5个发育时期(受精卵时期S1、担轮幼虫时期S2、D形幼虫时期S3、壳顶幼虫时期S4、稚贝时期S5)幼体所含可培养细菌的多样性,采用2216E平板涂布法,从每个发育时期的幼体样品中各分离出30株细菌,并对150株菌进行16S rRNA基因测序分析。结果表明:150株细菌归属于2门3纲8目12科16属39种;在门水平,5个时期幼体样品中变形菌门均为优势门,其次为厚壁菌门;在属水平,优势属为弧菌属(51/150)、假交替单胞菌属(43/150)、芽孢杆菌属(16/150)、交替单胞菌属(9/150),占总数的79.3%;其中弧菌属在S1(43.3%)、S2(36.7%)、S3(36.7%)时期均为优势属,在S1时期,次优势属依次为假交替单胞菌属(26.7%)、动性球菌属(10.0%)和枝芽孢杆菌属(6.7%),在S2时期,次优势属依次为假交替单胞菌属(23.3%)、亚硫酸杆菌属(20.0%)和芽孢杆菌属(13.3%),在S3时期,次优势属依次为假交替单胞菌(16.7%)、动性球菌属(13.3%)和交替单胞菌属(10.0%);假交替单胞菌在S4(36.7%)和S5(40.0%)时期均为优势属,在S4时期,次优势属依次为弧菌属(30.0%)、芽孢杆菌属(16.7%)和交替单胞菌属(10.0%),在S5时期,次优势属依次为弧菌属(23.3%)、芽孢杆菌属(16.7%)和Pontibacillus(10.0%)。研究表明,虾夷扇贝育苗过程中不同发育时期的幼体所含可培养细菌种类比较丰富,细菌群落结构存在较大差异。     

蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌群落多样性变化的分析

基于第二代Illumina Miseq高通量测序平台,利用16S r DNA技术分析了江苏省宿迁市蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌多样性的分布和细菌群落多样性的变化。结果表明:Kaistobacter、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、硫杆状菌属(Thiobacillus)、Rubritalea、浮霉菌属(Planctomyces)、Lysobacter、纤维弧菌属(Cellvibrio)、噬氢菌属(Hydrogenophaga)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和热单胞菌属(Thermomonas)为蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌的主要类群;Sporosarcina、Alicyclobacillus、氨氧化古细菌(Candidatus nitrososphaera)和Pontibacter是蔬菜连作土壤细菌的主要类群;蔬菜连作改为种植蓝莓后,土壤细菌多样性和丰度降低,优势菌群也出现了显著的变化。     

蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌群落多样性变化的分析

基于第二代Illumina Miseq高通量测序平台,利用16S r DNA技术分析了江苏省宿迁市蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌多样性的分布和细菌群落多样性的变化。结果表明:Kaistobacter、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、硫杆状菌属(Thiobacillus)、Rubritalea、浮霉菌属(Planctomyces)、Lysobacter、纤维弧菌属(Cellvibrio)、噬氢菌属(Hydrogenophaga)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和热单胞菌属(Thermomonas)为蔬菜连作改为蓝莓种植后土壤细菌的主要类群;Sporosarcina、Alicyclobacillus、氨氧化古细菌(Candidatus nitrososphaera)和Pontibacter是蔬菜连作土壤细菌的主要类群;蔬菜连作改为种植蓝莓后,土壤细菌多样性和丰度降低,优势菌群也出现了显著的变化。     

网箱养殖对水体浮游生物的影响

[目的]了解网箱养殖对水体浮游生物的影响。[方法]于2008年5月对周村水库网箱养殖区和非养殖区浮游生物资源进行了调查统计。[结果]调查结果显示：周村水库共有浮游藻类6门40属,浮游动物26属81种;浮游生物种类养殖区和非养殖区基本相同。但数量方面网箱养殖区比非网箱养殖区大,而且浮游动物数量差异显著。[结论]网箱养殖对浮游生物量有较大的影响。     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

南美白对虾养殖底泥细菌多样性研究

【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚球藻属等细菌。【结论】南美白对虾养殖底泥中细菌多样性丰富。     

烟草连作病害土壤与连作非病害土壤的细菌群落差异性比较

通过对烟草连作病害土壤、连作非病害土壤及新垦植烟土壤细菌群落结构间的差异性比较，为以微生物手段减少烟草连作病害提供一定的理论依据。采用宏基因组高通量测序技术，测定分析三类土壤的细菌群落结构。结果表明，连作病害土壤细菌总OTUs与独有OTUs最多，群落结构相似，同源性高；连作病害土壤中的蓝细菌门（Cyanobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、假单胞菌属（Pseudomonas）、铁矿沙单孢菌属（Arenimonas）、厌氧绳菌属（Bellilinea）、节杆菌属（Arthrobacter）、黄杆菌属（Flavobacterium）、类诺卡氏菌属（Nocardioides）占比显著高于连作非病害土壤和新垦土壤。连作非病害土壤样本间细菌群落结构差异较大，同源性较低。新垦土壤细菌慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、酸土单胞菌属（Aciditerrimonas）、分枝杆菌属（Mycobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、红游动菌属（Rhodoplanes）5个属所占比例较高，但硝化螺旋菌属（Nitrospira）占比较低，细菌群落结构...     

海陵湾网箱养殖区浮游植物群落结构及其与环境因子的关系

为研究海陵湾鱼类网箱养殖对浮游植物群落的影响,于2019年1月、4月和11月对海陵湾上、中、下游三个网箱养殖区进行了冬、春、秋3个季度的浮游植物及主要水质因子的调查。共检出浮游植物3门39属96种(含变种),其中硅藻门29属76种、甲藻门8属16种、蓝藻门2属4种。浮游植物细胞丰度范围为0.00022~3.05×105cell/L,秋季>春季>冬季,湾口处丰度在秋冬两季远大于湾内。冬季优势种主要为细弱海链藻（Thalassiosira subtilis）和佛氏海毛藻（Thalassiothrix frauenfeldii）,春季优势种为细弱海链藻（T. subtilis）和中肋骨条藻（Skeletonema costatum）,秋季优势种主要为中肋骨条藻（S. costatum）和佛氏海毛藻（T. frauenfeldii）。冬、春、秋季各采样站多样性指数范围分别为1.44~4.11、0.66~2.39和1.62~3.10。冗余分析表明,冬季盐度、pH,春季氨氮、pH,秋季硝酸盐、溶解氧对浮游植物优势种影响显著。受河流径流和养殖活动的影响,海陵湾相邻采样站间的浮游植物群落相似性在秋季最高、冬季次之、春季最低。浮游植物群落的相似性差异与调查站位间环境的区域性差异关系密切。     

3种养殖模式下大黄鱼肌肉营养成分比较及品质评价

为探明大型深水抗风浪网箱养殖大黄鱼与海区放养和传统普通网箱养殖大黄鱼的肌肉品质差异,测定了3种养殖模式下大黄鱼的一般营养成分、氨基酸、脂肪酸、矿物质和微量元素组成。结果表明,海区放养大黄鱼粗蛋白含量高于深水网箱,显著高于普通网箱养殖大黄鱼(P0.05)。普通网箱养殖大黄鱼粗脂肪含量是海区放养大黄鱼的2倍以上,深水养殖大黄鱼的粗脂肪含量介于二者之间。海区放养大黄鱼的脯氨酸含量高于深水网箱养殖大黄鱼,高于普通网箱养殖大黄鱼(P0.05);丙氨酸、蛋氨酸和色氨酸的含量差异不显著(P0.05);海区放养组其他氨基酸含量与深水网箱组差异不明显,显著高于普通网箱组(P0.05)。脂肪酸含量排在前6位的分别是棕榈油酸、棕榈酸、油酸、硬脂酸、DHA、EPA,放养大黄鱼和普通网箱养殖大黄鱼棕榈酸含量最高,深水网箱大黄鱼的油酸含量最高。不饱和脂肪酸含量依次为自然组(63.60)、深水网箱(66.32)、普通网箱(57.67),多不饱和脂肪酸含量依次为29.1、28.57、24.40,海区放养养殖大黄鱼DHA含量显著高于深水网箱和普通网箱养殖大黄鱼。3种养殖模式下锌含量差异不明显,海区放养和深水网箱大黄鱼的磷含量相同,高于普通网箱。海区放养钙和镁含量均高于深水网箱高于普通网箱。深水网箱硒含量和普通网箱养殖大黄鱼相当,低于海区放养大黄鱼。该研究对于不同养殖模式下大黄鱼肌肉品质及不同养殖来源的大黄鱼鉴定具有一定的应用价值。     

三种江蓠共附生细菌多样性及抑菌活性分析

【目的】研究广西北部湾涠洲岛海域3种江蓠可培养共附生细菌多样性及其代谢产物的抑菌活性,为该海域海藻共附生细菌的开发利用及新型生物杀菌剂的研发提供参考依据。【方法】经稀释涂布法后观察分析3种江蓠共附生细菌的菌落形态及其分布,基于16S rRNA序列对江蓠共附生细菌的物种多样性进行分析,并利用纸片扩散法对其抑菌活性进行初步筛选。【结果】从广西北部湾涠洲岛海域的江蓠、扁江蓠和集团江蓠中共分离获得28株可培养的共附生菌株,隶属于4门13科15属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、冷杆菌属、交替单胞菌属、假交替单胞菌属、赤杆菌属、副球菌属、考克氏菌属、微球菌属、红小梨形菌属、Kytococcus sp.、Dermacoccus sp.、Maribacter sp.和Cobetia sp.)。有5株共附生菌株的代谢产物对番木瓜炭疽病原菌或荔枝炭疽病原病菌表现出较好的拮抗作用,其中,菌株GXS0044、GXS0017和GXS0035的代谢产物对荔枝炭疽病菌有较好的抑制作用(抑菌圈直径分别为15.0、14.5和15.5 mm),菌株GXS0023和GXS0031的代谢产物则对番木瓜炭疽病菌有较好的抑制作用(抑菌圈直径分别为15.0和17.0 mm)。【结论】广西北部湾海域的江蓠共附生细菌较丰富,其代谢产物活性各不相同,因此从海藻中寻找具有抗农业病原菌的微生物将成为研究抗农业病原菌杀菌剂的新方向。     

广西涠洲岛3种海参共附生细菌多样性及其延缓衰老活性分析

【目的】明确广西涠洲岛海参共附生细菌多样性，筛选出具有延缓衰老活性的菌株，为挖掘延缓衰老活性的新化合物提供菌种资源。【方法】选用9种选择性培养基对来源于广西涠洲岛的3种海参［异色哈威参（Havelockia versicolor）、玉足海参（Holothuria leucospilota）和方柱翼手参（Colochirus quadrangularis）］共10份样品进行共附生细菌分离纯化，基于16S rRNA测序分析其多样性，并以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）为模型评价共附生细菌发酵粗提物的延缓衰老活性。【结果】从广西涠洲岛3种海参中共分离获得63株共附生菌株，隶属于3门4纲14目25科35属，以放线菌纲（Actinobacteria）为优势菌群，共有31株（占49.21%）；放线菌GXIMD LM0085和GXIMD LM0159有可能为潜在新种，与对应有效发表菌株Kocuria assamensis、K.salsicia的相似性分别为97.38%和97.00%。不同培养基分离获得的海参共附生细菌在属类水平上存在明显的数量差异，以M9培养基分离获得的菌属数量最多（19属28株），P7培养基分离获得的最少（仅6属6株）；在筛选确定的35属细菌中，仅Cobetia和嗜盐单胞菌属（Halomonas）在9种培养基均有生长分布，多达13个属仅在单一的培养基中生长。不同海参分离获得的共附生细菌数量排序为1#异色哈威参>方柱翼手参>2#异色哈威参>玉足海参，除了玉足海参外，其他3只海参体内的共附生放线菌相对丰度明显高于体表共附生放线菌相对丰度。线虫寿命试验发现，有6株共附生细菌的发酵粗提物能显著延长秀丽隐杆线虫寿命（P<0.05），分别是GXIMD LM0037（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0005（链霉菌属）、GXIMD LM0071（副球菌属）、GXIMD LM0114（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0099（原小单孢菌属）和GXIMD LM0032（短状杆菌属）。【结论】广西涠洲岛海域海参蕴含着多样性丰富的共附生细菌资源，具有潜在的新物种，且部分菌株具有延缓衰老活性，在延缓衰老活性物质挖掘及新型抗衰老药物研发方面具有巨大潜力。     

三沙湾春季浮游植物群落结构及其与环境因子的关系

根据2016年3月30日—4月3日在三沙湾采集的浮游植物水样,共发现浮游植物3门22属38种,其中硅藻门19属34种,占总种数的89.47％,是调查海域的主要类群;甲藻门2属3种;金藻门1属1种。春季浮游植物平均数量为1.63×10⁵ cells/L,数量高值区出现在三沙湾西北方向的交溪、白马港区和卢门港区及附近海域。优势种为中肋骨条藻（Skeletonema costatum）,出现频度达100%,主要分布在河口区附近。运用冗余分析（redundancy analysis,RDA）探讨浮游植物与环境因子之间的关系,结果表明影响三沙湾春季浮游植物的关键环境因子是溶解氧、盐度、水温和活性磷酸盐。     

基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构

为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(1%),海水首要优势门为变形菌门(46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(40%)和芽孢杆菌属(10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。     

2006—2007年大连大窑湾海区浮游植物的群落结构及其季节变化

于2006年10月至2007年10月,逐月采样研究了大窑湾海区浮游植物的种类组成、密度以及物种多样性。调查结果表明：共发现浮游植物5门42属75种,其中硅藻31属59种,甲藻8属13种,金藻1属1种,蓝藻1属1种,黄藻门1属1种;大窑湾海区浮游植物的生态类型几乎都为温带近岸性物种,个别为暖海性物种或大洋性物种;硅藻在种数和密度上均占优势,主要优势种为旋链角毛藻Chaetoceros cur-visetus、中心圆筛藻Coscinodiscus centralis、星脐圆筛藻Coscinodiscus asteromphalus、浮动弯角藻Eucampiazoodicacus、波氏直链藻Melosira borreri、具毒冈比甲藻Gambierdiscus toxicus、刚毛根管藻Rhizosolenia setigera、尖刺拟菱形藻Nitzschia pungens、柔弱角毛藻Chaetoceros debilis;浮游植物密度在2007年的3月和7月出现春、秋两个高峰期,多样性指数为0.36~3.17,平均值为1.65,表明该海区属于中度污染。     

斜带髭鲷感染鱼肠道弧菌的分离及分析

[目的]对患病斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)幼鱼进行病原菌的分离及鉴定。[方法]对2013年1月福州罗源湾某海水网箱养殖场斜带髭鲷幼鱼死亡病例进行了发病情况、临床表现及病原学方面的检验;对其中5尾患病斜带紫鲷的肝脏、脾脏、肾脏及鳃丝进行细菌分离与纯培养,对病原菌进行形态、生理生化测定和16S rRNA基因序列测定及系统发育学分析,并用30种抗菌类药物对5株菌进行了药敏试验。[结果]斜带髭鲷幼鱼死亡病例为细菌性感染症,分离纯培养的菌株(fzlyw201301071和fzlyw201301072)与弧菌属(Vibrio)的鱼肠道弧菌(Vibrio ichthyoenteri)可认定为同一种属。药敏试验结果显示,在不同菌株间无明显的敏感与耐药性差异。[结论]为水产养殖动物的疾病防治提供了理论依据。     

烟台海域鲜活海产品副溶血弧菌的污染概况及致病风险评价

为了掌握烟台海域鲜活海产品副溶血弧菌(简称VP)污染值概率分布,评估其膳食致病风险,依据GB 4789.7-2013规定方法,对分层随机采集的烟台海域7类420种鲜活海产品进行VP检测,并借助@Risk软件进行数值拟合.结果表明,烟台海域鲜活海产品VP总体污染率为23.33%,双壳类最高为26.28%,其次是头足类(25.00%)、棘皮类(25.00%)、鱼类(23.29%)、甲壳类(23.21%)、腹足类(18.75%)、海藻类(16.00%).腹足类污染值概率分布为贝塔分布、海藻类、棘皮类和双壳类指数分布,甲壳类极值分布、头足类三角分布、鱼类伽玛分布.黄、渤海海域海产品中VP总体污染率持平,VP污染值均为指数分布.第三季度水产品中VP污染率最高,各季度间比较,差异具有统计学意义(χ2=17.34,P=0.000171),第二、三、四季度VP分布分别为贝塔分布、极值分布和指数分布.鱼类的VP膳食致病风险概率值最高为1.97×10-4,其次为双壳类>头足类>甲壳类>棘皮类>腹足类>海藻类,全年的VP致病人次数均值为5.04×10-4次/人·年.说明烟台海域鲜活水产品普遍存在VP的污染,具有一定的膳食致病风险.