基于16S rRNA高通量测序的野生和养殖多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成研究

为研究多鳞白甲鱼肠道微生物菌群组成及其多样性,采用16S rRNA高通量测序对野生多鳞白甲鱼以及养殖成年健康多鳞白甲鱼肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:不同环境多鳞白甲鱼肠道内容物样品间OTU个数具有一定差别。多鳞白甲鱼肠道菌群主要包括:变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。野生样品中优势菌群主要是鲸杆菌属(Cetobacterium),养殖样品中优势菌群主要是乳杆菌属(Lactobacillus)。主成分分析则发现,野生多鳞白甲鱼的肠道微生物群落与人工养殖多鳞白甲鱼具有差异。以上结果说明:不同环境间多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成及多样性存在差异。     

风车草对人工湿地基质微生物多样性的影响

通过对比有无种植风车草情况下人工湿地不同深度基质表面生物膜的群落组成差异,探究风车草对人工湿地基质微生物多样性的影响效应。结果表明:有无种植风车草,人工湿地基质中均以变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门为优势菌群;种植风车草不仅提高人工湿地基质表面微生物群落的α多样性,并导致其群落组成与无风车草种植情况相比差异显著,进一步的群落组成差异比较分析显示,门水平放线菌门和衣原体门、属水平红游动菌属在有无种植风车草情况下差异显著。本研究结果揭示了种植风车草对人工湿地基质微生物多样性的影响,可为风车草在人工湿地中的应用提供部分理论支持。     

池塘和稻田养殖克氏原螯虾肠道微生物对比分析

为探究池塘和稻田养殖模式下克氏原螯虾肠道微生物组成的差异,采用16SrRNA高通量测序方法分析了对两种养殖模式下克氏原螯虾肠道的微生物多样性和群落结构.结果显示,所有样品共检出2 007个种水平上的分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),归属于37个门,其中池塘养殖克氏原螯虾的肠道微生物有1 260个OTU,稻田养殖克氏原螯虾的肠道微生物有1 840个OTU,两种模式下克氏原螯虾的肠道微生物共同的OTU有1 093个;两种模式下的肠道微生物优势菌均为厚壁菌门,其中池塘模式中占比67.40％,稻田模式中占比为32.69％;对两种模式的克氏原螯虾肠道微生物进行Alpha多样性分析显示,池塘养殖克氏原螯虾肠道微生物多样性的Shannon、ACE和Chao指数均低于稻田养殖克氏原螯虾肠道微生物的指数,差异均达到极显著的水平;物种差异分析显示,在门水平上有21个门差异达到显著水平,其中有12个门差异达到极显著水平;在OTU水平上,有364个OTU差异达到显著水平,其中有106个OTU差异达到极显著水平.研究表明,池塘和稻田养殖克氏原螯虾肠道微生物在物种组成上、多样性上都存在明显差异,针对两种模式的养殖管理应有所区分,由于池塘模式下肠道微生物多样性较低,因此,需要更多地注重虾类健康状况动态,加强管理.     

草地贪夜蛾与黏虫肠道微生物的多样性分析

通过比较分析对食用玉米叶的草地贪夜蛾与黏虫体内肠道共生菌进行比较分析,研究玉米叶内生细菌的组成与草地贪夜蛾和黏虫肠道微生态的相互关系。选用玉米叶饲养的草地贪夜蛾和黏虫,通过16S rDNA全长扩增子测序,比较分析其肠道菌群多样性和丰富度。由α多样性研究结果可知,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群多样性、物种丰富度比较接近;β多样性分析结果也表明,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群落结构相似性较高。KEGG通路功能预测结果表明,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群中均以代谢功能占比最高,主要涉及糖类代谢、氨基酸代谢和能量代谢。同样取食玉米叶的草地贪夜蛾和黏虫的肠道细菌在门水平上的核心菌群相同,在属水平上的优势菌属丰度和物种多样性差异不大,群落结构相似度高,菌群功能差异不显著,其原因可能是物种遗传特点相似、取食食物和生长环境中微生物种类相同。     

家兔肠道微生物ERIC-PCR指纹图谱构建及分析

[目的]构建不同周龄健康家兔及腹泻家兔肠道微生物的ERIC-PCR指纹图谱,分析二者肠道菌群结构的多样性及其差异性,为优化家兔饲养和疾病防治打下基础.[方法]收集l~8周龄健康家兔与腹泻家兔粪便样本,分离肠道微生物并提取其基因组DNA,PCR扩增其16S rDNA与ERIC,构建ERIC-PCR指纹图谱,对不同同龄健康家兔及腹泻家兔肠道菌群结构进行分析.[结果]肠道微生物迅速在1周龄仔兔肠道中定植且总量达最高值,其后不断减少,5周龄后总量趋于稳定,且l周龄仔兔与5周龄后(断奶后)家兔的肠道微生物总量间均存在显著差异(P<0.05).随着周龄的增加,肠道微生物ERIC条带特征发生明显变化,各周龄出现了不同的特征性ERIC条带.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物ERIC条带明显减少,条带特征存在明显差异,菌群多样性低于健康家兔.[结论]随着周龄的增加,健康家兔的肠道微生物菌群结构和多样性发生明显变化.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物菌群结构明显改变,多样性明显降低,且出现健康家兔中未出现过的优势菌群,进一步证明肠道微生物菌群结构与家兔生长发育和腹泻存在关联性.     

杀鲑气单胞菌杀藻作用的初步研究

为了研究几丁质酶对硅藻杀灭作用,以杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)和其几丁质酶敲除菌为研究对象对牟氏角毛藻(Chaetoceros muelleri)进行共培养并探究其作用差异。结果表明:杀鲑气单胞菌野生株和缺失株分别与牟氏角毛藻共培养48 h后,野生株对牟氏角毛藻的杀藻率达到9.18%,而缺失株无明显杀藻活性;通过扫描电镜进一步发现野生株细菌能够裂解牟氏角毛藻的细胞壁,而缺失株不能。结果证实杀鲑气单胞菌因具有几丁质酶而对藻类具有杀灭作用。     

淡水螺蛳的飼养試驗

近几年,我们在吸虫病试验研究中,经常感到对纯净的螺蛳(即无自然感染吸虫幼虫的螺蛳)和人工感染了吸虫毛蚴的螺蛳,究竟应当如何饲养管理是一个很重要的问题,也是一个急待解决的问题。如果不解决这个问题,我们就无法在实验室条件下进行吸虫生活史的研究,也得不到我们所需要的尾蚴种类来进行动物的感染试验。因此,我们于79年10月下旬开始做室内饲养螺蛳和人工感染螺的管理试验,到80年7月底为止,完成了予定的计划,获得较满意的结果。国内有关淡水螺室内饲养的资料,除钉螺有比较全面系统的研究外,其它螺科的资     

寄主转换对云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性的影响

【目的】研究寄主转换对云斑白条天牛 Batocera lineolata 幼虫肠道细菌多样性的影响,为从肠道 细菌的角度解析云斑白条天牛的寄主适应性以及开发利用微生物等方面提供理论依据。【方法】以核桃作为原 寄主,桉树作为转换寄主饲养云斑白条天牛幼虫,采用传统微生物分离培养、16Sr RNA 基因测序以及高通量测 序的方法对转换寄主云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性进行研究。【结果】通过传统微生物培养共获得 19 株可 培养细菌,从核桃饲养的云斑白条天牛幼虫肠道中分离出 10 株细菌,转换寄主后,从云斑白条天牛幼虫肠道中 分离出 9 株细菌;两种寄主饲养处理均分离出 6 个属的可培养细菌,其中有 5 个属为共有菌属。高通量测序结 果表明,寄主转换前后的云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性无显著差异。云斑白条天牛幼虫肠道样本中细菌分 别属于 20 个门 32 个纲 55 个目 90 个科 170 个属,其中两种处理云斑白条天牛幼虫肠道优势菌均属于变形菌门 （Proteobacteria）γ- 变形菌纲（Gammaproteobacteria）肠杆菌目（Enterobacteriales）肠杆菌科（Enterobacteriaceae） 肠杆菌科下未确定属（Uncultured bacterium f Enterobacteriaceae）【结论】两种处理云斑白条天牛幼虫肠道细菌 种类组成相似,肠道细菌群落整体多样性比较丰富且菌群较为稳定,短期内改变寄主很难使其肠道细菌多样性 发生改变。     

水雍菜浮床养殖模式下黄颡鱼肠道菌群结构分析

通过大规模养殖试验,研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力,并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构,并分析了它们之间的相关性。结果表明:人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异;不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异,但优势菌群的组成并没有明显的结构差异,优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门(88.56%)占主要优势,末期对照组(无浮床)以厚壁菌门(48.4%)、梭杆菌门(32.52%)和变形菌门(14.56%)为主,试验组(有浮床)以变形菌门(36.72%)、厚壁菌门(21.89%)、梭杆菌门(17.48%)和拟杆菌门(11.48%)为主。     

昆虫肠道微生物多样性研究进展

昆虫肠道内存在种类繁多、数量庞大的微生物,这些肠道微生物种群结构的多样性与昆虫种类、龄期、消化道形态、食物的喂养条件、生存环境等息息相关。近几年,随着大规模测序技术、组学技术的发展,应用分子生物学技术快速、定性、定量研究昆虫肠道微生物种群的多样性已成为热点。介绍了昆虫肠道微生物的分类和检测方法,综述了昆虫肠道微生物多样性的研究进展,以期为昆虫与其肠道微生物的协同进化和害虫防治等研究提供基本方法和数据,为今后昆虫肠道微生物的研究提供理论参考。     

肉鸡盲肠微生物群落特征与体质量的相关性

为探究盲肠微生物与肉鸡个体长势的相关性,将10周龄宁都黄鸡按体质量高低分为4组,利用高通量测序技术分析比较相同日龄、不同体质量笼养肉鸡的肠道微生物多样性及菌群结构特征。结果表明,4组样品获得的OTU数量及各组Alpha多样性指数Chaol值、Shannon和Simpson指数无显著差异;组间盲肠微生物群落组成具有相似性,但菌群相对丰度有显著差异;与肉鸡体质量呈正相关的菌群中,影响最大的是甲烷短杆菌属,其次是栖粪杆菌属,负相关菌群主要是脱硫弧菌属和互养菌属。研究显示肠道微生物群落结构与肉鸡个体长势显著相关,显著差异菌群可应用于改善肉鸡生长性能。     

氨氮与亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响

氨氮和亚硝酸盐是蛋白质的代谢副产物,水体中高浓度的氨氮和亚硝酸盐会显著抑制罗非鱼的免疫力。肠道微生物与鱼类的免疫息息相关,然而氨氮和亚硝酸盐是否影响罗非鱼的肠道微生物仍不清楚。本研究采用基于16S rDNA基因序列的高通量测序,研究了氨氮和亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响。结果表明,罗非鱼肠道微生物群落主要以变形菌门和放线菌门为主。氨氮和亚硝酸盐不改变罗非鱼肠道菌群的alpha多样性,但显著改变物种组成,其中Aurantimicrobium菌属在两种处理下比例显著降低。原核类群功能注释(FAPROTAX)分析表明,氨氮和亚硝酸盐胁迫导致的差异ASVs主要涉及化能异养、好氧化能异养、硝酸盐还原、脂肪族非甲烷烃降解、芳香烃降解和芳香族化合物降解。本研究通过了解氨氮和亚硝酸盐对罗非鱼肠道微生物的影响,为研究肠道微生物对罗非鱼免疫的影响奠定基础。     

西北高海拔地区放养偶蹄类动物肠道微生物多样性的宏基因组比较研究

[目的]分析西北高海拔地区偶蹄类动物肠道的微生物多样性。[方法]从动物粪便样品中提取全部微生物的DNA,利用宏基因组学方法,通过高通量测序及生物信息学分析对肠道微生物多样性及群落功能进行比较。[结果]在相似的地理环境下,不同物种偶蹄类动物的肠道微生物多样性存在高度的相似性,暗示着生存环境对动物肠道微生物的多样性发挥着重要影响。[结论]该研究初步阐明了西北地区高海拔环境下不同种类动物的肠道微生物多样性,为进一步了解高原环境中微生物的构成提供了重要参考。     

中黑盲蝽不同发育时期肠道微生物的动态变化被揭示

正近日,中国农业科学院棉花研究所棉花虫害与生物安全创新团队通过分析中黑盲蝽不同发育时期肠道微生物的多样性和组成,探索了中黑盲蝽与其体内微生物的协同进化关系,发现中黑盲蝽肠道微生物的多样性在不同发育阶段呈显著动态变化,为开发新的害虫生物防治策略提供了重要理论基础。     

转植酸酶基因(PhyA2)玉米对家蚕肠道微生物多样性的影响

以转植酸酶玉米10TPY005、非转植酸酶亲本玉米蠡玉35的花粉分别饲喂家蚕3个龄期,取3龄末期家蚕利用Biolog-Eco法分别从其肠道微生物群落多样性的平均颜色变化率(AWCD值)、四种碳源利用率、群落代谢功能多样性指数(Shannon、Simpson和Mc Intosh指数)及主成分分析四个方面进行指标测定,从而研究转植酸酶玉米对家蚕肠道环境菌群多样性的影响。结果表明:转植酸酶玉米花粉喂食的家蚕与亲本玉米花粉喂食和空白对照两组家蚕相比,上述各指标总体无显著性差异,即转植酸酶玉米对家蚕肠道微生物多样性未造成明显影响。     

鳞翅目昆虫人工饲养技术研究进展

鳞翅目昆虫的研究越来越受到人们关注,而人工饲养是昆虫研究的基础,尤其是昆虫人工饲料配方的研发.文章以现有相关文献为依据,从人工饲养技术研究、人工饲料配方的研制方法、饲养环境和饲养操作优化等方面总结鳞翅目昆虫人工饲养技术研究进展,发现鳞翅目昆虫人工饲养技术及饲料配方已取得较大进展,但现行研究主要以提高饲养昆虫的存活率为目的,而忽略昆虫的生理性状.因此,建议在优化人工饲养技术的同时,需连续和定期评估人工饲养的种群与野生种群的性能差异,为科学研究提供大量高质量的实验虫源.     

性别对家禽粪便微生物多样性及功能的影响

为研究性别对家禽粪便微生物的影响,选择成年鸡、鸭和鹅为试验动物,在相同饲养条件下饲喂相同的饲料28 d后,收取新鲜粪样后检测粪便样品的16S rDNA的V4区,分析群落多样性和丰度,并进行差异菌落功能注释。结果表明,性别对鸡和鸭粪便α微生物多样性有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),而对鹅粪便微生物多样性没有显著影响;β多样性分析结果表明,饲喂相同的饲料给不同性别的家禽(鸡、鸭、鹅),不同性别的家禽粪便中微生物群落组成和结构有明显区别;不同性别的鸡、鸭和鹅粪便微生物中50、78和247个属的微生物丰度有显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01);大量的差异属微生物的功能聚集在代谢、免疫功能等方面。该研究表明性别对鸡、鸭和鹅粪便中微生物多样性和丰度有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),进而影响粪便的功能和宿主。     

水蛭养殖六注意

近年来．因农药泛滥．化肥及工业化造成的环境污染等原因导致野生水蛭的生态环境大量地被破坏．野生水蛭数量急速下降。因而演变成了药材市场水蛭货源紧缺．供不应求。最近兴起的人工饲养水蛭是一项投资小、见效快的投资计划．可以利用废弃池塘或庭院养殖，在养殖过程中．应注意以下几个方面的问题。     

水蛭养殖六注意

近年来．因农药泛滥．化肥及工业化造成的环境污染等原因导致野生水蛭的生态环境大量地被破坏．野生水蛭数量急速下降。因而演变成了药材市场水蛭货源紧缺．供不应求。最近兴起的人工饲养水蛭是一项投资小、见效快的投资计划．可以利用废弃池塘或庭院养殖，在养殖过程中．应注意以下几个方面的问题。     

指纹图谱技术在动物肠道微生物多样性研究中的应用

随着分子生物技术的发展，不可培养微生物多样性研究的难题得到了解决。肠道微生物处于特殊的生态环境条件下，分子生物学技术的应用使得肠道微生物多样性的研究进入了一个崭新的阶段。本文主要介绍了基于16SrRNA基因片段的一些肠道微生物研究工作中常用的分子生物学分析方法，主要包括变性梯度凝胶电泳（DGGE）．温度梯度凝胶电泳（TGGE），单链构象多态性（SSCP），限制性片段长度多态性（RFLP），放大片断长度多态性（AFLP）和随机扩增多态性DNA（RAPD）等指纹图谱技术。